Zwischenspeicherung

Analyse und Vorhersage von Struktur und Faltungsweg (Folding@home, GPUGRID, Rosetta@home, ...)
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Euler

#13 Ungelesener Beitrag von Euler » 27.05.2002 02:09

Michael H.W. Weber hat geschrieben: ...snipped...

Ich habe am Anfang von FAH2 erleben müssen, was Zwischenspeichern im Einminutentakt für den nächtlichen Schlaf sowie die tägliche Arbeit bedeutet. Glaub' mir, Du willst keine höhere Zwischenspeicherrate (bei den 700ern gebe ich Dir Recht, vgl. oben). :lol:

Michael.
Ahh, komm...
Mein RAID Array schreibt 30MB pro sek. weg.
Da hoerst Du es noch nichtmal klicken :P

Aber mal was ganz anderes...
Ich habe heute meinen Experimentier und Spieltag , und habe mal FreeBSD 4.5 auf meinem
Dual-Athlon installiert. Deshalb gibts heute keine Punkte von mir ...
Die Installation lief total <out of the box>, und ich habe mir sagen lassen, dass fast alle
Linux binaries laufen. Also habe ich gleich mal den FAHClient installiert und bekomme eine
haessliche Fehlermeldung <ELF binary Type 0 unknown >.
Weiss wer was naeheres dazu, oder laeuft ausgerechnet dieser FAHClient nur nicht?
Den Linux compatibility layer habe ich installiert. Muss ich vielleicht noch was anderes beachten?
Irgendwer hier, der sich mit FreeBSD auskennt?

Euler

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Michael H.W. Weber
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#14 Ungelesener Beitrag von Michael H.W. Weber » 27.05.2002 09:12

@Euler: Ich denke, huraxprax oder LinuxFan werden Dir am ehesten weiterhelfen können - ich leider nicht. :cry2:
Dennoch interessiert mich Dein Dual-Athlon-System! :P Was hast Du Dir besorgt? Ich spiele augenblicklich mit dem Gedanken, mir zusätzlich auch solch ein System zuzulegen - und wenn es ein Neukauf sein muß. Mein popeliger TBird@1.1GHz auf dem guten alten A7V macht hier nämlich einen auf Schnecke. So geht das nicht weiter... Die Bytes müssen nur so spritzen!

Michael.
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Euler

#15 Ungelesener Beitrag von Euler » 27.05.2002 15:41

Michael H.W. Weber hat geschrieben:@Euler: Ich denke, huraxprax oder LinuxFan werden Dir am ehesten weiterhelfen können - ich leider nicht. :cry2:
Dennoch interessiert mich Dein Dual-Athlon-System! :P Was hast Du Dir besorgt? Ich spiele augenblicklich mit dem Gedanken, mir zusätzlich auch solch ein System zuzulegen - und wenn es ein Neukauf sein muß. Mein popeliger TBird@1.1GHz auf dem guten alten A7V macht hier nämlich einen auf Schnecke. So geht das nicht weiter... Die Bytes müssen nur so spritzen!

Michael.
Danke, aber das Problem ist gelöst.
Sollte mal jemeand FreeBSD installieren - sehr empfehlenswert - hier ist, was man tun muss:

Code: Alles auswählen

brandelf -t Linux <fileName>
Kurze Erklärung: Im ELF binary header wird normalerweise abgespeichert, auf welchem Betriebssystem die Datei erstellt wurde. Linux ist da aber "schlampig" und tut es nicht, daher muss man mit dem Befehl brandelf nachträglich die Datai als Linux binary kennzeichnen, damit der FreeBSD loader es korrekt erkennt.

Funktioniert auch mit SVR4 und Solaris/86.

