Rosetta-News

Analyse und Vorhersage von Struktur und Faltungsweg (Folding@home, GPUGRID, Rosetta@home, ...)
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cappy
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#85 Ungelesener Beitrag von cappy » 06.02.2008 06:55

hier mal wieder eine news :)
A new application called 'minirosetta' has been released. This application is a complete restructuring of the current rosetta applicaton and was designed to facilitate future development and science. Our goal is to gradually transition to this application as it matures. Graphics are not yet available but are currently under development. Please post any issues/bugs in this thread. We'll be issuing tasks in relatively small batches soon
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Dennis Kautz
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#86 Ungelesener Beitrag von Dennis Kautz » 06.02.2008 09:39

Aaaahja... hab mir schon sowas gedacht, als ich nach ewiger Pause mal wieder ne Menge Arbeit von RALPH bekommen hab! :flower:

cappy
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#87 Ungelesener Beitrag von cappy » 06.02.2008 13:44

könntest du oder ein anderer das mal übersetzen?^^
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Michael H.W. Weber
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#88 Ungelesener Beitrag von Michael H.W. Weber » 06.02.2008 14:19

Übersetzung:

Eine neue Anwendung namens "microrosetta" ist herausgegeben worden. Diese Anwendung ist eine komplette Neustrukturierung der bisherigen Rosetta Software und wurde entwickelt, um zukünftige Entwicklungen und die wissenschaftlichen Aspekte der Anwendung zu verbessern. Während sich diese Anwendung kontinuierlich weiterentwickelt, werden wir langsam darauf umsteigen. Grafiken sind derzeit noch nicht verfügbar, aber daran wird gearbeitet. Bitte meldet alle Probleme in diesem "thread". Wir werden bald erste WUs in kleinen Mengen für diese Software ausgeben.

Michael.

P.S.: Die hatten ja angekpündigt, daß das Programm komplett neu geschrieben wird, um es zu straffen, da etliche Generationen von Leuten dort einen einzigen Spaghetti-Code zusammengestrickt haben, der allmählich unübersichtlich wird. :wink:
Fördern, kooperieren und konstruieren statt fordern, konkurrieren und konsumieren.

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#89 Ungelesener Beitrag von cappy » 15.02.2008 13:57

so im journal gibs mal wieder ein beitrag von david baker
These are exciting times!

first, please bear with us! the all new beautiful completely object oriented C++ rewrite version of Rosetta is now running on your computers. old timers will recall that in the early days of the project, it took sometime before all the kinks were worked out, and that the graphics took some time to get to the very nice state we have all become used to. the new version of rosetta is extremely powerful, but as it is very new, there are still some rare problems surfacing, and some of the bells and whistles, such as the screensaver, are not yet in place. similar issues have been slowing us down a bit with our in house research and computing projects. rest assured however, that these problems will be solved quite soon, and the new version is so much more powerful that this inconvenience will be made up for many fold.

second, the game continue to progress, and I think is getting more and more fun to play. still some things to work out, so not quite ready to go public, but I encourage any of you who are interested to give it a try (see thread below).

third, as I alluded to in my last post, we have two very exciting papers describing a major breakthrough--the computer based design of new enzymes catalyzing novel chemical reactions-- that will be appearing soon, for a preview you can look at the current online issue of Nature.
____________
wäre schön wenn das einer übersetzen könnte :)
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Uwe Sänger Herzke
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#90 Ungelesener Beitrag von Uwe Sänger Herzke » 15.02.2008 14:51

Es herrschen aufregende Zeiten!

Zunächst habt ein wenig Geduld mit uns! Die komplett neue und wunderschöne objektorientierte neu geschriebene C++ Version von Rosetta läuft nun auf Euern Rechnern. Alte Hasen werden sich an die frühen Tage dieses Projektes erinnern. als es einige Zeit dauerte bis alle Zinken ausgebügelt waren und die Grafik brauchte eine Weile, bis sie den sehr netten Stand erreicht hatte, den wir jetzt so gewohnt sind. Die neue Rosettaversion ist äußerst mächtig, aber weil sie neu ist werden auch einige seltene Probleme auftauchen, und einige der hübschen Applikationen, wie der Bildschirmschoner, laufen noch nicht. Ähnliche Sachen haben auch unsere internen Forschungs- und Berechnungsaktivitäten ein wenig verzögert. Seid versichert das diese Probleme bald beseitigt sein werden, und diese neue Version ist so viel mächtiger das diese Unbequemlichkeiten um ein Vielfaches wettgemacht werden.

