Rosetta-News

[Dennis Kautz]

für spätere übersetzungen könnt ihr den folgende seite verwenden: http://www.online-translator.com/

Naja... also die Übersetzungsqualität dieser Seite überzeugt finde ich nicht wirklich. Von Drogen im Sinne von Rauschmitteln ist in den Artikeln von David Baker jedenfalls nicht die Rede, sondern von Medikamenten... und das ist ja nun ein elementarer Unterschied. Ich denke, wir sollten in Zukunft eher versuchen, das von Hand zu übersetzen. Ich werde mich auch bemühen, mit gutem Beispiel voranzugehen

[cappy]

Naja... also die Übersetzungsqualität dieser Seite überzeugt finde ich nicht wirklich. Von Drogen im Sinne von Rauschmitteln ist in den Artikeln von David Baker jedenfalls nicht die Rede, sondern von Medikamenten... und das ist ja nun ein elementarer Unterschied. Ich denke, wir sollten in Zukunft eher versuchen, das von Hand zu übersetzen. Ich werde mich auch bemühen, mit gutem Beispiel voranzugehen

hier eine übersetzung des ersten manuskript von HeadBeng0r aus unserem forum

Die wunderbare Arbeit die ihr alle leistet hält mich sehr auf Trab! Wir sind jetzt dabei verschiedene Manuskripte zu verfassen, welche die vielen aufregenden Resultate beschreiben, die ihr erreicht habt. In meine nächsten Postings werde ich euch eine kurze Übersicht geben.

Das erste Manuskript nennt sich ?Simulierte Vorhersage von Proteinfaltung und -dockung bei hoher Auflösung?. Es beschreibt eure aufregenden Ergebnisse mit den ?fold and dock? Durchläufen, welche von Rhiju und Ingemar vor einigen Monaten aufgesetzt wurden. Hier ist die Kurzfassung:
Trotz der aktuellen Erfolge in hoch auflösender ?de novo?-Modellierung, müssen Computerberechnungsmethoden blinde Vorhersagen von Proteinen in ihrer allgemein am häufigsten vorkommenden Form, den ?symmetric homomultimers?, treffen. Basierend auf dem Rosetta Framework präsentieren wir eine allgemeine bzw grundsätzliche Methode zur simultanen Modellierung von Falt- und Andockvorgängen von mehreren Ketten. Eine Maßstabs-Studie basierend auf großen Alpha-Helix Bündeln, ineinander verflechteteten ?beta sandwiches?, und verzahnten ?alpha/beta motifs?, demonstriert die grundsätzliche, fast atomare Präzision der Methode, sowie ihre potentiellen Anwendung bei ?molecular replacement phasing?. Weiterhin präsentieren wir blinde Tests auf einem kristallisierten ?coiled-coil?, ebenso wie ?two dimers? mit komplexeren Geometrien, gelöst von NMR. Diese Ergebnisse zeigen, dass hochauflösende Modellierung von ?Multimers? mit Hilfe der Stukturvorhersagegemeinschaft möglich ist, und so durchaus zu sofortigem praktischen Nutzen für kristallographische ?Phasung? und schnelle Strukturbestimmunng von ?Multimers? mit limitierter NMR-Information führen kann.

das freut mich @frost *wir versuchen das jetzt auch bei uns im forum, sobald ich eine übersetzung im jeweiligen forum sehe poste ich sie auch in dem anderem

leider kenn ich kein der gut englisch kann den ich damit belästigen könnte

[Michael H.W. Weber]

vielen dank für die übersetzung und hier kommt das 5. manuskript

The fifth manuscript describes a very exciting recent discovery made in collaboration with another research group. As many of you know, a large number of diseases, including Alzheimer's, are associated with the folding of a protein not into its normal active state but instead into long repeating fibrils. These are called "amyloid fibrils" and the associated diseases are referred to as "amyloid" diseases. We used Rosetta to design molecules predicted to block the formation of the fibrils, and, strikingly, when these molecules are added to the disease state protein under conditions where it normally forms fibrils, none are formed. We are very excited about this amyloid blocker, but as always I must stress that there are a lot of steps before a finding like this leads to an actually distributed drug.

