Aufspüren eines SIGNIFIKANTEN GAH 0.99 "bugs"

[Michael H.W. Weber]

Ich brauche mal eure Hilfe bei der Aufklärung eines möglicherweise ganz üblen "bugs" im wissenschaftlichen Ansatz von Genome@home 0.99. Das Problem habe ich im Stanford-Forum gepostet. Es geht darum, daß GAH 0.99 bei mir für ein bakterielles Kälteschockprotein eine Aminosäuresequenz generiert, die als Ein-Buchstaben-Code ein J enthält. Nun gibt es aber keine Aminosäure, die mit J kodiert wird. Was also passiert hier?

Ich möchte nun natürlich zunächst ausschließen, daß es sich um einen "bug" handelt, der spezifisch von meiner Maschine verursacht wird - auch wenn ich daran nicht wirklich glauben kann. Dazu habe ich bereits auf einem anderen Rechner das Projekt laufen.

Wer mir helfen will, probiere bitte folgendes:

1. GAH 0.99 WU entfernen (oder einfach zuende rechnen lassen und hochladen).
2. GAH 0.99 starten und prüfen, wie groß das geladene Protein ist: Es muß 66 Aminosäuren haben. Wenn nicht, sofort CTRl+C drücken und Client terminieren. Dann dieselbe Prozedur wiederholen. Wenn die geladene WU 66 Aminosäuren hat, prüfen, ob der WU-Name den pdb Code 1c9o (o <> Null) enthält - dann (und NUR dann) ist es die richtige.
3. Client die erste Sequenz rechnen lassen.
4. CTRL+C drücken.
5. Client mit dem Schalter -nonet versehen und neu starten.
6. Rechnen lassen bis zum Umfallen.

Nun bitte die einzelnen Sequenzen untersuchen, ob dort bei euch ein J auftritt. Das bitte dann hier berichten - nichts löschen (benötige unbedingt die "logs"), nichts hochladen, nur erstmal berichten.

Ich hoffe, niemand kann es reproduzieren. Andernfalls sehe ich für GAH dunkle Zeiten heraufkommen - es sind schon 4 Publikationen auf Basis dieses Clients veröffentlicht...

Michael.

[Michael H.W. Weber]

Konnte den Fehler auf einer anderen Maschine reproduzieren.

Michael.

[Michael H.W. Weber]

Aha! Entwarnung! Bei J handelt es sich um ein Tautomeres von Histidin. Also alles im Lot! Mann, bin ich erleichtert. Es gibt noch ein Tautomeres - das wird mit Z abgekürzt.
Puhhhhhhhhhhhhhhhhh - da fällt mir jetzt aber ein Stein vom Herzen. Zeit für'n Cocktail.

Michael.