Rosetta-News

Analyse und Vorhersage von Struktur und Faltungsweg (Folding@home, GPUGRID, Rosetta@home, ...)
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cappy
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#49 Ungelesener Beitrag von cappy » 25.07.2007 06:03

hab heute erste beta 5.72 wu´s erhalten

hier mal der text aus dem forum zu 5.72
Rosetta@home has been updated to 5.72; some older workunits will continue to crunch with 5.68 (see previous post). What's new?

This version has a correction to one of the energy terms of the rosetta energy function which could improve discrimination of native structures.

This version fixes a small bug that was slowing down the 'relax' portion of work units.

The version incorporates several new features to the RNA mode that should greatly reduce file transfer for those workunits.

We will also be testing a new high-resolution energy function for RNA!

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Obi
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#50 Ungelesener Beitrag von Obi » 25.07.2007 23:24

Habe ein entsprechendes Update im Wiki vorgenommen.

Die Meldung zu deutsch:
[[Rosetta@home]] wurde auf Version 5.72 aktualisiert; einige ältere [[WU|WU's]] werden noch mit 5.68 berechnet (Siehe voherige Meldung).

Was ist neu?

Diese Version hat eine Korrektur eines Energieterms der Rosetta-Energie-Funktion, welche die Unterscheidung der Ausgangsstrucktur verbessert.

Ein kleiner Fehler wurde behoben, der den "relax" Vorgang der WU's verlangsamte.

Diese Version beinhaltet einige Features für den RNA-Modus, welche den Dateitransfer dieser WU's um einiges reduzieren sollte.

Außerdem werden wir eine neue hochauflösende Energie-Funktion für die RNA testen.

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#51 Ungelesener Beitrag von Obi » 03.08.2007 11:28

Es gibt wieder Neuigkeiten von David Baker (Danke an Sven für die Übersetzung).
David Baker hat geschrieben:I'm at the annual rosetta developers conference which started yesterday and goes through saturday. There are 90 developers from all over the world attending, and there has been a very exciting mix of new algorithmic developments and exciting applications to important biological and medical problems.

In a few weeks I will be describing our work on vaccine design at the upcoming HIV vaccine meeting in Seattle: http://www.hivvaccineenterprise.org/con ... ogram.html, maybe some of you will be there!
Zuletzt geändert von Obi am 03.08.2007 12:27, insgesamt 1-mal geändert.

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Sven
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#52 Ungelesener Beitrag von Sven » 03.08.2007 11:41

Ich befinde mich derzeit auf der jährlichen Rosetta-Entwickler-Konferenz welche gestern begann und bis Samstag dauert. Dort nehmen 90 Entwickler aus der ganzen Welt teil, und dort gab es eine spannende Mixtur aus neuen algorithmischen Entwicklungen und aufregend neuen Anwendungen für wichtige biologische und medizinische Probleme.

In einigen Wochen werde ich unsere Arbeit der Impfstoffentwicklung beim kommenden HIV-Impfstoff-Treffen in Seattle vorstellen: http://www.hivvaccineenterprise.org/con ... ogram.html , vielleicht wird jemand von Euch dort sein!
Done.
MSI B450-A PRO MAX - Ryzen 3 3100 - 16GB - Zotac RTX 2080 Ti Twinfan - Win10 Pro
Galaxy A50
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https://www.youtube.com/watch?v=jYMIkq3NIgE

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#53 Ungelesener Beitrag von cappy » 13.08.2007 00:14

mal wieder ne neue wu version
Rosetta@home has been updated to 5.76; as with the previous update, some older workunits will continue to crunch with 5.68.

This version fixes another bug in high resolution modeling of RNA; due to a rather arcane issue, certain RNA hydrogen bonds were not being scored properly.

