Neue Proteine

Analyse und Vorhersage von Struktur und Faltungsweg (Folding@home, GPUGRID, Rosetta@home, ...)
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Michael H.W. Weber
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Projekt 400-499

#13 Ungelesener Beitrag von Michael H.W. Weber » 21.02.2002 09:27

ROM hat geschrieben: Hallo Falter !

Projekt 400-499 nur unter Linux ?

Habe unter Win98se/XP schon fast jedes Projekt berechnet.

ciao ROM :roll:
Nein, diese Projekte sind vor einigen Wochen bereits auch für Windows-Systeme ausgegeben worden. Es handelt sich da um die ILE SIDECHAIN - OPLSAA u.ä. heißenden WUs. Die bestehen aus 10 "frames" und brauchen auf meiner Kiste ca. 3 Std. pro WU (TBird@1.1GHz).

Gruß,
Michael.
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Arnim Weber

#14 Ungelesener Beitrag von Arnim Weber » 21.02.2002 12:21

Ich habe gestern einmal die ungefähren Rechenzeiten der folgenden beinen ProteinA-Varianten bestimmt. Schaut man sich die Rechnenzeiten auf meinem Atlon XP1800+ für diese beiden Proteine an, erscheint mir eine 9 Tage Abgabefrist durchaus als angemessen:
1. proteinAg29aNat : ca. 20 Std. /100 frames
2: proteinAg29a: ca. 16-17 Std. /100 frames

echt heftig :attention: :evil2:

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#15 Ungelesener Beitrag von Michael H.W. Weber » 22.02.2002 10:01

Ich weiß, daß die lächerlichen 3 Punkte, die man für das Abarbeiten von einer dieser neuen Protein A-Varianten bekommt, zuwenig sind (5-6 scheinen mir gerechtfertigt). :worry: Stanford steht auch schon mächtig unter Druck deswegen. :evil2: Dennoch möchte ich an alle appellieren, die Dinger nicht zu löschen, sondern stur durchzurechnen. :smoking: Während andere Leute aus anderen Teams dies offenbar nutzen, um statt einer Protein A WU mit 3 Punkten drei GRNA Hairpins mit 6 Punkten zu berechnen, hoffe ich doch, daß bei den Leuten aus unserem Team etwas mehr der wissenschaftliche Aspekt des Projekts im Vordergrund steht - und nicht bloß die ollen Credits. :angel:

Michael.

Info zu den vier neuen WUs (Abgabedeadline jeweils 9 Tage):
http://folding.stanford.edu/cgi-bin/allprojects
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#16 Ungelesener Beitrag von Michael H.W. Weber » 28.02.2002 10:39

So, nach einigem Herummosern im Stanford-Forum wurden die Credits der neuen Protein A WUs von Stanford nun pro abgeliefertem Ergebnis von 3 auf 5 Punkte erhöht. Und zwar RÜCKWIRKEND! Es werden also alle belohnt, die die Dinger trotz der Statistiken NICHT gelöscht haben - manchmal zahlen sich Ehrlichkeit & Durchhaltevermögen eben doch aus. :angel: Also prüft mal eure Stats in den nächsten Tagen. Ich habe eben die erste dieser WUs auf meiner Privatkiste bekommen - ein echtes Monster... :lol:
Was die Abgabefrist betrifft, liegt noch keine Äußerung vor. Es wird aber auch dort von einigen auf Verlängerung gedrängt und ich habe da Hoffnungen, daß auch das noch gebührend korrigiert wird. :wave:
Weitere Infos folgen...

Michael.
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huraxprax
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#17 Ungelesener Beitrag von huraxprax » 01.03.2002 00:22

die Protein A waaren wohl nur für Window, ich hatte noch keins. An den Grafiken sieht man jetzt deutlich wer und welche Teams Windows oder Linux benutzen (ich glaub Macs gibts noch recht wenige)
hattet ihr eigentlich schon "Water - TIP3B Model" oder so ähnlich?

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#18 Ungelesener Beitrag von Michael H.W. Weber » 01.03.2002 08:59

huraxprax hat geschrieben: hattet ihr eigentlich schon "Water - TIP3B Model" oder so ähnlich?
Jawoll! Ich hatte kürzlich solch eines. Ärgerlicherweise mußte ich heute erstmals feststellen, daß Foldmonitor (v5.07) nicht alle WUs loggt. Mein erstes "rotein A" z.B. wurde nicht registriert. Verstehe ich nicht... Naja, jetzt habe ich das zweite "protein A".

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#19 Ungelesener Beitrag von Michael H.W. Weber » 02.03.2002 14:51

Soeben bekam ich erstmals die WU "1APS" mit 500000 "dynamic steps" und 1022 Atomen.

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Arnim Weber

#20 Ungelesener Beitrag von Arnim Weber » 03.03.2002 22:36

HAbe heute ein neues Protein namens 2ABD erhalten ... :smoking:

ROM

#21 Ungelesener Beitrag von ROM » 04.03.2002 12:12

Ja 2ABD
hab sogar schon eine Unit durch. 11 h auf Xp1800+

Ciao ROM

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#22 Ungelesener Beitrag von Michael H.W. Weber » 04.03.2002 13:18

Ich frage mich augenblicklich, ob die Bezeichnungen 1APS, bzw. 2ABD evt. die Original PDB-Codes repräsentieren - also den Code mit dem die Atomkoordinatenfiles der betreffenden Proteine in der Protein Data Bank (PDB) abgelegt sind. Ich habe das mal nachgesehen für 1APS. In der Tat gibt es diesen Code, aber die Anzahl der Atome stimmt nicht mit denen überein, die FoldMonitor meldet. Das muß jetzt nicht unbedingt heißen, daß es also NICHT diese Proteine sind - könnte ja sein, daß Vijay Wasser zugefügt hat oder anderes aus dem Koordinatenfile gelöscht hat. Naja - ich spekuliere noch ein wenig weiter, solange keine knallharten Fakten im Netz verfügbar sind. :lol:
Bei 1APS handelt es sich übrigens auch um solch eine Monster WU (dauert bei mir ca. 24 Std. auf TBird@1.1 GHz).
Ich habe auch das Gefühl, daß die Protein A WUs noch sehr spärlich ausgegeben werden. Vielleicht ist das auch die Ursache dafür, daß einige Linuxer glauben, sie seien von diesen WUs ausgeschlossen. Dafür gibt es im Stanford-Forum bislang jedoch keine Hinweise.

Michael.
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#23 Ungelesener Beitrag von huraxprax » 04.03.2002 15:09

Michael H.W. Weber hat geschrieben: Ich habe auch das Gefühl, daß die Protein A WUs noch sehr spärlich ausgegeben werden. Vielleicht ist das auch die Ursache dafür, daß einige Linuxer glauben, sie seien von diesen WUs ausgeschlossen. Dafür gibt es im Stanford-Forum bislang jedoch keine Hinweise.
nachdem ich keine Logs führe hab ich nur die Proteine seit dem die Clients durchlaufen, das sind:
384 Proteine, davon 334 Sidechains, 49 GNRA Hairpins und einmal Wasser (die gabs vor ein paar Wochen aber öfter) Reicht das als Hinweis? ;)

Benno

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#24 Ungelesener Beitrag von Michael H.W. Weber » 04.03.2002 16:01

Hmmmm... bei mir sind von 137 WUs bloß 2 der Protein A Serie dabei... Mehr habe ich leider nicht geloggt...

Michael.
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