Ein Neuling ;-)

[Gast]

Hallo,



da ich neu hier bin habe ich ein paar Fragen <IMG SRC="/phpBB/images/smiles/icon_wink.gif" alt="Wink">

Ich komme auf der HP von Team Germany nach ANmeldung nicht rauf. Ich bekomme per Post ein Code, weiß aber nicht, wo ich den eingeben muß usw.

Nun eine Frage zum fah <IMG SRC="/phpBB/images/smiles/icon_smile.gif" alt="Smile">

Das mit der Zeit habe ich noch nicht so ganz verstanden.

Wenn ich zwei Tage brauche, dann ist alles im Lot, bei 2,5 Tage ist das Ergebnis futsch. Ist doch doof , oder?? Ab wann beginnt den die Zeitrechnung? Wenn das Projekt auf meinem Rechner ist, oder wenn es generell zur Verfügung steht?

ICh habe das Problem, das ich zu Hause mein Rechner nun nicht ständig an habe, ich aber sehr gerne weiter HELFEN möchte. Gibt es für meinereiner noch Alternativen??

So, ich hoffe ich habe als neuling nicht zu viel dumme Fragen gestellt <IMG SRC="/phpBB/images/smiles/icon_wink.gif" alt="Wink">



Bis dann



Poison

[bluumi]

@

- Kleinere Packete?

- ein anderes Projekt

- PC in einen anderen raum zügeln und öfters laufen lassen <IMG SRC="/phpBB/images/smiles/icon_wink.gif" alt="Wink">

[LinuxFan]

Mit Login und Passwort müsstest Du Dich eigentlich auf http://folding.de.tf einloggen können.



Wenn Du die Zeitlimits nicht einhalten kannst, nimm doch Genome@Home! Da muss Du Dich um sowas nicht kümmern...

[huraxprax]

Willkommen Poison <IMG SRC="/phpBB/images/smiles/icon_smile.gif" alt="Smile">

Aber die Homepage kannst du auch einfach ohne Anmelden, einloggen und Cookies anschauen. Wenn die Umleitung nicht läzft -> http://www.chemie.uni-marburg.de/~weberm/folding



Zum Timeout: Von Dir sind schon ein paar WUs angekommen und tauchen in der Statistik auf.

Abert wenn dein Rechner langsamer ist und selten an, ist wohl Genome die bessere Alternative (auch von der selben Gruppe in Stanford)



Ciao, Benno

[Michael H.W. Weber]

Moin Poison und willkommen bei uns!

Also das ist so: die bei FAH zur Berechnung ausgegebenen Proteine sind unterschiedlich groß und benötigen daher zur Berechnung auch verschieden lange. Entsprechend hat Stanford für jedes der Proteingrößen eine Abgabefrist gesetzt. Die bewegt sich je nach Protein zwischen 2 (z.B. bba5) und 6 Tagen (villin & native_villin). Bei diesem Projekt muß eine Abgabefrist vorhanden sein, da neu ausgegebene WUs auf vorangehenden Berechnungen basieren, und alle ausgegebenen Berechnungen abgearbeitet werden müssen, damit das Projekt abgeschlossen werden kann.

Um dir einen Anhaltspunkt für die benötigte Rechendauer zu geben: mein TBird@1.1 GHz (FSB100) benötigt bei Vollast etwa 10 Stunden um das größte Protein (Villin, "deadline": 6 Tage) zu berechnen. Jetzt kannst Du anhand Deiner CPU-Taktfrequenz ja in etwa abschätzen, ob Du es schaffen kannst, innerhalb der Abgabefrist fertig zu werden oder nicht. Bedenke, daß Intel-CPUs ca. doppelt solange benötigen wie gleichgetaktete AMD Athlons. Solltest Du die "deadlines" nicht einhalten können, würde ich an Deiner Stelle das Schwesterprojekt Genome@Home wählen. Dort gibt es keine Abgabefristen.



Viel Spaß,

Michael.

[Poison]

Morgen,



vielen Dank für Eure Wilkommensgrüße und Eure Hilfe.

