henna hat geschrieben:Bei mir läuft Boinc neben F@H. Alle Boinc-Projekte teilen sich die Prozessorleistung, nur protein@home schnappt sich alles.
Ja, das ist richtig. Habe mich auch schon drüber geärgert - allerdings stimmt es nicht, daß ALLE BOINC Projekte mit FAH 1:1 CPU-Last teilen. Einige werden auch von FAH geplättet (z.B. Nano-Hive@home).
@scsimodo: Sagen wir es mal so: Proteins@home berechnet Aminosäuresequenzen, die - wenn sie als Protein gefaltet sind - ein (hoffentlich) funktionelles Ersatzprotein für die jeweilige Vorlage ergeben. Dieses Ersatzprotein kann z.B. funktionstüchtiger sein, als das was die Natur vorgegeben hat (oder aber eben auch schlechter). Der Clou dabei ist: Es geht eben nicht nur um Proteindesign. Die zu erstellende Datenbank sollte auch etliches an neuem Grundlagenwissen darüber liefern, welcher "Aminosäuresequenzraum" (also -vielfalt) sozusagen sich gleich faltet. Daraus kann man dann hoffentlich Regeln ableiten, wie diese Auswahl gleichen Faltungsweges stattfindet. Die Mehrheit der Forscher geht heute davon aus, daß die Seitenketten der Aminosäuren den Faltungsprozeß steuern. Man könnte deshalb behaupten, eine veränderte Aminosäuresequenz kann, falls dies stimmt, nicht die gleiche Proteinfaltung ergeben. Das KANN so sein, ist aber im Experiment oft eben nicht der Fall. Ich bin mir sicher, die Seitenketten spielen eine Rolle, allerdings habe ich die starke Vermutung, daß eben nicht die Seitenketten, sondern das "Backbone" das wesentliche Element des Faltungsvorgangs darstellt und es SPÄTER JE NACH SEITENKETTEN nur eine ganz bestimmte Auswahl gibt, was an "produktivem" (d.h. proteinbildendem) Faltungsweg eingeschlagen werden kann. Diese Vorstellung ist auch die Grundlage für meinen Vorschlag, daß RKN ein eigenes DC Projekt zur Thematik aufsetzen und diesem nachgehen sollte. Das vollständige "sampeln" des kompletten Proteinfaltungsraumes findet meiner Meinung nach nicht statt. Und deswegen wird ein großer Teil der Rechenzeit von Folding@home sozusagen "unproduktiv" verwendet, obwohl ja das an sich clevere FAH nicht den gesamten Faltungsraum durchtestet, sondern nach Auffinden eines Übergangszustandes diesen weiterverfolgt. Leider ist diese "Verschwendung" von Rechenzeit beim heutigen Stand des Wissens (noch) nicht zu vermeiden. Deswegen muß dieses Wissen grundlegend erweitert werden. Und dazu setzen wir einen erheblichen Teil unserer Rechenkraft ein (in der Hoffnung, daß die heutigen Projektleiter mehr von der Angelegenheit verstehen, als wir).
Michael.
