Rosetta-News

[Mario Kaiser]

schade, dass es keiner übersetzen kann. würde mich schon interesieren, zumal ich fleissig rechne. mein englisch ist leider zu schlecht

[cappy]

geht mir leider auch so

[hias]

Hi eine Weiberfasnacht Lösung:

- minirosetta wird und wurde stabiler gemacht
- letzte Errungenschaft in dieser Angelegenheit ist
minirosetta_1.54 was sehr stabil läuft
- Sie haben 2,5 Millionen WUs in der Warteschlange
- Sie versuchen herauszufinden in welchen Situationen
welche Methode am besten funktioniert und gleichzeitig
wollen sie deren Parameter optimieren
- Sie arbeiten noch mehr an Algorithmen die unbekannte
mit bekannten Sequenzen abgleichen um herauszufinden
wie man den größtne Nutzen aus der rießen Menge von Protein Strukturen
herausziehen kann die Wissenschaftler bereits gesammelt haben.
Dies hat weitere 1,5 Millionen Workunits zur Folge
- Sie optimieren auch die "Energie Funktion (energy function)" und machen
dabei kuriose Entdeckungen wegen dem komformativen Bereich der direkt
die native Struktur umgibt. Sie crunchen auch enorm an der Größte des
Samplings (Abtasten) um sehr "finegrained" (feinkörnig????) zu werden.
- Manchmal weicht die niedrigste Energie Struktur von Rosetta etwas von der
wahren Struktur ab, und sie führen das auf das "xtal packing" zurück.
- Wenn dem so wäre bekommt rosetta eine mehr charakteristische Antwort
über das Proteinaussehen in der Lösung als im "crystal" vorgestal.
- Desweiteren machen sie mehr "docking" wie auch mehrere Untersuchungen
um das sampling für die "abinitio Struktur". Dabei variieren sie mit den Energiekomponenten

Ich will kein gemecker hören wie schlecht ich das übersetzt hab, einfach besser machen sonst gibts paar heiße Ohren.

[Mario Kaiser]

ich bin sehr zufrieden. vielen dank!

[cappy]

ich auch besser wie garnix und man schaut nicht ganz so doof aus der wäsche

[cappy]

eine kleine news

Outage Notice: the project will be down for maintenance starting at 2:00 PST today. We will be upgrading the database server which may take a few hours.

[cappy]

rosetta ist zur zeit down wegen einer wartung

Outage Notice: the project will be down again for maintenance starting at 2:00 PST today. It may take a few hours

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die server sind mittlerweile wieder da hier die meldung

We're up and running again. Sorry for the extended downtime. We ran into some issues while trying to tune the new database server. -DK

[cappy]

zwei neue beiträge im rosetta journal von david baker sind heute erschienen

beitrag 1.

The wonderful work that all of you are doing is keeping me very busy! We are now writing up manuscripts describing the many exciting results that you have obtained. In my next few posts I'll give you a brief overview of each of these.

The first manuscript is called "Simultaneous prediction of protein folding and docking at high resolution". It reports your exciting results with the "fold and dock" runs set up by Rhiju and Ingemar several months ago. Here is the abstract:
Despite recent successes in high resolution de novo modeling, computational methods have yet to achieve blind predictions of proteins in their most commonly occurring functional forms, symmetric homomultimers. Building on the Rosetta framework, we present a general method to simultaneously model the folding and docking arrangements of multiple chains. A benchmark study on large alpha-helical bundles, interlocking beta sandwiches, and interleaved alpha/beta motifs demonstrates the method?s generality, near-atomic accuracy, and potential use in molecular replacement phasing. Further, we present blind tests on a crystallized coiled-coil as well as two dimers with more complex geometries solved by NMR. These results indicate that high-resolution modeling of multimers is within the reach of the structure prediction community and may have immediate practical use for crystallographic phasing and the rapid structure determination of multimers with limited NMR information.

beitrag 2.

