Rosetta-News

[cappy]

ein neuer beitrag von david baker

The Gates foundation has just awarded $1,000,000 to a collaborative project to develop specific enzymes that cut within HIV DNA in cells into which the virus has integrated:

http://www.gatesfoundation.org/press-re ... 01027.aspx

One of the many nasty things about HIV is that it can reside for a long time in a latent state where it can't be detected by the immune system. If we can generate enzymes that cut up the virus when it is hidden inside a genome, its hiding place will be destroyed. Keith Jerome's lab at the UW is developing methods for delivering enzymes to possibly HIV infected cells, and a graduate student working between our groups is using Rosetta to design endonucleases which cut within the HIV DNA sequence. I'll keep you posted on the progress of this exciting project!

[Michael H.W. Weber]

Jo, sowas macht man mit Zinkfingernukleasen, die man heutztage per Webserver für eine bestimmte Sequenz designen kann. Wenn es dafür 1 Mio Dollar gibt, kann ich die eigentlich gleich mal abholen gehen... Gut, man muß das entworfene Protein dann "nur noch" herstellen (auch kein großes Problem) und gucken, ob es auch wie gewünscht aktiv ist (da wird es dann schon schwieriger). Vor allem aber darf es NUR das Zielmolekül schneiden (sonst ist der Patient ganz rasch hinüber). Wie man das Ganze dann aber als Therapeutikum einsetzen, also in die Zielzellen bekommen möchte, nun ja, da wird es haarig (sollte aber auch möglich sein).

Michael.

[Norman]

na! ich gebe mal etwas sponsoring @ rosetta.
platz 34 für ein !"medizinisches"! projekt ist etwas
immerhin ist der grüne planet noch abgeschlagener. seti.germany hat jedoch 3x mehr aktivität als wir.

[DersaureFritz]

Kleinvieh macht auch Mist
Habe mal Rosetta zu WCG zugeschaltet.

[cappy]

2 neue beiträge von robertmiles

Message 68753 - Posted 5 Dec 2010 17:48:50 UTC

I remember seeing an article saying that a certain important virus used a cluster of three of a certain protein for entering human cells, and normally had the rest of its envelope arranged to hide this cluster. Also, single instances of this protein appeared elsewhere on its envelope, perhaps to allow the body's natural defenses to bind where they wouldn't harm the virus.

Unfortunately, I've lost the link to where I found it, or I'd insert that link here. I'll keep trying to find it again, so you can consider whether it's practical to design a protein that binds to clusters of three of the virus's protein, but not to single instances.

und der 2.

Message 68755 - Posted 5 Dec 2010 19:31:13 UTC

Could be one of these, but the others look related as well:

http://www.rkm.com.au/VIRUS/Influenza/Swine-Flu.html

http://www.biomedcentral.com/1472-6807/9/62/figure/F5

http://vir.sgmjournals.org/cgi/content/full/88/12/3209

http://www.biomedcentral.com/1472-6807/9/62

The hemagglutinin protein, which you've done some work on already.

The influenza virus.

If the hemagglutinin protein is safe enough without the rest of the virus, you could also consider binding clusters of three of them at the right distance, in order to use the clusters as a vaccine.
ID: 68755 | Rating: 0 | rate: Rate + / Rate - Report as offensive

Übersetzung: Susanne@seti.germany

Übersetzung der Message 68753 vom 5.12.2010 von robertmiles: -
Ich erinnere mich einen Artikel gesehen zu haben, in dem es hie?, dass ein bestimmter wichtiger Virus eine Dreiergruppe eines bestimmten Proteins benutzt, um in menschliche Zellen einzudringen und normalerweise den Rest seiner Hülle derartig arrangiert, diese Gruppe zu verbergen. Auch kamen Einzelvorkommen dieses Proteins an anderen Stellen auf der Hülle vor, vielleicht um den natürlichen Abwehrstoffen des Körpers die Bindung zu ermöglichen, dort, wo sie dem Virus nicht schaden können.
Leider kann ich den Link dazu nicht mehr finden, sonst könnte ich ihn hier einfügen. Ich werde weiterhin versuchen ihn wiederzufinden, sodass ihr erwägen könnt, ob es praktisch wäre, ein Protein zu designen, das sich an Dreiergruppen des Virusproteins bindet, aber nicht an einzelne Vorkommnisse.

