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Medikamentensuche durch "Docking"-Simulationen (Mapping Cancer Markers, FightAIDS@home, Smash Childhood Cancer, ...)
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Hermes
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#85 Ungelesener Beitrag von Hermes » 03.06.2004 15:02

Hallo

Da wir gerade wieder einen Experten da haben: Wie bringe ich dem Server bei, dass er nur noch einen Client versorgen muß und nicht mehr 3 (er glaubt 4)? Ich habe hier 9 WU's queued und nur einen P II 400 um die abzuarbeiten. Vielen Dank im vorraus für die Hilfe.

PS: Ich bin im moment zu faul um im offiziellen Forum zu suchen und zu fragen. :)

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klausfrog
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#86 Ungelesener Beitrag von klausfrog » 03.06.2004 15:11

Ich nehme an das Du Windose als OS laufen hast mit THINK.

P.S: Damit ich Dich richtig verstehe, Du hattest vorher 3 oder 4 Rechner , die mit Ihrem Clienten in den Server gerechnet haben ?. Oder Du hast THINK mal so eingestellt gehabt, das er 3 oder 4 THINK Instanzen starten soll ?. Wobei die vorgehensweise dann wie unten beschrieben ist auch OK wäre. Die Computernamen.tlg Dateien dürfteste dann auch rausfinden anhand der Rechnernamen. Wenn man mehrere Instanzen des THINK Clienten mal eingestellt hatte , dann heisen die Dateien Computername-1.tlg usw ...

Server Fenster aufmachen. Alle Jobs Deallocaten , die nicht mehr für die anderen Clients rechnen sollen. (Rechte Maustaste "Deallocate").
Natürlich die Jobs vorher markieren, die Deallocated werden sollen.

Dann Server und THINK stoppen.

Gehe dann ins FAD Verzeichnis (von wo der Server läuft) und lösche die Dateien der Clients dort raus. Die Clients mit den Dateien heisen Computername.tlg . Es müssten dann 3 Dateien zu löschen sein in deinem Fall. Computername1.tlg , Computername2.tlg , Computername3.tlg.

Dann Server und THINK neu starten , deine 3 Clients sollten weg sein.

In solchen Fällem mache ich immer ein Backup des betreffenden FAD Verzeichnisses ....

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frank
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#87 Ungelesener Beitrag von frank » 03.06.2004 17:50

Ich hatte ein ähnliches Prob auch schon mal, deshalb klaue ich jetzt einfach die damalig vorgeschlagene Lösung ;) :
Bommer hat geschrieben:Hallo
Schau mal im Verzeichnis nach, wo du FAD installiert hast. Dort findest du eine ISETUP.EXE - Starte diese mal. Unter dem Punkt Options gibts nen Punkt mit Numer of Copies. Dort kannst du einstellen, wieviele Kopien von THINK gleichzeitig berechnet werden können. Wenn du nur eine willst, muss dort eine 1 stehen. Danach einfach auf Update und dann Quit.
Ich hoffe, das klappt heute immer noch, vor einem knappen Jahr hat´s jedenfalls funktioniert.
Gruß
frank

klausfrog
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#88 Ungelesener Beitrag von klausfrog » 03.06.2004 18:12

Die Datei IESetup.exe heist heutzutage bei den neueren THINK Versionen FADsetup.exe .

Üblicherweise ist das das Trayicon rechts unten, woruber man das Setup ändern kann.

Die Einstellungen dort sind dafür üblicherweise bei einer CPU im Rechner 1 oder Auto.

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Hermes
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#89 Ungelesener Beitrag von Hermes » 03.06.2004 22:57

Hallo.

Ja, ich gebe zu ich habe völlig unzureichende Informationen abgegeben. Ich gelobe in Zukunft Besserung.
klausfrog hat geschrieben:Ich nehme an das Du Windose als OS laufen hast mit THINK.
Fedora Core 1 auf dem Server. RedHat 7.2 auf einem Client und Knoppix 3.3 auf dem anderen. Das sind alles Linuxe. :) Ich habe jeweils das Verzeichnis vom Server per NFS gemountet und im gemounteten Verzeichnis dann ".loader" eingegeben. Lief alles problemlos.
klausfrog hat geschrieben: P.S: Damit ich Dich richtig verstehe, Du hattest vorher 3 oder 4 Rechner , die mit Ihrem Clienten in den Server gerechnet haben ?. Oder Du hast THINK mal so eingestellt gehabt, das er 3 oder 4 THINK Instanzen starten soll ?. Wobei die vorgehensweise dann wie unten beschrieben ist auch OK wäre. Die Computernamen.tlg Dateien dürfteste dann auch rausfinden anhand der Rechnernamen. Wenn man mehrere Instanzen des THINK Clienten mal eingestellt hatte , dann heisen die Dateien Computername-1.tlg usw ...

Server Fenster aufmachen. Alle Jobs Deallocaten , die nicht mehr für die anderen Clients rechnen sollen. (Rechte Maustaste "Deallocate").
Natürlich die Jobs vorher markieren, die Deallocated werden sollen.

Dann Server und THINK stoppen.

Gehe dann ins FAD Verzeichnis (von wo der Server läuft) und lösche die Dateien der Clients dort raus. Die Clients mit den Dateien heisen Computername.tlg . Es müssten dann 3 Dateien zu löschen sein in deinem Fall. Computername1.tlg , Computername2.tlg , Computername3.tlg.

