Neues Projekt: Rosetta@home

[Dennis Kautz]

Die Mac-Version läuft allerdings nur mit Tiger (10.4) korrekt... mit Panther (10.3x) gibts am laufenden Band "computation errors"

[Lasse Kolb]

Die Mac-Version läuft allerdings nur mit Tiger (10.4) korrekt... mit Panther (10.3x) gibts am laufenden Band "computation errors"

cool, das Problem mit den "Berechnungsfehlern" habe ich hier mit Climate Prediction. (Mac OS X 10.4.2 (8C46), Tiger) :-/

Lasse

[Michael H.W. Weber]

Ich rufe an dieser Stelle mal ausdrücklich dazu auf, uns bei diesem Projekt zu unterstützen. Ich möchte u.a. ungerne, daß wir aus den Top-10 fallen. Momentan sind wir auf dem aufsteigenden Ast. Das Projekt ist noch nagelneu, sehr vielversprechend und zumindest bei mir habe ich bislang keinerlei Probleme mit dem Client entdecken können. Einziges Manko ist die Tatsache, daß der Client relativ viel Arbeitsspeicher fordert. Auf den Clustermaschinen werden wir ihn vielleicht deswegen nicht zum Laufen kriegen - habe aber keine Ahnung, wieviel Speicher Linux selbst wegnimmt. Unter Windows wird es jedenfalls vermutlich kaum flüssig laufen mit 256 MB RAM.

Michael.

[arminius]

Interessehalber schließ ich mich mal dem Aufruf von MHWW an und rechne mit meinem Athlon XP 2600+ ab jetzt bei Rosetta.
Momentan läuft alles problemlos unter WinXP.

a.

[aalerich]

Irgendwann nächste Woche werde ich mal einen Tag ausfallen, aber danach schließe ich mich auch an. Ist zwar auch nur ein XP 2600+ im Komplettbrett, also so schnell wie ein 2300+, aber naja... Ich glaube nicht, daß es Michael nur um die Punkte geht. Und das führt zum doch eigentlichen Hauptzweck der ganzen Rechnerei zurück.

Was nimmt der Klient denn an Speicher?

Mit freundlichen Grüßen
aalerich

[Dennis Kautz]

16 Leute im Team?

Das kann doch nicht alles sein, immerhin sind wir hier mal in den Top10 und haben die Chance, uns hier auch mal zu halten! Vom Sinn des Projekts mal ganz abgesehen... heute wurden die ersten Ergebnisse (bzw. die bisher genauesten Berechnungen) veröffentlicht:

http://boinc.bakerlab.org/rosetta/rah_t ... ctions.php

Wenn wir bis morgen abend nicht mindestens 25 sind, stachle ich den Flame im Bundestagswahl-Thread wieder an!

[arminius]

Habe momentan 2 WU´s, die anscheinend nicht enden wollen. Beide beinhalten den Passus "_no_cst".
Es lässt sich seit einiger Zeit kein Fortschritt erkennen. Beide WU´s rechnen seit einer Stunde und stehen weiterhin bei 1,00%. Ist in dieser Form noch nicht vorgekommen. Die meisten WU wurden innerhalb 3 h fertig gerechnet.
Hat jemand ähnliche Erfahrungen gemacht?

a.

[Patrick Keller]

Bin jetzt auch dabei und wie es scheint kann man sich im Boinc-Verzeichnis in der Datei stdout.txt angucken, was der Core da so rumfuddelt.

Bei meiner ersten Berechnung in weniger als ner Stunde habe ich auf Anhieb einen RMSD (Root Mean Square Distance - Ein Wert der angibt wie stark das Protein vom Original abweicht, je niedriger desto besser) von knapp 5 erreicht ... Nicht das perfekte Ergebnis, aber es hat mich direkt überzeugt. Bei Distributed Folding war für so ein Ergebnis schonma wochenlanges Rechnen von 100 mal so vielen Rechnern von Nöten ...


Außerdem scheint die Berechnung darauf zu basieren, dass
1) ein Protein gegeben ist (irgendwie logisch )
2) bestimmte Parameter für die Berechnung gegeben sind
3) jede Berechnung bestimmte, unterschiedliche Startwerte hat (vermutlich sind dies die einzelnen WUs)


Eine Veränderung im Fortschritt steht für eine vorhergesagt Struktur, wenn man will, kann man sich das auch alles in der txt-Datei angucken.

Ich werd das mal weiter beobachten, man hat ja sonst nix zu tun

So long,
Keller

[huraxprax]

also bei mir hört Rosetta abundzu zu rechnen auf, CPU ist dann nicht mehr ausgelastet und in boincmgr steht Rosetta als aktiver Prozeß, Boinc neustarten geht dann aber ist auch kein Dauerzustand

[laguna]

Ich habe Rosetta mal in mein Rechenportfolio aufgenommen.
Die ersten vier WUs sind geladen und stehen in der Warteschlange.

[Michael H.W. Weber]

heute wurden die ersten Ergebnisse (bzw. die bisher genauesten Berechnungen) veröffentlicht:

http://boinc.bakerlab.org/rosetta/rah_t ... ctions.php

Genau das ist ein weiterer Grund, der mich veranlaßt nochmals nach Helfern zu rufen. Die Leute, die die besten Strukturen finden, werden nicht nur auf der angegebenen Webseite veröffentlicht, sondern auch in eventuellen Publikationen in die "acknowledgements" - also Danksagung - aufgenommen. Nicht, daß man sich dafür was kaufen könnte, aber ich finde es einfach schön.

Man achte darauf, unter Windoof XP Pro die laufende WU nicht per Druck auf "suspend" anzuhalten. Bei mir führte das zu einem Rechenfehler und zum völligen Verlust der WU. Desweiteren mal die "preferences" für das Projekt checken. Voreingestellt ist eine Serververbindungsrate von 0,1 Tag. Das sollte man auf 10 Tage setzen, damit sich der Klient richtig fett mit WUs vollsaugt und zumindest 'ne Weile "offline" werkeln kann.


Schaut euch die Bilder auf der von frost angegeben Webseite mal an. Das sieht recht gut aus...

Wenn wir bis morgen abend nicht mindestens 25 sind, stachle ich den Flame im Bundestagswahl-Thread wieder an!

Michael.

[Dennis Kautz]

Hab meinen Chef für Rosetta gewinnen können