Das Dual-Athlon System, auf dem sich FreeBSD wirklich absolut sauber und einfach installieren lies ist folgendermassen aufgebaut:

* Tyan Tiger S2460 Mainboard
* 2 x AMD MP 1900+
* 512 MB registered ECC DDR RAM
* Matrox Millenium G550 AGP
* HighPoint HPT 370 RAID Controller
* 2 x 40GB Western Digital Caviar 7200/ATA100
* Realtek basierter 100MBit Ethernet NIC (noname)

Das einzige, was ich unter FreeBSD rausnehmen musste war die Matrox Karte.
Es gibt da einen Patch, war mir aber im Moment zu stressig, die Driver neu zu kompilieren.
Also hab ich sie kurzerhand gegen eine 35 Euro teure Riva TNT2/64, die ich noch rumliegen hatte, ersetzt. Lief auf Anhieb.

Unter Windows 2000 lief die ursprüngliche config sofort.

Es gibt übrigens auch ein ASUS Dual Atlon MB, jedoch hat Tyan die eindeutig längere Erfahrung mit Dual Athlon Boards, und ich würde auf alle Fälle das Tyan S2460 empfehlen, da es auch das beste Preis/Leistungsverhältnis hat.

Wenn Du ein wenig Mut hast, dann kannst Du den Hinweis, das man nur zertifizierte MP Prozessoren nehmen darf, ignorieren, und einfach XP Typen nehmen. Sie sind nämlich identisch (Palomino Core). Der Preisunterschied ist erheblich...
Auch das (relativ teure) registered ECC RAM ist nicht unbedingt erforderlich, wenn Du nichat alle 4 Banks (max. 2 GB) bestücken willst. Habe im Netz verschiedene reports von Leuten gelesen, bei denen es mit normalen 2100er DDR RAMS läuft.

Tyan warnt jedoch davor.

Alles in allem ist das mit das Beste, was man für DC Projekte im Moment so kriegen kann (zumindest im iA86 Segment).

Solltest Du weitere Fragen haben, schick mir 'ne PM.
Der Bau als solcher ist nicht gerade ein "brainer", jedoch gilt es, einige Dinge zu berücksichtigen. (Richtige Kühlkörper, richtiges Netzteil, Gehäuse & Ventilatoren etc.)

So.
Lange Rede kurzer Sinn, wer unter Linux/FreeBSD faltet, wird von PandeLabs von vorne bis hinten beschissen...
Ich hatte bislang keine Vergleichswerte mit den Athlon Systemen, da auf meinem Linux Server noch ein guter alter AMD K6-III/400 Dienst tut.

Auf der 1900+ Machine rechnet ein ProteinA frame ~ 8 min. unter Windows 2000.
Auf der selben Maschine rechnet ein p127_wwext frame 9'35" (!) unter FreeBSD.

Die Punktedifferenz kann sich jeder selbst ausrechnen. Muss sich dann auch nicht bei seiner Wochenleistung trotz optimaler Hardware "wundern".

Macht euch mal Gedanken über diese Dinge...

Schönen Tag noch

Euler

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Michael H.W. Weber
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#16 Ungelesener Beitrag von Michael H.W. Weber » 27.05.2002 16:47

Also daß FAH unter Linux deutlich langsamer ist als unter Windoof ist lange bekannt - auch wenn ich nicht weiß, woran es liegt - vor allem, da der ganze Kram in Stanford unter Linux entwickelt wird. :roll:

Deine Test zu FreeBSD sind sicher auch für andere sehr interessant! :P

Was das Tiger MP betrifft: Es laufen sogar die Durons mit Morgan-Kern! Frage mich, ob es sich lohnt, das Nachfolgerboard mit dem neueren MPX-Chipset zu holen (größere Speicherbandbreite)?

Wo kriege ich am günstigsten ein neues 430-460 W Netzteil für den Haustiger her?

Michael.
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Arnim Weber

#17 Ungelesener Beitrag von Arnim Weber » 27.05.2002 17:06

schau mal hier nach. ob sie die günstigen sind, weiss ich nicht. allerdings liefern die schnell und zuverlässig und die Verpackung ist gut !!
http://www.frozen-silicon.de/vhe.html?f ... 3ba44e70f5 :evil2:

Zumindest habe ich da auch mein 400Watt Netzteil bestellt.

