Rosetta-News

[cappy]

ein neuer beitrag im thread design of protein-protein interface

Hi boincers,
Since I last wrote, Tim Whitehead (username taw) and I have spent a lot of time testing the anti-IL23 designs that you made. So far we have a promising hit, but in science as in life, the results are somewhat ambiguous. I'll keep everyone updated when things are more concrete, but there's hope that your number-crunching has made a bona-fide binder for IL23!

I've also started designing against a new target, called Insulin-like Growth Factor 1 (IGF1). IGF is a central regulator of the speed of cell division: many tumors have been linked to having too much IGF around. Interestingly, the when an organism's cells are globally told to divide more slowly, by inhibiting IGF, the animal actually lives longer! As they say, the candle that burns twice as bright, burns half as long. In fact, since IGF is closely related to insulin and energy metabolism, some people have theorized that the increases in life span from caloric restriction are actually a side-effect of crosstalk with IGF signaling. So anti-IGF therapies hold promise as both anti-cancer agents and as anti-aging therapies.

I'm very excited to see what designs you can come up with, and everything is in place to test them in the lab. Look for workunits that start with "igf", eg - "igfhum" or "igffn3". Thanks for your help!

[Torbjörn Klatt]

Und wieder ein Versuch einer Übersetzung:

Hallo BOINCers,

Seit meinem letzten Beitrag hier, Tim Whitehead (Benutzername taw) und ich haben viel Zeit beim Testen der anti-IL23-Entwürfe verbracht, die ihr gemacht habt. Bisher haben wir einen sehr vielversprechenden Treffer gelandet, doch, wie in der Wissenschaft wie auch im Leben, sind die Ergebnisse recht doppeldeutig. Ich werde alle auf dem Laufenden halten, sollte es konkreter werden. Es besteht die Hoffnung, dass euer Zahlen-Rechnen einen angemessenen Binder für IL23 kreiert hat!

Ich habe außerdem angefangen ein neues Ziel, einen Insulin-ähnlichen Wachstumsfaktor 1 (IGF1), zu erstellen. IGF ist ein zentraler Regulator der Geschwindigkeit der Zellteilung: Viele Tumore wurden damit in Verbindung gebracht, zu viel IGF zu haben. Interessanter Weise lebt ein Organismus länger, wenn dessen Zellen durch beschränken des IGF allgemein dazu tendieren sich langsamer zu teilen! Wie das Sprichwort sagt: Eine Kerze, die doppelt so hell brennt, brennt nur halb so lange. Genauer gesagt, seit IGF eng mit dem Insulin- und Energie-Metabolismus verknüpft ist, behaupten einige, dass die Erhöhung der Lebenserwartung durch Kalorienreduzierung schlussendlich ein Nebeneffekt der Interaktion mit dem IGF Signalweg ist. Also versprechen anti-IGF-Therapien sowohl anti-Krebs als auch lebensverlängernd zu wirken.

Ich bin sehr gespannt, welche Entwürfe ihr produzieren könnt; und alles wartet darauf, diese im Labor zu testen. Haltet Ausschau nach Workunits, die mit "igf" beginnen. Also zum Beispiel "igfhum" oder "igffn3". Vielen dank für eure Hilfe!

Na, das klingt doch mal sehr schön und erfolgversprechend! Währe eigentlich ein Grund, wieder auf Rosetta umzusteigen.

[cappy]

Und wieder ein Versuch einer Übersetzung:

Hallo BOINCers,

Seit meinem letzten Beitrag hier, Tim Whitehead (Benutzername taw) und ich haben viel Zeit beim Testen der anti-IL23-Entwürfe verbracht, die ihr gemacht habt. Bisher haben wir einen sehr vielversprechenden Treffer gelandet, doch, wie in der Wissenschaft wie auch im Leben, sind die Ergebnisse recht doppeldeutig. Ich werde alle auf dem Laufenden halten, sollte es konkreter werden. Es besteht die Hoffnung, dass euer Zahlen-Rechnen einen angemessenen Binder für IL23 kreiert hat!

Ich habe außerdem angefangen ein neues Ziel, einen Insulin-ähnlichen Wachstumsfaktor 1 (IGF1), zu erstellen. IGF ist ein zentraler Regulator der Geschwindigkeit der Zellteilung: Viele Tumore wurden damit in Verbindung gebracht, zu viel IGF zu haben. Interessanter Weise lebt ein Organismus länger, wenn dessen Zellen durch beschränken des IGF allgemein dazu tendieren sich langsamer zu teilen! Wie das Sprichwort sagt: Eine Kerze, die doppelt so hell brennt, brennt nur halb so lange. Genauer gesagt, seit IGF eng mit dem Insulin- und Energie-Metabolismus verknüpft ist, behaupten einige, dass die Erhöhung der Lebenserwartung durch Kalorienreduzierung schlussendlich ein Nebeneffekt der Interaktion mit dem IGF Signalweg ist. Also versprechen anti-IGF-Therapien sowohl anti-Krebs als auch lebensverlängernd zu wirken.

