Genome@home: Riesige Protein auf dem Vormarsch

[Pascal]

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..[19:38:07] Starting design engine
[19:38:07] [SPG] project name: work/wudata_01.
[19:38:07] [SPG]   1  0
[19:38:07] [SPG] Initializing protein design engine
[19:38:07] [SPG] seed =            0
[19:38:07] [SPG] Initialization complete
[19:38:07] [SPG] Writing current.pdb, chainlength = 181
[19:38:07] [SPG] Writing current.xyz
[19:38:07] [SPG] Preprocessing . . .
[19:38:07] [SPG]   181 positions in protein
[19:48:27] [SPG] Preprocessing complete
[19:48:27] Iterations: 0 of 600
[19:48:28] Finished
[19:48:29] [SPG] Native chi angles stored
[19:48:37] [SPG] Rotamers read
[19:48:37] [SPG] Starting genetic algorithm
[19:54:40] [SPG] seed:          7065204
[19:54:41] [SPG] Designing protein sequence  1 of 30
[20:08:38] [SPG]  10.0 %
[20:23:01] [SPG]  20.0 %
[20:37:35] [SPG]  30.0 %
...

181 Aminosäuren, das wollte ich mal erwähnen. Die Zeiten von ~150 min pro Struktur sind auf einem 1200er Athlon TB-C unter Linux (SuSE 8.1 mit KDE 3.1.2, laufender XServer).

Ist das nicht fett?

[Michael H.W. Weber]

Einen deutlicheren Hinweis, daß der neue GAH Client anständig verbessert wurde, gibt es wohl nicht.
Bislang waren wir auf ca 100 Aminosäuren beschränkt.

Michael.