G@H -> FAD (Linux)

[erpel]

Hallo Leute,

ich habe bis zum letzten Jahr regelmäßig bei Genome@Home mitgerechnet. Seit allerdings keine Ergebnisse mehr vom 0.99 Client angenommen werden, hat sich unser Team http://www.genomeathome.de mehr oder weniger aufgelöst...

Daher suche ich neue Herausforderungen für den ein oder anderen PC...

Da ich weiterhin im Bereich Medizin/Bio rechnen möchte, und UD aufgrund der bekannten Nachteile für mich nicht in Frage kommt, überlege ich, bei FAD mitzumachen.

Dazu 3 Fragen:
- Bei mir würden die Rechner unter Linux (SuSE oder Gentoo) laufen. Ist die FAD 1.23 - trotz Beta-Status - einsetzbar, oder rauchen mir alle Server ab?
- Wenn ich eine Dualprozessormaschine einbinden möchte, muß ich dann 2x den THINK-Client starten, oder nutzt THINK von sich aus alle verfügbaren CPUs?
- Kann ich FAD unter einem nicht-root-Account laufen lassen?

Vielen Dank für Eure Antworten und bis bald in "2012"!

Liebe Grüße aus Dortmund,
erpel

[frank]

Hi erpel,
auch wenn ich dir deine Fragen wegen mangelnder Kenntnisse nicht beantworten kann:
Herzlich Willkommen bei uns!!
frank

[nozi]

Erstmal willkommen bei uns ...
Deine Fragen kann ich zwar nur zum Teil beantworten , aber das liegt an dem Kenntnisstand von Linux bei mir...
Hoffe aber das unsere Linux Cracks , Dir da ganz rasch weiterhelfen werden

Dual Prozi Maschienen sind völlig unproblematisch . Dual XEON , Dual P III ,
Dual P 2 laufen völlig problemlos und ohne ein Mucken mit einem installierten THINK , das ja wenn Du die Anzahl der Instanzen auf Auto stellst selbst die richtige Zahl von Jobs startet , so sie denn im Queue sind . HyTh erkennt der auch ohne zu mucken , selbst wenn Du es bei einem Neustart hinzu oder ausschaltest ...
Ja und dann sind da noch zwei Linux Fragen ...
Da ich von ich glaube nicht wirklich weiß , ob es gut ist , weiß ich es lieber nicht , egal was ich mir so wünsche ... [ Hääää?]

Hoffentlich schonmal ein Anfang ...

Happy Crunsh with Us !!!!!

Christian

[Pascal]

Willkommen bei uns, erpel.

Ad 1: Unter SuSE 9.0 hab ich FAD schon zum Laufen gebracht. Wie stabil es bei dir läuft, lässt sich einfach mal so sagen: probiers aus - in der Hoffnung auf eine positive Überraschung.
Ad 2: wurde schon beantwortet.
Ad 3: Aber sicher geht das als User. Habe das bisher bei keinem Projekt gesehen, dass es nur als root läuft. Getreu dem Motto: "Ganz oder garnicht."

[Michael H.W. Weber]

Solange der non-root Benutzer Netzzugriff und Schreibrechte auf der FAD-beherbergenden Platte hat, sollte es keinen Streß geben, das Programm als non-root laufen zu lassen. Es kann , wenn dies nicht gewährleistet ist, in der Tat Probleme geben. Das ist jedenfalls bei uns unter Windows in der Uni der Fall - z.B. mit Distributed Folding.

Michael.

[erpel]

Hallo allerseits,

vielen Dank für die freundliche Begrüßung.

Ich habe FAD jetzt unter Gentoo und SuSE zum laufen bekommen, war eigentlich recht stressfrei. Hier mal die Schritte zum (bisherigen) Erfolg:

Code: Alles auswählen

#Als root:

# Neuen Benutzer "FAD" (uid 300) anlegen
useradd -u 300 -g nogroup -d /usr/local/FAD -m FAD

# In das Verzeichnis von FAD wechseln
cd ~FAD

# FAD downloaden
wget http://www.find-a-drug.org/fadv123c.tgz

# FAD entpacken
tar xvzf fadv123c.tgz

# Alle Dateien dem Benutzer FAD zuweisen
chown -R FAD.root .

# FAD interaktiv starten, um dem Lizenzvertrag zustimmen 
# und die Benutzerdaten eingeben zu können
su - FAD -c "~FAD/fadsetup -email XXXX -nickname YYYY -country ger -team 2012"

Das war es eigentlich schon. FAD startet die Registrierung, holt sich WUs und installiert die neueste FAD-Version. Dann geht die Cruncherei los...