Übersetzung Message 68755 vom 5.12.2010 von robertmiles: -
Könnte eine von diesen sein, aber die anderen scheinen auch damit zu tun zu haben:

http://www.rkm.com.au/VIRUS/Influenza/Swine-Flu.html
http://www.biomedcentral.com/1472-6807/9/62/figure/F5
http://vir.sgmjournals.org/cgi/content/full/88/12/3209
http://www.biomedcentral.com/1472-6807/9/62

Das Hämagglutininprotein, an welchem ihr bereits schon gearbeitet habt.
Der Grippevirus.
Wenn das Hämagglutininprotein ohne den Rest des Virus sicher genug ist, könntet ihr erwägen, Dreiergruppen davon im richtigen Abstand zu binden, um die Gruppen als Impfstoff zu nutzen.

[cappy]

ein neuer beitrag von david

Unread Message 69436 - Posted 20 Jan 2011 7:08:17 UTC

First, I would like to thank everybody for bearing with us while we recovered from a critical server hardware failure. Over the next month or two we will be installing more powerful and more robust hardware so hopefully this will not happen again.

Second, I'd like to tell you briefly about another exciting success with Rosetta. When structural biologists work to solve protein structures by putting protein crystals into x-ray beams and recording the diffraction pattern, they only have half of the necessary information. The other half (the "phase" information) can be quite difficult to obtain. In the past six months, we've collected about 15 cases where protein crystallographers were stuck and could not solve the structure. Using Rosetta, we built models for these proteins of sufficient quality to allow the inference of the missing information and subsequently the solution of these structures. This opens the door to a much easier way of solving challenging protein structures, and there are lots of scientists excited about using the new method. The new method is described in a manuscript which will likely appear soon in Nature magazine.

Again, thank you for sticking with rosetta@home during our recent server problems -- there is a lot of exciting scientific research that is only possible because of your contributions!

Übersetzung von susanne

Zuerst einmal danke für eure Geduld während wir uns neulich von einem kritischen Hardwareausfall erholten. In den nächsten paar Monaten werden wir verstärkte und robustere Hardware installieren um so hoffentlich eine Wiederholung zu vermeiden.

Zweitens möchte ich euch kurz über einen aufregenden Erfolg mit Rosetta berichten. Wenn strukturelle Biologen daran arbeiten Proteinstrukturen zu lösen, indem sie Proteinkristalle Röntgenstrahlen aussetzen und das Diffraktionsmuster aufzeichnen, erhalten sie nur die Hälfte der benötigten Informationen. Es ist schwierig die andere Hälfte (die ?Phasen?-Information) zu bekommen. In den letzten 6 Monaten haben wir ca 15 Fälle angesammelt, bei denen Proteinkristallografer nicht mehr weiter wussten und die Struktur nicht lösen konnten. Wir benutzen Rosetta und bauten für diese Proteine Modelle genügender Qualität, um die Schlussfolgerung der fehlenden Informationen und die folgende Lösung dieser Strukturen zu ermöglichen. Dies verschafft Zugang zu einer viel leichteren Weise, herausfordernde Proteinstrukturen zu lösen und es gibt viele Wissenschaftler, die sich dafür begeistern, diese neue Methode anzuwenden. Die neue Methode ist in einem Manuskript beschrieben, dass höchstwahrscheinlich bald in der Zeitschrift Nature veröffentlicht wird.

Also wiederholt, danke, dass ihr trotz der neulichen Serverprobleme bei rosetta@home geblieben seid ? es gibt solch eine Menge an aufregender Forschung, die nur durch euer Mitwirken möglich ist!

[Der Diplomat]

Alle Achtung an David Baker. Regelmäßige Projektnachrichten sind keine Selbstverständlichkeit bei einer so langen Laufzeit,

[Der Diplomat]

Schaut mal bei http://boinc.bakerlab.org/rosetta/ vorbei.
Predictor of the day is bleiming aus unserem Team!
Herzlichen Glückwunsch!

[Norman]

supi

[Der Diplomat]

The new hardware is now being installed, and we are very happy to put the server failures behind us-hopefully we will have no outages this severe again for a long time!

