GAH 2.0

[vfrey]

Sorry, dass ich hier nerve (wo ich mir die Info auch anderswo besorgen könnte), aber sollte GAH 2 nicht jetzt irgendwann rauskommen ?

[Michael H.W. Weber]

Ja. Aber Stanford ist mal wieder etwas im Hintertreffen...

Michael.

[Arnim Weber]

wäre ja mal angebracht

[Michael H.W. Weber]

Offenbar geht es jetzt ans Eingemachte. Mitte Februar soll die erste Beta von GAH 2.0 rauskommen. Dabei wird es sich nach S.M. Larsons heutigen Angaben (Vijays GAH Yahoo Forum) in der Endversion um einen kombinierten GAH/FAH-Client handeln. Endlich! Das haben ja schon viele vorgeschlagen und drauf gehofft und ich bin auch total begeistert.
Es wurde auch ein neue Vollzeitentwickler eingestellt - Namens Guha Jayachandran - der am neuen GAH Core & Server arbeitet, sodaß die Entwicklungen nun schneller vorangehen.

Michael.

[Michael H.W. Weber]

Tja, leider nix Neues an der Front. Der Februar ist vorbei, GAH 2.0 noch nicht erschienen - geschweige denn ein FAH/GAH-Kombiclient - und auch sonst sind die Beteiligungen am GAH-Forum in Stanford eher mäßig. Nichtsdestotrotz werde ich hier sofort berichten, falls es etwas Interessantes gibt. Wollte das nur festhalten, damit niemand auf die Idee kommt, um dieses Forum würde sich keiner kümmern, seit ja nun seit dem 31. Januar nichts zu vermelden war.

Michael.

[LinuxFan]

Es gibt interessante Neuigkeiten: http://gah.stanford.edu/new.html#latest

[Michael H.W. Weber]

Ahh, endlich im Westen was Neues zu berichten. Linuxfan hat oben ja schon den Link zur Stanford News-Seite gesetzt (http://gah.stanford.edu/new.html#latest), daher hier jetzt lediglich kurz in Deutsch einen zusammenfassenden Überblick mit einigen Zusatzinfos:

1) Stafan Larson hat in den letzten Wochen mit einigem Erfolg auf verschiedenen Konferenzen Vorträge zu den Fortschritten sowohl von GAH als auch FAH präsentiert. Hier einige Links zu den betreffenden Konferenzen:

http://gold.cchem.berkeley.edu/statmech2002/
http://mdi.ucsf.edu/PAK02_meeting.html
http://www.biophysics.org/annmtg/

Am 15. März ist er zu einem weiteren Vortrag and die Carleton University in Ottawa, Canada eingeladen.

2) Das erste GAH-Manuskript, welches seit einiger Zeit in Vorbereitung ist, wird gerade begutachtet und es ist jeden Tag mit den Urteilen der Gutachter zu rechnen. Für einige weitere Manuskripte wird gerade die Datenanalyse durchgeführt. Außerdem werden in Kürze zwei Reviews für GAH und FAH erscheinen. Der eine als Kapitel eines Buches (keine weiteren Detailinformationen) und der andere in einer Sonderausgabe der Zeitschrift "Biopolymers" (http://www3.interscience.wiley.com/cgi- ... c?ID=28380).

3) Was GAH 2.0 betrifft - die ersten Tests laufen bereits, allerdings zunächst nur PC Versionen (MAC bislang noch nicht). Wie angekündigt, wird FAH und GAH in einem gemeinsamen Client vereint werden. Der Benutzer wird dann wählen können, welches der beiden Projekte er laufen lassen möchte. Es wird aber auch möglich sein, beide laufen zu lassen.

4) Es sind einige neue Leute zur Arbeitsgruppe um Vijay Pande gestoßen, die hoffentlich dazu beitragen werden, daß die Projektentwicklung etwas schneller vorangetrieben wird. Die Details hierzu könnt ihr ja unter dem oben angegebenen Link von der Stanford GAH News-Seite holen.

Ich denke, dies entschädigt doch schon einigermaßen für das lange Warten und ich bin schon hoch gespannt auf die erste Veröffentlichung.
Auch das Zusammenlegen der Clients halte ich für recht geschickt, da so stets auf beide Projekte gleichzeitig aufmerksam gemacht wird. Außerdem dürften damit auch einige Probleme entfallen, die Leute mit langsameren Rechnern haben: die können bequem auf GAH umsatteln ohne irgendwas groß neu installieren zu müssen.

Michael.

[Michael H.W. Weber]

Jawoll, hier ein Beispiel, daß es sich - trotz scheinbaren Ignorierens - eben doch lohnt, in den Forums Vorschläge für die neuen Clientversionen zu machen: In GAH 2.0 wird der "filtering"-Prozeß nicht nur endlich auf "idle priority" gesetzt, sondern auch auf Festplatte zwischengespeichert sein, sodaß nach Restart einer unterbrochenen WU sofort weitergerechnet werden kann. Das ist insbesondere für langsame Maschinen, die oft minutenlang "tot" schienen, wenn der Filterprozeß eingeleitet wurde, ein ganz massiver Fortschritt. Vor allem fällt auch das Rechnen im Hintergrund nun nicht mehr so auf.
Ich bin erst mal hochzufrieden, seit mich diese Meldung heute erreichte.

Michael.

[Michael H.W. Weber]

Die Statistiken von GAH 2.0 werden mit der Vereinigung von GAH 2.0 & FAH 3.0 neu beginnen. Die alten "credits" werden dabei NICHT übernommen. Man kann aber auf GAH 0.99 weiterfalten, falls einen das stört. Ich empfehle jedoch - sobald es akut wird - SOFORT auf GAH 2.0 umzusteigen, damit wir von Anfang an dabei sind.

