Rosetta-News

[Der Diplomat]

Die Version 5.62 wird nun verteilt:

Rosetta@home has been updated to version 5.62.

This version has the following features and updates:

1. there is now checkpointing for pose and jumping jobs
2. the percent complete has been fixed so that it will no longer go to zero after a restart if a checkpoint or model was made.
3. there are a few science related updates

Es gibt WUs, bei denen es notwendig ist, dass der Client bei der Suche stoppt und an einer anderen Stelle weitermacht. Für diese WUs wurde das Checkpointing eingebunden.
Die Fortschrittsanzeige wurde soweit verbessert, als dass die Anzeige nicht mehr auf Null zurückgeht im Fall, dass ein Checkpoint erstellt oder ein Modell fertig gerechnet wurde.
Des weiteren wurden einige wenige Verbesserungen an der Anwendung vorgenommen, die den wissenschaftlichen Teil betreffen.

Wäre toll, wenn jemand die Übersetzung gegenlesen könnte.

BeamLink Rosetta Forum: http://boinc.bakerlab.org/rosetta/forum ... hp?id=1449

Habe es so ins Wiki eingebunden:
http://www.rechenkraft.net/wiki/index.p ... ninfo#5.62

[RT1984]

Hab da ein kleines Problem: Rosetta hat bei mir noch die V 5.59. Warum updatet der Boincmanager das nicht? Muss ich da irgendwas machen? Bislang hat er sich bei allen Projekten automatisch den neuen Client gezogen

[arri]

Hab da ein kleines Problem: Rosetta hat bei mir noch die V 5.59. Warum updatet der Boincmanager das nicht? Muss ich da irgendwas machen? Bislang hat er sich bei allen Projekten automatisch den neuen Client gezogen

macht er bei rosetta eigentlich auch. vielleicht war der neue client einfach noch nicht zum download bereit als du das letzte mal neue wutzen gezogen hast. beim nächsten mal klappts bestimmt!

[RT1984]

Danke, dann bin ich ja beruhigt. War nur etwas erschrocken, als ich 5.62 las. Dachte mir dann gibts wohl auch 5.60 und 5.61. Daraufhin hat mein DC-Hirn gleich Panik geschoben: "Achtung uralter Client" Aber bei Rosetta kommt wohl 5.62 gleich nach 5.59

[vfrey]

die 5.60 und 5.61 waren Zwischenversionen, die wahrscheinlich in RALPH getestet wurden, aber bei Rosetta nicht zum Einsatz kamen.

[RT1984]

Ah, ok, vielen Dank für die Info

[Der Diplomat]

Rechenpower
Rosetta macht 52,78 TeraFLOPs.

[Der Diplomat]

Nächste Version folgt:

Rosetta@home has been updated to version 5.64

There are a few new things:

1. This version has checkpointing for the fold_and_dock mode!

2. In the previous app (5.62), a change in the BOINC libraries caused a problem with older PowerPC Macs. This update should fix that problem.

3. We have added a new option to allow bigger moves during symmetric refinement of protein complexes.

4. We have also enhanced our ability to guide runs with information from previous runs by perturbing the energy function with a "barcode" (look for the word BARCODE to show up in some of your workunit names).

Übersetzung folgt später.

Hinweis
Man braucht nichts zu machen, die aktuelle Applikationsversion wird von BOINC automatisch mit dem Abholen neuer Arbeitspakete geladen.

[Der Diplomat]

Radarmeldung
Wir werden in 12,8 Tagen von USA überholt.
Wir stehen auf Platz 21 mit einem kläglichen Ausstoß von 13.530 Ergebnissen heute. USA macht 34.258.

[Der Diplomat]

Rechenpower
Rosetta macht 56,28 TeraFLOPs.

[Der Diplomat]

Neues von Dr. Baker:

Welcome to all of our new participants! The recent increase in computing power is very exciting and we are making good use of it!

We had a long meeting today with the three other research groups in Seattle we are collaborating with to create DNA cutting enzymes to correct mutations which cause diseases as I described a week or two ago. Our collaborators have tested a DNA cutting enzyme we have designed that targets mutations responsible for severe combined immunodeficiency disorder (SCID) in human cells and the preliminary results are that it targets the SCID site just as we designed it to! the next steps our collaborators will take with this and other disease targeting enzymes we are designing is to deliver them along with the normal (non disease) version of the gene into mice with the disease and see if the mutations are corrected and the disease cured. my students and I are impatient to see if we can cure human diseases with designed DNA cutting enzymes but our collaborators are emphasizing that a lot of testing has to come first.