We will also be testing a new procedure for closing chainbreaks that should lead to faster recognition that a protein structure is completely wacky, and allow your computer to go on to simulating a new conformation quickly. More efficient, hopefully!
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#54 Ungelesener Beitrag von cappy » 23.08.2007 05:59

so gibt mal wieder neue clienten 5.68 und 5.77beta
Rosetta@home has been updated to version 5.77. The stable release has also been updated to 5.69. Both versions include a bug fix involving the scoring logic for closing chainbreaks
des weitern gibs klein kommentar von david baker ausm rosetta journal

The results of the last few days of computations of Rosetta@home on your computers have been pretty amazing! In collaboration with a group at the NIH, we experimented with adding a very small amount of information about protein structures from nuclear magnetic resonance experiments to the rosetta structure prediction process. this information is fairly easily obtainable, and doesn't seem like it would have much effect, but the results show quite contrary--the models produced are extremely accurate! this has the potential to revolutionize how scientists determine protein 3D structures using NMR data. We would never have been able to test the idea, which came up in a phone conversation several months ago, without all of your contributions.

Today I spoke at the AidsVaccine07 meeting about our work on designing vaccines. Scientists who have been working on this very challenging problem for many years are I think excited about our approach as it is something that hasn't been tried before and makes sense conceptually. While we are still far from a vaccine, our initial results with collaborators at the NIH are promising. I spoke to a reporter from the Wall Street Journal after my talk, and I think she is interested in writing an article on rosetta@home and HIV vaccine design.
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#55 Ungelesener Beitrag von cappy » 01.09.2007 08:24

über rosetta gibs nun ein artikel in der zeitschrif Nature
hier der kommentar von david baker
Congratulations! Your collective results on structure prediction, protein structure refinement, and solving the X-ray crystallographic phase problem with rosetta@home were just yesterday accepted for publication as a research article in the journal Nature which many of you can find at your local newstands (I'll post here when the issue appears in print). As those of you familar with scientific publishing are certainly aware, Nature is probably the most widely read journal in the natural sciences, and only one or two research articles are published in any issue (almost all are shorter letters), so your work will reach a very broad audience and have exceptionally wide impact.
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Norman
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#56 Ungelesener Beitrag von Norman » 01.09.2007 12:49

danke cappy für die news.
schön wäre es jeweils mit ner kleinen übersetzung um unseren "nicht engländern" die news begreiflich zu machen.

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#57 Ungelesener Beitrag von cappy » 01.09.2007 15:46

kein problem

ich könnt nur mit einer google übersetzung dienen da mein englisch kenntnisse recht schlecht sind :X
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#58 Ungelesener Beitrag von Obi » 11.10.2007 20:51

Aus David Baker's Rosetta@home journal vom 08.10.2007
David Baker hat geschrieben:We have made huge progress with the interactive video game version of rosetta. We are on our sixth trial so far, with many improvements being made at each step. in the most recent trials, a subset of the people who have tried have become hooked and played (competitively) for many hours in a row. our goal now is to increase the fraction of people who get really into the game by adding animations and other information at the beginning to help guide people starting to play for the first time.
Within the next month I will be asking for volunteers for a more general trial. The reason for all of the trials is that we want to have the game really perfect before it goes fully public. Again, the two main goals are (1) educational--I'm convinced that people playing the game will gain a huge amount of insight into what biomolecules are and how they work and (2) research--we think people playing the game may be able to find much lower energy structures than the computer working on its own. time will tell!
On the science side, we are just completing two manuscripts describing landmarks in molecular biology: the design of novel enzymes (using computational protein design and rosetta@home) that catalyze chemcial reactions for which there are no naturally ocurring catalysts. (perhaps one of the experts among you can explain what this means on the "discussion" thread). I presented this work at two recent scientific meetings and people were pretty blown away. This opens the door to creating new catalysts for all sorts of chemical reactions that are difficult currently or require toxic or environmentally unfriendly reaction conditions.
Zu deutsch (ohne gewähr =D):
Wir haben riesige Fortschritte mit der interaktiven Videospielversion von Rosetta gemacht. Wir sind bislang bei der sechsten Trial, mit vielen Verbesserungen die in jedem Schritt gemacht wurden. In den neusten Trials, ein Teil der Leute die getestet haben wurden gefesselt und spielten (konkurrierend) viele Stunden am Stück. Unser Ziel ist nun die Teilfraktion von Leuten, die wirklich in das Spiel eintauchen, zu erhöhen, durch das Hinzufügen von Animationen und anderen Informationen welche helfen Erstspieler am Anfang einzuführen.

