Docking@home - Neuigkeiten

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Michael H.W. Weber
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Docking@home - Neuigkeiten

#1 Unread post by Michael H.W. Weber » 09.03.2007 12:34

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Dear Michael H.W. Weber,

We are currently testing new Homogeneous Redundancy algorithms, which would be much easier if everybody attached to D@H would be running the latest BOINC client (5.8.15 for Windows and Mac, 5.8.17 for Linux). The reason for this is that in these versions the client reports the Family, Model and Stepping number of AMD and Intel processors (previous version do not). This makes the amount of cpu models to filter on much less.

Therefore we would like to request if you could update to this latest boinc client version. Please let us now if you can or if there is a reason you cannot. It would help us greatly in our testing.

The BOINC clients can be downloaded from the BOINC web site at:

Linux: http://boinc.berkeley.edu/dl/boinc_5.8.17_i686-pc-linux-gnu.sh
Windows: http://boinc.berkeley.edu/dl/boinc_5.8.15_windows_intelx86.exe
Mac: http://boinc.berkeley.edu/dl/boinc_5.8.15_macOSX_universal.zip

We realize that Linux client 5.8.17 is beta as of now, but it should work fine (the benchmarks have been reported to be much better too!). If you want to wait for the official release of the Linux client, we understand that and hope you will upgrade when it comes out.

Thanks
The D@H Team 

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Dear Michael H.W. Weber

One of our volunteers forwarded us some information regarding the boinc client 5.8.17. It seems that this version requires version 2.4 of a system library (glibc) and that most distros out there use 2.3. This will cause 5.8.17 not to work on such a 2.3 system.

Please wait until the official Linux version is released that will work on all platforms. Sorry for the inconvenience that this might have caused.

Thanks
The D@H Team
Michael.
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#2 Unread post by www.rekorn.de » 09.03.2007 12:58

ähm, docking@home sagt mir garnix, was kann ich mir unter protein-liganden-berechnung vorstellen? weiß da jmd genaueres über docking@home?
shit happens, everyday
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Michael H.W. Weber
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#3 Unread post by Michael H.W. Weber » 09.03.2007 13:10

www.rekorn.de wrote:ähm, docking@home sagt mir garnix, was kann ich mir unter protein-liganden-berechnung vorstellen? weiß da jmd genaueres über docking@home?
Da kann ich Dir als Informationsquelle ein äußerst geschmeidiges Wiki eines nicht mehr ganz unbekannten Vereins empfehlen: http://www.rechenkraft.net/wiki/index.p ... ing%40home

:funny:
Michael.
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#4 Unread post by frank » 09.03.2007 16:35

Michael H.W. Weber wrote:
www.rekorn.de wrote:ähm, docking@home sagt mir garnix, was kann ich mir unter protein-liganden-berechnung vorstellen? weiß da jmd genaueres über docking@home?
Da kann ich Dir als Informationsquelle ein äußerst geschmeidiges Wiki eines nicht mehr ganz unbekannten Vereins empfehlen: http://www.rechenkraft.net/wiki/index.p ... ing%40home

:funny:
Michael.
Bei aller Liebe, wenn man nicht weiß, was man sich unter einem Protein-Liganden vorstellen kann, hilft einem das WIKI eines nicht mehr ganz unbekannten Vereins nicht weiter. Dann ist besagtes WIKI an dieser Stelle nämlich doch nicht so ganz geschmeidig.
Aber ein anderes WIKI hilft vielleicht auf die Sprünge oder gibt Hinweise, wo weitere wertvolle Informationen stehen. Klick!
@rekorn
Das Problem wird sein, dass deine Frage keinen wirklichen Aufschluss über deine Kenntnisse im Bereicht der Chemie/Biochemie gibt. Das macht es natürlich etwas schwierig die richtigen Links zu setzen ;) .

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Michael H.W. Weber
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#5 Unread post by Michael H.W. Weber » 09.03.2007 18:55

frank wrote:
Michael H.W. Weber wrote:
www.rekorn.de wrote:ähm, docking@home sagt mir garnix, was kann ich mir unter protein-liganden-berechnung vorstellen? weiß da jmd genaueres über docking@home?
Da kann ich Dir als Informationsquelle ein äußerst geschmeidiges Wiki eines nicht mehr ganz unbekannten Vereins empfehlen: http://www.rechenkraft.net/wiki/index.p ... ing%40home

:funny:
Michael.
Bei aller Liebe, wenn man nicht weiß, was man sich unter einem Protein-Liganden vorstellen kann, hilft einem das WIKI eines nicht mehr ganz unbekannten Vereins nicht weiter.
Doch, zumindest jetzt hilft es auch diesbezüglich. :D
http://www.rechenkraft.net/wiki/index.p ... ing%40home
Alles eine Frage der Zeit und der Hinweise auf Mängel durch unsere Wiki-Besucher.