Das mit dem Einlogen klappt so nicht. Ich versuche dann mir ein neues Paßwort geben zu lassen, dann erhalte ich einen Bestätigungs- Code. Danach komme ich nicht mehr weiter.

Mein Rechner besitzt einen Athlon C 1400. Gut, wenn die Rechenzeit so minimal ist, dann okay, mir kam das immer so langsam vor, das ich Angst bekam es nicht rechtzeitig zu schaffen.

Nun hatte ich gestern aber das Problem, das ich nicht Senden konnte (ServerProbs??), es war aber der zweite Tag...und nun??

Ansonsten ist das alles ja sehr spannend. Wie stehen eigentlich die Chancen, das genau unser Team den Code findet?



Gruß

Poison

[Michael H.W. Weber]

Moin Poison, <IMG SRC="/phpBB/images/smiles/wavey.gif" alt="winken">

mit dem Einloggen mußt Du Dich mit LinuxFan kurzschließen - prüpfe bitte, daß Du bei IE nicht die Sicherheitsoptionen auf maximal stehen hast, sonst könnte dies die Ursache Deines Problems sein und hat mit dem Server gar nichts zu tun. Ich habe das auch mal verstellt und konnte anschließend hier bei Rechenkraft.de nicht mehr rein. <IMG SRC="/phpBB/images/smiles/icon_rolleyes.gif" alt="Rolling Eyes">

Du kannst Die Ergebnisse manuell senden indem Du FAH2console.exe mit dem Command -send all aufrufst. Der Client versucht dann, alle abgelegten Ergebnisse zu schicken. Das nützt Dir natürlich nichts, wenn der Staford-Server down ist - was gerade in diesen Tagen wegen Upgrades ab und zu der Fall sein dürfte. Da hilft nur abwarten...

Was "den Code" betrifft: wir suchen gar keinen. <IMG SRC="/phpBB/images/smiles/icon_biggrin.gif" alt="Very Happy"> Wir berechnen den Faltungsweg von verschiedenen, z.T. medizinisch relevanten Proteine und bestimmen damit seine Raumstruktur. Richtig ist allerdings, daß jede berechnte WU, die dazu führt, daß auf deren Basis neue WUs ausgegeben werden können, einen entscheidenden Fortschritt für das Projekt darstellt. Es gibt also "viele kleine Codes" zu knacken, hehehehe... <IMG SRC="/phpBB/images/smiles/icon_lol.gif" alt="Laughing"> Leider werden die betreffenden Teilnehmer aber auf Stanfords Seite nicht im Detail aufgelistet.



Gruß,

Michael.



_________________

Michael H.W. Weber

Folding@Home / Genome@Home Team Germany

FAH/GAH team website: http://www.folding.de.tf

email: weberm@mailer.uni-marburg.de

<font size=-1>[ Diese Nachricht wurde geändert von: Michael H.W. Weber am 22.01.2002 13:03 ]</font>

[Poison]

Michael H.W. Weber schrieb am 2002-01-22 13:02 :

mit dem Einloggen mußt Du Dich mit LinuxFan kurzschließen - prüpfe bitte, daß Du bei IE nicht die Sicherheitsoptionen auf maximal stehen hast, sonst könnte dies die Ursache Deines Problems sein und hat mit dem Server gar nichts zu tun. Ich habe das auch mal verstellt und konnte anschließend hier bei Rechenkraft.de nicht mehr rein.

Naja, ich bin ja hier in Rechenkraft.de.

Ich werde mich einfach nochmal anmelden und dann sehen ich ja, wo ich den Fehler gemacht habe.

