Pascal hat geschrieben:Wenn du es genauer wissen möchtest, schau dir das Forum zu D2OL - Drug Design Optimization Lab, insbesondere die Beiträge von Michael H.W. Weber genau an.
Ja, aber - ich habe doch bei D2OL kaum was gepostet...
Anonymous hat geschrieben:Ich bin erstaunt, dass die sich mit Tubrous Sclerosis bzw. Morbus bourneville pringle beschäftigen.
Aber ich hab da noch ne Frage: Es handelt sich um einen mehrfachen Gendefekt, der in der Mehrzahl der Fälle spontan eintritt bzw. steht auch ein Betäubungsmittel in Verdacht erbgutschädigend in dieser Richtung zu sein. Bei dem Projekt werden doch keine Gene berechnet, die für eine Gentherapie in Frage kommen, sondern, wie sollich sagen....."künstliche Moleküle - hab ich da in Genetik nicht aufgepasst??
Wie auch immer - beim TSC dc Projekt geht es auch nicht um Gentherapie. Die suchen nach kleinen organischen Molekülen, welche an zwei Proteine binden sollen, um deren Funktion - die im Zusammenhang mit der Krankheit steht - wieder herzustellen. Bei den beiden Proteinen, die im Augenblick mit Hilfe unserer Rechenleistung untersucht werden sollen, handelt es sich um das Tumorsuppressorprotein PTEN (Struktur aufgeklärt und in der PDB Datenbank (
http://www.rcsb.org/pdb/) unter dem Code 1D5R abgelegt) und das Protein PI3K (Struktur ebenfalls aufgeklärt und in der PDB Datenbank unter dem Code 1E8X zu finden). Die Veröffentlichung der Strukturaufklärungen findet ihr jeweils hier:
PTEN:
http://www.childhooddiseases.org/papers/pten.pdf
PI3K
http://www.childhooddiseases.org/papers/MollCell.pdf
Als Prinzip soll - wie bei D2OL - das Durchtesten großer Molekülbibliotheken eingesetzt werden. Dies ist im Detail hier beschrieben:
http://www.childhooddiseases.org/papers/vls.pdf
Einfach gesagt nimmt der Rechner dabei aus der Bibliothek der in Frage kommenden Moleküle eines heraus, und versucht es an das eine bzw. andere Protein anzudocken. Da jedes Molekül verschiedene Konformationen, d.h. Gestalten im dreidimensionalen Raum einnehmen kann, werden diese sukzessive durchgetestet. Dabei bestimmt die Maschine, ob ein Andocken möglich ist, indem die sogenannte "freie Bindungsenthalpie" des Molekül-Proteinkomplexes berechnet wird. Das ist einfach gesagt gleichzusetzen mit der Energie, die frei wird, wenn z.B. zwei gegensätzlich geladene Molekülregionen sich anziehen und dadurch eine höhere Teilchenorganisation (= Komplexbildung zweier Moleküle anstatt des separaten "Herumirrens" im Raum) eintritt.
Inwieweit man sich das Wirken der Zielproteine im Rahmen dieser Karnkheit vorstellt ist unter:
http://www.childhooddiseases.org/community_tsc.html
in dem Schaubild in der Mitte gezeigt. Ich war überrascht, daß es sich dabei im Fall von PI3K um einen Prozeß handelt, der offenbar in die Phosphorylierung (=Anbringung einer Phosphatgruppe) des ribosomalen Proteins S6 eingreift (wenn auch nicht direkt). Das bedeutet im Klartext, daß hier offenbar die zelluläre Proteinherstellung im allgemeinen betroffen ist (Ribosomen stellen Proteine her und S6 ist eines der Proteine aus dem sich Ribosomen zusammensetzen).
Michael.
Also schreib' bloß was zusammen - ich z.B. schaffe es sowieso nicht. Kämpfe schon seit Monaten mit dem Folding@Home FAQ bei minimalem Fortschritt... allmählich wird das peinlich... 
