-LinuxFan- hat geschrieben:Wenn das angeblich so eine großartige Aktion ist, warum nimmt dann nicht Vijay Pande mit FAH teil?
Naja, das hat vermutlich wenigstens drei Gründe:
1) Vijay hat es sich eigentlich gar nicht mal zur Aufgabe gemacht, Proteinstrukturen vorherzusagen - die fallen bei FAH fast als "Abfallprodukt" an.
Er ist viel mehr an der Dynamik des Faltungsprozesses interessiert.
2) Der FAH-Ansatz ist zu rechenintensiv, als daß man mit dem vorliegenden System UND DER AKTUELLEN Teilnehmerzahl daran denken könnte, innerhalb von 2.5 Monaten ein Protein voll bis zur Endstruktur "durchzusimulieren".
3) Im Gegensatz zu DF scheint Vijay ein wenig mehr auf dem Boden der Tatsachen zu verweilen: Er testet sein System erst minutiös aus, bevor er sich die Blöße eines solchen Wettbewerbs gibt. Man bedenke, daß ein Versagen von DF im CASP-Test z.B. dazu führen könnte, daß die Teilnehmer danach von dem Projekt nichts mehr wissen wollen - was in meinen Augen übrigens der totale Quatsch wäre.
Eines darf ich vielleicht in diesem Zusammenhang auch mal erwähnen. DF hat den wesentlichen Teil - der nämlich erlauben würde, die Güte des Systems einzuschätzen - bislang nicht durchgeführt: Den echten Blindtest! Man bedenke: Bislang wurden Milliarden von Strukturen errechnet und diese dann mit einer VORGEGEBENEN Struktur verglichen. Bei CASP wird das nicht möglich sein - es gibt keine Vorlage! Es gibt NUR die Aminosäuresequenz. Hier kommt ein neues Element ins Spiel: Die Auswahl der korrekten Struktur ohne weitere Anhaltspunkte. Ich wünsche noch viel Spaß und habe meine Zweifel, daß es erfolgreich verlaufen wird. Dennoch - ohne es auszuprobieren, wird es niemand je erfahren und das ist - meiner Meinung nach - eine Grundeinstellung, die die Amerikaner uns meilenweit voraus haben!
Ich bin dabei,
Michael.
P.S.: Ich vermute, daß die Auswahl der schließlich einzureichenden Struktur auf der Basis der statistisch am häufigsten anfallenden Konformere erfolgen wird. Wenn ich bei 10 Strukturvorhersagen 8 mal eine sehr ähnliche erhalte, dann nehme ich die als die wahrscheinlichste an und reiche sie als Projektergebnis ein - evt. mittle ich sogar noch über die sehr ähnlichen Strukturen (indem ich sie in z.B. SPDBV oder MolMol übereinanderlege und eine "average structure" berechnen lasse). Auf dieser Basis ist es wichtig, sehr viele Strukturen durchzurechnen - was bei der Größe des ersten CASP-Proteins (182 Aminosäuren) schwierig wird. Wir haben 3.3 GStrukturen in ca. 6 Wochen für ein 76 Aminosäuren großes Protein berechnet. Wir würden also - wenn der Rechenaufwand linear ansteigen würde (was nicht der Fall ist: es ist ein höherer Aufwand) - für dieselbe Strukturzahl (mehr) als 12 Wochen benötigen! Und DF wollte eigentlich 10 GSamples für das 76er Protein haben, um eine abschließende Aussage machen zu können - also noch 3x mehr. Das sollte Euch einen Anhaltspunkt über den Rechenaufwand geben und auch erklären, warum das 76er Projekt so abrupt abgebrochen wurde - man will KEINEN TAG ZEIT VERLIEREN. Ich empfehle denen, die DF mögen, hier soviel Rechenpower einzusetzen, wie nur irgendmöglich. Ich halte deren Ansatz immer noch für ziemlich gut und kann durchaus verstehen, warum die sich angesichts des selten durchgeführen CASP-Projekts und der vorliegenden CASP-Fristen dazu aufraffen auch wenn sie damit ihr Projekt gefährden. ZIEMLICH MUTIG!!! Das wird zumindest von mir honoriert.
).