Vielleicht kann LinuxFan mein Usernamen "Poison" dort löschen, dann kann ich mich mit dem Namen nochmal anmelden <IMG SRC="/phpBB/images/smiles/icon_biggrin.gif" alt="Very Happy">



Zu FAH2 : gibt es denn ein Ziel? Ich glaube langsam, das ich das Projekt falsch verstanden habe <IMG SRC="/phpBB/images/smiles/icon_blush.gif" alt="blush">



Danke für Eure Gedult <IMG SRC="/phpBB/images/smiles/icon_smokin.gif" alt="Smoking">



Gruß

Poison

[Michael H.W. Weber]

Klar gibt es ein Ziel. <IMG SRC="/phpBB/images/smiles/spinningsmiley.gif" alt="rolling">

Proteine sind dafür verantworlich, daß in lebenden Zellen alles sein Richtigkeit hat. <IMG SRC="/phpBB/images/smiles/icon_att.gif" alt="Attention!"> Um zu funktionieren, muß ein Protein aber eine genau definierte Raumstruktur einnehmen, d.h. sich nach seiner Herstellung in der Zelle richtig gefaltet haben. Es gibt aber Umstände, die dafür sorgen, daß Proteine denturieren, d.h. sich entfalten. <IMG SRC="/phpBB/images/smiles/icon_evil2.gif" alt="Evil HE HE"> Dann sind sie u.U. nicht nur inaktiv, sondern machen irgendwelchen Unsinn, der zu Krankheiten führen kann. <IMG SRC="/phpBB/images/smiles/uhoh.gif" alt="uh oh"> Du siehst also, daß es generell sinnvoll ist, sich mit Proteinfaltung zu beschäftigen, denn nur wenn man sie versteht, kann man auch mit Medikamenten eingreifen. FAH beschäftigt sich also mit der Frage, wie die entfaltete Aminosäurekette zur Ausbildung der engültigen Proteinstruktur führt. <IMG SRC="/phpBB/images/smiles/icon_biggrin.gif" alt="Very Happy"> Dazu hat Vijay ein paar interessante Proteine ausgewählt, un die untersuchen wir jetzt genauer. Dazu muß man wissen, daß Proteine nichts anderes sind, als eine Kette von aneinandergeknüpften Aminosäuren. Am Anfang der Berechnung wird diese "Kette" als ausgestreckt - also entfaltet - angenommen. Da sich die einzelnen Aminosäuren der Kette in Abhängigkeit von der Temperatur bewegen, werden nun alle denkbaren Anordnungen (=Konformationen) der Aminosäuren (und ihrere Atome) zueinnander vorgegeben, und der Energiegehalt des Proteins berechnet. Wenn der Energieinhalt einer Konformation geringer ist, als der Ausgangszustand, befindet sich das Protein auf dem Weg zur korrekten Faltung. Das ist - so ganz grob beschrieben - die Basis der Rechnungen die unsere Kisten hier durchführen. <IMG SRC="/phpBB/images/smiles/spinningsmiley.gif" alt="rolling">



Michael.



_________________

Michael H.W. Weber

Folding@Home / Genome@Home Team Germany

FAH/GAH team website: http://www.folding.de.tf

email: weberm@mailer.uni-marburg.de




<font size=-1>[ Diese Nachricht wurde geändert von: Michael H.W. Weber am 22.01.2002 17:46 ]</font>

[Poison]

Aha, und was ist wenn sich ein Protein entfalltet? Was haben wir dann gefunden? Eine Krankheit? Wenn ich Dich also richtig verstanden habe, kann es sein, das wir auch neue Krankheiten finden können?

Gibt es den irgendwelche Informationen, ob wir was gefunden haben?

Sorry das löschern, aber ist doch ganz schön interessant das Thema, bloß leider ist mein Englisch nicht so gut,das ich die HP verstehen kann <IMG SRC="/phpBB/images/smiles/icon_blush.gif" alt="blush">

Danke für Eure Gedult <IMG SRC="/phpBB/images/smiles/spinningsmiley.gif" alt="rolling">



Gruß

Poison

[Michael H.W. Weber]

Also Du kannst ALLES fragen. <IMG SRC="/phpBB/images/smiles/icon_good.gif" alt="good"> Es ist klar, daß bei diesem Projekt viele Leute ihre Rechner einsetzen, ohne von der Materie viel zu verstehen - glücklicherweise ist das so. <IMG SRC="/phpBB/images/smiles/spinningsmiley.gif" alt="rolling">