Während der nächsten Monate werde ich nach Freiwilligen für mehr generelle Tests fragen. Der Grund für all die Versuche ist, dass wir das Spiel wirklich perfekt machen wollen bevor es völlig publik wird. Erneut, die Hauptziele sind (1) pädagogisch – Ich bin überzeugt das Leute die das Spiel spielen, einen sehr großen Einblick in das, was Biomoleküle sind und wie sie arbeiten, bekommen und (2) forschend – Wir glauben Spieler könnten in der Lage sein, viel niedrigere Energie Strukturen als der Computer allein, zu finden. Die Zeit wird es zeigen.

Auf der wissenschaftlichen Seite vervollständigen wir gerade zwei Manuskripte die Meilensteine in der Molekular-Biologie behandeln: Das Desing von neuartigen Enzymen (durch computergestütztes Protein Design und rosetta@home) die chemische Reaktionen katalysieren, für die es keine natürlich vorkommenden Katalysatoren gibt (Vielleicht kann einer der Experten unter euch im „discussion“ Thread erklären was das meint). Ich habe diese Arbeit jüngst auf zwei wissenschaftlichen Treffen präsentiert und die Leute waren schlicht begeistert. Dies öffnet die Tür, neue Katalysatoren für alle Sorten chemischer Reaktionen, die noch schwierig sind oder die giftige/umweltschädliche Reaktionsbedingungen benötigen, zu erschaffen.
PS: Ich werd mich, sobald ich die Zeit dazu finde, noch an die Übersetzung der älteren Einträge von Baker machen und per Edit dem aktuellen vorran setzen um die Rehenfolge zu wahren. Ob ich das aber tatsächlich alles schaffe, kann ich nicht garantieren^^

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#59 Ungelesener Beitrag von Michael H.W. Weber » 12.10.2007 09:46

Da hat der gute David ja eine ganz nette Innovation zu bieten. :D

Michael.
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#60 Ungelesener Beitrag von Obi » 12.10.2007 11:28

Entgegen meiner vorherigen Ankündigung werd ich doch jeweils einen neuen Beitrag für die älteren Journal-Einträge verfassen. Dann leidet zwar die Reihenfolge, dafür sind die einzellnen Postings aber übersichtlicher...

Also dann die Beiträge vom 09.09.2007
David Baker hat geschrieben:As almost all of you know, we had the largest computer failure in the history of Rosetta@Home last Tuesday. Not only were we unable to make use of your valuable contributions, but also all of our internal computers were down as well, so the graduate students and postdoctoral fellows in my research group have had their resaearch projects stalled out. Quite a disaster! Fortunately, Keith and Chance, the computer gurus who keep Rosetta@Home and the group cmputer clusters running, are absolute pros, and they have worked miracles to get the project back on line even with this catastrophic failure. (to give you an idea, whenever anybody at the UW wants to set up a computer cluster or has any question to do with large scale computing hardware, Keith and Chance are the people they go to to find the answer). From Keith's most recent email, it appears that things are not fully back to normal, but hopefully we will be running as strong as ever very soon. In fact, as I will post once we are back up to speed, we have a very pressing scientific challenge we will need all of your help on!
zu deutsch:
Wie viele von Ihnen wissen hatten wir letzten Dienstag den größten Computerausfall der Rosseta@Home Geschichte . Wir waren nicht nur nicht in der Lage Ihre wertvollen Beiträge zu nutzen, sondern es waren außerdem auch all unsere internen Computer betroffen, so dass die Studenten und Habilitationsgefährten ihre Forschungs-Projekte haben aussetzen müssen. Einfach ein Desaster! Glücklicherweise sind Keith und Chance, die Computergurus die Rosetta@Home und den Gruppen Computer-Cluster am Laufen halten, absolute Profis und vollbrachten Wunder um das Projekt sogar mit diesem verhängnisvollen Ausfall wieder online zu bringen (Um Ihnen eine Ahnung zu geben, wann immer irgendjemand an der UW einen Computer-Cluster aufsetzen will oder irgendeine Frage hat, die mit groß kalibriger Computer-Hardware zu tun hat, sind Keith und Chance die Leute zu denen man für eine Antwort geht). Aus Keith's jüngster E-mail geht hervor, das die Dinge noch nicht wieder gänzlich normal laufen, aber hoffentlich werden wir sehr bald wieder so stark wie sonst laufen. Tatsächlich, wie ich posten werde sobald wir wieder unsere Geschwindigkeit erreicht haben, haben wir eine sehr dringende wissenschaftliche Herausforderung bei der wir all Ihre Hilfe benötigen werden!
und weiter:
David Baker hat geschrieben:Now for the good news!

