Neue Veröffentlichung bei GPUgrid

Analyse und Vorhersage von Struktur und Faltungsweg (Folding@home, GPUGRID, Rosetta@home, ...)
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Uwe Sänger Herzke
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Neue Veröffentlichung bei GPUgrid

#1 Ungelesener Beitrag von Uwe Sänger Herzke » 23.08.2010 15:25

Im Forum stand heute folgende Meldung:
Thanks to all volunteers for their contribution in the run of all *JAN* tasks which finally lead to this scientific publication:
J. Selent, F. Sanz, M. Pastor and G. De Fabritiis, Induced Effects of Sodium Ions on Dopaminergic G-Protein Coupled Receptors, PLOS computational biology, 6, e1000884 (2010).

Download it here: Induced Effects of Sodium Ions on Dopaminergic G-Protein Coupled Receptors

Danke an alle Freiwilligen für ihren Beitrag bei der Berechnung der "JAN"-Aufgaben, die schließlich zu folgender wissenschaftlicher Veröffentlichung geführt haben: [...]

HIer der Abstract von der Downloadseite:
Abstract
G-protein coupled receptors, the largest family of proteins in the human genome, are involved in many complex signal transduction pathways, typically activated by orthosteric ligand binding and subject to allosteric modulation. Dopaminergic receptors, belonging to the class A family of G-protein coupled receptors, are known to be modulated by sodium ions from an allosteric binding site, although the details of sodium effects on the receptor have not yet been described. In an effort to understand these effects, we performed microsecond scale all-atom molecular dynamics simulations on the dopaminergic D2 receptor, finding that sodium ions enter the receptor from the extracellular side and bind at a deep allosteric site (Asp2.50). Remarkably, the presence of a sodium ion at this allosteric site induces a conformational change of the rotamer toggle switch Trp6.48 which locks in a conformation identical to the one found in the partially inactive state of the crystallized human ?2 adrenergic receptor. This study provides detailed quantitative information about binding of sodium ions in the D2 receptor and reports a possibly important sodium-induced conformational change for modulation of D2 receptor function.
Die Übersetzung überlasse ich mal den einschlägig vorgebildeten, das ist vermutlich sinnvoller ;)
Grüße vom Sänger
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mxplm
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Re: Neue Veröffentlichung bei GPUgrid

#2 Ungelesener Beitrag von mxplm » 23.08.2010 23:07

Sänger hat geschrieben:G-protein coupled receptors,...
Also hat GPUGrid endlich einen Rezeptor für das Grafikprotein ausfindig gemacht, das auf NVIDIA-Karten den Output erzeugt? Diese neuartigen Graphics Protein Units werden ja auch noch viel zu wenig von anderen Projekten genutzt, gerade POEM, WCG und Rosetta@home könnten das doch gut gebrauchen, wo die doch auch auf dem Gebiet forschen...
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Re: Neue Veröffentlichung bei GPUgrid

#3 Ungelesener Beitrag von Torbjörn Klatt » 24.08.2010 09:30

mxplm hat geschrieben:[...]Graphics Protein Units[...]
Eh, what? Neue Definition von GPU? :roll2: Oder hab ich irgendetwas verpasst? :-?
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Akki
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Re: Neue Veröffentlichung bei GPUgrid

#4 Ungelesener Beitrag von Akki » 01.09.2010 08:00

mxplm hat geschrieben:
Sänger hat geschrieben:G-protein coupled receptors,...
Also hat GPUGrid endlich einen Rezeptor für das Grafikprotein ausfindig gemacht, das auf NVIDIA-Karten den Output erzeugt? Diese neuartigen Graphics Protein Units werden ja auch noch viel zu wenig von anderen Projekten genutzt, gerade POEM, WCG und Rosetta@home könnten das doch gut gebrauchen, wo die doch auch auf dem Gebiet forschen...
:roll2: :roll2:

*rofl*

Allerdings wäre in dem Fall NVidia ganz heimlich mit bionischen Chips am Start, die eigentlich keine 2000 Watt/Chip benötigen sollten. Höchstens ab&zu mal 'nen Traubenzuckerwürfel ... und 'nen Kaffee :drinking:

Akki

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