Also Proteine entfalten sich nicht einfach so ohne Grund. Sie werden in der Zelle von riesigen Partikeln - den Ribosomen - hergestellt (die übrigens selbst aus über 50 Proteinen bestehen), übernehmen dann eine gewisse Aufgabe und werden von anderen Proteinen nach einer bestimmten Zeit wieder abgebaut. Die bei diesem Abbau wieder freiwerdenden Aminosäuren werden z.B. wieder zur Herstellung neuer Proteine verwendet. Auf diese Weise verhindert die Zelle normalerweise, daß Proteine - die auch nur eine begrenzte Lebensdauer haben, da sie sehr komplexe Gebilde sind und mit vielen anderen Objekten in er Zelle kollidieren - Schaden anrichten. Gibt man aber z.B. bestimmte Substanzen zu Proteinen, dann entfalten sie sich oder sie entfalten sich nicht völlig, aber verändern ihre Gestalt. Dadurch werden sie u.U. zu einem Problem. Dies ist z.B. bei den Prionen der Fall: sie verändern ihre Faltung und verursachen dadurch eine Krankheit. <IMG SRC="/phpBB/images/smiles/crying.gif" alt="weinen">

Beim FAH2 Projekt versuchen wir herauszufinden, wie die Faltung bestimmter Proteine vonstatten geht, für die schon klar ist, daß sie in Krankheiten verwickelt sind, wenn sie nicht ihre korrekte Gestalt (=[Raum]struktur) einnehmen können. <IMG SRC="/phpBB/images/smiles/wavey.gif" alt="winken">



Michael.

[Michael H.W. Weber]

Michael H.W. Weber schrieb am 2002-01-23 11:20 :

Also Du kannst ALLES fragen. <IMG SRC="/phpBB/images/smiles/icon_good.gif" alt="good"> Es ist klar, daß bei diesem Projekt viele Leute ihre Rechner einsetzen, ohne von der Materie viel zu verstehen - glücklicherweise ist das so. <IMG SRC="/phpBB/images/smiles/spinningsmiley.gif" alt="rolling">

Also Proteine entfalten sich nicht einfach so ohne Grund. Sie werden in der Zelle von riesigen Partikeln - den Ribosomen - hergestellt (die übrigens selbst aus über 50 Proteinen bestehen), übernehmen dann eine gewisse Aufgabe und werden von anderen Proteinen nach einer bestimmten Zeit wieder abgebaut. Die bei diesem Abbau wieder freiwerdenden Aminosäuren werden z.B. wieder zur Herstellung neuer Proteine verwendet. Auf diese Weise verhindert die Zelle normalerweise, daß Proteine - die auch nur eine begrenzte Lebensdauer haben, da sie sehr komplexe Gebilde sind und mit vielen anderen Objekten in der Zelle kollidieren - Schaden anrichten. Gibt man aber z.B. bestimmte Substanzen zu Proteinen, dann entfalten sie sich oder sie entfalten sich nicht völlig, aber verändern ihre Gestalt. Dadurch werden sie u.U. zu einem Problem. Dies ist z.B. bei den Prionen der Fall: sie verändern ihre Faltung und verursachen dadurch eine Krankheit. <IMG SRC="/phpBB/images/smiles/crying.gif" alt="weinen">

Beim FAH2 Projekt versuchen wir herauszufinden, wie die Faltung bestimmter Proteine vonstatten geht, für die schon klar ist, daß sie in Krankheiten verwickelt sind, wenn sie nicht ihre korrekte Gestalt (=[Raum]struktur) einnehmen können. <IMG SRC="/phpBB/images/smiles/wavey.gif" alt="winken">

Ich habe gerade heute gelesen, daß unsere Rechenbemühungen - neben der einen schon in Journal of Molecular Biology erschienenen Veröffentlichung - 3-4 neue Publikationen ermöglichen werden (Manuskripte sollen innerhalb des nächsten Monats eingereicht werden, d.h. je nach Zeitschrift ist mit deren Veröffentlichung in 2-4 Monaten zu rechnen). Das müssen die anderen dc-Projekte erst mal nachmachen... <IMG SRC="/phpBB/images/smiles/icon_razz.gif" alt="Razz">



Michael.