The second manuscript I am working on is titled "Alteration of Enzyme Specificity by Computational Loop Remodeling and Design". It describes a new approach using Rosetta to redesign enzymes in the human body to catalyze new reactions. Graduate student Paul Murphy not only developed the new method, but also in the manuscript shows how it can be used to create a new enzyme for gene therapy.

Here is the idea. Suppose a patient needs a transfusion of cells from another person to recover from a disease. There is a small chance that these cells will, rather than helping you, actually cause some new problem. In this case, it is important to be able to selectively kill these cells. For this purpose, special drugs have been developed which are not themselves toxic, but become toxic when broken down by a particular enzyme. If this enzyme is put into the introduced cells, then they can be killed if necessary by giving the drug to the patient.

The problem is--where does this enzyme come from. If it is a human enzyme, then the patient will convert the drug to the toxic compound in his/her normal tissue which would be very bad. If it is an enzyme from bacteria for example, that humans don't have the patient will be safe from the drug. However, our bodies are made to destroy anything that looks foreign, and this bacterial protein certainly will.

Our solution is to take a human enzyme, and keep the outside the same, so the patient's immune system thinks it is a human protein and doesn't destroy it, but change the catalytic site on the inside so that it converts the drug to the toxic compound. In the manuscript, Paul shows how a human enzyme that deaminates guanine can be redesigned by remodeling not only the sidechains but also the protein backbone to deaminate cytosine. While not quite ready for prime time, with some optimization this enzyme could be used in gene therapy as described above.

In this case I don't have much more work to do--the manuscript is already accepted for publication in the Proceedings of the National Academy of Sciences, but it is a bit over their length limit so we have to figure out how to cut out a few words.

würde mich sehr freuen wenn das jemand übersetzen würde, da die google übersetzung nicht so der hit ist *eine freie übersetzung würde mir reichen

gruß cappy

[cappy]

leider hat es noch keiner geschafft die texte zu übersetzen schade, vllt schafft es ja doch mal jemand die sachen zu übersetzen aus der google übersetzung werd ich persönlich nicht ganz schlau draus

trotzdem poste ich die nächsten beiträge aus dem rosetta journal

The third manuscript I am working on is called "Blind docking of pharmaceutically relevant compounds using RosettaLigand". This describes the current state of our efforts towards improving methods for designing new small molecule drugs to combat diseases. The challenge addressed by this paper is to predict how drug molecules bind to proteins--determining how they bind is necessary to improve their efficacy and to identify good candidate molecules in the first place. In two earlier papers we had described the incorporation of small molecule modeling into Rosetta to create the new RosettaLigand drug docking methods, and tested the method on publicly available data sets. However, many of you will not be surprised that much of current drug discovery is being carried out in pharmeceutical companies, and the compounds they are testing are generally not made public (they are akin to trade secrets). We wanted to learn whether RosettaLigand was successful in docking drug compounds in actual drug discovery efforts, and were very fortunate when a large drug company agreed to let Ian Davis, who is working on the project, visit one of their company sites and analyze the results they had gotten with RosettaLigand on their private set of compounds. The results are described in this paper and are very encouraging, not only does RosettaLigand appear to be one of the best current methods for this crucial step in drug design, but also there are some clear avenues for improvement (which weren't evident with the public datasets) which we are now starting to work on.

The fourth manuscript describes rosetta@home predictions in CASP8. as you know with your great help we were again the top ranked group in CASP this year. The manuscript begins:

The CASP8 experiment provided an invaluable opportunity to extensively benchmark the Rosetta protein structure prediction method on a wide range of comparative modeling and free modeling targets. For the targets for which a sequence-detectable structural template existed, target-template sequence alignments were generated, and the Rosetta rebuild and refine protocol was used to generate low energy models. For the small number of targets for which a reliable template could not be identified modeling was carried out using the Rosetta de novo modeling protocol. All targets were subjected to extensive high resolution refinement with the physically realistic Rosetta all-atom forcefield using Rosetta@home.

this one has a due date--March 15--so we have to hurry up a bit!

und ein post aus dem thread structure prediction of zinc binding proteins

A web site video on a cancer-treatment method still under development that may link to your work on metal-binding proteins, at least if they're able to use metal-binding proteins instead of the metal nanoparticles they're trying now:

http://www.hybridmedicalanimation.com/60min.html

Definitely all the other metals are our to-do list and we are very excited about introducing for the first time metal into Rosetta structure modeling.