Nun habe ich noch den folgenden Befehl in die Systemstart-Scripte eingetragen:

Code: Alles auswählen

# (wobei n = Anzahl der parallelen fad-Prozesse)
su - FAD -c "~FAD/fadsetup -copies n &"

Bisher laufen alle Rechner stabil bei ~100% Last, wie es sein soll!

Wenn man fadsetup aufruft, startet es automatisch "server" und die angegebene Anzahl "think"-Instanzen. Insofern muß ich mich ja gar nicht selber um den Start von "server" oder "think" kümmern. Das hat mich am Anfang etwas verwirrt, es scheint aber wirklich alles automagisch zu funktionieren!

Happy Crunching weiterhin!

erpel

[Hermes]

Hallo.

Hier schägt mal wieder die unmögliche Nichtdokumentation (oder Nichtaktualisiertdokumentation) bei FAD zu:

Wenn man fadsetup aufruft, startet es automatisch "server" und die angegebene Anzahl "think"-Instanzen. Insofern muß ich mich ja gar nicht selber um den Start von "server" oder "think" kümmern. Das hat mich am Anfang etwas verwirrt, es scheint aber wirklich alles automagisch zu funktionieren!

Eleganter finde ich den (ebenfalls nicht dokumentierten) Aufruf von "loader". Auf deine Situation zugeschnitten würde ich sagen:

Code: Alles auswählen

su - FAD -c "~FAD/loader"

Die Anzahl der zu startenden "think"-Instanzen sollte (sic!) nach einem fadsetup-Aufruf gespeichert worden sein. Der loader startet den Server und den/die think-Client/s und beendet sich dann. Ein manuelles Setzen des Programmes in den Hintergund durch "&" ist meines erachtens nicht nötig, wird aber auch nicht schaden.
Nicht dokumentiert ist übrigens auch, das alle Daten und Programme im aktuellen Verzeichnis sein müssen, wenn der Client gestartet wird.

Jetzt hab ich mich mal wieder genug über FAD aufgeregt und warte ganz gespannt auf die Vollendung der aktuellen WU, die am 12. Mai (dieses Jahr ) begonnen wurde.

PS: Trotz meiner persönichen Unzufriedeheit mit dem FAD-System, ist es natürlich schön, dass du etwas sinvolles für dei Rechner gefunden hast.

mfG
Stephan

[frank]

...und warte ganz gespannt auf die Vollendung der aktuellen WU, die am 12. Mai (dieses Jahr ) begonnen wurde. ...

Dein Rechner kaut seit dem 12. Mai an einer WU rum??? Oh Mann, da hat sich aber einiges getan, seit ich zu TSC gewechselt habe...
Ich hatte zwar damals auch einige sehr langwierige WU´s, aber sowas hatte ich nie.
frank

[Hermes]

Hallo.

Dein Rechner kaut seit dem 12. Mai an einer WU rum??? Oh Mann, da hat sich aber einiges getan, seit ich zu TSC gewechselt habe...
Ich hatte zwar damals auch einige sehr langwierige WU´s, aber sowas hatte ich nie.

Also 2 Wochen für eine WU ist keine Seltenheit bei mir weil:
1. FAD auf meinen langsameren Rechnern (P II 400, Celeron 700) läuft,
2. diese Rechner nicht permanent an sind,
3. parallel noch andere Clients laufen.

Die geben etwa 10000 Punkte und mein P4 (der macht gerade Lifemapper) schafft die in 2 Tagen. Es gibt aber auch WU's für 300 Punkte, die entsprechend schneller sind.

mfG
Stephan

[erpel]

Hallo Stephan,

Wenn man fadsetup aufruft, startet es automatisch "server" und die angegebene Anzahl "think"-Instanzen. Insofern muß ich mich ja gar nicht selber um den Start von "server" oder "think" kümmern.

Eleganter finde ich den (ebenfalls nicht dokumentierten) Aufruf von "loader". Auf deine Situation zugeschnitten würde ich sagen:

Code: Alles auswählen

su - FAD -c "~FAD/loader"

Stimmt, "loader" gibt es ja auch noch...

Die Anzahl der zu startenden "think"-Instanzen sollte (sic!) nach einem fadsetup-Aufruf gespeichert worden sein. Der loader startet den Server und den/die think-Client/s und beendet sich dann.

Man mag es kaum glauben, aber das scheint zu funktionieren!
(Im Gegensatz zur automatischen Erkennung der CPU-Anzahl, die klappt unter Linux bei mir nicht...)

PS: Trotz meiner persönichen Unzufriedeheit mit dem FAD-System, ist es natürlich schön, dass du etwas sinvolles für dei Rechner gefunden hast.

Eben, sollen die faulen Kisten doch auch mal arbeiten!

Die Doku zu fad (welche Doku?! ) ist im Moment wirklich suboptimal, aber der Linux-Client läuft bisher wirklich gut bei mir...

erpel