Rosetta-News

Analyse und Vorhersage von Struktur und Faltungsweg (FAH, POEM@home, Rosetta@home, HPFP, ...)
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Der Diplomat
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Rosetta-News

#1 Unread post by Der Diplomat » 07.03.2007 06:46

Hallo zusammen,

bei Rosetta wird im Hintergrund sehr viel getan, um sowohl die Rechenzeit-Spender informiert und bei Laune zu halten, als auch, um die Wissenschaft voranzubringen.

Hier die neuste Information von David Baker:
David Baker wrote:Our HIV vaccine design efforts are now going full speed ahead after months of building up after our Gates foundation award began in August. There are now seven full time exceptionally talented scientists working on the project, and we are exploring a broad range of strategies. Because computational protein design has never been applied to vaccine design before, our efforts have been
very enthusiastically recieved by the community of scientists working on HIV vaccine design problem, and we are now collaborating with many of the most active research groups in this area and recently joined the Neutralizing Antibody Consortium (http://www.iavireport.org/Issues/0602/Neuts.asp). We are very much hoping our new computational methodology can contribute to a breakthrough in this critical area!
Der Link: David Bakers Journal

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Michael H.W. Weber
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#2 Unread post by Michael H.W. Weber » 07.03.2007 11:42

Tja, David Baker kümmert sich schon sehr vorbildlich um anständige Information seiner DC-Helfergemeinde. Davon könnte sich mancher Projektleiter eine Scheibe abschneiden. Was sein HIV-Projekt betrifft, da bin ich natürlich erstaunt, wie er sich "mal eben 7 Mitarbeiter leisten kann", um solch ein Projekt aus dem Boden zu stampfen. Ich nehme an, er hat ordentlich Geld von Bill Gates bekommen (was ihm sehr zu gönnen ist). :funny: Der von ihm weiter oben in seinem "Tagebuch" erwähnte Artikel von Peter Kwong in Nature hat für einiges Aufsehen gesorgt. Kurz zusammengefasst, hat man dort festgestellt, dass zwar das Andocken des HIV-1 Virus an seine menschlichen Zielzellen zu einer strukturellen Umlagerung des beteilgten Oberflächen-HIV-Proteins führt, daß es aber Bereiche in diesem Protein gibt, die eben unverändert bleiben müssen. Jetzt probiert Rosetta@home, diese - wie man sagt konservierten, also unveränderlichen - Bereiche als kleine Proteine (oder auch Peptide) nachzubilden. Also Aminosäuresequenzen zu finden, die genau diese Struktur einnehmen. Ziel ist es dann wohl (ich lese mal in der Kristallkugel, da ich natürlich [oder besser: leider] sein genaues Projektdesign nicht kenne), solche Peptide als Impfstoffkandidaten zu testen. Immerhin ist das Kernproblem, welches HIV uns bei seiner Bekämpfung auferlegt die Tatsache, dass dieses RNA-Virus sich permanent verändert. Hätte man unveränderliche HIV-Proteinbereiche, die zudem noch überlebenswichtig für die Funktion des Protein sind, dann wären diese gute Angriffspunkte für eine Therapie oder einen Impfstoff.

Michael.

Edit: Es gibt übrigens Hinweise darauf, dass HIV auch die Mengen regulatorischer RNAs in den menschlichen Zielzellen verändert und vielleicht sogar neben den HIV-Proteinen, eigene kleine regulatorische RNAs mitbringt. Diese können massive Eingriffe in die gesamte Zellregulation zur Folge haben.
Last edited by Michael H.W. Weber on 07.03.2007 13:06, edited 1 time in total.
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#3 Unread post by scsimodo » 07.03.2007 12:22

Michael H.W. Weber wrote:Ich nehme an, er hat ordentlich Geld von Bill Gates bekommen (was ihm sehr zu gönnen ist). :funny:
IIRC waren es 10 Mio. US$...
Ich habe viel Geld für Alkohol, Weiber und schnelle Autos ausgegeben.
Den Rest hab’ ich einfach nur verprasst.