Could we have some indication of which other metal ions minirosetta can now handle binding to proteins? For example, some which can bind are copper, cadmium, cobalt, iron and magnesium.

Are any more of these planned for the future?




Is mercury also on the list planned for the future? If it is, I'll try to use that to attract some people interested in autism-related conditions to participate in Rosetta@home.

If I decide to start new threads on why proteins binding to other metal ions are important, where would you like me to put them? I've already found a number of web sites to mention.

[www.rekorn.de]

Hier die Promt-Übersetzung:

Das dritte Manuskript, an dem ich arbeite, wird "Blindes Docken pharmazeutisch relevanter Zusammensetzungen genannt, RosettaLigand verwendend". Das beschreibt den gegenwärtigen Staat unserer Anstrengungen zu sich verbessernden Methoden, um neue kleine Molekül-Rauschgifte zu entwerfen, um Krankheiten zu bekämpfen. Die von diesem Papier gerichtete Herausforderung soll voraussagen, wie Rauschgift-Moleküle zu Proteinen - Bestimmung binden, wie sie binden, ist notwendig, um ihre Wirkung zu verbessern und gute Kandidat-Moleküle an erster Stelle zu identifizieren. In zwei früheren Papieren hatten wir die Integration des kleinen Moleküls beschrieben, das in Rosetta modelliert, um die neuen RosettaLigand Rauschgift-Docken-Methoden, und die Methode auf öffentlich verfügbaren Dateien zu schaffen, geprüft. Jedoch werden viele von Ihnen nicht überrascht sein, dass so viel gegenwärtige Rauschgift-Entdeckung in pharmeceutical Gesellschaften ausgeführt wird, und die Zusammensetzungen, die sie prüfen, allgemein nicht bekannt gegeben werden (sie sind zu Geschäftsgeheimnissen verwandt). Wir wollten erfahren, ob RosettaLigand in dockenden Rauschgift-Zusammensetzungen in wirklichen Rauschgift-Entdeckungsanstrengungen erfolgreich war, und sehr glücklich war, als eine große Drogenfirma bereit war, Ian Davis zu lassen, der am Projekt arbeitet, eine ihrer Firmenseiten zu besuchen und die Ergebnisse zu analysieren, die sie mit RosettaLigand auf ihrem privaten Satz von Zusammensetzungen bekommen hatten. Die Ergebnisse werden in diesem Papier beschrieben und, sind nicht sehr ermutigend nur RosettaLigand scheint, eine der besten gegenwärtigen Methoden für diesen entscheidenden Schritt im Rauschgift-Design zu sein, sondern auch es gibt einige klare Alleen für die Verbesserung (die mit dem Publikum datasets nicht offensichtlich waren), an dem wir jetzt anfangen, zu arbeiten.

Das vierte Manuskript beschreibt rosetta@home Vorhersagen in CASP8. weil Sie mit Ihrer großen Hilfe wissen, waren wir wieder aufgereihte Gruppe der Spitze in CASP in diesem Jahr. Das Manuskript beginnt: Das CASP8-Experiment stellte eine unschätzbare Gelegenheit zur Verfügung, die Protein-Struktur-Vorhersagemethode von Rosetta auf einer breiten Reihe des vergleichenden Modellierens und der freien modellierenden Ziele umfassend zu bewerten. Für die Ziele, für die eine mit der Folge feststellbare Strukturschablone bestand, wurden Folge-Anordnungen der Ziel-Schablone erzeugt, und die Rosetta baut wieder auf und verfeinert sich Protokoll wurde verwendet, um niedrige Energiemodelle zu erzeugen. Für die kleine Zahl von Zielen, für die eine zuverlässige Schablone nicht identifiziert werden konnte modellierend, wurde ausgeführt, die Rosetta de novo das Modellieren des Protokolls verwendend. Alle Ziele wurden der umfassenden hohen Entschlossenheitsverbesserung mit dem physisch realistischen Vollatom von Rosetta forcefield unterworfen, Rosetta@home verwendend. dieser hat einen Fälligkeitstag - am 15. März - so müssen wir uns ein bisschen beeilen!

