Was heisst das ???

[Bommer]

Hallo

Kurze Frage. Ich bin erst seit kurzem auch bei DF. Aber in der Statistik steht unter "best RMS in A" eine zahl. Was hat diese den genau zu bedeuten und warum sind da Leute drin, wo 99.999901 drinstehen haben. Rechnen die momentan nicht mehr mit ??? Oder haben die bei diesem Protein noch nicht mitgerechnet???

danke Bommer

[vfrey]

Oder haben die bei diesem Protein noch nicht mitgerechnet???

Genau das...

Ansonsten bedeutet die Zahl, wie nahe die von Dir berechnete Proteinstruktur an das Originalprotein herankommt (sollte das jetzt Unfug gewesen sein, bitte ich um Korrektur... )

[bluumi]

Ansonsten bedeutet die Zahl, wie nahe die von Dir berechnete Proteinstruktur an das Originalprotein herankommt

1 = Original oder 0?

[vfrey]

Zitat von der DF-Website:

native structure = 0

[Michael H.W. Weber]

Joho - wir haben es ja an anderer Stelle schon erwähnt: RMSD = root mean square deviation, also mittlere quadratische Abweichung. Ein Maß für die Abweichung der Aminosäuren des in DF berechneten Modells von der tatsächlich vorgegebenen Proteinstruktur. Je kleiner der RMSD, desto besser stimmt das Modell mit der Vorlage überein und bei RMSD=0 sind sie identisch.

Michael.