Ich bin sehr gespannt, welche Entwürfe ihr produzieren könnt; und alles wartet darauf, diese im Labor zu testen. Haltet Ausschau nach Workunits, die mit "igf" beginnen. Also zum Beispiel "igfhum" oder "igffn3". Vielen dank für eure Hilfe!

Na, das klingt doch mal sehr schön und erfolgversprechend! Währe eigentlich ein Grund, wieder auf Rosetta umzusteigen.

das finde ich auch

[cappy]

ein neuer beitrag aus dem Journal

We are entering a very busy and science packed time for Rosetta@home. As described in the "design of protein-protein interfaces" thread, we are now designing proteins to bind to and block several different targets, including the flu virus. At the same time, we are gearing up for CASP9 which will start in May by testing out both our new structure prediction methodology and the improved energy function which underlies it. The new methodology is quite CPU intensive, and we are hoping for as much user participating as possible once CASP starts; whatever you can spare now as well would be great so we can go the last 9 yards on structure prediction methods development before CASP and at the same time proceed as rapidly as possible on the protein-protein interaction designs. thanks! David

eine übersetzung aus dem Seti.Germany forum von Susanne

Bei Rosetta@home beginnt demnächst eine sehr aktive wissenschaftliche Phase. Wie schon in dem Protein-Protein Interface Thread beschrieben, designing wir jetzt Proteine, die sich entweder an einige verschiedene Ziele anbinden oder sie blockieren, inklusive Grippevirus. Zur gleichen Zeit bereiten wir uns auf die im Mai startenden CASP9 (Critical Assessment of Protein Structure Prediction 9 = Kritische Auswertung von Proteinstrukturvorhersage 9) vor, indem wir die neue Strukturvorhersagenmethodik und die verbesserte Energiefunktion, die dazu gehört, testen. Die neue Methodik wird die CPU stark beansprechen und wir hoffen um eure rege Beteiligung sobald CASP beginnt; doch alles, was ihr schon jetzt dem Projekt zuteilen könnt, wird gerne entgegengenommen, sodass wir noch die restlichen Schritte gehen können um die Strukturvoraussagenmethodik abzuschlie?en ehe CASP beginnt und zur gleichen Zeit so schnell wie möglich mit den Protein-Protein Interaktionen voranschreiten. Danke.
David

[cappy]

This survey request is from David Anderson, the creator of BOINC, and Oded Nov from NYU

Dear Rosetta@home volunteer:

We are conducting a survey of Rosetta@home volunteers in order to
better understand why people participate in volunteer computing and
contribute computer resources.

We would be extremely grateful if you could help us by filling out a
questionnaire. If you are not interested, ignore the rest of this
email.

The survey is at http://boinc.berkeley.edu/survey/ It should take no
more than 10-15 minutes. Your responses will be used for research
purposes and to improve BOINC.

We will be happy to share our findings with you, and they will be made
available once we complete the data collection and analysis.

With many thanks -

Dr. David P. Anderson
Director, BOINC
University of California, Berkeley
email: davea at ssl.berkeley.edu

Prof. Oded Nov
Polytechnic Institute of New York University
email: onov at poly.edu

[cappy]

wieder ein neuer beitrag

Hello,

my name is Rickard and I'm a visiting biotech student from Uppsala University (Sweden). I'm involved in a project aiming at creating proteins that bind to lysozyme. I'm being supervised mainly by Sarel, but I'm also getting help from the other postdocs in the lab. This work is the final part of my education, so it is great to be working in such an amazing group of people on this extremely interesting project.

While most of the others in the group are trying to design binders to therapeutically relevant targets, I am not. The protein I am working on, lysozyme, has for a long time been a favorite model protein among scientists. The reason is that it is very easy to work with, so there is loads of experimental data available. Of particular interest to us is the relatively large number of solved structures of lysozyme complexed with other proteins. This is extremely useful since we can learn a lot from looking at them. Nature has solved the binding problem in many different ways. It will be interesting to see if we can do something similar. By choosing an easy-to-work-with protein we make the biochemistry part of the project a little bit easier, and we are able to focus on testing and improving our design methodology. I would like to say that lysozyme, despite not being a pharmaceutical target, is an interesting protein to make a binder for. One reason is that lysozyme, just like many therapeutically relevant proteins, is an enzyme so if we can get a binder that inhibits its activity then it is likely that we can design inhibitors for other enzymes as well. At this point in time it is also the only enzyme that we are targeting in the lab.

Designing lysozyme binders with the humongous computational power that you are providing is very exciting! The results that Sarel, Jacob and the others have got from you have been very promising so I'm very much looking forward trying it out.

Thank you for helping out!

[cappy]

eine übersetzung von susanne aus dem seti.germany forum

Hallo,
Ich heisse Rickard, bin ein Biotech-Student von der Uppsala Universität in Schweden und kurz hier zu Gast. Ich beschäftige mich z. Z. mit einem Projekt welches versucht Proteine zu entwerfen, die sich an Lysozym binden. Ich werde meistens von Sarel beaufsichtigt, bekomme aber auch Hilfe von den anderen Postdoktoranden im Labor. Dies stellt somit den letzten Abschnitt meiner Schulung dar. Ich habe es hier so gut angetroffen betr. der fantastischen Leute und dem extrem interessanten Projekt.

