Docking@home

Aus Rechenkraft

DAPLDS (Dynamically Adaptive Protein-Ligand Docking System), das Dynamisch Anpassungsfähige Protein-Ligand Andocksystem ist ein Projekt der Universität von Delaware, dem Scripps Forschungsinstitut (TSRI) und der Universität von Kalifornien (Berkeley).

Bei diesem Projekt geht es darum, im Computer die Anlagerung kleiner Wirkstoffmoleküle (die sogenannten Liganden) an Proteine zu simulieren. Dabei werden u.a. elektrostatische Anziehungs-. bzw. Abstoßungskräfte berücksichtigt und die Stärke der Bindung (also die Stabilität des Protein-Liganden-Komplexes) bestimmt. Auf diese Weise kann man mit Hilfe von Computern eine Vorauswahl von Molekülen treffen, die am Wahrscheinlichsten an ein gegebenes Protein andocken können. Man muß also nicht jedes Molekül experimentell im Labor prüfen und spart so Zeit und Geld. Das Ziel solcher Projekte ist üblicherweise das Auffinden von Wirkstoffen, die die Funktion von krankheitsrelevanten Proteinen durch ihr Andocken verändern. So produziert HIV z.B. eine Protease (also ein Protein, das andere Proteine in kleinere Fragmente spaltet) gegen die man mit Hilfe solcher Wirkstoffmoleküle vorgeht. Das Wirkstoffmolekül bindet an die Protease, es bildet sich ein stabiler Komplex und damit kann die Protease nun ihre eigentlichen Zielproteine nicht mehr binden und somit auch nicht mehr spalten. Auf diese Weise kann ein Teil der Funktionen des HI-Virus ausgeschaltet werden.

Das Projekt wird das Verständnis der atomaren Details des Protein-Liganden-Zusammenwirkens mittels des Computerwerkzeugs DAPLDS, das anpassungsfähiges mehrstufiges Modellieren in einer verteiltes-Rechnen-Umgebung ermöglicht, erweitern und dadurch die Entdeckung neuer Medikamente beschleunigen.

Die Ziele des Projektes sind:

Erforschen der multi-stufen Natur der algorithmischen Anpassungen im Protein-Ligand Andocksystem
Auf der Basis von Computermethoden und -modellen eine Internetinfrastruktur zu entwickeln, die diesen Anpassungen effizient Rechnung trägt.

Gütesiegel:
Das Projekt bekam am 01. März 2010 das Rechenkraft Gütesiegel. Mit 5 von 5 möglichen Punkten gilt es als absolut empfehlenswert. Die Kriterien sind hier nachzulesen.

Projektübersicht

Docking@home
Name	Docking@home
Kategorie	Krankheitsbekämpfung
Ziel	Verbesserung des DAPLDS
Kommerziell	nein
Homepage	docking.cis.udel.edu


	Dieses Projekt wird in Delaware, USA durchgeführt.

Projektstatus

Projektstatus
Status	beta
Beginn	11.09.2006
Ende	noch aktiv

Projektlinks

Statistiken

Wo	Übersicht	Top Teams	Top User
Projekt Home Page		Top Teams	Top User
BOINCstats.com	Übersicht	Top Teams	Top User
BOINCsynergy.com	Übersicht	Top Teams	Top User
stats.free-dc.org	Übersicht	Top Teams	Top User
statsnstones.tswb.org		Top Teams	Top User
allprojectstats.com	Übersicht	Top Teams	Top User

Clientprogramm

Betriebssysteme

	Windows
	Windows 64bit
	Linux
	Linux 64bit
	DOS
	MacOS X
	BSD
	Solaris
	Java (betriebssystemunabhängig)

WU-Informationen

Name	RAM	Dauer	Deadline	Speicherplatz	Download	Upload
Charmm 34a2 6.15	17,4 MB	ca 2:50 h (AMDX2 32bit 3,0 GHz)	1 Woche	MB	MB	MB

Die Dauer ist die durchschnittliche Rechenzeit, die auf entsprechender CPU (Taktung in der Klammer) gebraucht wird.
Die Deadline ist die Zeitspanne, in der die Work unit berechnet sein muss.

Konfiguration

Docking@home benutzt die BOINC-Infrastruktur. Die Anmeldung, Installation und Konfiguration sind auf der allgemeinen BOINC-Seite beschrieben.

Unter Linux gibt es bei vielen Distributionen Probleme mit der Systemvariable ulimit. Hier muss die run_manager bzw. run_client Datei angepasst werden indem die Zeile ulimit -s unlimited als neue erste Zeile eingefügt wird (vor dem Start von Boinc)

keine Probleme mit: openSUSE 11.0 64bit
Probleme mit: