RMSD zu hoch

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#1 Ungelesener Beitrag von **M. Franckenstein** » 16.02.2003 09:51

Es kann doch nicht sein das meine RMSD - Struktur noch so groß ist ... "Your smallest RMSD structure 10.23" .... Das ärgert mich ein wenig, da ich 24/7 daran arbeite!!! Und ich unser "4ter-wird-5ter-Platz-Problem" hauptsächlich darin sehe, dass wir nicht in der TOP-RMSD-Liste auftauchen ....

JE1SUS

Pascal · #2 Ungelesener Beitrag von **Pascal** » 16.02.2003 10:30

Tja, meine ist auch etwa in deiner Gegend und wird nicht kleiner - das ärgert mich auch ein wenig.

bluumi · #3 Ungelesener Beitrag von **bluumi** » 16.02.2003 11:11

Ich habe 8.596861 und 9.261649
(geschäft / privat)

Ihr müsst blos das DF auch laufen lassen, damit der Wert sinkt

Drakhon · #4 Ungelesener Beitrag von **Drakhon** » 16.02.2003 13:12

Ich hatte das Problem bei anderen Proteinen schon. Da hab ich relativ am Anfang des Proteins einen RMSD Wert gehabt, und der hat sich dann bis zum Ende des Proteins nicht mehr verbessert.
Zur Zeit lieg ich allerdings bei einem (für meinen Rechenaufwand) akzeptablen Wert von 9.44
Der hat sich aber auch shcon länger nicht mehr verbessert.

#5 Ungelesener Beitrag von **M. Franckenstein** » 16.02.2003 14:53

bluumi hat geschrieben:Ihr müsst blos das DF auch laufen lassen, damit der Wert sinkt

Mehr als 24/7 geht leider nicht bei mir ...

bluumi · #6 Ungelesener Beitrag von **bluumi** » 16.02.2003 16:12

Drakhon hat geschrieben:Der hat sich aber auch shcon länger nicht mehr verbessert.

Also den Wert im Geschäft 8.5 habe ich ganz ganz am Anfang gamcht, war damit auch ein weilchen auf der TOP Liste..

Aber ich sehe schon, dass viele andere auch hängen. Aber es ist ja so oder so ein Zufall... Ist ja nicht von Aufbauend auf die Erebnisse also, who cares

Es ist Glücksache ... trotzdem verwunderlich, dass Ihr so wenig Erfolg mit den TOP RMS Plätzen habt, bei den Mengen welche Ihr raufwerft..

Velociraptor · #7 Ungelesener Beitrag von **Velociraptor** » 16.02.2003 23:15

ja komisch also bei mir hängt es jetzt auch bei ~10.?? und das auch schon ne längere zeit

mwannema · #8 Ungelesener Beitrag von **mwannema** » 17.02.2003 14:33

hi zusammen,

meine 9,04... habe ich auch schon seit fast 3 wochen ohne das es einen zucker getan hat.

aber irgendwie muss ich je1sus schon recht geben

gruss
manuel

Zahmekoses · #9 Ungelesener Beitrag von **Zahmekoses** » 17.02.2003 15:19

meine 10,X auch schon seit ewigkeiten...

cya
Zahme

#10 Ungelesener Beitrag von **Michael H.W. Weber** » 17.02.2003 16:38

Meiner verändert sich gelegentlich marginal nach unten. Ich weiß auch nicht, was da los ist. Bei unserem "output" sind wir, denke ich, statistisch gesehen zu schlecht, was den RMSD betrifft.

Michael.

GooRoo · #11 Ungelesener Beitrag von **GooRoo** » 18.02.2003 11:06

Wenn ich mir Mercutios Produktion so anschaue, so finde ich seine 8.9364 auch etwas "arg mikrig", immerhin ist er mit Platz 19. unter den TOP 20 Usern

Glückwunsch und meinen absoluten Respekt dazu

Grüße
GooRoo

Zahmekoses · #12 Ungelesener Beitrag von **Zahmekoses** » 18.02.2003 17:36

man glaubt es kaum, aber er ist es

Weiter so Mercutio nach arachnid könntest du bis Platz 7 kommen

Cya
Zahme

P.S. nachzulesen hier