Die wunderbare Arbeit, die ihr alle leistet, hält mich sehr auf Trab! Wir schreiben nun Manuskripte zusammen, welche die vielen aufregenden Ergebnisse beschreiben, die ihr erarbeitet habt. In meinen nächsten Beiträgen werde ich euch einen kurzen Überblick darüber geben.The wonderful work that all of you are doing is keeping me very busy! We are now writing up manuscripts describing the many exciting results that you have obtained. In my next few posts I'll give you a brief overview of each of these.
The first manuscript is called "Simultaneous prediction of protein folding and docking at high resolution". It reports your exciting results with the "fold and dock" runs set up by Rhiju and Ingemar several months ago. Here is the abstract:
Despite recent successes in high resolution de novo modeling, computational methods have yet to achieve blind predictions of proteins in their most commonly occurring functional forms, symmetric homomultimers. Building on the Rosetta framework, we present a general method to simultaneously model the folding and docking arrangements of multiple chains. A benchmark study on large alpha-helical bundles, interlocking beta sandwiches, and interleaved alpha/beta motifs demonstrates the method?s generality, near-atomic accuracy, and potential use in molecular replacement phasing. Further, we present blind tests on a crystallized coiled-coil as well as two dimers with more complex geometries solved by NMR. These results indicate that high-resolution modeling of multimers is within the reach of the structure prediction community and may have immediate practical use for crystallographic phasing and the rapid structure determination of multimers with limited NMR information.
Das erste Manuskript heißt "Gleichzeitige, hochauflösende Vorhersage von Proteinfaltung und -interaktion". Es beschreibt eure aufregenden Ergebnisse der sogenannten "fold and dock"-Läufe, die Rhiju und Ingemar vor einigen Monaten aufgesetzt haben. Hier ist die Zusammenfassung:
Abgesehen von den aktuellen Erfolgen auf dem Gebiet der hochauflösenden de novo Modellierung müssen rechnergestützte Methoden erst noch zeigen, daß sie für Blindvorhersagen von Proteinen in ihrer normalerweise vorkommenden funktionellen Form - den symmetrischen Homomultimeren - geeignet sind. Aufbauend auf der Rosetta-Umgebung präsentieren wir eine allgemeine Methode zur gleichzeitigen Modellierung von Faltung und Interaktion von mehreren Aminosäureketten. Eine Teststudie an großen alpha-helikalen Bündeln, interagierenden Beta-Sandwichstrukturen und abwechselnden Alpha/Beta-Motiven untermauert die allgemeine Anwendbarkeit, nahezu atomare Genauigkeit und den potentiellen Einsatz dieser Methode bei der Lösung des Phasenproblems durch "molecular replacement". Desweiteren präsentieren wir Blindstrukturvorhersageversuche einer kristallisierten "coiled-coil"-Struktur sowie zweier Homodimere mit einer komplexeren Geometrie, welche mittels NMR gelöst wurden. Unsere Ergebnisse zeigen, daß hochauflösende Modellierung von Multimeren durchaus im Bereich des Erreichbaren der Strukturvorhersagegemeinschaft liegt und direkten praktischen Nutzen bei der Lösung des kristallographischen Phasenproblems und der schnellen Strukturaufklärung von Multimeren mit begrenzter NMR-Information hat.
Michael.