Ein Website-Video auf einer Methode der Krebs-Behandlung noch unter der Entwicklung, die sich zu Ihrer Arbeit an Metall bindenden Proteinen mindestens verbinden kann, wenn sie im Stande sind, Metall bindende Proteine statt des Metalls nanoparticles zu verwenden, versuchen sie jetzt: http://www.hybridmedicalanimation.com/60min.html

Bestimmt sind alle anderen Metalle unsere Getue-Liste, und wir sind über das Einführen für das erste Mal Metall ins Struktur-Modellieren von Rosetta sehr aufgeregt. Konnten wir eine Anzeige haben, welche andere Metallionen minirosetta jetzt Schwergängigkeit zu Proteinen behandeln können? Zum Beispiel sind einige, die binden können, Kupfer, Kadmium, Kobalt, Eisen und Magnesium. Sind nicht mehr dieser plante für die Zukunft? Ist Quecksilber auch auf der für die Zukunft geplanten Liste? Wenn es ist, werde ich versuchen, das zu verwenden, um einige in Autismus-zusammenhängenden Bedingungen interessierte Menschen anzuziehen, an Rosetta@home teilzunehmen. Wenn ich mich dafür entscheide, neue Fäden darauf anzufangen, warum Proteine, die zu anderen Metallionen binden, wichtig sind, wo Sie würde, mich mögen, um sie zu stellen? Ich habe bereits gefunden, dass mehrere Websites erwähnen.

[cappy]

vielen dank für die übersetzung und hier kommt das 5. manuskript

The fifth manuscript describes a very exciting recent discovery made in collaboration with another research group. As many of you know, a large number of diseases, including Alzheimer's, are associated with the folding of a protein not into its normal active state but instead into long repeating fibrils. These are called "amyloid fibrils" and the associated diseases are referred to as "amyloid" diseases. We used Rosetta to design molecules predicted to block the formation of the fibrils, and, strikingly, when these molecules are added to the disease state protein under conditions where it normally forms fibrils, none are formed. We are very excited about this amyloid blocker, but as always I must stress that there are a lot of steps before a finding like this leads to an actually distributed drug.

[www.rekorn.de]

Das fünfte Manuskript beschreibt eine sehr aufregende neue Entdeckung, die in der Kollaboration mit einer anderen Forschungsgruppe gemacht ist. So viele von Ihnen, wissen eine Vielzahl von Krankheiten einschließlich Alzheimer, werden mit der Falte eines Proteins nicht in seinen normalen aktiven Staat, aber stattdessen ins lange Wiederholen fibrils vereinigt. Diese werden "amyloid fibrils" genannt, und die verbundenen Krankheiten werden "amyloid" Krankheiten genannt. Wir verwendeten Rosetta zu Designmolekülen, die vorausgesagt sind, um die Bildung des fibrils, und auffallend zu blockieren, wenn diese Moleküle zum Krankheitszustandprotein unter Bedingungen hinzugefügt werden, wo es normalerweise fibrils bildet, wird niemand gebildet. Wir sind über diesen amyloid blocker sehr aufgeregt, aber weil immer ich betonen muss, dass es viele Schritte gibt, bevor eine Entdeckung wie das zu einem wirklich verteilten Rauschgift führt.

für spätere übersetzungen könnt ihr den folgende seite verwenden: http://www.online-translator.com/