Den Kühen an die Euter... & neue Proteine

Analyse und Vorhersage von Struktur und Faltungsweg (Folding@home, GPUGRID, Rosetta@home, ...)
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Gast

#13 Ungelesener Beitrag von Gast » 18.04.2002 10:17


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Agrippa
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#14 Ungelesener Beitrag von Agrippa » 18.04.2002 10:22

Ich hoffe diese 2,2 sind AMD GHz und nicht das, was I*tel darunter
versteht !? :smoking:
Das ist noch gutes altes "Doppelhertz" in einem Dual-PIII Server. Der ist zwar mit seinem U160-Raid auf IO optimiert aber zum Falten sollte er auch taugen.
Wie auch immer, Du bist auch ohne diese 2,2 zusätzlich ne "recht harte Nuss", wenn ich das mal so salopp formulieren darf.
Danke für das Kompliment. Mit Deiner Wochenleistung kann ich natürlich noch lange nicht mithalten. Manche Nüsse sind eben härter als andere. :lol:
Viel Spass beim basteln!
Ich lasse basteln 8). Ich werde *ausnahmsweise* das BS selbst installieren. Erst die Anwendungen sind eigentlich mein Job, einschliesslich gewisser Services, die den Leerlaufprozess sinnvoll ersetzen :smoking: .

Wenn dann mal alle Routen stehen und die Firewall mich mag kann's losgehen. *Das* :-? kann aber noch ein klein wenig dauern ...

Grüße

Stefan

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Michael H.W. Weber
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#15 Ungelesener Beitrag von Michael H.W. Weber » 18.04.2002 10:35

In ten Chtaup mit den Kühen! Zu Poden chleudern! :evil2:
Ich hab's gerade mal gecheckt: meine Wochenproduktion ist soeben von "schlappen" 133 Punkten auf 202 hochgeschnellt. :roll2: Und die Woche ist noch nicht zuende (genauer gesagt erst die halbe nach Setup der neuen AMD-Crunchaz - d.h. weiterer Zuwachs ist abzusehen). :wave: Das hört man doch gerne... Ich habe es mal abgeschätzt: ich kann mit der momentan aktivierten Rechenpower auf maximal ca. 320 Punkte pro Woche kommen. :roll: Mehr ist erst drin, wenn die MACs und die beiden noch fehlenden Intelmaschinen (Krücken) ans Netz gehen - hoffentlich Montag... :smoking: Unsere Gesamtwochenproduktion ist jedenfalls deutlich höher, als die der Kühe! :evil2:
Ich habe noch zwei voll aufgeblasene SGIs herumgammeln (eine O2 und eine Octane), die laufen aber unter IRIX und können daher nicht auf FAH angesetzt werden (ich habe Vijay seit einem Jahr 1000 mal gebeten, endlich einen IRIX-Klienten anzubieten...). :crying: Ich werde Montag also probieren, sie mit Distributed Folding zu füttern. :evil2: Wir benutzen die nur sporadisch für "molecular modelling" und da das kaum einer bei uns macht, stehen die die meiste Zeit bloß albern in der Gegend herum, brummen etwas vor sich hin und setzen Chtaup an. :worry:
Hmmmm... ich überlege übrigens, das Marburger Max Planck Institut mal zu aktivieren - vielleicht steigen die ja auch mal ein... kenne da ein paar Leute... 8) Das Problem ist, wir müßten bei Vijay ein eigenes (!) Projekt haben, dann könnte man noch viel mehr Leute mobilisieren. :attention: Dann würde vielleicht auch mal der FB Mathematik den Rechensaal drauf ansetzen. Sind zwar "nur" 50 Pentium Pro 233er - aber immerhin. Und evt. würde sogar das HRZ einsteigen... mein Chef ist momentan Dekan, hehehehe...
In diesem Zusammenhang: ich hatte Vijay vor ca. 1 Jahr in einer Reihe von privaten Emails ein solches Kooperationsprojekt vorgeschlagen. Er war auch prinzipiell nicht abgeneigt, wurde dann aber etwas blaß, als ich ihm die Faltungsgeschwindigkeit von "meinem" Protein mit ca. 1 ms nannte. Das wäre ihm zu langsam, bzw. das Projekt würde zu lange dauern, meinte er (67 Aminosäuren groß - also das Größte, was FAH je in Angriff genommen hätte). Naja, da bin ich vor lachen bald geplatzt, denn "mein" Kälteschockprotein hält im Augenblick den Weltrekord im Schnellfalten - ihr findet es ja auch in unserem Teamlogo, hehehehe... :lol: :lol: Da sieht man eben mal wieder den Unterschied zwischen idealisierendem/vereinfachendem Physiker/Theoretiker, der seine artifiziellen "Designerpeptide" oder winzigen "Protein-Fragmente" schon bald als Realitäten ansieht und dem jahrelangen Praktiker, der sich noch erinnert, was wirklich ein "echtes" Protein ist und was nicht, hehehehe... Aber Spaß beiseite - ich hatte damals beschlossen, daß FAH noch nicht reif genug ist und bin auch auf Telefongespräche, die Vijay mir vorgeschlagen hatte, nicht weiter eingegangen... (Kostet... und dann die 9 Std. Zeitdifferenz... und ich war zu faul...). Ich sollte aber ruhig klarstellen, daß Vijay mit seinen kleinen Peptiden natürlich das einzig Vernünftige tut: erst mal das System an kleinen Projekten testen und optimieren! Dann kann man die fetteren Brocken untersuchen. :attention:
Jetzt überlege ich, ob ich einen zweiten Anlauf starten sollte. Unser Logo-Protein als FAH-Projekt... nicht schlecht, Herr Specht... :evil2: Da können die anderen Teams soviele Monitorprogramme für FAH entwickeln, wie sie wollen... :smoking: Das Schöne daran ist: das Kälteschockprotein ist ein Modellprotein für Proteinfaltung. Es ist essentiell für das Überleben und sehr ähnliche Proteine besitzt auch der Mensch sowie die meisten anderen Organismen. All diese homologen Proteine sind in Zellentwicklung & auch Krebsentstehung verwickelt. Cool, was? Paßt doch genau in Vijays Konzept. Naja, in Genome@Home haben wir schon so einige Replacement-Proteine dafür gebastelt und da köchelt ja auch schon ein kleines Projekt von uns, hehehehe... hatte es anderweitig ja schon mal erwähnt... :wink:

Oh - das hier ist mal wieder ein Buch geworden.... :uhoh:
Michael.
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Euler

#16 Ungelesener Beitrag von Euler » 18.04.2002 15:00

Michael,

ich finde Deine fachlichen Ausführungen zum Thema übrigens sehr interessant und würde gern mehr drüber lesen.

Also, ich habe mal Medizin studiert (10 Sem.) bevor ich zur dunklen Seite der Macht gewechselt bin. Natürlich ist das schon ne Weile her und ausser in nem Biochemie und klinischen Chemiekurs hab ich kaum was damit zu tun gehabt, aber die Grundzüge sind mir schon klar.
Wenn Du nen paar Tips (kein Jugendlexikon, aber auch keine Dissertation) in dieser Hinsicht für mich hättest, fänd ich das toll.

Grüsse
Euler

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Michael H.W. Weber
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#17 Ungelesener Beitrag von Michael H.W. Weber » 18.04.2002 16:46

Euler hat geschrieben:Also, ich habe mal Medizin studiert (10 Sem.) bevor ich zur dunklen Seite der Macht gewechselt bin.
Was ist denn die dunkle Seite der Macht in Deinem Fall? :lol: Darf ich aufgrund Deines Namens ein gewisses mathematisches Interesse ableiten? 8)
Euler hat geschrieben:ich finde Deine fachlichen Ausführungen zum Thema übrigens sehr interessant und würde gern mehr drüber lesen. Wenn Du nen paar Tips (kein Jugendlexikon, aber auch keine Dissertation) in dieser Hinsicht für mich hättest, fänd ich das toll.
Ahhh - das hört man gerne! :blush: Ich kann zum Einstieg in die Molekularbiologie nur wärmstens die 7. Auflage von Rolf Knippers "Molekulare Genetik" empfehlen. Es gibt mittlerweile auch eine 8. Auflage - die habe ich mir aber noch nicht angesehen. Die älteren taugen jedenfalls nichts (haben etliche Fehler). Ich weiß, das ist ein "Biobuch", aber wenn ich es als Chemiker :uhoh: empfehle, lohnt es sich sicher, wenigstens im Buchladen mal reinzusehen. :lol: Schön bebildert, didaktisch gut aufgebaut und sehr informativ. Auch ist das Werk nicht zu dick und gibt ebenfalls einen guten Einstiegsüberblick über Proteine. Manche genetische Feinheiten kann man sicherlich getrost übergehen, aber die Grundprinzipien, wie Zellen programmiert sind, findet man anhand gut untersuchter Beispiele prima erläutert. Was das Buch im Augenblick kostet, weiß ich leider nicht - ich habe damals noch 70,- DM dafür bezahlt. Es ist ein großformatiges "paperback" aus dem Thieme-Verlag (dürfte Dir als Ex-Medizinier ja bestens bekannt sein).