Michael.
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#6 Unread post by Der Diplomat » 09.03.2007 19:23

Lieber Michael,

könntest Du uns einen kleinen Überblick über die Unterschiede der Forschung von rosetta at home, predictor, docking, distributed folding, md.... geben?

Sehen wir in diesem Bereich, dass ein paar Universitäten sich zusammen tun und am ende mehrere Cluster von Unervisitäten an ein und der selben Sachen forschen oder sind es doch unterschiedliche Ziele?

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Michael H.W. Weber
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#7 Unread post by Michael H.W. Weber » 10.03.2007 10:07

Hmmm, das erfordert einiges an Recherche, um das mal genau auseinander zu dividieren. Daher hier ganz kurz: Keines der Projekte hat völlig überlappende Zielsetzungen, auch wenn die Methoden bei zumindest einigen ähnlich sind. Bei Rosetta@home geht es in erster Linie um ab initio Proteinstrukturvorhersage. Ab initio bedeutet anschaulich gesagt ohne weitere Vorkenntnisse (Lateiner unter uns mögen es sicherlich besser beschreiben; mein halbes Jahr Latein in der Schule reicht jedenfalls nicht). Will heißen, daß man dort nur die Abfolge der Aminosäuren im Protein vorgibt und durch die Rechnungen am Ende die Proteinstruktur erhält. DF probierte ähnliches, hatte aber einen ganz anderen Ansatz (brute force). Rosetta@home hat neben der Proteinstrukturvorhersage (was identisch sein kann mit Proteindesign; siehe HIV-Projekt) noch Protein-Protein-Wechselwirkungsuntersuchungen "im Programm", die aber bislang noch nicht (oder nur wenig?) angegangen wurden. Das WCG-Projekt HPFP1 und HPFP2 dienen ebenfalls zur Proteinstrukturvorhersage und da deren Projektleiter bei David Baker (Rosetta@home) promoviert hat, ist anzunehmen, daß hier Ähnlichkeiten mit individuellen Weiterentwicklungen (vieleicht sogar im Rahmen einer Kooperation beider Arbeitsgruppen?) zum Einsatz kommen.
Programme, die "automated docking" einsetzen, gibt es wie Sand am Meer. Das WCG-Projekt FAAH gehört dazu, Predictor@home, Docking@home, CommunityTSC, FAD, uvm. Hier gibt es im Grunde genommen zwei Projektklassen: Die eine wendet die Dockingmethoden auf konkrete (vornehmlich z.B. medizinische) Fragestellungen an. Dazu gehört FAAH, FAD, CommunityTSC. Der anderen Sorte Projekte geht es eher um die Verfeinerung eben der angewendeten Methoden. Dazu zählt meiner Einschätzung nach Docking@home und Predictor@home. Die Projektleiterin von Docking@home ist meinen Informationen zufolge die Kernentwicklerin von Predictor@home, hat sich aber inzwischen an einer anderen Universität (El Paso, Texas) etabliert. Sie ist auch eine der Autorinnen unseres Buchartikels zu Predictor@home. Nicht vergessen sollte man allerdings, daß die Verfeinerung der Methoden immer an Beispielen durchgeführt werden muß, sodaß parallel zur Methodenentwicklung immer auch neue Informationen über konkrete wissenschaftliche Fragestellungen zusammen kommen. Predictor@home hat überdies auch das Programm Mfold im Einsatz. Dieses stammt von Michael Zuker (Renslaeer Universität, USA) und dient der Berechnung von RNA-Sekundärstrukturen. Folglich befaßt sich Predictor@home als einziges mir bekanntes Docking-Projekt auch mit RNA (ansonsten werden nur noch bei Folding@home in Kooperation mit Daniel Herschlag, Stanford, RNA-Fragestellungen bearbeitet).
Proteins@home schließlich ist ähnlich wie damals Genome@home ein reines Proteindesignerprojekt. Man probiert dort, natürliche Proteine mit bekannter Funktion künstlich nachzubilden, in der Hoffnung, bessere Aktivität zu erzielen. Kurz: Man hat am Ende ein Protein (hoffentlich) besserer Funktion, daß aber eine ganz andere Aminosäuresequenz besitzt, als die natürlich Vorlage.

Michael.

P.S.: Ralph@home ist schließlich ein Projekt, das nur der Methodenverbesserung von Rosetta@home dient.
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#8 Unread post by Der Diplomat » 10.03.2007 10:24

:good: Herzlichen Dank, Michael!

Es ist schon spannend die vielen Projekte anzusurfen und von den Ergebnissen der Wissenschaftler, der Entwicklung zu lesen.
Dabei stellt sich einem eben ab und an die Frage nach Einsatzgebieten.
Letztens hat lasse ja den Artikel erwähnt, in dem es darum ging, dass andere wichtige Forschungsbereiche immer noch nicht angegangen werden... Einerseits also viele Forschungsprojekte, andererseits immer noch nicht genug.

P.S.: Der Beitrag von MHW wäre wieder ein Artikel für das nächste Newsletter!

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#9 Unread post by Michael H.W. Weber » 10.03.2007 10:33

Der Diplomat wrote:P.S.: Der Beitrag von MHW wäre wieder ein Artikel für das nächste Newsletter!
An dieser Stelle kurz eingeschoben: Wir sollten den Newsletter etwas professionalisieren. Er hat mir sehr gut gefallen und ich denke, wenn man regelmäßig etwas in dieser Art versendet, bindet man auch unsere Interessenten etwas besser ein. Ich wäre durchaus bereit, regelmäßiger etwas zu schreiben, allerdings würde ich gerne jemanden haben, der die Themen aussucht und auch die Infos dazu zusammensucht (Englisch kein Problem). Ansonsten wird es für eine Einzelperson zuviel Aufwand.

Michael.
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#10 Unread post by Der Diplomat » 10.03.2007 10:39

Michael H.W. Weber wrote:Wir sollten den Newsletter etwas professionalisieren. Er hat mir sehr gut gefallen und ich denke, wenn man regelmäßig etwas in dieser Art versendet, bindet man auch unsere Interessenten etwas besser ein.
Volle Zustimmung.
Michael H.W. Weber wrote:Ich wäre durchaus bereit, regelmäßiger etwas zu schreiben, allerdings würde ich gerne jemanden haben, der die Themen aussucht und auch die Infos dazu zusammensucht (Englisch kein Problem). Ansonsten wird es für eine Einzelperson zuviel Aufwand.
Ich wäre bereit das Newsletter zu redigieren (habe Erfahrung damit).

Mein Vorschlag wäre folgender: Wir öffnen einen Thread in dem die Themen fürs Newsletter reingeschmissen werden. Der eine hat ein Link zu einem Video zum Thema, der andere hat irgendwo ein Artikel zum Thema gelesen. Jeder postet rein. Nach einer Woche (Sonntags Erscheinungstermin) werden die postings redigiert und an unsere Newsletter-Empfänger versendet.

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#11 Unread post by Michael H.W. Weber » 10.03.2007 14:13

Einverstanden.

Michael.
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#12 Unread post by yoyo_test » 10.03.2007 21:22

Michael H.W. Weber wrote: An dieser Stelle kurz eingeschoben: Wir sollten den Newsletter etwas professionalisieren. Er hat mir sehr gut gefallen und ich denke, wenn man regelmäßig etwas in dieser Art versendet, bindet man auch unsere Interessenten etwas besser ein. Ich wäre durchaus bereit, regelmäßiger etwas zu schreiben, allerdings würde ich gerne jemanden haben, der die Themen aussucht und auch die Infos dazu zusammensucht (Englisch kein Problem). Ansonsten wird es für eine Einzelperson zuviel Aufwand.
Ich habe für den [[Newsletter]] im wesentlichen ja auch Deinen Text genommen ;-). Ich fand die Kommentierung so gut, daraus einen Newsletter zu machen. Zukünfige [[Newsletter]] sollten wir nicht zu oft verschicken, sonst fällt uns nichts mehr ein. Ich denke einmal pro Monat wird schon schwer sein durchzuhalten. Den obigen Vergleich der einzelnen Projekte von MW halte ich auch für Newsletter würdig.
yoyo

PS: Ich habe den [[Newsletter]] mal im Wiki festgehalten.

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