Rosetta-News

[Obi]

So hier ist der Link zum Rotamer Game: http://boinc.bakerlab.org/rosetta/rah_m ... amer_game/

Ich hab nicht durchgeblickt... habe mich aber auch noch nicht eingehender damit beschäftigt. Vielleicht kann mich ja jemand erleuchten und ne kurze Anleitung auf deutsch geben?

[cappy]

es gibt eine news über rosetta im Nature hier der link dazu leider ist das alles englisch vielleicht könnt ja obi wenn er bissln zeit hat ne zusammenfassung abgeben oder so =)

http://www.nature.com/news/2007/071016/ ... 9765a.html

[Michael H.W. Weber]

Tjo, also den Originalartikel habe ich noch nicht. Die oben verlinkte Zusammenfassung deutet darauf hin, daß David Baker die Strukturvorhersagemöglichkeiten von Rosetta@home auf eine neue Weise genutzt hat. Und zwar dazu, Kristallstrukturdaten auszuwerten. Das Prinzip ist recht clever, da die Vorhersagen bis heute nie 100%ig korrekt sind, aber eben genau genug, um bei der Lösung des sogenannten Phasenproblems zu helfen. Die Idee dabei ist die, daß man ein Protein, dessen Gestalt (= 3D-Struktur) man klären will, zunächst kristallisiert. Dann steckt man diesen Kristall in eine Glaskapillare, die schnell rotierend in einen Röntgenapparillo bugsiert wird. Dieser schießt nun Röntgenstrahlen auf den Kristall. Die Strahlen werden gebrochen und erzeugen auf einem Film ein ganz bestimmtes Punktemuster - das Beugungsmuster. Aus diesem kann man nun bewaffnet mit komplizierter Mathematik und einem Computer die Position jedes einzelnen Atoms des Proteinkristalls im Raum berechnen. Dabei hat man ein mathematisches Problem, das Phasenproblem, zu lösen. Man kann aber - und hier greift David Bakers Ansatz, wenn ich es richtig aus dem mir zur Verfügung stehenden Kaffeesatz lese - auch den umgekehrten Weg gehen. Wenn man eine Kristallstruktur hat, kann man das Beugungsmuster daraus berechnen. Eine altbekannte Angelegenheit. David Baker nimmt nun seine vorhergesagten Modelle, beschreitet den umgekehrten Weg und berechnet das Beugungsmuster. Dann vergleicht er dieses mit dem experimentell erzeugten. Diese Muster stimmen nicht genau überein - es sei denn seine Voraussage wäre exakt - aber sie sind sich so ähnlich, dass man mittels Korrekturfaktoren das Phasenproblem lösen kann. So einfach ist das.
Was bringt das in der Praxis? Nun, da müßte ich jetzt sehr in die experimentellen Feinheiten gehen. Ganz kurz: Oft muß man das bereits kristallisierte Protein nachbehandeln. Dabei läßt man den Kristall z.B. Schwermetallionen aufsaugen, z.B. Gold. Das kostet, ist zeitaufwändig und zerstört den Kristall gelegentlich. Läßt sich also mit der Methode von Baker vermeiden.

Michael.

[Torbjörn Klatt]

[...]
Was bringt das in der Praxis? Nun, da müßte ich jetzt sehr in die experimentellen Feinheiten gehen. Ganz kurz: Oft muß man das bereits kristallisierte Protein nachbehandeln. Dabei läßt man den Kristall z.B. Schwermetallionen aufsaugen, z.B. Gold. Das kostet, ist zeitaufwändig und zerstört den Kristall gelegentlich.
[...]

Das wichtigste ist wohl, dass man eine menge Zeit spart. Denn diese ist bekanntlich Geld

Ich finde es immer wieder interessant solche Artikel zu lesen... kann mir aber die Nature absolut nicht leisten... ~200? für ein Jahresabo... Werde ich wohl warten müssen, bis ich an der Uni bin und in der Unibibliothek lesen kann.

Grüße,
Bohne

[cappy]

für alle rosetta cruncher morgen geht das projekt für ein paarstunden down wegen wartungsarbeiten und serveraktualisierung

Outage Notice: The project will be down tomorrow for a few hours starting at around noon Friday Nov 9th for maintenance and a server upgrade.

[Obi]

David Baker's Rosetta@home journal 11.11.2007:

The rosetta@home research paper is now in print in the Nov 8 issue of Nature, and there is a brief discussion related to rosetta@home in the news section of this issue.

