Ich verstehe die Welt nicht mehr

Analyse und Vorhersage von Struktur und Faltungsweg (Folding@home, GPUGRID, Rosetta@home, ...)
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exec
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Ich verstehe die Welt nicht mehr

#1 Ungelesener Beitrag von exec » 22.05.2003 18:08

Nun, seit einigen Tagen rechne ich schon bei FAH mit, bei einem meiner Computer scheint es Probleme zu geben.

Zunächst rechnete ich ja mit dem GUI, danach bin ich auf den Consolenclient gewechselt, alles ohne Probleme.

Anschließend war die WU fertig und dann stieg er aus. Ich starte das Teil per Hand neu. Nachdem Neustart sehe ich folgende Aufzeichnungen in Logdatei.

Danach bekomme ich eine WU mit dem Vermerk p720_ABeta17-42.
Die hat eine Deadline von zehn Tagen, mein Computer braucht lt. Kdfold aber 11 Tage, ohne ihn auszuschalten, ein Frame braucht ca. 2 Stunden :(, ist das normal? Ich habe einen XP 2400+, 512 DDR-RAM, K7S5A.

Hier die Logdatei:


# Windows Console Edition #####################################################
###############################################################################

Folding@home Client Version 3.24

http://foldingathome.stanford.edu
email:help@foldingathome.stanford.edu

###############################################################################
###############################################################################



[10:41:20] - Ask before connecting: No
[10:41:20] - User name: Dimitrij B (Team 3)
[10:41:20] - User ID = 22FFA5542910706D
[10:41:20] - Machine ID: 1
[10:41:20]
[10:41:21] Loaded queue successfully.
[10:41:21] + Benchmarking ...
[10:41:23]
[10:41:23] + Processing work unit
[10:41:23] Core required: FahCore_65.exe
[10:41:23] Core found.
[10:41:23] Working on Unit 01 [May 22 10:41:23]
[10:41:23] + Working ...
[10:41:23] Folding@Home Client Core Version 2.47 (June 14, 2002)
[10:41:23]
[10:41:23] Proj: work/wudata_01
[10:41:23] nsteps: 5000000 dt: 2.000000 dt_dump: 250.000000 temperature: 319.000000
[10:41:23] xyzfile:
[10:41:23] " 220 p663_1LE1_319K
[10:41:23] 1 N3 25.186971 -5.407063 27.126964 124 ..."
[10:41:23] keyfile:
[10:41:23] "parameters ./proj663.prm
[10:41:23] NOVERSION
[10:41:23] ARCHIVE
[10:41:23]
[10:41:23] printout 1000
[10:41:23] writeout ..."
[10:41:23]
[10:41:23] Hashes matched on file work/wudata_01.dyn
[10:41:24] ARC file integrity verified
[10:41:24] Restarting from checkpointed files.
[10:41:24]
[10:41:24] Protein: p663_1LE1_319K
[10:41:24] - Run: 9 (Clone 31, Gen 8)
[10:41:24] - Frames Completed: 374, Remaining: 26
[10:41:24] - Dynamic steps required: 325000
[10:41:24]
[10:41:24] Writing local files:
[10:41:24]
[10:41:24] parameters work/wudata_01.prm
[10:41:24] - Writing "work/wudata_01.key": (overwrite) successful.
[10:41:24] - Writing "work/wudata_01.xyz": (overwrite) successful.
[10:41:24] - Writing "work/wudata_01.prm": (overwrite) successful.
[10:41:24] - Writing "work/wudata_01.key": (append) successful.
[10:41:24]
[10:41:24] PROJECT="work/wudata_01", NSTEPS=325000, DT=2.0000, DTDUMP=25.000000, TEMP=319.00
[10:41:24] TINKER: Software Tools for Molecular Design
[10:41:24] Version 3.8 October 2000
[10:41:24] Copyright (c) Jay William Ponder 1990-2000
[10:41:24] portions Copyright (c) Michael Shirts 2001
[10:41:24] portions Copyright (c) Vijay S Pande 2001
[10:43:46] Finished a frame (375)
[10:46:05] Finished a frame (376)
[10:48:23] Finished a frame (377)
[10:50:42] Finished a frame (378)
[10:53:00] Finished a frame (379)
[10:55:19] Finished a frame (380)
[10:57:37] Finished a frame (381)
[10:59:55] Finished a frame (382)
[11:02:14] Finished a frame (383)
[11:04:32] Finished a frame (384)
[11:06:50] Finished a frame (385)
[11:09:09] Finished a frame (386)
[11:11:27] Finished a frame (387)
[11:13:45] Finished a frame (388)
[11:16:04] Finished a frame (389)
[11:18:22] Finished a frame (390)
[11:20:40] Finished a frame (391)
[11:22:59] Finished a frame (392)
[11:25:17] Finished a frame (393)
[11:27:36] Finished a frame (394)
[11:29:54] Finished a frame (395)
[11:32:12] Finished a frame (396)
[11:34:31] Finished a frame (397)
[11:36:50] Finished a frame (398)