Zweitens schreitet das Spiel immer weiter fort und ich denke, es wird mit immer mehr Spaß gespielt. Einige Sachen sind noch noch nicht ganz rund, also sind wir noch nicht in der Lage öffentlich zu werden, aber ich möchte jeden, der interessiert ist dazu auffordern, es auszuprobieren (s. Thread unten).

Drittens haben wir, wie schon im letzten Beitrag angedeutet, zwei sehr aufregende Veröffentlichungen, die einen bedeutenden Durchbruch beschreiben - die computergestützte Entwicklung neuer Enzyme zur Katalyse neue chemische reaktionen - die sehr bald erscheinen werden. Für eine Vorschau könnt ihr in der aktuelle Onlineausgabe von Nature nachlesen.
Grüße vom Sänger
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#91 Ungelesener Beitrag von cappy » 15.02.2008 17:36

vielen dank
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#92 Ungelesener Beitrag von cappy » 07.03.2008 17:55

es gab mal wieder eine news
The most recent of the many scientific papers that have come out of all of your efforts at rosetta@home is in today's issue of Science magazine:

http://www.sciencemag.org/cgi/content/a ... /5868/1387

This paper describes the computational design of new catalysts for chemical reactions. Among the many applications are removal of toxic compounds in the environment (bioremediation), making much easier difficult steps in the synthesis of drug molecules, and the generation of new biofuels.

Thanks again for all of your help!
in dem magazin science wurde was von rosetta veröffentlicht
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#93 Ungelesener Beitrag von cappy » 13.03.2008 08:23

so es gibt eine neue version 1.09 von minirosetta
This version now includes graphics, but only for windows machines. A mac version of the graphics also exists but in version 1.09 is unfortunately nonfunctional. The new graphics are still a work in progress, and as such are going to be different from what everyone is used to.

We have two goals for this release. The first is to verify how some of rosetta's key protocols have survived the move into minirosetta, and the second is to test new protocols that our switch to minirosetta has made possible. Both sets of protocols will be tested on targets that we consider to be scientifically useful.

For now there will only be a gradual increase in work units running minirosetta, in case we missed any significant bugs during our tests on ralph.
neu in der version sind die grafiken *in betaphase oder so*
desweiteren werden 2 ziele verfolgt und zwar werden alte wichtige rosetta protokolle überprüft, ob sie auf minirosetta einwandfrei laufen und es werden neue protokolle erprobt die den switch auf minirosetta ermöglicht haben.

desweitern wird die anzahl der wu´s von minirosetta nur langsam gesteigert falls man doch ein problem in den tests übersehen hat.

*hoffe das es so einigermaßen hinhaut was ich geschrieben habe *grins*
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#94 Ungelesener Beitrag von cappy » 14.03.2008 13:52

so nun wurde auch die alte version geupdate auf 5.95

hier das changelog
Rosetta version 5.95

This version introduces a new "resampling" method for diversified sampling of beta topologies. It expands the range of conformation space that Rosetta can search by learning promising regions of search space from previous search results
wäre nett wenn das einer übersetzen könnte :)
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#95 Ungelesener Beitrag von Obi » 16.03.2008 11:08

Ziemlich wissenschaftlich daher hoffe ich das die Übersetzung auch inhaltlich korrekt ist^^
Diese Version führt eine neue "Resampling"-Mehtode zum abwechslungsreich gestalteten erzeugen von Beta Topologien ein. Sie erweitert die Bandbreite räumlicher Konformationen, die Rosetta, durch erlernen vielversprechender Regionen des zu prüfenden Raumes aus früheren Resultaten, erforschen kann

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#96 Ungelesener Beitrag von cappy » 24.03.2008 11:56

nur 10 tage nach dem letzten update kam gestern die version 5.96 raus

hier das changelog wenn wieder einer so nett sein könnte das zu übersetzen :)
Rosetta 5.96 includes a new procedure for modeling large RNAs where experimental information is available. Basically, constraints that bring together parts of the chain that are further apart in sequence are introduced at later stages of the search.
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