Alle Conformer eines Candidates mit der gleichen Enthalpie?

[dismit]

Bei den letzten 4 oder 5 Candidates haben alle 20 Conformer eines Kandidaten die gleiche Enthalpie.

Wo liegt der Sinn bei dem ganzen Spiel? Es würde bei solchen Konfigurationen doch reichen, nur einen Conformer zu berechnen ....

.... ist das normal oder evtl. ein Bug mit dem neuen Client?

Dieter


.... und es geht immer so weiter ..... auf beiden PCs ..... ????


P.S.

Beide PCs neu gestartet. Jetzt sind die Ergebnisse wieder normal.

[BrainMcFly]

ich hatte das auch gerade, aber er hat den letzten conformer grad fertiggestellt und nun läuft alles wieder normal, kann es sein, dass es nur bei den neuen Targets auftritt ?

[Michael H.W. Weber]

Nein. Ich mußte eben feststellen, daß es bei mir mit dem aktuellen "candidate" auch bei PTEN so ist: Alle 20 Konformationen waren identisch und das ist natürlich totaler Unsinn.
Starte meine Kiste jetzt mal neu und dann sehen wir weiter...

Michael.

[BrainMcFly]

ich hab mal im tsc-forum gefragt

ein rechner rechnet jetzt beim neuen candidaten wieder normal, also mit unterschiedlichen energien, bug oder zufall ?

[Xentar]

Also, ich hatte auch schon viele Candidates, bei denen alle Conformer die selbe Energie hatten, ABER die Conformer sahen sehr unterschiedlich aus, also vermute ich mal, dass es nur ein Zufall war.

Könnte aber natürlich auch ein Bug in der neuen Version sein.

[Dr.Evil]

Die Frage ist im TSC-Forum schon mehrmals gestellt worden.Hier die Antwort von Sengent's Ken Wallbacher,die mich allerdings nicht ueberzeugt hat.

Smaller candidates and those with few rotatable bonds are more likely to find the optimal fit quickly and could therefore have many or all confomers with the same statistics.

Ken

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Ken Weilbacher

Application Support
kweilbacher@sengent.com

[BrainMcFly]

na so ein mist, ich hab leider im tsc-forum auf die schnelle nix gefunden, naja, vielleicht wird einmal mehr geantwortet....

[Michael H.W. Weber]

Also ich stehe kurz vor der Weißglut. Seit ca. 2 Std. kaut meine Maschine auf ein und demselben "candidate" herum (üblich ist bei mir 2 "candidates" pro Stunde). Da habe ich mit ATM mal nachgesehen und eine zweite JAVA-Kopie mit 50% CPU-Auslastung identifizieren müssen. Natürlich haben alle Konformere wieder dieselben thermodynamischen Daten.

Also, ich hatte auch schon viele Candidates, bei denen alle Conformer die selbe Energie hatten, ABER die Conformer sahen sehr unterschiedlich aus, also vermute ich mal, dass es nur ein Zufall war.

Nix. Alle meiner Konformere haben nicht nur die gleichen Dockingenthalpien, sondern sehen auch 100%ig identisch aus - ALLE! Die haben da massiven Mist gebaut mit ihrem Update-Klienten. Und wie gesagt, alles gültig auch für PTEN.


Michael.

[Arnim Weber]

QMikel: Du solltest das Fenster auf jeden fall schliessen über "X" oben rechts dann nimmt die Java-Applikation 0% in Anspruch !!! Mit geöffnetem Fenster ist das Teil gleich 30% langsamer !

[dismit]

Da scheint noch was nicht zu stimmen:

Ich habe gerade größere Koordinationskomplexe als Conformer. Jeder Conformer braucht 20 bis 30 Minuten. Unterschiedliche thermodynamische Daten sind schon mal gut.

Aber der Client listet nur 4 fertig bearbeitete Conformer während DSpy mir schon 6 fertige auflistet.

Alle seit dem schlechtesten Ergebnis (#4) neu gerechneten Conformer zwischen dem besten und dem schlechtesten werden vom Client nicht gelistet.

Das ist mir jetzt das erste Mal aufgefallen ... weiß nicht ob das schon vorher aufgetreten ist.

Merkwürdigerweise tritt der Unsinn mit den gleichen Energien und auch mit den nicht gelisteten Ergebnissen nur auf, wenn die Ergebnisse positiv sind ....

Gruss
Dieter

P.S. Jetzt sind es schon 7 fertige (DSpy) und der Java-Client ist immer noch bei #4 .... mal sehen, was passiert, wenn die 20 voll sind !?

P.S. #2: Java-Client schließen und neu starten behebt das Problem. Dann wird die Liste neu aufgebaut und diesmal richtig.

[BrainMcFly]

Coole antwort im tsc-Forum: Ja, MANCHMAL kann das vorkommen....

[GrafZahl]

Ich überlege gerade, meine privaten Rechner vom Projekt abzuziehen. TF-Einsatz hin oder her -- solange unklar ist, ob die aktuelle Version des Clients buggy ist, ist mir die Gefahr verschenkter Ressourcen zu groß.
Da puste ich meine Stromrechnung doch lieber mit DF auf...