Neues CASP - Protein

[Abdhul]

Anscheinend steht ein neuerlicher Proteinwechsel für Dienstag an!

Also nicht vergessen alle alten Strukturen hochladen.

Von der Homepage:

06/07/2002

- We will begin work on the next CASP target (we have not decided for certain which one yet) around noon EST, on Tues. June 11. Auto- update will update your software to the new protein, but be sure to upload any buffered data before then if you wish to receive credit for it.

Grüße, Paul

[Bananeweizen]

Klasse.

Damit geht eine Woche Berechnung auf drei Computern bei mir den Bach runter, weil ich erst Donnerstag wieder dran komme. Also DF hat sich damit bei mir jetzt echt disqualifiziert.
Die werfen mir inzwischen zu oft alle Planungen über den Haufen.

Ciao, Michael.

[bluumi]

Was soll denn der neuerliche Wechsel jetz schon wieder bringen?!?

Gibt es denn jetzt dauernd wieder nen Wechsle?
Haben die denn nun keine Geduld mehr?
Ist das neue vielleicht kleiner?

Jo, die Geduld sinkt bei mir jetzt auch ...

[Michael H.W. Weber]

Ich hatte doch gesagt, daß es mehrere Proteine zu berechnen gibt. Das erste bearbeiten wir ja gerade. Das zweite ist bereits ausgegeben und dessen Struktur wird NICHT über dc vorhergesagt. Das dritte ist dies (100 Aminosäuren):

http://predictioncenter.llnl.gov/casp5/ ... 1.doc.html

Und das vierte ist dies (154 Aminosäuren):

http://predictioncenter.llnl.gov/casp5/ ... 2.doc.html

Welches von beiden von den DF-Projektleitern zunächst für Dienstag ausgewählt werden wird, ist noch nicht bekannt, weil sie sich selbst noch nicht entschieden haben (ich vermute, sie untersuchen die Sekundärstrukturen und einige andere Eigenschaften, und entscheiden danach).
Ich bin auch etwas angenervt - wollte doch wenigstens die 1 Milliarde Strukturen vollgemacht haben - aber bedenkt bitte, daß es für CASP Abgabefristen gibt. Man kann leider nicht sehr lange auf einem Protein herumrechnen. Also habt etwas Geduld und gebt nicht so schnell auf.

Hier noch einmal alle CASP5-Proteine zusammengestellt:

http://predictioncenter.llnl.gov/casp5/ ... age=casp5/

Wenn ihr die jeweilige "accession number" hier

http://www.expasy.ch/sprot/

eintragt, bekommt ihr noch mehr Informationen.

Gruß,
Michael.

[S_Garbe]

für mich hat sich DF für mindestens einen Monat erledigt - ich kann in dieser Zeit leider nicht auf plötzliche Wechsel reagieren - also werde ich voraussichtlich Genome@Home 0.99 laufen lassen - da werde ich sicher keine böse Überraschung erleben - nur gut das ich erst am Mittwoch in den Urlaub fahre - ansonsten hätte ich wohl so 50 Millionen Strukturen in den Sand gesetzt (wenn 15 PIV 1600 4 Wochen lang nichts anderes machen, kommen wahrscheinlich in etwa soviele Strukturen zusammen - nicht gerechnet das ganze "Kleinvieh" ab PIII 1000 abwärts)

Gruß
Stefan

[Michael H.W. Weber]

für mich hat sich DF für mindestens einen Monat erledigt - ich kann in dieser Zeit leider nicht auf plötzliche Wechsel reagieren

Schon klar! Wenn die DF-Betreiber nicht eher ankündigen können, haben sie eben erst mal Pech gehabt.

Damit geht eine Woche Berechnung auf drei Computern bei mir den Bach runter, weil ich erst Donnerstag wieder dran komme.

Wieviel Strukturen werden da bis Dienstag "verpuffen"?

Wollte die Jungs von DF deswegen gleich mal in deren Forum etwas "aufplustern".

Michael.

[al]

Eigentlich wollte ich DF ja mit meinem neuen 1.2 GHz Duron Server unterstützen. Aber wenn ich so nen Stuss lese und noch dazu der Download bei denen nie funktioniert habe ich da auch keinen Bock mehr zu. Es gibt zwar nicht mehr viele Clients für Linux, aber ich finde schon was anderes...

[Michael H.W. Weber]

Habe sie mal gebührend "aufgeplustert":

http://bane.free-dc.org/forum/showthrea ... 7#post8387

Lag mir schon des längeren auf der Seele und jetzt ist die Katze aus dem Sack. Seit Monaten wird in deren Foren über Folding@Home & Genome@Home hergezogen und selbst sind sie nicht viel besser.

Michael.

[Michael H.W. Weber]

Aber "Holla - die Waldfee!". Ich hätte wissen müssen, das "Jodie" sich einklinken würde. Ihre "messages" im FAH/GAH-Forum hättet ihr mal verfolgen sollen. Sie käme aus Berkley und da könne Stanford ja mal einpacken. Wenn ich sowas schon höre... legt wert darauf, wo sie studiert hat. Total peinlich...
Da geht ja richtig die Post ab in dem "thread" - erstaunlich, was das so lostritt. Bin schon gespannt auf ihre Antwort (die ich köstlich amüsiert lesen und geflissentlich ignorieren werde).

Naja - sieht so aus als wenn DF während der CASP-Phase ca. wöchentlich die Proteine ändern will. Wäre ja nett, sie hätten uns das mal rechtzeitig (!) gesagt, statt es bloß als Antwort auf meine "Meckerpost" zu erwähnen.
Auch sieht es so aus, als wenn sie aufgrund der Serverorganisation die alten Strukturen nicht annehmen können. Fehlt wohl die Finanzkraft. Ist also keine böse Absicht oder Schlamperei und setzt das Ganze ja dann doch in ein etwas anderes Licht.

Michael.

[vfrey]

So ein Stänkerfritze, dieser Mr. Weber...

[Sven]

Hi Leute!

Ich habe mir erlaubt da nochmal nachzutreten, ich weiss ja was zB. meine Tante in Ontario für Strom bezahlt, dank Wasserkraft und Kernkraft.

Eigentlich ist das alles nur noch zum k.....

Tschüs, Sven.

[Michael H.W. Weber]

Aha! Ich hab's gelesen. Jau, ich mußte den Dampf einfach mal ablassen. Wird aber nicht wieder vorkommen... Ist ja auch interessant mal zu erfahren, wie bekannt & anerkannt Rechenkraft.net bei anderen zu sein scheint. Da haben wir ja regelrecht Staub aufgewirbelt. Genial! Und ich hab' zum Abschluß nochmal wieder alle besänftigt.

Michael.

P.S.: Zum Thema wie häufig Proteine gewechselt werden ein Zitat von Howard Feldman:

"we are at the mercy of CASP targets, which are released somewhat sporadically and with various due dates. Between now and the end of August we expect to do 10-20 of them, so that works out to one every week or two. Giving 5 days notice is simply not possible during CASP and we hope you can understand that. Sorry."

Das "autoupdate" soll aber angeblich völlig ohne menschliche Intervention funktionieren. Bei mir hat's nur nach Hand-Restart des Klienten geklappt. Aber ich habe DF auch nicht als Dienst laufen. Vielleicht liegt da der Haken? Beobachtet das doch alle bitte mal am Dienstag, was genau passiert - Howard hätte gerne einen Bericht, um evt. Verbesserungen vorzunehmen.