Euler

#18 Ungelesener Beitrag von Euler » 27.05.2002 17:33

Michael H.W. Weber hat geschrieben:Also daß FAH unter Linux deutlich langsamer ist als unter Windoof ist lange bekannt - auch wenn ich nicht weiß, woran es liegt - vor allem, da der ganze Kram in Stanford unter Linux entwickelt wird. :roll:

Deine Test zu FreeBSD sind sicher auch für andere sehr interessant! :P

Was das Tiger MP betrifft: Es laufen sogar die Durons mit Morgan-Kern! Frage mich, ob es sich lohnt, das Nachfolgerboard mit dem neueren MPX-Chipset zu holen (größere Speicherbandbreite)?

Wo kriege ich am günstigsten ein neues 430-460 W Netzteil für den Haustiger her?

Michael.
Nun das liegt daran, dass der Linux core mit GNU gcc compiliert ist.
Der ist zwar sehr gut und stabil, aber bekanntermassen nicht der schnellste Compiler.
Man könnte diesen Nachteil aber in Stanford ganz einfach rechnerisch bei den Punkten ausgleichen (Wenn man wollte...)

Wenn Du auch ein gutes Gehäuse brauchst - sollte man sich bei so einem System schon gönnen - kannst Du das Antec Servergehäuse mit eingebautem 400W Netzteil nehmen. Das hat auch gleich zwei (leise!) Gehäuseventilatoren eingebaut. Bekommst Du auch bei Frozen-Silicon. Bei dem Antec Netzteil musst Du dann aber noch den Ventilator austauschen, da Dir sonst die Ohren wegfliegen. Ein Föhn ist nix dagegen !!!
Bestell Dir dann gleich nen 8cm silent Fan mit.

Kühlkörper hab ich auch bei FrozenSilicon gekauft. Das sind diese neuen GlobalWin TAK38
mit zweifach Ventilator. Sind sehr schön leise und nicht zu teuer. Meine CPUs laufen bei Vollgas so auf 46°C, was lächerlich wenig ist bei 1,6GHz! Vorteil bei den Dingern ist, dass Du keine Spacer brauchst, da sie ganz locker auf dem Prozessor aufgesetzt werden und dann mit einer Handschraube festgezogen werden. Echt genial.

Euler

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#19 Ungelesener Beitrag von huraxprax » 27.05.2002 18:21

http://web.sumuk.de/martin/folding-freebsd.html
von martin bei uns im Team, da steht es genau beschrieben, ist wohl nicht so einfach wegen den neuen Cores.

P.S. Wenn es ein C-Programm mit gcc kompiliert wäre wäre das kein Problem mit der Geschwinigkeit (3.1 ist schon schnell und kompatibel, außerdem gibt es noch icc als Alternative, siehe DF), aber ist in Fortran geschrieben und die Intel-Compiler haben da offenbar recht mäßige Ergebnisse, g77 soll aber noch langsamer sein.

huraxprax, der keine Ahnung von Fortran hat.

Euler

#20 Ungelesener Beitrag von Euler » 27.05.2002 19:17

huraxprax hat geschrieben:http://web.sumuk.de/martin/folding-freebsd.html
von martin bei uns im Team, da steht es genau beschrieben, ist wohl nicht so einfach wegen den neuen Cores.
Das es so einfach ist habe ich nicht gesagt...
Man muss halt nen fertigen Linux core vorinstallieren, damit der Client gar nicht erst in Versuchung kommt einen runterzuladen. Klar?
P.S. Wenn es ein C-Programm mit gcc kompiliert wäre wäre das kein Problem mit der Geschwinigkeit (3.1 ist schon schnell und kompatibel, außerdem gibt es noch icc als Alternative, siehe DF), aber ist in Fortran geschrieben und die Intel-Compiler haben da offenbar recht mäßige Ergebnisse, g77 soll aber noch langsamer sein.

huraxprax, der keine Ahnung von Fortran hat.

gcc = Gnu Compiler Collection und nicht Gnu CC (C Compiler)
Ist ein und derselbe Compiler für verschiedene FrontEnds wie C,C++, Objective-C,Fortran77 und (ab 3.x) ADA.