I promised an explanaation of my "Search_Pairings" work units. as many of you know, many proteins contain beta strands which pair to form beta sheets. for many proteins, the key to predicting the structure correctly is getting the correct pairing between a critical pair of strands. the problem is that
in some cases the critical pairing forms extremely rarely. in the Search_Pairings work units I solve this problem by making a list of all possible pairings, and at the beginning of each of your calculationsn one of these pairings is randomly selected and forced to be present throughout the calculation of that structure. this procedure ensures that all pairings are sampled at a reasonable frequency so no critical pairings are missed. if you get one of these work units, see if you can pick out the pairing that is being kept fixed!

I am testing this approach out on proteins of known structure. In parallel, graduate student Rob Vernon is using the same approach to build models for the fibers formed by the alpa-synucein protein which are implicated in Parkinson's disease.

Im übrigen für die 64bitter:

We forgot to mention that version 5.64 also includes 64bit applications for windows and linux platforms. These rosetta applications are copies of the 32bit version.

[Obi]

So ich hab mich mal an die Übersetzung der ersten Hälfte des Textes gemacht... um festzustellen, das mein English massiv eigerostet ist

Wer Fehler findet darf sie behalten...

Ein Willkommen an alle neuen Teilnehmer! Die jüngste Zunahme an Rechenleistung
ist sehr beeindruckend und wir machen guten Gebrauch davon!

Wir hatten heute ein langes Treffen mit drei anderen Forschungsgruppen in Seattle, mit denen wir zusammenarbeiten um DNA teilende Enzyme zu erzeugen, die, wie ich vor ein oder zwei Wochen erklärte, Krankheitserzeugende Mutationen korrigieren. Unsere Partner haben ein solches, von uns designetes Enzym gestestet, welches auf Mutationen abzielt, die für schwere kombinierte Immunodeficiencystörung (SCID) in menschlichen Zellen verantwortlich sind; mit den vorläufigen Ergebnissen, dass es, eben genau wofür wir es entwarfen, SCID infizierte Stellen anvisierte. Die nächsten Schritte unserer Partner werden sein, dieses Enzym und andere kranheitenansteuernde Enzyme, die wir erzeugen, zusammen mit der normalen Version des (kranheitsfreien) Genes in Mäuse mit eben jener Krankheit zu injizieren und zu schauen ob die Mutationen korrigiert und die Krankheit kuriert werden. Meine Studenten und ich sind unhaltbar zu sehen ob wir Krankheiten beim Menschen mit designeten, DNA trennenden Enzymen heilen können, aber unsere Partner heben hervor, dass zuerst noch eine Menge getestet werden muss.

Nachtrag: Hier nun der zweite Abschnitt (Rechtschreibfehler sind beabsichtig und dienen zur Belustigung der Leser)

Ich hatte eine Erklärung meiner "Search_Pairings" work units versprochen. Wie viele von Ihnen wissen, enthalten viele Proteine Betafäden(-fasern) (Nebenketten???), die gemeinsam Betablätter (Knäule???) ausbilden. Der Schlüssel zur richtigen Bestimmung der Struktur vieler Proteine liegt darin, den korrekten Zusammenschluss kritischer Fasern zu erhalten. Das Problem in manchen Fällen ist, dass die kritischen Paarungsformen extrem selten sind. Bei den Search_Pairing work units löse ich das Problem, indem ich eine Liste aller möglichen Paarungen erstelle und zu beginn jeder eurer Kalkulationen eine dieser zufällig ausgewählt und während der Kalkulation der Struktur zur Präsenz gezwungen wird. Diese Prozedur gewährleistet, dass alle Paare in angemessener Frequenz probiert werden und keines ins Hintertreffen gerät. Wenn Sie eine dieser work units bekommen, schauen Sie ob Sie das festgehaltene Paar ausfindig machen können!

Ich teste diese Herangehensweise an Proteinen bekannter Struktur aus. Parallel dazu nutzt Rob Vernon (graduierter Student) dieselben Annährungen um Modelle für die am alpha-synucein Protein, durch die Parkinson-Erkrankung entstehenden Fasern, zu erzeugen.

Im übrigen für die 64bitter:

Hinweis auf der Homepage hat Folgendes geschrieben:

Wir vergaßen zu erwähnen das Version 5.64 die 64bit Applikationen für Windows und Linux Platformen enthält. Es handelt sich hierbei um Kopien der 32bit Applikationen.