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Der Diplomat
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#4 Unread post by Der Diplomat » 07.03.2007 16:20

Michael H.W. Weber wrote:Tja, David Baker kümmert sich schon sehr vorbildlich um anständige Information seiner DC-Helfergemeinde.
Er hat es wieder getan:
David Baker wrote:I would like to apologize for the recent problems many participants had which were due to the filling of the rosetta@home queue with the memory intensive "HINGE" workunits. With these work units we were building models for the current CAPRI protein-protein structure prediction challenge http://capri.ebi.ac.uk/, for which predictions must be submitted by Sunday, and so the jobs were targeted as high priority. The problem was that while we specified a minimum of 512MB of memory for these jobs, this was only sufficient for many of your machines if only a single CPU was being used. Once again, we apologize for the problems which the combination of high memory and high priority caused, and will definitely avoid this in the future.
[I'm posting this here for people who didn't see the thread where the problem was discussed]
Link zum Rosetta-Forum

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Der Diplomat
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#5 Unread post by Der Diplomat » 09.03.2007 19:29

Rosetta at Home in YouTube zu sehen

arminius

#6 Unread post by arminius » 09.03.2007 19:38

Sehr schön. Das nenne ich mal Werbung....
a.

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#7 Unread post by Lasse Kolb » 09.03.2007 21:23

arminius wrote:Sehr schön. Das nenne ich mal Werbung....
a.
Jap, finde das auch sehr klasse! Auch wenn ich als kaum-englisch-könner und Nicht-Wissenschaftler quasi nichts verstehe, aber immerhin tut sich einiges :-)
Habs gleich mal in meinem Blog weiterverbreitet ... echt ein klasse Projektleiter, der David Baker!

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#8 Unread post by scsimodo » 09.03.2007 21:33

lasse wrote:echt ein klasse Projektleiter, der David Baker!
Frag mal bei den XSlern nach, was die dazu meinen :D
Aber hast schon recht, Rosetta ist eines der (wenn nicht DAS) bestgeführten Projekt. Die gehen auf die Wünsche der User ein (z.B. Laufzeitbegrenzung bei WUs) und da tut sich auch was, es gibt ständig irgendwelche Neuigkeiten. Man muß aber auch sagen, dass das kein großes Kunststück ist, wenn man

1. Eine Menge Wissenschaftler/Supporter in der Hinterhand hat
2. 10 Mio US$ von Billi-Boy geschenkt bekommen hat.

Trotzdem: Eine reife Leistung...
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#9 Unread post by Norman » 10.03.2007 07:18

Der Diplomat wrote:Rosetta at Home in YouTube zu sehen
hab das file mal seperat hochgeladen falls wer das auf platte haben möchte oder sonst was.

KLICK

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Michael H.W. Weber
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#10 Unread post by Michael H.W. Weber » 10.03.2007 10:28

Tja, das hat David Baker wirklich mal wieder alles fein erklärt. Solch ein Video auf Deutsch über/von RKN wäre auch für uns ganz nützlich.

Michael
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#11 Unread post by yoyo » 10.03.2007 10:32

Michael H.W. Weber wrote:Tja, das hat David Baker wirklich mal wieder alles fein erklärt. Solch ein Video auf Deutsch über/von RKN wäre auch für uns ganz nützlich.
Wir kriegen ja nichtmal den Podcast hin :-?
yoyo
HILF mit im Rechenkraft-WiKi, dies gibts zu tun.
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#12 Unread post by Michael H.W. Weber » 10.03.2007 10:37

yoyo wrote:
Michael H.W. Weber wrote:Tja, das hat David Baker wirklich mal wieder alles fein erklärt. Solch ein Video auf Deutsch über/von RKN wäre auch für uns ganz nützlich.
Wir kriegen ja nichtmal den Podcast hin :-?
yoyo
Kommt noch. :wink:

Michael.
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