The manuscript I described in my last post on solving crystal structures using Rosetta has now been formally accepted for publication in Nature; the paper will be in an issue on newstands in a month or two.

Die neue Hardware wird nun installiert und wir sind sehr glücklich, dass die Server-Fehler hinter uns liegen. Hoffentlich werden wir für eine lange Zeit keine so schwerwiegenden Ausfälle mehr haben.

Das Manuskript, das ich im letzten Beitrag in Bezug auf die Kristall-Strukturen beschrieb, ist nun formell für die Publikation in der Zeitschrift Nature angenommen worden. Die Ausgabe dieser Zeitschrift mit dem Artikel wird in einem oder zwei Monaten käuflich zu erwerben sein.

[Der Diplomat]

In a previous post I described the design of small proteins which bind to and block the function of the key surface protein on the influenza virus, called the haemagluttinin (I can never spell that right!). We are very excited about the possibility of making more proteins that bind to the various strains of the virus that could serve as anti flu drugs (this would only be for very acute infections as you probably wouldn't want to take a dose of these too many times) and are actively working on this. Meanwhile, a manuscript describing the design of the first proteins and how they block the haemaglutinin from the Spanish Flu influenza virus has just been accepted as a full research article in Science magazine. We are excited (and nervous) because we've never been this close to making an actual drug before (as I've explained before, most of what we do is directed more at basic understanding than actual drug development). Still, of course, it is a long road (clinical trials, etc if we get that far) to get something to the point it can be used as a drug. I'll keep you posted as we move along with this.

In einem früheren Beitrag habe ich die Form kleiner Proteine beschrieben, welche die Ausführung des Schlüssel-Oberflächenproteins am Influenza-Virus blockieren und diese daran binden, genannt haemagluttinin (ich kann das nie richtig aussprechen!). Wir freuen uns sehr über die Möglichkeit, mehrere Proteine zu erstellen, die sich an die verschiedenen Stämme des Virus' anbinden können und die als Anti-Grippe Medikamente dienen könnten (das wäre nur für sehr akute Infektionen, da Sie wahrscheinlich nicht eine Dosis davon viele Male einnehmen wollen) und arbeiten aktiv an diesem. Unterdessen ist das Manuskript, das das Design der ersten Proteine ??und wie sie das Haemaglutinin von der Spanischen Grippe, Influenza-Virus, blockieren, als Forschungs-Artikel in der Zeitschrift Science akzeptiert worden. Wir freuen uns (und sind aufgeregt), weil wir nie so nah daran waren, dass ein tatsächliches Medikament daraus entstehen könnte (wie ich zuvor erklärt habe, ist das meiste, was wir tun, mehr darauf ausgerichtet ein Grundverständnis zu erhalten, als die tatsächliche Entwicklung von Medikamenten). Doch natürlich ist es noch ein langer Weg (klinische Studien, etc., wenn wir so weit kommen) bis es als Medikament benutzt werden kann. Ich halte euch dazu auf dem Laufenden.

Link zu
- David Bakers Journal
- Rosettaq@Home im RKN-Wiki

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Es wurde ein neuer Thread aufgemacht und hier kommt dann gleich der erste Beitrag

Rocco Moretti - Message 70651 - Posted 27 Jun 2011 17:50:30 UTC

Hello,

My name is Rocco Moretti, and I'm a postdoc in the Baker Lab.

Chances are you might see something a little different when you look at your screensaver in the near future. The jobs I'm running on Rosetta@home aren't structure prediction, or protein-protein interaction design, but protein-small molecule interaction design. (These work units are tagged with "LigDes", standing for "ligand binding protein design") So in addition to the normal protein chain in the viewer, you'll also see a blobby representation of the small molecule.

With the current set of work units, we're looking at redesigning a genetic regulator to recognize different small molecules. All organisms must control their gene expression in response to different molecules in their environment - to turn on genes to take advantage of a new food source, for example. There's a number of different ways of doing this, but one of them is for proteins to recognize the small molecules, bind to them, and then have that bound protein go on to regulate genes. For example, the commonly used LacI repressor binds to DNA in its un-liganded state, turning off the genes it's bound to. When it recognizes and binds its small molecule, this changes the protein enough so that it no longer binds to DNA, allowing the gene it was bound to to be expressed. The LacI protein functions as a switch, effectively turning on genes only in the presence of small molecules.

