World Community Grid - worum geht es?

Analyse und Vorhersage von Struktur und Faltungsweg (Folding@home, GPUGRID, Rosetta@home, ...)
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Michael H.W. Weber
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World Community Grid - worum geht es?

#1 Ungelesener Beitrag von Michael H.W. Weber » 26.11.2004 19:45

Okay, einige haben ja schon darauf gewartet. Hier nun mein Kommentar zu WCG. ;) Fakt ist, daß WCG einen ausgesprochen ähnlichen Ansatz verwendet, wie wir ihn in unserem Kooperationsprojekt mit der Uni Marburg ausprobieren wollen! De facto ist dieseer Ansatz ziemlich erfolgreich, was mir enormen Auftrieb gibt, mich wieder hinter die Sache zu klemmen (manchmal bin ich wohl doch nicht so doof, wie ich gelegentlich annehme - insbesondere, wenn ich nach abendlichem Kneipengang zurückkomme und dann vorm Zähneputzen in den Spiegel schaue, muhahahahaha...).
Ich kann leider nichts zu dem Client sagen, da ich selbigen bei mir bislang nicht installieren konnte.
Immerhin aber ganz kurz zusammenfassend vor allem für die nicht englisch-kundigen unter uns eine Übersicht. Also bei WCG geht es - genau wie bei unserem eigenen dc Projekt - um ab initio Proteinstrukturvorhersage. Man hat sich allerdings beschränkt auf zunächst menschliche Proteine - abgeleitet aus dem sequenzierten menschlichen Genom. In einer späteren Phase sollen dann diejenigen Proteine hinzukommen, die aus Pathogenen stammen (einige Viren & Bakterien) und an Krankheiten beteiligt sind. Berechnet werden Strukturen kleiner Peptidsegmente, die dann in einer Art Puzzlespiel zum Gesamtprotein zusammengesetzt werden. Das ist genau der Ansatz, den wir vor haben. Das "Puzzlespiel" allerdings ist anders - Details lasse ich der Einfachheit halber jetzt mal weg - weswegen wir unsere Idee auch klar weiterverfolgen sollten. Eine Art "homology modelling", wie bei Predictor@home ist nicht enthalten.
Also wenn die TF vorbei ist, werde ich mir den Client mal holen und im Detail durchtesten. :D

Michael.
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Patrick Keller
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#2 Ungelesener Beitrag von Patrick Keller » 26.11.2004 21:57

Noch hinzuzufügen wäre:

WCG ist nur die von IBM bereitgestellte Plattform für das Projekt (Im Moment halt Human Proteome Folding).

PS: Wie sieht es da eigentlich im Moment mit der Frage, ob die Ergebnisse öffentlich werden aus ?

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Michael H.W. Weber
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#3 Ungelesener Beitrag von Michael H.W. Weber » 26.11.2004 22:46

Keller hat geschrieben:PS: Wie sieht es da eigentlich im Moment mit der Frage, ob die Ergebnisse öffentlich werden aus ?
Dazu habe ich nichts gefunden. Mag aber daran liegen, daß ich noch nicht alles durchgestöbert habe.

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Gastfrosch

#4 Ungelesener Beitrag von Gastfrosch » 26.11.2004 23:02

Ok, da will ich mal aushelfen. Zwar keine Fakten, aber mein minderes Wissen :D

Die Kombination INTEL und UD, wie es Sie dort gab als die THINK Software noch dort gelaufen ist und dann Ligandfit, hat soweit ich weis
keine Ergebnisse richtig Offiziel kundgetan. ( Ich weis nur, das damals die Smallpox Ergebnisse den US Militär zur Verfügung gestellt werden soll(t)en ). Ob ich die Kombination IBM und UD da nun etwas Ausgiebiger Informiert, das glaube (die Kirche) ich nicht. Nach tagelangem suchen habe ich nichts gefunden, was aussagekräftig ist.

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Michael H.W. Weber
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#5 Ungelesener Beitrag von Michael H.W. Weber » 27.11.2004 09:57

Die haben dort aber ein Forum, wenn ich mich nicht verguckt habe, d.h. da könnte man sie mal festnageln... :D

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vfrey
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#6 Ungelesener Beitrag von vfrey » 27.11.2004 10:46

Wenn die Informationspolitik dort so ist wie zu guten alten UD-Zeiten, dann kannst Du das "Festnageln" aber ganz schnell wieder vergessen... :evil:

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Michael H.W. Weber
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#7 Ungelesener Beitrag von Michael H.W. Weber » 27.11.2004 11:09

Naja, dann müssen die sich nicht wundern, wenn wir nicht mitrechnen. ;)

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Gast

World Community Grid results public domain?

#8 Ungelesener Beitrag von Gast » 28.12.2004 23:48

Folgendes hab`ich auf deren Website gefunden:

World Community Grid is making technology available only to public and not-for-profit organizations to use in humanitarian research that might otherwise not be completed due to the high cost of the computer infrastructure required in the absence of a public grid. As part of our commitment to advancing human welfare, all results will be in the public domain and made public to the global research community.

Alessandro Macri

#9 Ungelesener Beitrag von Alessandro Macri » 31.12.2004 11:43

Das Human Protein Folding Project setzt genau das um, was ich im CASP6-Rückblick angedeutet habe: eine DC-Plattform für das Rosetta-Protokoll von David Baker. Der zeitraubendste Schritt bei dieser Methode sind die High Resolution Fittings, wenn also die potentiellen Strukturen auf Energieänderungen bei sehr kleinen Veränderungen geprüft werden. Anders als bei der normalen Fragment Assembly reicht hier kein angenähertes Potential, man muß schon richtig den Rechner brummen lassen. Außerdem kriegt man bei der Fragment Assembly (mit Monte Carlo durchgeführt) eine recht gute Konvergenz, d.h. relativ schnell gute Lösungen, während die Verfeinerung mit dem High Resolution Step eher kleine Änderungen und damit langsame Konvergenz ergibt. Baker (bzw. Mitglieder seines Labs) hat auf dem CASP-Meeting schon angedeutet, daß sie hier nach anderen Möglichkeiten suchen, DC ist natürlich eine sachressourcensparende Möglichkeit, ich vermute aber, daß sie parallel auch Rechenfarmen beschäftigen werden.
Echte Parallelrechner sind bei dem Problem eher Verschwendung, da bei den High Resolution Steps ähnlich wie bei p@h nur eine Unzahl von unabhängigen Lösungen erzeugt werden muß.

ciao

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