Zu deutsch:

Der rosetta@home Forschungsartikel befindet sich im Druck für die Ausgabe der "Nature" am 8.ten November. Außerdem gibt es eine kurze Diskussion bezogen auf rosetta@home in der Neuigkeitensektion besagter Ausgabe.

[cappy]

neue version is raus

Rosetta@home has been updated to 5.85:

? New features include proper diagnostics for a different kind of symmetry ('D2')

? A fix to the modeling of large symmetric complexes, and a lower memory usage by some of those jobs as well.

? A new output format that may be useful for designing new proteins.

? Some major improvements in the energy function used in RNA structure prediction, which we look forward to testing on a large scale!

[Obi]

Hab das mal im Wiki an entsprechender Stellle aktualisiert...

Hättest du allerdings auch tun können cappy *winkmitdemZaunpfahl* ;D

Und es gibt wieder Neuigkeiten aus David Bakers rosetta@home journal:

We have been working hard on a new streamlined version of rosetta which will soon be running on rosetta@home. there are so many developers of rosetta that the code grew very large and somewhat disorganized, and several members of the rosetta develpment community took it upon themselves to write from scratch a modern completely object oriented version. many others have joined in more recently, and the new version is now almost up to speed. we can tackle some new problems with this new code, as well as all of the old ones, so we will be gradually transitioning over in the next six months.

among the new things to come in the relatively near future include virtual drug screening by large scale docking of small molecules onto protein targets. accurately docking even a single small molecue onto a protien target is fairly computationally intensive, so if we want to dock 100 or 1000 possible drug candidates onto a protein target large scale computing will definitely be critical.

Übersetzung folgt bei Gelegenheit...

[Lasse Kolb]

Ich rechne jetzt auch mal wieder etwas bei Rosetta mit ... :)

[cappy]

ich bin gespannt wie der neue code ausschaut hoffe es bringt dem projekt ein schub

[cappy]

Hab das mal im Wiki an entsprechender Stellle aktualisiert...

Hättest du allerdings auch tun können cappy *winkmitdemZaunpfahl* ;D

Und es gibt wieder Neuigkeiten aus David Bakers rosetta@home journal:

We have been working hard on a new streamlined version of rosetta which will soon be running on rosetta@home. there are so many developers of rosetta that the code grew very large and somewhat disorganized, and several members of the rosetta develpment community took it upon themselves to write from scratch a modern completely object oriented version. many others have joined in more recently, and the new version is now almost up to speed. we can tackle some new problems with this new code, as well as all of the old ones, so we will be gradually transitioning over in the next six months.

among the new things to come in the relatively near future include virtual drug screening by large scale docking of small molecules onto protein targets. accurately docking even a single small molecue onto a protien target is fairly computationally intensive, so if we want to dock 100 or 1000 possible drug candidates onto a protein target large scale computing will definitely be critical.

Übersetzung folgt bei Gelegenheit...

hier eine übersetzung aus unserm forum

@obi ich hoffe das du mein zaunpfahl wieder zurück gestellt hast, sonst würd es doch nix mit dem nachbar ;P*

"Wir haben viel an einer "stromlinienförmigen" Version von rosetta gearbeitet, welche bald bei rosetta@home laufen wird. Es sind so viele Entwickler (Programmierer) bei rosetta, dass der Programmcode sehr groß geworden ist und auch durcheinander.
Einige Mitstreiter der Rosetta Programierer haben nun die Aufgabe übernommen, nochmal von Null anzufangen und jetzt eine moderne, durchgängig objektorientierte Version zu schreiben. Viele andere sind in letzter Zeit dazugestossen und die neue Version wird dadurch beschleunigt.
Neu aufgetretene Probleme mit dem neuen Prgramm, als auch alle alten werden angegangen, so dass wir einen scheibchenweisen Übergang im nächsten halben Jahr erwarten.

Unter den neuen Sachen, die in der nahen Zukunft kommen, wird die Prüfung virtueller Medikamente durch Koppeln von kleinen Molekülen im großen Maßstab an Proteine.
Das genaue Ankoppeln von nur einem kleinen Molekül an ein Protein ist schon sehr aufwendig zu berechnen. Wenn wir 100 oder 1000 möglicher Medikamente an ein Protein koppeln wollen, dann wird verteiltes Rechnen der entscheidende Punkt sein."

[cappy]

mal ein glückwunsch an nobbyyyy als teilnehmer des tages bi rosetta@home