What we want to do is take such a naturally occurring protein regulator and change it so that it binds not to its native small molecule, but to another, different small molecule. The hope is that this way we could create a set of different gene switches which are responsive to different small molecules. This should be of benefit to the field of synthetic biology, allowing for the control of multiple genes with multiple different small molecule regulators.

We're actually doing this research in collaboration with researchers in George Church's lab at Harvard, who have a way of "easily" turning large numbers of protein sequences in the computer to actual proteins in the test tube. As these proteins will directly control gene expression, it's very simple to test a large number of different variants very rapidly. That's where you come in - the number of variants we're looking to test is much larger than we typically produce locally, but should be a cakewalk for Rosetta@home. The current plan is that almost all of the designs that we get back from Rosetta@home will be directly tested in the laboratory.

_____________


Übersetzung: - Susanne

Hallo,

Ich heisse Rocco Moretti und bin ein Postdoktorand im Baker Labor.

Demnächst könnte es sein, dass ihr etwas anderes auf euren Bildschirmschonern seht. Die Jobs, die ich auf Rosetta@home laufen lasse, sind keine Strukturvorhersagen oder Protein-Protein Interaktionsdesigns, sondern Protein ? Kleine Moleküle ? Designs. Diese Arbeitseinheiten sind mit ?LigDes? gekennzeichnet, was für ?Ligandbindenes Proteindesign? steht). Dabei gibt es dann auch neben der bisherigen Proteinkette auf dem Bildschirn eine verkleckste Darstellung des kleinen Moleküls zu sehen.

Mit den derzeitigen WUs versuchen wir einen genetischen Regulator erneut so zu designen um verschiedene kleine Mokeküle zu identifizieren. Alle Organismen müssen ihre Genexpression in Antwort auf verschiedene Mokeküle in ihrer Umgebung kontrollieren ? um die Gene in Reaktion auf eine beispielsweise neue Nahrungsquelle einzuschalten. Dies kann auf verschiedene Wege erreicht werden, aber einer davon ist, wenn das Protein die kleinen Moleküle erkennt, sich an sie bindet, und sich das somit gebundene Protein bei der Genregulation einsetzt. Als Beispiel der allgemein benutzte LacI Repressor, der an das DNA im Ligandvorstadium bindet und dabei die Gene abschaltet, an die er gebunden ist. Wenn er sein kleines Molekül erkennt und sich daran bindet, ändert das das Protein soweit, dass es nun nicht mehr an das DNA bindet, und erlaubt somit dem Gen, an das es gebunden war, sich auszudrücken. Das LacI Protein funktioniert wie ein Schalter, indem es die Gene nur in Gegenwart von kleinen Molekülen einschaltet.

Wir planen jetzt, uns solch einen naturgegebenen Proteinregulator vorzunehmen und so zu verändern, dass er nicht an sein natives kleines Molekül bindet, sondern an ein ganz anderes kleines Molekül. Die Hoffnung besteht darin, dass wir somit einen Satz von verschiedenen Genschaltern entwickeln können, die auf unterschiedliche kleine Moleküle eingehen. Davon sollte der Bereich der synthetischen Biologie profitieren, wobei eine Mehrzahl an Gene mit einer Mehrzahl von unterschiedlichen kleinen Mokekülregulatoren kontrolliert werden können.

Wir führen diese Forschung in Zusammenarbeit mit Kollegen des George Church Labors von Harvard aus, die imstande sind, ?ganz einfach? gro?e Anzahlen von Proteinsequenzen vom Computer in wirkliche Proteine im Reagenzglas umzusetzen. Da diese Proteine die Genexpression direkt kontrollieren, ist es sehr leicht, eine gro?e Anzahl von verschiedenen Varianten blitzschnell zu testen. Und dazu brauchen wir euch ? die Anzahl der Varianten, die wir zu überprüfen vorhaben, ist viel grö?er, als die, die wir typischerweise intern produzieren, aber das sollte für Rosetta@home ein Kinderspiel sein. Der derzeitige Plan sieht so aus, dass fast alle der von Rosetta@home zurückerhaltenen Designs direkt im Labor getestet werden.