Rosetta-News

[Der Diplomat]

Danke obi.

As I have described previously, we are actively working on designing HIV vaccines that mimic different portions of the viral coat protein. This is a big effort with seven graduate students and postdoctoral fellows here at the UW working full time with Rosetta to design vaccine candidates, and many collaborating groups in Seattle, the NIH, and elsewhere testing to see if the potential vaccines elicit a neutralizing response to the virus. These very large scale projects are funded by the Gates foundation and the International Aids Vaccine Initiative. I will of course keep all of you posted on advances on this important problem! I should also emphasize that the computational design techniques we are developing for HIV should be applicable to other viruses, and we are thinking about starting up a project on Influenza within the next year.

I haven't described previously a complementary approach in which we design proteins not to mimic the virus, but to bind tightly to and inactivate the virus. We just completed the computational design of the first such protein, and have just started up the experimental testing. Our next step in this project is to design inhibitors that bind to and inactivate other human pathogens, we are currently deciding on the next target to go after.

[Michael H.W. Weber]

Gibt es bei Ropsetta@home eigentlich auch irgendwo eine Übersicht, welche WUs zu welchem Projekt gehören, wie das bei FAH der Fall ist? Wäre ja ganz nützlich zur Projektauswahl...

Michael.

[Der Diplomat]

Hier werden die verschiedenen laufenden Berechnungen kurz erklärt:
Active Workunits

[Obi]

David Baker hat Folgendes geschrieben:

As I have described previously, we are actively working on designing HIV vaccines that mimic different portions of the viral coat protein. This is a big effort with seven graduate students and postdoctoral fellows here at the UW working full time with Rosetta to design vaccine candidates, and many collaborating groups in Seattle, the NIH, and elsewhere testing to see if the potential vaccines elicit a neutralizing response to the virus. These very large scale projects are funded by the Gates foundation and the International Aids Vaccine Initiative. I will of course keep all of you posted on advances on this important problem! I should also emphasize that the computational design techniques we are developing for HIV should be applicable to other viruses, and we are thinking about starting up a project on Influenza within the next year.

I haven't described previously a complementary approach in which we design proteins not to mimic the virus, but to bind tightly to and inactivate the virus. We just completed the computational design of the first such protein, and have just started up the experimental testing. Our next step in this project is to design inhibitors that bind to and inactivate other human pathogens, we are currently deciding on the next target to go after.

Hier nun in deutsch:

Wie ich schon zuvor beschrieben habe, arbeiten wir aktiv am Entwurf von HIV Impfstoffen, die Teile aus dem Virenmantel-Protein imitieren. Dies ist ein großes Unterfangen, mit sieben graduierten Studenten und Habilitationsgefährten, die hier Vollzeit am UW mit Rosetta arbeiten um Impfkandidaten zu entwerfen, sowie vielen kooperierenden Gruppen in Seattle, dem NIH und andernorts, die testen ob die erzeugten, potentiellen Impfstoffe eine neutralisierende Wirkung auf den Virus entfalten. Diese groß angelegten Projekte werden durch die "Gates foundation" und die "International AIDS Vaccine Initiative" finanziert. Ich werde natürlich alle auf dem Laufenden halten, was Fortschritte bei diesem wichtigen Problem anbelangt! Ich sollte denn auch hervorheben, dass die Design-Berechnungstechnik, die wir für HIV entwickeln auch auf andere Viren angewandt werden soll, außerdem überlegen wir, nächstes Jahr ein Influenza Projekt zu starten.

Ich habe bisher noch eine ergänzende Anwendung nicht erklärt, mit der wir Proteine designen die nicht den Virus imitieren, sondern sich mit diesem fest verbinden und ihn deaktivieren. Wir haben kürzlich das Computerdesign für ein solches Protein abgeschlossen und nun mit den experimentellen Tests begonnen. Unser nächster Schritt bei diesem Projekt ist "Blocker" zu erzeugen die sich an andere Krankheitserreger binden und diese deaktivieren, z. Z. entschieden wir uns für das nächste anzustrebende Ziel.

[Bommer]

Hallo

Gibts denn schon messbare Geschwindikeitsvorteil bei der 64-Bit Version ???

Gruss Bommer

[S_Garbe]

Hallo

Gibts denn schon messbare Geschwindikeitsvorteil bei der 64-Bit Version ???

