[ANN] F@H Console Monitor

Analyse und Vorhersage von Struktur und Faltungsweg (Folding@home, GPUGRID, Rosetta@home, ...)
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Michael H.W. Weber
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#13 Ungelesener Beitrag von Michael H.W. Weber » 15.07.2002 08:43

@Euler:
Ich habe Win98SE laufen mit nur einem Client. Dort schließen sich Konsolenfenster grundsätzlich nicht ohne äußeres zutun - im Gegensatz zu W2K, wie ich weiß.
Ich denke, Du mußt Dir einfach überlegen, ob Du einen Monitor - oder nenne es ruhig Multifunktions-AddOn - basteln möchtest, welches mit denen der "Konkurrenz" mithalten kann. Sicherlich wird es auch Leute geben, die einfach einen schlichten Textmonitor - so wie Deiner ja nun bereits ist - haben wollen. Das ist gut und dann ist das Ziel ja bereits erreicht. :D Die Mehrzahl der Leute hingegen nehmen bereits vorhandene Monitore wie EM3 oder KDFold oder FoldMonitor zum Vergleich und erwarten von einem neuen Programm, daß es mehr kann als diese und auch bedienungsfreundlicher ist (keine offenen Fenster, keine Textfiles mit 'nem Editor manuell zu bearbeiten). Ich leite das mal aus dem Verhalten im Stanfordforum ab.
Obwohl ich einiges für Textkonsolen und Kommandozeilen übrig habe, geht es auch mir persönlich inzwischen einigermaßen auf den Geist, ständig in den FAH-Verzeichnissen (error logs), im Web (Statistiken, bug reports) und in Molecular Modelling Programmen (WU-Ansicht) herumzuschalten, um an die Daten zu kommen, die mich interessieren. Da wäre natürlich ein einziges Tool, welches all dies möglich macht, nützlich. Darauf hatte ich eigentlich gehofft und für soetwas wäre ich dann auch bereit, meine Grafikkenntnisse "aufzupolieren" und dann einzusetzen (habe mir gestern z.B. mal den Spaß gemacht und ein alternatives Schmetterlings-Icon gebastelt :lol: ).
Was meinen Fehlerreport betrifft: Meine interne Uhr geht eigentlich akkurat und ich habe keine über's Netz verstreuten Clients, sodaß auch Synchronisationsprobleme ausgeschlossen werden können. Nach dem ersten "frame" zeigte Dein Monitor tatsächlich eine WU-Abschlußzeit von etwa 1:00 morgens an - nach dem zweiten "frame" war es bereits der Tag davor um 21:00. Ich habe aber nun verstanden, wie Du die frame-Zeit berechnest und es scheint wieder einmal eine Frage des persönlichen Geschmacks zu sein, was man bevorzugt. Ich bevorzuge eine Endangabe auf Basis des schnellsten "frames". Grund ist, daß ich normalerweise gerne wissen will, wann der Client frühestens (!) eine WU hochladen wird (weil ich dann z.B. zu einem anderen Projekt wechseln möchte oder ähnliches). Auch funktioniert nur so ein halbwegs sauberes "benchmarking" - da will man kaum den Effekt noch anderer Applikationen einbezogen haben. Dies alles wäre also auch ein Gegenstand von Optionseinstellungen. Die halte ich nach Deinen Ausführungen ohnehin für die beste Lösung (vgl. Beispiel Clientverzeichnisangabe).

Michael.
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Euler

#14 Ungelesener Beitrag von Euler » 15.07.2002 13:07

Michael,

...snip...
Ich denke, Du mußt Dir einfach überlegen, ob Du einen Monitor - oder nenne es ruhig Multifunktions-AddOn - basteln möchtest, welches mit denen der "Konkurrenz" mithalten kann.
Einfache Antwort: Nein.
Ich habe mir einen Monitor geschrieben, wie ich ihn mir vorstelle und ihn brauche.
Ich habe ihn dann veröffentlicht, weil ich nicht ausschließe, daß es einige Leute gibt, denen es weniger auf grafischen
Firlefanz als auf korrekte Daten ankommt.
Ich habe in keiner Weise Interesse, mit irgendwelchen anderen "Produkten" in dieser Szene zu konkurrieren.
Dafür ist die Thematik einfach zu uninteressant.

