Proteins@home, neues (französisches) Projekt angekündigt

[aalerich]

Michael, Du als unser Spezi, was sagst Du denn zu dem Projekt? Sinnvoll oder eher fragwürdig? Ich frage, weil ich prinzipiell europäische Projekte amerikanischen vorziehen würde. Darüber hinaus ist zwar Rosetta vorbildlich im BOINC-Bereich, aber dafür will Mr. Baker andererseits keinen Artikel für's Buch schreiben...

Fragend grüßend
aalerich

[Michael H.W. Weber]

Also ich bin zwar auch enttäuscht, daß David Baker keine Zeit für einen Artikel hat finden können, denke inzwischen aber nicht, daß man ihn jetzt deswegen abstrafen sollte (obwohl ich auch erst keine Lust mehr hatte, ihn weiter zu unterstützen). Wenn er meint, unsere Idee mit dem Buch ist ihm seine Zeit nicht wert, ist das eben sein Eindruck. Da kann man nur eines tun, nämlich ihm beweisen, daß dieser Eindruck falsch war, indem man das Buch zu einem Erfolg bringt. Dann wird er bei einem neuen Angebot unsererseits vermutlich anders an die Sache rangehen (falls wir ihm nochmal solch ein Angebot unterbreiten - ich jedenfalls werde so bald kein neues Buch anstoßen).
Was Proteins@home betrifft, so haben wir ja deren Artikel vorliegen. Bis ich den aber nicht gelesen habe, kann ich kaum eine seriöse Auskunft geben, außer daß ich die oben angedeutete Grundidee für sinnvoll halte. Genome@home hatte so etwas gemacht und auch Rosetta bietet mit RosettaDesign einen Server (kein DC-Projekt) an, der für ein Vorlageprotein Alternativsequenzen designed. Ich komme auf die Fragestellung aber nochmal zurück - nach Lesen des Artikels...

Michael.

[aalerich]

Ich will ihn auch nicht "abstrafen", zumal er mein kleines bißchen Rechenleistung wohl auch kaum bemerken dürfte. Aber es gibt ein paar Argumente, die mich europäische Projekte favorisieren lassen. Dazu zählt z.B., daß ich Europa als Forschungsstandort und Europäer als Forscher lieber unterstützen möchte als die Amis. Das hat auch etwas mit der bei uns noch nicht so extremen Kommerzialisierung der Wissenschaft zu tun. (Nur mal so als Beispiele)
Gegen Rosetta habe ich ja auch nichts, im Gegenteil, für ein BOINC-Projekt ist das wirklich vorbildlich. Beispielsweise die Möglichkeit, die WUgröße selbst zu wählen... Ich wußte gar nicht, daß das mit BOINC überhaupt geht.

Daß die Grundidee Sinn ergibt ist doch schon einmal eine Auskunft. Und da die Betreiber sich die Mühe gemacht haben, einen Artikel zu verfassen, stehen sie wohl auch mit einer gewissen Ernsthaftigkeit und einem gewissen Engagement hinter ihrem Projekt. Laß' Dich nicht drängeln, eine "umfassende Analyse" des Projektes hat wohl Zeit; diese Eiweißprojekte scheinen unvorstellbare Rechenkapazitäten zu brauchen und daher wird uns dieses vermutlich lange erhalten bleiben.

Mit freundlichen Grüßen
aalerich

[Bananeweizen]

Wir haben seit ein paar Minuten auch eine Kategorie:Europäisches Projekt zusätzlich zur bereits bestehenden Kategorie:Deutsches Projekt. Weitere Einträge sind dort sehr willkommen...

[Rincewind]

Wir haben seit ein paar Minuten auch eine Kategorie:Europäisches Projekt zusätzlich zur bereits bestehenden Kategorie:Deutsches Projekt. Weitere Einträge sind dort sehr willkommen...

Also bleiben die deutschen Projekte als eigene Kategorie und nicht als Unterkategorie zu den europäischen Projekten?