--- Opening Log file [May 22 11:47:17]


# Windows Console Edition #####################################################
###############################################################################

Folding@home Client Version 3.24

http://foldingathome.stanford.edu
email:help@foldingathome.stanford.edu

###############################################################################
###############################################################################



[11:47:17] - Ask before connecting: No
[11:47:17] - User name: Dimitrij B (Team 3)
[11:47:17] - User ID = 22FFA5542910706D
[11:47:17] - Machine ID: 1
[11:47:17]
[11:47:17] Loaded queue successfully.
[11:47:17] + Benchmarking ...
[11:47:19]
[11:47:19] + Processing work unit
[11:47:19] Core required: FahCore_65.exe
[11:47:19] Core found.
[11:47:19] Working on Unit 01 [May 22 11:47:19]
[11:47:19] + Working ...
[11:47:19] Folding@Home Client Core Version 2.47 (June 14, 2002)
[11:47:19]
[11:47:19] Proj: work/wudata_01
[11:47:19]
[11:47:19] Folding@Home2 Core Shutdown: MISSING_WORK_FILES
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Michael H.W. Weber
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#2 Ungelesener Beitrag von Michael H.W. Weber » 23.05.2003 10:20

Wenn Dein Rechner die "deadline" nicht einhält, löscht FAH die "work files" nach Ablauf der zugehörigen Abgabefrist. Du kannst beim Setup einstellen, daß FAH dies ignoriert. Das hätte dann zur Folge, daß Du zuende rechnen und auch einschicken kannst, jedoch wird die WU dann bereits zur erneuten Berechnung an jemand anderen ausgegeben worden sein, d.h. Du hast Deine Rechenzeit vergeudet (abgesehen von der Tatsache, daß Du dennoch die "credits" für diese WU bekommst).

Was mich wundert ist, daß Du mit deiner exzellent bestückten Maschine überhaupt eine WU findest, die BEI VOLLEM DURCHLAUFEN DES RECHNERS die Abgabefrist überschreitet. Das ist schier UNMÖGLICH. Der Grund dafür ist folgender. Die Abgabefristen werden von Vijays Gruppe so abgestimmt, daß ein Celeron-500 sie schafft. :attention:

Schau jetzt bitte mal in Deinem Setup nach, ob Du so vorkonfiguriert hast, wie ich es in der FAH-Installationsanleitung angeraten habe. Ich befürchte, daß bei Dir die "assembly optimizations" deaktiviert sind. Das bedeutet, daß Du keine FPU-Optimierung (SSE, 3DNow! ext.) einsetzt, wenn eine GROMACS WU geladen wird. Dies wiederum kann passieren, wenn Dein System nicht stabil läuft (übertaktet?). GROMACS verzeiht keine minderwertigen Prime95-basierten Overclocking-Einstellungen. :attention: Du startest zur sicheren Abhilfe (nachdem Du etwaige Übertaktungen entfernt bzw. optimiert hast) mit dem Schalter:

-forceasm

Damit erzwingst Du, daß die FPU-Optimierungen aktiviert werden. Hierdurch soll die Recheneffizienz bis um den Faktor 10 beschleunigt werden.

Michael.
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#3 Ungelesener Beitrag von Michael H.W. Weber » 23.05.2003 10:23

Ich sehe gerade, in obigem Fall hattest Du KEINE GROMACS WU. Beherzige bitte dennoch, was ich schrieb, damit Du keine weiteren Probleme bekommst. Jetzt kann ich mir das Abgabefristproblem nur noch durch ein Verstellen der Systemzeit auf dem betreffenden Rechner erklären. Kommt dies in Frage? :roll:

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#4 Ungelesener Beitrag von exec » 23.05.2003 19:12

Das Problem hat sich von selbst gelöst, nach einer Weile bekam ich dann plötzlich pro 8 Min., also etwas anderes wie 3 Stunden.

Natürlich habe ich deine Vorschläge zwecks optimierung des Clients durchgelesen.

Mfg, bin weiter am crunchen.

exec
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