...snip...
Was meinen Fehlerreport betrifft:
Zu einem "Fehlerreport" gehört prinzipiell erstmal ein "Fehler".
Solange Du mir den nicht nachweist, gehe ich davon aus, das meine Berechnungen korrekt sind.
Meine interne Uhr geht eigentlich akkurat und ich habe keine über's
Netz verstreuten Clients, sodaß auch Synchronisationsprobleme ausgeschlossen werden können.
Nach dem ersten "frame" zeigte Dein Monitor tatsächlich eine WU-Abschlußzeit von etwa 1:00 morgens an - nach dem zweiten "frame" war es bereits der Tag davor um 21:00.
Da ich ganz genau weiß, wie der interne Algorithmus funktioniert, versuche ich mal, Deine Angaben zu analysieren:

frame1 -> Laufzeit t1 -> Projected finish [01:00:00]
frame2 -> Laufzeit t1-delta -> Projected finish [21:00:00] (Tag zuvor)
( - delta, weil die 2. frame-time offensichtlich kürzer ausfiel)

Vorhersage-Delta: 4 Stunden (=14.400 sek.)

Da Du sehr sparsam mit Angaben bist, muß ich nun von Annahmen ausgehen.

Annahme: 100 Frames.

14.400 / 100 = 144 Sekunden oder 2 min. 24".
1.)Was ist das für ein Protein, welches so gigantisch unterschiedliche frame-Zeiten hat?
2.)Oder aber, was für ein Job lief während des 1. Frames, der beim 2. nicht mehr lief?

2.) Erscheint mir wahrscheinlicher.
Ist aber rein spekulativ, da Du keine relevanten Daten nennst, sondern lediglich Zahlen in den Raum stellst.

Da man die Finish-Time in Absolutzeit(Uhrzeit) haben willst, muss man zwangsläufig Ereignisse (jobs), die nun mal neben FAH
ablaufen mit berücksichtigen. Ich kann die nicht einfach rechnerisch rausfiltern.
Dann erst bekommst Du idiotische Vorhersagen, die mit Deiner tatsächlichen "Uhrzeit(!)" nichts zu tun haben.

Benchmark ist das genaue Gegenteil !
Da geht es nicht um "Uhrzeit" sondern um "abgezählte Zeitquanten" (Relativzeit).
Deswegen sind (seriöse) Benchmarks auf Multitasking-Platformen sehr fragwürdig.
(Zumindest wenn man permanente load anderer Prozesse hat)

Zur Machbarkeit von Vorhersagen aus 1 oder 2 Messwerten:

Nun, aus einem Messwert ist eher "abenteuerlich", und reines Raten.
Kann stimmen oder auch nicht.
(-> Mein Besipiel mit dem unvorhersehbaren Ereignis.)

Ohne Daten kann man eben nichts berechnen.
(Triviale Erkenntnis, muss aber offensichtlich immer wieder betont werden)

Aus zwei Messwerten, wie in Deinem Fall.
Zwei Punkte auf einer (gedachten) Geraden.
Eine lineare Interpolation, extrapoliert auf ein Ereignis in der Zukunft.
Nicht seriös, aber zulässig, sofern man von einem linearen Zusammenhang ausgehen kann.
Marktforscher, Politiker und andere "snake-oil-peddlers" leben von sowas...

Nun sprichst Du von "Fehler".
Wieso?
Wo ist der Fehler?
Mein Programm tut genau das, was es kann.
Und zwar fehlerfrei.


Ich habe meinen Prediction Algorithmus sehr flexibel ausgelegt.
Im Moment können "arithmetic-mean","floating-average" und "last-frame" Strategien angewandt werden.

Ein "fastest-frame", wie Du ihn vorschlägst, ist leicht machbar und für Deine besondere
Fragestellung nach dem frühesten Zeitpunkt auch sinnvoll. Ich würde ihn aber nicht als
eine generelle Strategie empfehlen.
Braucht aber auch erstmal Daten, um den "fastest frame" zu bestimmen.
Siehst Du ein, das man nach nur einem gerechneten Frame keine (vernünftige) Vorhersage machen kann?

Conclusio:
Ich rüste die "fastest-frame" Strategie nach, schalte die automatische Strategie-Auswahl ab,
und überlasse es dem User per Switch, was er haben will.