So, dann will ich mal schnell manuell ran:

Das 5. Manuskript beschreibt eine sehr aufregende, vor kurzem in Zusammenarbeit mit einer anderen Forschergruppe gemachte Entdeckung. Wie viele von euch wissen, steht eine Vielzahl von Krankheiten - inklusive Alzheimer - mit der Fehlfaltung von Proteinen in lange, sich wiederholende Fibrillstrukturen im Zusammenhang. Diese nennt man amyloide Fibrillen und die mit ihrer Bildung in Zusammenhang stehenden Krankheiten bezeichnet man als amyloide Krankheitsbilder. Wir benutzten Rosetta, um Moleküle zu entwerfen, die die Bildung solcher Fibrillstrukturen blockieren sollten - zumindest gemäß unserer Computervorhersagen. Tatsächlich zeigte die Zugabe dieser Designermoleküle zu den betreffenden krankheitsrelevanten Proteinen unter Bedingungen, wo sich normalerweise die Fehlfaltung in Fibrillen einstellt, daß deren Bildung ausblieb. Wir sind sehr begeistert von diesen Amyloidblockern, müssen aber - wie immer - darauf hinweisen, daß eine Vielzahl von Schritten nötig ist, bevor diese Ergebnisse zu einem in der Praxis verfügbarem Medikament führen.

Michael.

[cappy]

erstmal vielen dank an michael für die übersetzung

und hier kommt das 6. manuskript

The sixth manuscript describes our recent results on designing new DNA cutting enzymes that can cut the DNA double helix at very specific target sites. The enzymes we design only cut at one particular 20 base sequence. Remember that DNA is made of four different bases, A T G and C so a particular 20 base site might for example be AGAATAGGATCCAGATCGTC. This long a sequence is extremely unlikely to occur more than once in the human genome, so if we design an enzyme to cut at a particular place in the genome it is likely to cut only at that site (of course we can check this because the sequence of the human genome is known).

why would we want to do this? suppose you have a mutation in a gene and it is making you sick. if we can make an enzyme which cuts near the site of mutation and introduce this enzyme and a "correct" copy of the gene into your cells, the enzyme will cut the DNA and the cut will be repaired likely by copying the correct version we have added as well (cells repair breaks in DNA by copying the most closely related piece of DNA around). thus, with such enzymes we can potentially cure diseases by "gene therapy".

the manuscript describes progress towards this long range goal. we show we can design new enzymes that cut at new sites, and by examining how they work in detail we reveal some pretty big surprises in how the naturally occurring enzyme works which are fascinating in their own right and provide considerable insight into how to achieve the longer term goals of using redesigned enzymes for gene therapy.

[Michael H.W. Weber]

The sixth manuscript describes our recent results on designing new DNA cutting enzymes that can cut the DNA double helix at very specific target sites. The enzymes we design only cut at one particular 20 base sequence. Remember that DNA is made of four different bases, A T G and C so a particular 20 base site might for example be AGAATAGGATCCAGATCGTC. This long a sequence is extremely unlikely to occur more than once in the human genome, so if we design an enzyme to cut at a particular place in the genome it is likely to cut only at that site (of course we can check this because the sequence of the human genome is known).

why would we want to do this? suppose you have a mutation in a gene and it is making you sick. if we can make an enzyme which cuts near the site of mutation and introduce this enzyme and a "correct" copy of the gene into your cells, the enzyme will cut the DNA and the cut will be repaired likely by copying the correct version we have added as well (cells repair breaks in DNA by copying the most closely related piece of DNA around). thus, with such enzymes we can potentially cure diseases by "gene therapy".

the manuscript describes progress towards this long range goal. we show we can design new enzymes that cut at new sites, and by examining how they work in detail we reveal some pretty big surprises in how the naturally occurring enzyme works which are fascinating in their own right and provide considerable insight into how to achieve the longer term goals of using redesigned enzymes for gene therapy.

Hier mal meine freie Übersetzung:

Das 6. Manuskript beschreibt unsere neusten Ergebnisse bezüglich des Designs neuer Restriktionsendonukleasen, also Proteinen, die die DNA Doppelhelix an sehr spezifischen Stellen schneiden. Die von uns entworfenen Enzyme schneiden nur eine einzige Sequenz von 20 Basen Länge (AGAATAGGATCCAGATCGTC). Bei dieser Länge ist es äußerst unwahrscheinlich, daß eine solche Sequenz mehr als nur einmal im menschlichen Genom vorkommt, d.h. man kann das Genom spezifisch editieren.
Warum interessieren wir uns für solch ein Enzym? Angenommen Du hast eine Mutation in einem Gen und dies führt zu einer Krankheit. Wenn wir ein Enzym herstellen können, das neben der betroffenen Stelle schneidet und bringen dieses Enzym zusammen mit einem korrekten Stück DNA in die betroffenen Zellen, dann wird das Enzym die DNA an der vorgegebenen Stelle schneiden und die natürlichen Reparaturmechanismen der Zellen werden mit hoher Wahrscheinlichkeit den Fehler durch Rekombination des defekten mit dem korrekten DNA-Molekül beheben. Mit solchen Enzymen könnten wir also potentiell Krankheiten mittels Gentherapie heilen.
Das Manuskript ist ein Fortschrittsbericht bezüglich dieses Langzeitziels. Wir zeigen, daß wir Enzyme entwerfen können, die an genau definierten Stellen im Genom schneiden können. Durch detaillierte Untersuchung der Art und Weise, wie diese Enzyme funktionieren, decken wir einige ziemlich große Überraschungen über ihren Wirkmechanismus auf und bieten beachtliche Erkenntnisse, wie in Zukunft Enzyme für die Gentherapie entwickelt werden könnten.