As many of you will remember, you started seeing RNA molecules folding on your screensavers in addition to proteins about 9 months ago. Rhiju had generalized the Rosetta folding methodology beyond proteins to RNA which also adopts folded functional structures in addition to being a critical component in the reading of the genetic code inscribed in DNA. Using your computers, he tested his new RNA folding protocol, and the exciting results he obtained he reported in a paper that was submitted to the proceedings of the national academy of sciences (PNAS) several months ago. The paper was accepted with rave reviews, and has just appeared in print.

It is the policy of the PNAS journal to highlight for each issue the papers of exceptional interest. Your work, as reported in Rhiju's paper, is the major highlight of the issue of PNAS that just appeared! You can read about this months highlights in PNAS at

http://www.pnas.org/misc/highlights.shtml

In this paper, as in all of our papers (quite a few by now!) that have relied absolutely on your contributions, we have thanked all rosetta@home participants and cited by name those contributors who found the lowest energy structures. You can see the list at

http://www.pnas.org/cgi/data/0703836104/DC1/7


Thank you for your contributions, and we look forward to many more important scientific advances with your help at rosetta@home in the next year!
zu deutsch:
Nun die guten Nachrichten!

Wie sich viele von Ihnen erinnern werden, begann Ihr Beobachten des Faltvorganges von RNA Molekülen zu Proteinen, auf Ihrem Bildschirmschoner, vor rund neun Monaten. Rhiju hat die Rosettta Faltungs-Methodik „über Proteine zu RNA“ standardisiert, die auch gefaltete funktionelle Strukturen zusätzlich dazu dass diese ein kritischer Bestandteil sind, durch lesen des in die DNA eingeschriebenen genetischen Codes annimmt. Durch Benutzung Ihres Computers testete er sein neues RNA Faltungs-Protokoll und die aufregenden Ergebnisse die er erreichte beschrieb er in einer Arbeit, die vor einigen Monaten an das Proceedings of National Academy of Sciences (PNAS) übertragen wurde. Diese wurde mit schwärmenden Berichten akzeptiert und ist gerade als Druck erschienen.

Es ist die Politik des PNAS Journals für jede Ausgabe des Blattes außergewöhnliches Interesse hervorzuheben. Ihre Arbeit, berichtet in Rhiju's Report, ist das große Highlight der nun erschienenen PNAS Ausgabe. Sie können über das PNAS-Highlight diesen Monats auf http://www.pnas.org/misc/highlights.shtml lesen.

In dieser Arbeit, wie in all unseren Arbeiten (schon etliche bis jetzt!), die komplett auf unseren Beiträgen aufbauen, haben wir allen rossetta@home Teilnehmern gedankt und jene beim Namen aufgeführt, die die niedrigsten Energiestrukturen fanden. Diese Liste finden Sie unter: http://www.pnas.org/cgi/data/0703836104/DC1/7

Danke für Ihren Einsatz und wir freuen uns auf viele weitere, wichtige wissenschaftliche Fortschritte mit Ihrer Hilfe bei rosetta@home im kommenden Jahr!

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