Ach ja, und schmeisse alles weg, wenn GROMACS kommt, hehe :-)

Euler

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#15 Ungelesener Beitrag von Michael H.W. Weber » 15.07.2002 14:44

Euler hat geschrieben:Zu einem "Fehlerreport" gehört prinzipiell erstmal ein "Fehler".
Du hast Recht - Fehler habe ich keine gefunden - nennen wir es also besser Testreport. :wink:
Euler hat geschrieben:Siehst Du ein, das man nach nur einem gerechneten Frame keine (vernünftige) Vorhersage machen kann?
Nein. In Abwesenheit von anderer CPU-Beanspruchung ist die "frame"-Bearbeitungsdauer für eine gegebene WU eine Konstante. Ich hab's mal vermessen. Darum kann man auf der Basis eines "frames" eine ziemlich akkurate Voraussage treffen - solange man die Finger vom Rechner läßt.
Euler hat geschrieben:Ich rüste die "fastest-frame" Strategie nach, schalte die automatische Strategie-Auswahl ab, und überlasse es dem User per Switch, was er haben will.
Schön. :D
Euler hat geschrieben:Ach ja, und schmeisse alles weg, wenn GROMACS kommt, hehe :-)
Wieso eigentlich dies? :roll:

Michael.

[edit]: Ich zweifle keine Sekunde daran, daß Du einiges an Grips in den Algorithmus gesteckt hast und bescheinige Dir auch ohne zu zögern, daß Deine Approximierung der von FoldMonitor haushoch (!) überlegen ist (mal ganz abgesehen von den elenden Falschanzeigen des letzteren). :wink:
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Euler

#16 Ungelesener Beitrag von Euler » 15.07.2002 23:13

Nein. In Abwesenheit von anderer CPU-Beanspruchung ist die "frame"-Bearbeitungsdauer für eine gegebene WU eine Konstante. Ich hab's mal vermessen. Darum kann man auf der Basis eines "frames" eine ziemlich akkurate Voraussage treffen - solange man die Finger vom Rechner läßt.
LOL^10...
Konstanten sind wahrlich was anderes.
(Besonders im Kontext mit Computersimulationen komplexer, dynamischer Systeme)

Aber ich habe inzwischen von einem anderen geschätzten Mitglied dieses "Hauses" erfahren, das Naturwissenschaftler das nicht so genau nehmen.

Da fallen mir spontan mehrere Säcke voller Witze zu ein :lol:

Übrigens steht dieses Statement im krassen Widerspruch zu Deinem "Erfahrungsreport".

Frage als Advocatus Diaboli:
"Welches der beiden [konstanten(!)] Framerl hätten's denn gern zur Hochrechnung, huh?" :lol: :lol: :lol:

Oder so:
"Wozu überhaupt ein Monitor?
Einen frame rechnen lassen,ausmessen, konstant, fertig!"

Aber Spass beiseite.
Glaub mir, solltest Du mal - was jedem geschehen kann - von intensivmedizinischen Geräten, die rechnergestützt sind, abhängig sein, so wirst Du froh sein, dass der Programmierer das mit den "Konstanten" sehr ernst und genau genommen hat.

Oder der Programmierer im AKW, bei der Flugsicherung, Raketenfrühwarnsystem, Hurricanvorhersage ... etc.

Mag sein dass Mathematiker/Informatiker Klugscheißer und Haarspalter sind, aber das ist auch gut so in einer Welt, die vital abhängig ist von Maschinen.

Euler

Euler

#17 Ungelesener Beitrag von Euler » 16.07.2002 08:21

Okay,

ein Update des Monitors, mit der von Michael gewünschten "fastestFrame" prediction, steht ab sofort zur Verfügung. Genaueres steht im README.

ftp://blank-it.dyndns.org/pub/FAH/FAHMo ... onitor.exe

Die Unix Version (braucht Python) ist hier:
ftp://blank-it.dyndns.org/pub/FAH/FAHMo ... tor.tar.gz


Euler
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#18 Ungelesener Beitrag von Michael H.W. Weber » 16.07.2002 09:36

Euler hat geschrieben:LOL^10...
Konstanten sind wahrlich was anderes.
(Besonders im Kontext mit Computersimulationen komplexer, dynamischer Systeme)