EDIT:
ich hab den Eintrag zu Proteins@home mal etwas ausführlicher gestaltet, bin mir aber nicht 100 Prozent sicher ob ich den Text des Projekts richtig verstanden habe. Also tut was jeder anständige Wiki-Benutzer tut: Schaut auch den Eintrag an und bastelt dran rum!

[aalerich]

Wir haben seit ein paar Minuten auch eine Kategorie:Europäisches Projekt zusätzlich zur bereits bestehenden Kategorie:Deutsches Projekt..

Ausgezeichnet! Auch wenn ich mich eher selten im Wiki herumtreibe...

Mit freundlichen Grüßen
aalerich

[Norman]

sieht für mich so aus wie ein zwischending von rosetta und simap.
was machen die denn jetzt genau ?
ich hatte bisher noch keine gelegenheit die komplette erklärung durchzulesen.

[Michael H.W. Weber]

Also ich habe jetzt schon mal eine Maschine auf Proteins@Home angesetzt, da die 100.000 Credits bei QMC in Kürze voll sein werden. Ich werde dann noch mehr Kisten umsatteln, bis bei Rosetta regelmässig CAPRI-WUs ausgegeben werden. Mir scheint, Proteins@Home ist wirklich sehr ähnlich zu Genome@home.

Michael.

[magihatfertig]

Wie werden denn bei proteins@home die Credits vergeben? Ich hab da einige unregelmäßigkeiten. Eine meiner Wus wurde 2 mal ausgegeben, beide hatten nen claimed credits von ca 6. bekommen haben aber beide ca 20! bei ner anderen wu bekam ich als einziger von 3en 0 credits, die anderen beiden 11, obwohl alle ca die gleiche anzahl, 6 glaub ich, gefordert haben. Wie ist das zu erklären?

[Rincewind]

sieht für mich so aus wie ein zwischending von rosetta und simap.
was machen die denn jetzt genau ?
ich hatte bisher noch keine gelegenheit die komplette erklärung durchzulesen.

Also, Proteins@home hat im Prinzip das gleiche Ziel wie Rosetta, es möchte vorhersagen über Proteinstrukturen machen, allerdings wird dazu nicht wie bei Rosetta eine Software entwickelt die das Protein bzw. die Aminosäureketten immer wieder in eine neue Form 'biegt', sondern man versucht von Proteinen deren 3D-Struktur man kennt die Aminosäurensequenz zu ermitteln, die wahrscheinlichste wird dann mit dem Protein in einer Datenbank gespeichert (wie bei Rosetta gilt auch hier: je mehr Energie bei der Faltung frei wird, desto wahrscheinlicher). Wenn man nun eine neue Sequenz findet deren Struktur nicht bekannt ist, wird diese mit den Sequenzen in der Datenbank verglichen, um so Schlüsse auf die Form des Proteins ziehen zu können. Man geht davon aus, dass je ähnlicher die Sequenzen sind, desto ähnlicher auch die Proteine sind. Anhand der Abweichungen die es wohl geben wird, möchte man neue Erkenntnisse über die Faltung der Proteine gewinnen.

Ein kleiner Unterschied zu Rosetta wäre auch noch, dass hier 'nur' eine Datenbank angelegt wird, wohingegen Rosetta die Faltungssoftware weiterentwickelt und somit immer genauere und komplexere Vorhersagen ermöglicht.

hm, ich sollte wohl den Wiki-Eintrag zu Proteins noch einmal überarbeiten *g*

[Norman]

besten dank für die erklärung.
ich hoffe mal bestes für das frische projekt.

[Michael H.W. Weber]

So, mit Ausnahme von meinem Laptop, der zu 50% auf Folding@home und zu 50% auf WCG läuft, habe ich heute sämtliche Maschinen auf Proteins@home angesetzt. Bei QMC sind die angkündigten 100.000 Credits inzwischen nämlich erreicht worden.

Michael.