Michael.

[Dennis Kautz]

Beachtlich, was die jetzt an Veröffentlichungen so schnell hintereinander raushauen

[cappy]

Jap und hört sich auch ziemlich interessant an was man da liest

weiter so @rosetta

happy crunching

[cappy]

das 7. manuskript ist da

The seventh paper is also related to your CASP8 predictions. The assessors asked us and a couple of other groups who made models that were geometrically and energetically nearly indistinguishable from native structures to write a paper describing how we were able to consistently able to generate physically plausible structure models. This was much less work for me than the preceding six manuscripts--I had only to describe the key concepts behind rosetta@home and the search for very low energy structures that are familiar to those of you who follow the screen saver from time to time.

[hias]

The seventh paper is also related to your CASP8 predictions. The assessors asked us and a couple of other groups who made models that were geometrically and energetically nearly from native structures to write a paper describing how we were able to consistently able to generate physically plausible structure models. This was much less work for me than the preceding six manuscripts--I had only to describe the key concepts behind rosetta@home and the search for very low energy structures that are familiar to those of you who follow the screen saver from time to time.

Das 7. Manuskript handelt auch über eure CASP8 Vorhersagen. Die Gutachter fragten uns und ein paar anderen Gruppen, die Vorhersagen gemacht haben, die geometrisch und energetisch nahezu nicht zu unterscheiden waren, einen Bericht zu schreiben um darzulegen wie es möglich war durchgehend physikalisch eingängige Strukturmodelle zu generieren. Dies war für mich viel weniger Arbeit als für die vorangehenden sechs Manuskripte nötig war -- Ich musste nur die Key Konzepte hinter rosetta@home beschreiben und die Suche nach sehr niedrigen Energie Strukturen, die identisch sind mit diesen die ihr auf euren Bildschirmschoner betrachten könnt.

[Michael H.W. Weber]

The seventh paper is also related to your CASP8 predictions. The assessors asked us and a couple of other groups who made models that were geometrically and energetically nearly indistinguishable from native structures to write a paper describing how we were able to consistently able to generate physically plausible structure models. This was much less work for me than the preceding six manuscripts--I had only to describe the key concepts behind rosetta@home and the search for very low energy structures that are familiar to those of you who follow the screen saver from time to time.

Meine Übersetzung:

Das 7. Manuskript steht im Zusammenhang mit euren CASP8 Vorhersagen. Die Gutachter baten uns und einige andere Forschergruppen, die Modelle errechnet hatten, welche bezüglich Geometrie und Energie nahezu nicht zu unterscheiden sind von den echten Raumstrukturen, eine Publikation zu erstellen, die genau beschreibt, wie wir solche physikalisch völlig plausiblen Strukturen erzeugen. Dies war viel weniger Arbeit für mich, als die vorangehenden 6 Manuskripte zu schreiben, da ich nur die hinter Rosetta@home stehenden Schlüsselkonzepte und den Auswahlmechanismus der Strukturen mit der geringsten Energie zu beschreiben hatte.

Michael.

[yoyo]

Ich glaub wir sollten die kurzen Übrsetzungen der Manuskrippte als Newsletter herausgeben.
yoyo

[Mario Kaiser]

Auch erstmal vielen Dank für die tolle Übersetzung!

Hatte vorgestern mal eine etwas andere WU BAK1uwfA_lectin_kb91_loop_bias_30_nohoms_8016_24981. Leider wurde sie nach wenigen Stunden mit computer error wieder abgebrochen. Hatte ich schon Ewigkeiten nicht mehr. Die normalen WU´s laufen immer (

Schade, schien irgendwas spannendereres zu sein, sah zumindest anders aus...