Aber ich habe inzwischen von einem anderen geschätzten Mitglied dieses "Hauses" erfahren, das Naturwissenschaftler das nicht so genau nehmen.
Das kommt eben auf die Fragestellung an. Wenn ich MD Rechnungen machen will, dann bleibt mir sinnvollerweise nichts anderes übrig als unter FORTRAN mit doppelter Genauigkeit zu arbeiten. :wink: Wenn ich aber die Vorhersage der WU-Rechendauer wissen möchte, um z.B. nach Abschluß derselben manuell die Internetverbindung herzustellen, ein Molekülrendering zu starten oder mir gar 'ne Bratwurst zu kaufen - da reicht mir eine Genauigkeit auf +/- 1 Minute aus. :lol: Und meinen Messungen nach sind die Vorhersagen basierend auf 1 "frame" wesentlich genauer als +/- 1 Minute. Das zeigt übrigens auch Dein Monitor, wenn man mal "last frame" mit "average frame" vergleicht. :D
Euler hat geschrieben:Übrigens steht dieses Statement im krassen Widerspruch zu Deinem "Erfahrungsreport".
?
Euler hat geschrieben:Mag sein dass Mathematiker/Informatiker Klugscheißer und Haarspalter sind
Deswegen lieben wir euch doch! :D

Michael.
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Euler

#19 Ungelesener Beitrag von Euler » 16.07.2002 22:03

Euler hat folgendes geschrieben::

Übrigens steht dieses Statement im krassen Widerspruch zu Deinem "Erfahrungsreport".

?
Easy.
Wenn das mit der sogenannten "Konstanten" so stimmt,
wieso berichtest Du dann ein delta-T-frame > 2 min für die
ersten beiden frames?

Übrigens: Auch eine "fastest-frame-prediction" hätte sich hierbei um 4 Stunden "verschätzt" ...

Euler hat folgendes geschrieben::

Mag sein dass Mathematiker/Informatiker Klugscheißer und Haarspalter sind

Deswegen lieben wir euch doch! :-)
Ahhh... :smoking:

Im übrigen hoffe ich, dass das mit der "fastest-frame" prediction jetzt so eher Deinen Vorstellungen
entspricht.

Gruss
Euler

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#20 Ungelesener Beitrag von Michael H.W. Weber » 17.07.2002 09:48

Euler hat geschrieben:Wenn das mit der sogenannten "Konstanten" so stimmt,
wieso berichtest Du dann ein delta-T-frame > 2 min für die
ersten beiden frames?
Ach so - jetzt verstehe ich. Das galt NUR für meinen ersten Test mit Deinem Monitor. Ich kann es nicht erklären. Ich vermute, mein W98SE hat noch irgend einen anderen Unsinn getrieben. Ich hatte z.B. direkt vor dem Monitor-Test denselben installiert, danach nicht neu gebootet und war zuvor auch noch heftigst mit allen möglichen Java-Applikationen zugange. Vielleicht lag es daran. Ich habe ohnehin feststellen müssen, daß W98SE einigen Unsinn mit der Speicherverwaltung betreibt, insbesondere, wenn die Kiste tagelang ununterbrochen an ist. Das mit dieser zwei-"frame"-Diskrepanz ist also nicht zu verallgemeinern. Ich hätte es vielleicht ausführlicher erzählen müssen. :roll:
Euler hat geschrieben:Im übrigen hoffe ich, dass das mit der "fastest-frame" prediction jetzt so eher Deinen Vorstellungen entspricht.
Jawoll! :D Werde den "Euler-Monitor" jetzt nur noch nutzen. :smoking:

Michael.

P.S.:
1. Nochmal ganz kurz zurück zu GROMACS: Worauf basiert Deine Vermutung, daß Dein Monitor bei den GROMACS WUs nicht mehr einsetzfähig ist? Ich kann das nicht ganz nachvollziehen.

2. Soll ich Deinen Monitor auf www.folding.de.tf zum Download ablegen und wenn ja, was für Kommentare soll ich da reinschreiben?
Fördern, kooperieren und konstruieren statt fordern, konkurrieren und konsumieren.

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Euler

#21 Ungelesener Beitrag von Euler » 17.07.2002 10:46

P.S.:
1. Nochmal ganz kurz zurück zu GROMACS: Worauf basiert Deine Vermutung, daß Dein Monitor bei den GROMACS WUs nicht mehr einsetzfähig ist? Ich kann das nicht ganz nachvollziehen.
Na ja, noch schreibt GROMACS ja überhaupt keine Daten ins FAHlog.txt.
Ich kann nicht abschätzen, wie/ob und inwiefern ein Output kompatibel zu den
jetzigen Log-Dateien ist.
Insgesamt war mein Kommentar aber nicht sooo ernst gemeint :-), da ich das Programm so geschrieben habe,
dass man es den neuen Verhältnissen anpassen kann.