Der generierte Objectcode ist stets der gleiche (in Bezug auf Qualität), da die Optimierungsstufen auf dem MetaCode und nicht auf dem SourceCode aufsetzen.

Es ist daher egal, ob was mit gcc (C) oder gcc (f77) compiliert wird.
Allerdings darf man hier nicht Äpfel mit Birnen vergleichen, da C nunmal nicht FORTRAN ist, und im Design der (Quell) Sprachen natürlich schon erhebliche Unterschiede existieren.
Beispielsweise hat C explizite Pointer Notation, was FORTRAN fremd ist.
Also ist z.B.
for(i=1 ; i < 1000000 ; i++)
*p++ = foo:

eindeutig schneller als:

DO 100 I=1,1000000
P(I) = FOO
100 CONTINUE


Der Intel Compiler hingegen wird unter Windows eingesetzt und ist hinsichtlich Geschwindigkeit weitaus optimaler (->Benchmarks). Das liegt daran, dass Intel seine Compiler auf das InstructionCodeSet seiner Prozessoren optimiert (SSE Floating Point etc.).
Bei GNU gcc, der ein Cross Compiler ist, sind die Optimierungen hinsichtlich einer Prozessorarchitektur wie ia86 weitaus weniger ausgeprägt. Man sieht daher bei zeitkritischen Anwendungen -wie MP3 Encoder- relativ häufig AssemblerModule, die dann für verschiedene Prozessoren einer Familie optimiert sind. (Athlon,P3,P4,etc.)
Jawohl, Athlon und P* gehören einer Familie an, was natürlich eine Schande ist :-?

Man wird übrigens nur schwer irgendeinen C Compiler finden, der mit FORTRAN in Bezug auf FloatingPoint Math mithalten kann. Die FORTRAN FP-Libs sind traditionell die ausgereiftesten. Das ist der Grund, warum fast alle wissenschaftlichen NumberCrunching Tasks in FORTRAN geschrieben sind.

Euler

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#21 Ungelesener Beitrag von huraxprax » 31.05.2002 10:46

Was auch immer die Probleme mit den Fortran-Comipilern waren (/me hat davon keine Ahnung), in ein paar Tagen haben sie sich sowieso erledigt, nachdem GROMACS und damit der neue Core komplett in C geschrieben ist.

Zur Verbreitung, also bei uns an der Fakultät arbeiten noch die Astrophysiker mit Fortran, die Teilchenleute und Wissenschaftilches Rechne nur mehr mit C/C++

Was ich eigentlich mit dem möglichen BSD-Problem meinte, war was Martin geschrieben hat mit dem Download-Loop. Sowas hatte ich bei EON (seltsamer Client) einmal, wenn man da nicht '.' in den Library-Pfad eingibt passiert sowas, bevor ich es bemerkt habe hat der mindestens 200 MB gesaugt ;)

Ciao, Benno

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#22 Ungelesener Beitrag von Michael H.W. Weber » 31.05.2002 21:21

Würde mich da natürlich mal interessieren, wie man in C doppelte Genauigkeit darstellt. Das ist nämlich der springende Punkt, warum bei quantenmechanisch angehauchten wissenschaftlichen Programmen FORTRAN verwendet wird. Ich habe es mir mal auf der MixroVAX angeeignet - vor vielen Jahren. Natürlich eine Spaghettisprache... ich weiß... Dennoch...

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#23 Ungelesener Beitrag von Bananeweizen » 02.06.2002 22:36

Michael H.W. Weber hat geschrieben:Würde mich da natürlich mal interessieren, wie man in C doppelte Genauigkeit darstellt.
Doppelt in Bezug auf was? :)

Aber ich denke mal, du meinst einfach 'nen Float64, oder?

Ciao, Michael.

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#24 Ungelesener Beitrag von Michael H.W. Weber » 03.06.2002 11:26

Joh - Berechnungen mit erweiterter Nachkommastellenzahl - weiß nicht mehr, wieviele es waren. :roll:

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