Gruß,
Michael.

Die neusten Infos zur Vereinigung von GAH 2.0 mit FAH 3.0 findet ihr entweder hier:

http://gah.stanford.edu/new.html

oder im Originaltext direkt hier:

***Genome@home 2.0 to merge with Folding@home 3.0***

The Genome@home project is proud to announce that we will be combining
forces with Folding@home, our sister project at the Pande Group. The
Genome@home protein design algorithm (specifically the 2.0 version, which
has been under development for several months now) will be included as a
F@h3.0 scientific "core", which will allow F@h and G@h users to run both
projects from the same client. The original Genome@home project (i.e.
version 0.99, soon to be referred to as "G@h Classic") will continue as a
separate project indefinitely. Current G@h users need not switch to the new
F@h3.0 client, but are encouraged to do so, as very little further
development will take place on G@h Classic. The vast majority of new work
will take place within the new F@h3.0 architecture. User and team statistics
from G@h Classic will not be integrated into F@h3.0 and vice-versa. The two
will exist as separate distributed computing research projects.

More details will be provided in an extensive FAQ, coming soon.

Thanks - Stefan

[Michael H.W. Weber]

Okay, unten ein paar neue Infos.

Michael.

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Whatever units you have from G@h 0.99 will stay
with the "G@h Classic" project and any units produced with that
client (or subsequent 1.x versions of G@h Classic) will count
towards the Genome@home project.

As far as Folding@home 3.0 is concerned, there will be no
differentiation between stats from F@h or G@h cores (in fact, there
will be two different folding cores and one genome core, with more
likely on the way). The F@h3.0 stats will simply build upon the
existing F@h2.x stats. If a user is running F@h2.x currently, they
will notice no major external difference upon switching to F@h3.0,
but they will be producing work units with a mixture of three
different scientific cores, running three different scientific
algorithms, one of them being the G@h protein design algorithm. The
first of the 3.x series clients will not have the option to choose
one core over another, but we'll likely add that in the future.

I know this is probably a bit confusing, and it took us a while to
work out all the possible ways of merging the projects, but this way
seems to serve our research and scientific goals well, while
providing a good deal for the users. The long and the short of it is
this:

a) If you're running the G@h0.99 client, and want to stick
exclusively with the Genome@home project, great. Don't change a
thing. The G@h stats and website will stay as is with only minor
changes (e.g. now calling the project "G@h Classic").

b) If you're running F@h2.x, and want to stay with the Folding@home
project, great. You don't have to do anything at this point, but
you're strongly encouraged to upgrade to the F@h3.0 client. It will
have some added features, and will allow you to produce work units
and increment your F@h stats by running a number of different
biomolecular simulation algorithms (one being the same algorithm as
now exists in G@h). Note that the client (and stats) will look and
behave the same no matter which of the three cores you happen to be
running at any one time.

c) The stats from G@h Classic and F@h2.x/3.0 will never see each
other and will have nothing to do with each other. Any stats created
with G@h Classic(i.e. G@h0.99) will continue to be added onto any
existing G@h stats. Any stats created with the F@h3.0 client (no
matter which core is run) will simply be added onto any existing
F@h2.x stats. The critical point is this: workunits created using
the G@h-algorithm scientific core in F@h3.0 will in no way enter the
G@h Classic project. Although the two projects are run by the same
research group and share (partially) a simulation algorithm and
research goals, they will outwardly remain two distinct distributed
computing projects.

Finally, let me say that we are all *very excited* about F@h3.0. It
will be one single distributed computing client, which will run
three different biomolecular simulation algorithms, all under one
project, website, server infrastructure, and stats system. This is a
huge step towards the Pande Group's research goal of understanding
and designing the atomic detail behaviour of proteins and nucleic
acids.

Hope this helps - Stefan

P.S. In the next few months, depending on what users seem to be
doing and what G@h die-hards would like to see, I'll be asking for
opinions on whether we should i) continue the G@h Classic project ad
infinitum, ii) set some completion date and race to a !!final
winner!!, or iii) do something else that users suggest.

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Hi all,

For more information about G@h Classic and F@h3.0 , please see the new FAQ on the Genome@home website:

http://gah.stanford.edu/faq2.html

Cheers - Stefan

P.S. If you've read the above FAQ and still have questions, please do email me or post in this forum.

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The decision to integrate the G@h2.0 changes completely into the F@h
infrastructure was only made a few weeks ago. It's just becoming way too
unwieldy and inefficient for one research group to run two completely
separate distributed computing projects. Putting all our scientific research
under one roof, so to speak, allows for us all to work much more efficiently
by reducing a ton of overhead. I realize that a lot of Genome@home users are
disappointed that there will not be a new client exclusively for the
Genome@home project, especially since that was our original stated
intention. However, this line of work is moving incredibly fast, both from
the science side and the distributed computing side, so we're just trying to
keep up with (and hopefully be ahead of) the necessary pace of change in
this field. There was certainly no intention to mislead anyone, we've simply
had to change our approach in midstream.

Thanks - Stefan

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There will be no deadline for the "G@h core" workunits.

Thanks - Stefan

[Bananeweizen]

Also ich werde dafür voten, G@H classic dann einzustellen. Und zwar aus Gründen der Übersichtlichkeit bei meiner Projektverwaltung. An den wissenschaftlichen Ergebnissen ändert das ja nichts...

Ciao, Michael.

[Michael H.W. Weber]

Jau - Du kannst dann FAH/GAH als Forum zusammenlegen - bin da ganz Deiner Meinung!

Michael.