Also eher ein kleiner Scherz, das mit dem "Verschrotten" :-)
2. Soll ich Deinen Monitor auf www.folding.de.tf zum Download ablegen und wenn ja, was für Kommentare soll ich da reinschreiben?
Ja, das wäre gut.
Ich schreib Dir noch ein paar Zeilen zusammen, was Features und Handling angeht.
'Nen kleinen Kommentar kannst Du selber verfassen, wenn Du willst.

Warte aber noch mit dem aktuellen kopieren der Dateien, da sich da im Moment noch was tut.

Ich teste gerade 'ne neue Variante "mix", die "last-frame" und "fastest-frame" kombiniert.
Sieht gar nicht schlecht aus, da durch den "fastest-frame" der obere Wert nicht mehr so wild ausschlagen kann.

Ich schätze, dass ich heute oder morgen 'ne neue Version fertig habe.
Ich melde mich dann.

Bis dann
Euler

P.S.

Äh, wie wär's wenn Du Dir mal ein neues Betriebssystem leisten würdest?
Du würdest auf einen Schlag 'ne Menge Sorgen los ...

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#22 Ungelesener Beitrag von Michael H.W. Weber » 17.07.2002 10:55

@Euler: Okay, ich warte die Monitor-Neuerungen noch ab. Eine Kombianzeige ist natürlich ideal. :D
Was das neue Betriebssystem angeht - ich habe hier 'ne Dual-OS-Installation. Das zweite OS ist W2KPro. Werde demnächst aber wieder Linux als drittes OS holen. Wollte mich damit schon des längeren mal beschäftigen und hatte auch 'ne Triple-OS-Installation schon mal vorliegen. Habe Linux dann aber wieder entsorgt, da ich es kaum benutzt habe. Das soll sich demnächst ändern. Die dc-Clients werden deswegen dennoch weiter unter Windoof laufen müssen, weil Linux mir im Vergleich einfach zu lahm ist (ich weiß, es liegt nicht am OS, sondern an den Compilern zur Clienterzeugung - leider...).

Gruß,
Michael.
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Euler

#23 Ungelesener Beitrag von Euler » 17.07.2002 21:29

Michael H.W. Weber hat geschrieben: ..snip...
Was das neue Betriebssystem angeht - ich habe hier 'ne Dual-OS-Installation. Das zweite OS ist W2KPro.
Na, das is doch schon was.
W2KPro ist nicht so übel, wenn's dann erstmal läuft.
Nur Hände weg von IE 6 und OE, sowie Scripting-Host (!!!)
Da gibt's übrigens einen spitzen Unix Layer "Cygwin32" von Cygnus/Redhat.
Da merkst Du überhaupt kaum noch, dass Du mit dem OS des Feindes arbeitest.

Ich habe darauf einen XFree86 XServer als Frontend (X-Terminal) für meinen
BSD Turbo laufen.
Ich kann Dir sagen, dass das eine *exzellente* Arbeitsumgebung ist. Best of Two
Worlds sozusagen, ohne die Quirks mit "virtuellen" Maschinen (vmware).

Sieh nur zu, dass Du den 98/ME Müll entsorgst.
Da krieg ich schon Schaum vorm Mund (epileptischer Anfall :-? ), wenn ich nur dran denke ...
Werde demnächst aber wieder Linux als drittes OS holen.
Guter Mann!
Die dc-Clients werden deswegen dennoch weiter unter Windoof laufen müssen, weil Linux mir im Vergleich einfach zu lahm ist
Hmm, solltest Du Dich hier als "stats-o-holic" "ge-outed" haben ? :-)

Na ja, alles bequem aussitzen ... :lol:

Fold on!

Euler

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#24 Ungelesener Beitrag von Michael H.W. Weber » 17.07.2002 22:06

Euler hat geschrieben:Hmm, solltest Du Dich hier als "stats-o-holic" "ge-outed" haben ?
Naja, eigentlich eher als Energiesparer. :lol: Ich versuche halt mit dem von mir bezahlten Strom das Maximale an Ergebnissen zu erzielen. :evil2:

Michael.
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