Dann Server und THINK neu starten , deine 3 Clients sollten weg sein.

In solchen Fällem mache ich immer ein Backup des betreffenden FAD Verzeichnisses ....
Da verstecket er die Information also. :banghead: Und ich such mir nen Wolf. Also, dass das mehr als nur Logfiles sind, muß auch mal jemand sagen.
Also Server gestoppt (und Client weiter laufen lassen), überflüssige "Logfiles" entsorgt, Server neu gestartet:

Code: Alles auswählen

03-JUN-04 23:00 Server v1.24c started as SERVER for member 5004627
03-JUN-04 23:00 Client 000 : hawk.localdomain
Jetzt bleibt nur noch zu warten, dass in 1-2 Monaten die vorhandene Queue abgearbeitet wird, und dann nicht mehr so viele in der Warteschlange stehen.
Danke Allwissenender :notworthy: zumindest was FAD betrifft :D

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Michael H.W. Weber
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#90 Ungelesener Beitrag von Michael H.W. Weber » 04.06.2004 18:50

klausfrog hat geschrieben:Das mit der Fortschrittsanzeige geht nicht anders.
Der Fortschritt in % zeigt an wieviel Prozent man von dem Job (meist so 9500 bis 10500 Moleküle) an Molekülen berechnet hat.

Je nach dem wie "tief" und wieviele "Bindungen" das THINK Programm nun grade am Molekül berechnet, desto schneller oder langsamer schreiten dann die % voran.

Das weis man vorher halt nicht an welchen Stellen das Molekül nun länger braucht.
So. Jetzt muß ich allerdings nochmal den virtuellen Knüppel auspacken und auf FAD klopfen. :D Simple Frage: Wenn obige Annahme korrekt wäre - und sie ist ja prinzipiell einleuchtend - wie hoch ist dann die Wahrscheinlichkeit, daß das "Haken" STETS am Ende der Fortschrittsanzeige auftritt (man beachte den rot markierten Teil im Besonderen)? Ich würde sagen, diese Wahrscheinlichkeit strebt gegen Null, woraus ich allerdings folgern muß, daß die "Hakerei" eben doch ein klarer Bug des Clients ist. :attention:

Michael.

P.S.: Nachdem ich nun FAD mal wieder laufen habe, hab' ich schon wieder die Haßkappe auf wegen oben beschriebenem Problem.
Fördern, kooperieren und konstruieren statt fordern, konkurrieren und konsumieren.

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Gast

#91 Ungelesener Beitrag von Gast » 04.06.2004 19:06

Hallo Michael,

wie ich shon ein paar Seiten weiter oben schrieb :wink2: : Die Anordnung der Moleküle ist absichtlich so gewählt, daß die voraussichtlich langsamsten zum Schluß berechnet werden. Die Vorhersage ist nicht immer richtig (man erlebt es ab und zu, daß zwischendrin ein paar Moleküle unverhofft Gas geben), so daß sie sich nicht zu einer Verbesserung der prozentualen Fortschrittsanzeige nutzen läßt.
Die Einschätzung der Laufzeit eines Moleküls hängt von der Größe, Rotations- und Konfromationsmöglichkeiten, sowie der vermuteten Bindungsmöglichkeiten ab. Außerdem haben "paßgenaue" Moleküle eine höhere Berechnungsdauer, da sie so lange in dem aktiven Proteinzentrum bewegt werden, bis die minimale(?) Bindungsenergie gefunden ist. Ich hoffe, ich habe das halbwegs richtig wiedergegeben, was ich in den Foren aufgeschnappt habe, und von meinen paar Semestern Chemie noch übrig geblieben ist.

Ich bin persönlich damit ganz zufrieden. Denn lieber läuft eine Berechnung zum Schluß länger als erwartet, als das z. B. einem Offline-Rechner nachts unverhofft die Arbeit ausgeht.

Servus,
Thomas
(Dessen PIII/800 in der Arbeit sich schon seit 600.000 Sekunden an einem Cancer-Job quält, bei 8x% ist und auf oben erwähnte Beschleunigung hofft.)

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Michael H.W. Weber
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#92 Ungelesener Beitrag von Michael H.W. Weber » 04.06.2004 19:42

Ok. Mich regt das auf. :D

Michael.
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#93 Ungelesener Beitrag von frank » 05.06.2004 19:59

Anonymous hat geschrieben:... bis die minimale(?) Bindungsenergie gefunden ist...
Neee, soweit ich das erinnere, wird nach Verbindungen gesucht, bei der die Bindungsenergie möglichst groß ist. Das heißt, bei der Verbindung der Moleküle wird diese Energie frei und verschwindet aus dem System. Deshalb, gemäß der Portemonnaie-Regel ("Alles was daraus verschwindet ist negativ!") ein negatives Vorzeichen. Aber je größer der Zahlenwert, desto mehr Energie muss aufgewendet werden, um die Verbindung wieder zu knacken (oder eben die Bindungsenergie zu "überwinden")....
Mann, Mann, Mann ich befürchte hier outen sich zwei Blinde direkt vor den Augen aller sehenden!!!
(Und ich hoffe, es wird nicht zuuuu peinlich :D , denn ich kann mich schließlich nicht mehr im Schutze der Anonymität verstecken :P ))

frank

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