Während der Gro?teil der Gruppe versucht Binder zu therapeutisch relevanten Zielobjekten zu designen, arbeite ich mit dem Protein Lysozym, welches schon seit langem von den Wissenschaftlern bevorzugt wird. Grund dazu ist, dass man sehr leicht damit umgehen kann und es davon gro?e Mengen von experimentellen Daten gibt. Was uns besonders interessiert ist die relativ gro?e Anzahl von bereits gelösten Strukturen verglichen mit anderen Proteinen. Das ist extrem hilfreich, denn wenn wir sie genau betrachten, lernen wir somit viel,. Da wir ein relativ einfach zu handhabenes Protein ausgesucht haben, geht uns der biochemische Arbeitsgang dann etwas leichter von der Hand und wir können uns aufs testen und auf die Verbesserung der Designmethodologie konzentrieren. Ich möchte dazu anmerken, dass Lysozym, obwohl kein pharmazeutisches Ziel, ein interessantes Protein ist, um dafür eine Bindung zu schaffen. Ein Grund dafür ist, das Lysozym, genau wie viele therapeutisch relevanten Proteine, ein Enzym ist, und wenn wir dafür einen Binder finden, der seine Aktivitat hemmt, dann wäre es möglich, dass wir auch Hemmstoffe für andere Enzyme designen können. Momentan ist dieses das einzige Enzym das für die Laborversuche ausgesucht wurde.
Lysozym-Binder mit der von euch gestellten riesigen Computerkraft zu designen ist eine aufregende Sache. Die Resultate, die Sarel, Jacob und andere von euch bekamen sahen sehr vielversprechend aus und ich freue mich schon darauf diese auszuprobieren.
Vielen Dank für eure Mithilfe!

[Michael H.W. Weber]

Och nö, Lysozym langweilt mich.

Michael.

[Norman]

kann man irgendwo nachlesen welche WU zu welchem projekt gehören und welche projekte laufen?
ich find mich da irgendwie nicht zurecht auf deren pages

[cappy]

Neuer Beitrag im Journal

Posted 9 Apr 2010 4:55:34 UTC

While the results are still preliminary, it appears that Rosetta@home has produced an extremely exciting result! As I described a few posts ago, many of you through rosetta@home contributed to the design of proteins predicted to bind very tightly to the influenza flu virus. We have now completed the first round of testing of the designed proteins, and one of them in the experiments conducted thus far clearly binds very tightly to the virus. Our data also indicate that the binding is at a site critical to the virus invasion of our cells, and so the protein neutralize the virus. I will keep you posted over the next couple of months as the picture becomes clearer--but for now--thank you all for making this possible!!

[MrJ]

Gute Nachrichten. Dann werd ich bis auf Weiteres auch mal wieder bei Rosetta einsteigen.

[cappy]

hier eine übersetzung zu den beitrag von david baker vom 9. april

die übersetzung kommt von susanne/seti.germany

Obwohl die Resultate noch vorläufig sind, sieht es so aus, als wenn rosetta@home ein extrem aufregendes Ergebnis produziert hat! Ich hatte vor kurzem hier schon beschrieben, wie viele von euch durch rosetta@home daran beteiligt sind am Design von Proteinen mitzuwirken, von denen vorausgesagt wird, dass sie sich sehr eng an den Influenza Grippevirus binden. Wir haben jetzt die erste Testrunde dieser Design-Proteine beendet und eins davon band sich in den bisher ausgeführten Experimenten sehr eng an den Virus. Unsere Daten zeigen auch an, dass die Bindung an einer für die Virusinvasion unserer Zellen kritischen Stelle stattfand und somit das Protein den Virus dort neutralisiert. Ich werde euch in den nächsten paar Monaten auf dem Laufenden halten sobald die Angelegenheit klarer wird ? aber für?s Erste ? danke an euch alle das ermöglicht zu haben.

und direkt ein neuer beitrag von david baker von heute morgen

I was asked on the discussion thread about the timescale for learning more about the influenza binding protein I described in my previous post. I'm reposting my answer here:


We are doing a series of tests and control experiments in my lab in the next 2-3 weeks to rule out various possible artifacts. If, as we expect, the design passes with flying colors, we will send it to Scripps research institute where the ability of the design to neutralize the virus in cell based tests and the extent to which the design neutralizes different strains of virus will be measured. I would expect we would know the results of this in several months. We will also work to solve the crystal structure of the design bound to the virus to confirm the design binding mode. This hopefully will not take more than a few months as well.

I will keep all of you posted here about the results from these experiments. I am very optimistic, but one should be cautious about getting to excited too early about results like these--there are very many places where things can go wrong just with the biochemistry, and after this there are very many steps to actually make a protein into a drug--this is why there are so few new drugs for curing diseases being discovered.

For those of you who would like to try your hand at improving designed binders to the influenza virus, we are now posting virus inhibitor design challenges on foldit.