Rosetta@home

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Rosetta@home versucht Proteinstrukturen und Proteinbindungen vorherzusagen. Das Ziel des Projekts ist es, Methoden zu entwickeln, die Proteinstrukturen aus Aminosäuresequenzen sicher vorhersagen können. Diese Methoden können dazu beitragen, Krankheiten wie Krebs, HIV oder Malaria zu bekämpfen. Rosetta wurde von der University of Washington entwickelt und gilt als das beste Programm zur Vorhersage der Proteinfaltung, da es beim CASP-Wettbewerb bisher immer sehr gute Ergebnisse erzielte.

Im Gegensatz zum Human Proteome Folding Project, bei dem die Rosetta-Software angewandt wird, wird bei Rosetta@home versucht, die Rosetta-Software zu verbessern. Das Projekt gehört also in die Kategorie Grundlagenforschung.

Eine Besonderheit des Projektes ist, dass man die Berechnungszeit der WU in seinem Account einstellen kann. Dies hat keinen wissenschaftlichen, sondern einen organisatorischen Hintergrund: bei längeren WUs werden der Server des Projektes und die Bandbreite des Benutzers geschont. Jede WU erledigt aber mindestens eine vollständige Faltungssimulation, bevor sie beendet wird. Bei einem zufällig sehr komplexen Protein kann eine WU darum 6 Stunden oder noch länger laufen, auch wenn sehr viel weniger Laufzeit eingestellt ist. Bevor man die sog. "Target CPU run time" ändert, sollte man alle offenen WUs abarbeiten lassen und erst nach der Änderung wieder neue Aufgaben laden. [1]


Audio-Beschreibung Ausführliche Audio-Beschreibung des Projekts: BOINCcast

Es gibt ein eigenes Projekt, das Programmversionen testet, bevor sie bei Rosetta übernommen werden: Ralph@home.

Neben dem Grid Computing versuchen die Forscher dieses Projektes auch, sich das Konzept des Distributed Thinking zu nutze zu machen. Dazu haben sie zusammen mit anderen Mitgliedern der Bereiche "Computer Science and Engineering and Biochemistry" der University of Washington das Spiel foldit entwickelt, bei dem der Spieler selbst Proteine faltet.


Rosetta@home Gütesiegel.png
Gütesiegel:
Das Projekt bekam im April 2008 das Rechenkraft Gütesiegel. Mit 4 von 5 möglichen Punkten gilt es als empfehlenswert. Die Kriterien sind hier nachzulesen.


Inhalt

Projektübersicht

InfoIcon.png Rosetta@home
Name Rosetta@home
Kategorie Biochemie
Ziel Vorhersagen von Proteinstrukturen
Kommerziell   nein
Homepage boinc.bakerlab.org/rosetta


 
United States01.gif    Dieses Projekt wird in Washington, USA durchgeführt.


Projektstatus

InfoIcon.png Projektstatus
Status   aktiv
Beginn 16.09.2005
Ende noch aktiv

Projektlinks

Neuigkeiten (RSS-Feed)

Wissenschaftlicher Hintergrund

Statistiken

Wo Übersicht Top Teams Top User
Projekt Home Page Top Teams Top User
BOINCstats.com Übersicht Top Teams Top User
stats.free-dc.org Übersicht Top Teams Top User

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Clientprogramm

Betriebssysteme

Icon windows 16.png   Windows Checkbox 1.gif  
Icon windows 16.png   Windows 64bit Checkbox 1.gif  
Icon linux 16.png   Linux Checkbox 1.gif  
Icon linux 16.png   Linux 64bit Checkbox 1.gif  
Android.jpg   Android Checkbox 1.gif  
Icon dos 16.png   DOS Checkbox 0.gif  
Icon macos 16.png   MacOS X Checkbox 1.gif  
Icon macos 16.png   MacOS X 64bit Checkbox 1.gif  
Icon freebsd 16.png   BSD Checkbox 0.gif  
Icon solaris 16.png   Solaris Checkbox 0.gif  
Icon java 16.png   Java (betriebssystemunabhängig)  Checkbox 0.gif  

Client-Eigenschaften

Funktioniert auch über Proxy Checkbox 0.gif
Normal ausführbares Programm Checkbox 0.gif
Als Bildschirmschoner benutzbar Checkbox 0.gif
Kommandozeilenversion verfügbar Checkbox 0.gif
Personal Proxy für Work units erhältlich   Checkbox 0.gif
Work units auch per Mail austauschbar Checkbox 0.gif
Quellcode verfügbar Checkbox 0.gif
Auch offline nutzbar Checkbox 0.gif
Checkpoints Checkbox 1.gif

Konfiguration

Rosetta@home benutzt die BOINC-Infrastruktur. Die Anmeldung, Installation und Konfiguration sind auf der allgemeinen BOINC-Seite beschrieben.


Besonderheiten

  • Die Laufzeit der Work units kann man auf der Website einstellen. Es gibt Einstellungen von einer Stunde bis zu einem Tag. Die Standardeinstellung ist 3 Stunden. Sofern die Fehlerrate gering ist, empfiehlt sich eine längere Laufzeit.

Veröffentlichte Versionen

Die jeweils aktuellen Versionen können hier eingesehen werden.

Screenshots

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Meldungen

Aktuelles

RSS RSS-Feed

De novo design of self-assembling helical protein filaments (Fri, 09 Nov 2018 19:40:30 GMT)
De novo design of jellyroll structures (Thu, 08 Nov 2018 23:02:02 GMT)
Discover magazine article about David Baker's progression into the field of protein design (Wed, 31 Oct 2018 18:58:01 GMT)
Rosetta 64 bit linux version 4.08 released (Tue, 02 Oct 2018 17:46:01 GMT)
Fluorescent proteins designed from scratch (Mon, 17 Sep 2018 23:14:21 GMT)

Ausgesuchte Links

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