Gruss Bommer

May 7, 2007
We forgot to mention that version 5.64 also includes 64bit applications for windows and linux platforms. These rosetta applications are copies of the 32bit version.

also eher unwahrscheinlich das es Geschwindigkeitsunterschiede gibt

[Der Diplomat]

Neue Version 5.68 wird an die Rechner verteilt.
(Keine Aktion seitens des Nutzers notwendig.)

Änderungen
Diese Version erlaubt es dem Forscherteam Zerlegungen von großen symmetrischen Proteinen in Atomgröße vorzunehmen, bei denen nur Subsysteme sumuliert werden. Ein Fehler im RNA-Modus wurde behoben. Das wird eine neue Art von RNA-Simulation mit übereinander liegenden Basenpaaren erlauben.

[Obi]

A lot of things have happened since I last posted!

For example, with your help, we now have a number of brand new designed enzymes that speed up the chemical reactions they were designed to catalyze by more than 50000 fold! This is a particularly exciting time because with the feedback from the experimental characterization of the designs computed with rosetta we are learning more and more about how to design new enzymes, and with this new knowledge we are constantly improving over our previous best designs. For example, for one of the reactions, the enzymes we had generated up until recently only worked once and then stopped working, but new designs we tested in the last couple of days just keep going. This is definitely a property we want to have in the enzymes we are hoping to design for carbon dioxide fixation and renewable fuel applications.

Zu Deutsch (ich gewährleiste keine hundertprozentige Stimmigkeit, weil müde und unkonzentriert):

Eine Menge Dinge sind passiert seit meiner letzten Meldung!

Zum Beispiel haben wir nun, dank ihrer Hilfe, eine Anzahl brandneuer, desingter Enzyme, die chemische Reaktionen beschleunigen für dessen Katalysation sie durch mehr als 50 000 Faltungen gestaltet wurden! Dies ist eine aufregende Zeit, da wir, mit dem Feedback der mit Rosetta berechneten, experimentellen Beschreibung der Desingns, mehr und mehr über das Gestalten neuer Enzyme lernen und wir mit diesem Wissen permanent, frühere "beste" Desingns verbessern. Beispielsweise arbeitete das Enzym, das wir vor kurzem für eine der Reaktionen generiert hatten, nur einmal und stoppte dann; jedoch arbeiten die neuen, in den letzten paar Tagen getesteten, Desingnes weiter. Dies ist definitiv eine Eigenschaft die wir bei den Enzymen anstreben, die wir zur Kohlenstoffdioxidfixierung und für auswecheselbare Treibstoffanwendungen zu entwickeln hoffen.

[Obi]

Ein weiterer Beitrag von Baker:

I am just putting the final touches on four manuscripts that feature the work that all of you have done (and acknowledge participants who made key contributions) that have been accepted for publication; we will put pdf's of these papers and the others which have involved contributions from rosetta@home participants on the home page soon.

Ian Davis will be training high school teachers on how to use the first version of the "Rosetta Game" in the classroom in two weeks. We have come up with a really simple version that should be easy and hopefully fun to play that focusses on packing sidechains like puzzle pieces in protein cores. I am hoping to make it available to all of you in not too long so you can see what we are up to (and play the game yourself!).

zu deutsch:

Ich bin dabei vier Manuskripten, die für eine Publikation angenommen wurden und welche die Arbeit, die von Ihnen allen getan wurde, zeigt (und jenen Teilnehmern Bestätigung gibt, die Schlüsselbeiträge geliefert haben), den letzten Schliff zu geben; wir werden demnächst diese und weitere Papiere, bei denen Beiträge von rosetta@home Teilnehmern eingebunden sind, als pdf's auf unsere Homepage setzen.

Ian Davis wird High-School Lehrern in zwei Wochen beibringen, wie sie die erste Version des "Rosetta Spiels" im Klassenraum eigesetzen. Wir haben eine recht einfache Version herausgegeben, die leicht und hoffentlich mit Spass zu spielen ist und die sich auf das Einpassen von Seitenketten auf Proteinkerne (wie bei Puzzelteilen) fokussiert. Ich hoffe es allen in nicht allzulanger Zeit zugänglich zu machen, so dass Sie sehen wie weit wir sind (und das Spiel selbst spielen können!).

[DersaureFritz]

Habe heute 6 neue Wu,s erhalten. 3 waren 5.68 und 3 5.70 beta

[arminius]

Seit 5.70 können mehrere Apps verteilt werden.
a.

[DersaureFritz]

Auf jeden Fall rechnen beide Client-Versionen bei mir fehlerfrei!Es ist schon ser lange her,das ich mal einige defekte Wu,s hatte.