:wave:
Michael.
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Arnim Weber

#18 Ungelesener Beitrag von Arnim Weber » 18.04.2002 19:26

Habe feststellen müssen, das Stanman ordentlich für die Saftkühe faltet :(

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#19 Ungelesener Beitrag von Michael H.W. Weber » 18.04.2002 22:44

Aha - jetzt will er es uns also auch besorgen. :smoking: Vielleicht sollte Icrontic bei uns reinfusionieren. :lol:
Ich bleib' da ganz cool - wir werden ja sehen, wer den längeren Atem hat. :attention:

Michael.

Ok. Ich schreib's hier mal mit rein: Also ich habe das gerade mal bei Statsman geprüft. Stanman hockt da wohl bei den Rindviechern mit drin, hat aber eine Wochenproduktion von Null. Also mal nicht die Kühe hier scheu machen... :lol: :lol: :lol:
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Euler

#20 Ungelesener Beitrag von Euler » 19.04.2002 15:53

Michael H.W. Weber hat geschrieben:Aha - jetzt will er es uns also auch besorgen. :smoking: Vielleicht sollte Icrontic bei uns reinfusionieren. :lol:
Ich bleib' da ganz cool - wir werden ja sehen, wer den längeren Atem hat. :attention:
Ich würde das nicht unbedingt auf uns beziehen. Schließlich liegen
die Kühe direkt vor Icrontic.

Wahrscheinlich ist eher das sein "Problem" :lol:

Aber cool bleiben, team hopper wie Stanman hält's nirgends lange ...

Euler

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#21 Ungelesener Beitrag von Michael H.W. Weber » 19.04.2002 16:22

@Euler: Jawoll! Da wirst Du wohl Recht haben.

Michael.
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Euler

#22 Ungelesener Beitrag von Euler » 19.04.2002 23:45

Michael H.W. Weber hat geschrieben: <snipped>
Er war auch prinzipiell nicht abgeneigt, wurde dann aber etwas blaß, als ich ihm die Faltungsgeschwindigkeit von "meinem" Protein mit ca. 1 ms nannte. Das wäre ihm zu langsam, bzw. das Projekt würde zu lange dauern, meinte er (67 Aminosäuren groß - also das Größte, was FAH je in Angriff genommen hätte). Naja, da bin ich vor lachen bald geplatzt, denn "mein" Kälteschockprotein hält im Augenblick den Weltrekord im Schnellfalten - ihr findet es ja auch in unserem Teamlogo, hehehehe...
<snipped>
Michael.
Michael,

hast Du vielleicht ein *.xyz Format File von "Deinem" Protein?
Ich würd's mir gerne mal genauer anschauen :wink:

Du hast übrigens recht, ich bin mathematisch interessiert.
Privat und auch beruflich.
Privat seit der 10. Klasse, als ich den ersten Mathe Lehrer bekam, der etwas von Mathe verstand. Mit seiner Hilfe hab ich es dann nach und nach von meinem üblichen "Koffer" auf ne 1 im Abi gebracht.
Ein Indiz, wenn auch kein Beweis, das die Zensuren der Schüler mit der Intelligenz/Fähigkeit der Lehrer korrelieren.

Grüsse
Euler

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#23 Ungelesener Beitrag von Michael H.W. Weber » 20.04.2002 07:42

Hi Euler,
tja, ich wünschte, ich hätte auch solches Glück gehabt. Bin mathematische nämlich quasi eine Niete. Meine Mathe-Pauker waren mit Abstand das Widerlichste, das mir je widerfahren ist. Da hat man sehr schnell einfach kein Interesse mehr. :roll:
Zum Protein: es heißt CspB und kommt aus dem Bodenbakterium Bacillus subtilis. Du kannst den Kristallstrukturkoordinatenfile (Code= 1CSP) aus der Brookhaven Protein Databank (PDB) herunterladen. Und zwar unter dieser URL:

http://www.rcsb.org/pdb/cgi/explore.cgi ... 1019284747

Ansehen kannst Du das mit jedem .pdb-Viewer. Ich empfehle immer den kostenlosen SPDBV, den Du hier kriegst:

http://www.expasy.ch/spdbv/text/download.htm

Die erzeugten Bilder kannst Du dann (auch Stereobilder!) kannst Du dann mit dem ebenfalls kostenlosen POV-Ray rendern, welches Du hier bekommst:

http://www.povray.org/

Ansonsten kann ich Dir aber auch ein aus gerenderten Einzelbildern zusammengesetztes, rotierendes GIF- oder PNG-File des Proteins zukommen lassen (640x480, ca. 2 MB).

:wave:
Michael.
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#24 Ungelesener Beitrag von Michael H.W. Weber » 20.04.2002 07:55

Hopps, wie kam denn das hier her?
Zuletzt geändert von Michael H.W. Weber am 22.04.2002 12:47, insgesamt 1-mal geändert.
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