Rosetta-News

Analyse und Vorhersage von Struktur und Faltungsweg (Folding@home, GPUGRID, Rosetta@home, ...)
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cappy
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#73 Ungelesener Beitrag von cappy » 06.12.2007 06:26

hier ein video zu rosetta@home ka um was da geht http://www.youtube.com/watch?v=GzATbET3g54
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Michael H.W. Weber
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#74 Ungelesener Beitrag von Michael H.W. Weber » 06.12.2007 13:27

Na, dort erklären sie genau, worum es bei Rosetta@home geht und wie man sich den Proteinfaltungsvorgang vorstellen muß. Es lohnt sich, das mal genau anzusehen. Natürlich (leider) in Englisch... :D

Michael.
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cappy
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#75 Ungelesener Beitrag von cappy » 11.12.2007 18:18

es gab mal wieder news im rosetta journal vom david baker

die 1. news ist vom 9.12
I'm delighted by the early reviews of the rosetta game, which you can sign up to play and test as organized by the terrific rosetta@home moderators at
http://boinc.bakerlab.org/rosetta/forum ... hp?id=3789

We still have some polishing to do before the game goes public--we want it to be as good as possible by then! The current plan is to use a "viral" distribution model for the next several weeks in which people testing the game can invite friends to play as well, an advantage of this is that the friends can go to the person who invited them to get up to speed on how to play, strategies, etc.
da gehts um das rosetta@home spiel man soll es wohl demnächsten testen können *glaub*

die 2. news ist vom 11.12
You can now read about a very exciting collaborative research project we (and you) are involved in which aims to use computational protein design to repair mutations in genes which cause disease. This is a collaboration between basic science researchers and clinicians at Children's hospital and the Fred Hutchinson Cancer research center in Seattle who treat patients with these diseases. The url is:

http://research.seattlechildrens.org/ce ... ines/ngec/

This is one of a small number of "Roadmap" projects recently funded by the NIH which apply cutting edge basic research to work towards novel cures for diseases
vielleicht kann ja einer beide news übersetzen
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cappy
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#76 Ungelesener Beitrag von cappy » 14.12.2007 05:24

neue wu version is raus 5.89
Rosetta has been updated to version 5.89. Changes allow us to model proteins with complex symmetries, and improvements in the energy function used to simulate RNA.
diesmal is die google übersetzung brauchbar *find
Rosetta wurde aktualisiert auf Version 5,89. Änderungen ermöglichen es uns, Modell Proteine mit komplexen Symmetrien, und Verbesserungen in den Bereichen Energie verwendete Funktion zu simulieren RNA
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    #77 Ungelesener Beitrag von S_Garbe » 14.12.2007 11:55

    cappy hat geschrieben:neue wu version is raus 5.89
    Rosetta has been updated to version 5.89. Changes allow us to model proteins with complex symmetries, and improvements in the energy function used to simulate RNA.
    diesmal is die google übersetzung brauchbar *find
    Rosetta wurde aktualisiert auf Version 5,89. Änderungen ermöglichen es uns, Modell Proteine mit komplexen Symmetrien, und Verbesserungen in den Bereichen Energie verwendete Funktion zu simulieren RNA
      hm, Rosetta wurde aktualisiert auf Version 5.89 - soweit so gut

      Änderungen ermöglichen es uns, Proteine mit komplexen Symmetrien zu modellieren und weiterhin gibt es Verbesserungen in der Energiefunktion die benutzt wird um RNA zu simulieren

      so würde ich den Rest mal frei übersetzen
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      #78 Ungelesener Beitrag von cappy » 21.12.2007 16:19

      so rosetta läuft nun in der version 5.90 hier das changelog
      Rosetta has been updated to version 5.90. Changes include a reduction in virtual memory usage and a better exploration of proteins with complex symmetries
      Rosetta wurde aktualisiert auf Version 5,90. Änderungen gehören eine Reduzierung der Nutzung des virtuellen Speichers und eine bessere Erforschung von Proteinen mit komplexen Symmetrien
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      #79 Ungelesener Beitrag von yoyo » 21.12.2007 18:19

      Danke cappy!!!

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      #80 Ungelesener Beitrag von cappy » 22.12.2007 14:03

      nix zu danken :)

      für unsere linux cruncher gibs ne versions update auf die 5.91
      The linux executable for Rosetta has been updated to version 5.91, to fix an issue with the workunit timing. Thanks to lots of linux users for posting and to helping us fix this quickly!
      es is der gleiche wissenschaftliche code wie die version 5.90 es sollte ein fehler mit der cpu run time behoben worden sein
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      #81 Ungelesener Beitrag von cappy » 05.01.2008 13:32

      so mal wieder eine update des linux clienten auf die version 5.93
      The linux executable has been updated to 5.93. This version includes an improved treatment of dihedral
      symmetry of proteins. This is a common, biologically important symmetry found among protein
      homooligomers (a collection of proteins with the same sequence and often structure). Thanks for
      supporting rosetta@home!
      die google übersetzung is diesmal nich so der bringer vielleicht könnt das einer von auch machen :)

      ich seh gerade das mein windows pc auch 5.93 version hat scheint also nich only linux zu sein :)
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      #82 Ungelesener Beitrag von cappy » 29.01.2008 18:22

      so mal wieder eine news ausm David Bakers journal
      A lot of progress has been made in the last month!!

      Our efforts to design new enzymes have been very successful, and it is likely you will be able to read about this progress in magazines available at local news stands--I'll keep you posted on this.

      The new version of Rosetta, with many new capabilities, now appears to be stably running on Ralph, and David Kim is going to set it up on Rosetta@home in the next day or two. While the science will be new, the graphics will be a bit primitive at first, so please bear with us! We will be testing out new approaches to protein structure prediction in preparation for CASP8 this summer.

      The rosetta game continues to improve with new features and new challenges. Until we are satisfied that all the bugs are out, we will remain in a "viral" distribution mode; if you would like to play you can request an invite from one of the volunteers testing out the current version.
      wenn wieder einer so nett ist das zu übersetzen :) google hilft da diesmal nicht so ^^
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      #83 Ungelesener Beitrag von Patrick Keller » 29.01.2008 18:50

      Im letzten monat konnten einige Fortschritte gemacht werden!

      Unsere Bemühungen neue Enzyme zu designen waren sehr erfolgreich, und wahrscheinlich werdet ihr bald darüber in Magazinen in eurem Kiosk lesen können - Ich werde euch auf dem Laufenden halten!

      Die neue Programmversion von Rosetta, mit vielen neuen Möglichkeiten, scheint nun stabil unter Ralph zu laufen und David Kim wird in den nächsten 1-2 Tagen die neue Version auch auf Rosetta@home einspielen. Während der wissenschaftliche Aspekt der neuen Application neu ist, wir die Grafikausgabe etwas plump erscheinen - Bitte habt Verständnis dafür! Wir werden neue Wege zur Proteinstrukturvorhersage ausprobieren, um uns auf das CASP8 Projekt diesen Sommer vorzubereiten.
      Bitteschön :)

      cappy
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      #84 Ungelesener Beitrag von cappy » 29.01.2008 18:56

      vielen dank hört sich doch gut an :)
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