Aktuelles von Rosetta@home

[Michael H.W. Weber]

Bei mir nicht. Der Linuxrechner lädt jede einzelne fertiggestellte WU sofort hoch, rechnet grundsätzlich erst mal den kompletten Bunker leer und lädt erst dann neue WUs - um dann z.B. festzustellen, daß das Netz gerade down ist. Der eine XP Pro Rechner lädt - je nach Projekt - gar nichts hoch, bis alles leer ist oder bis ich manuell auf "aktualisieren" gehe. SIMAP verhält sich z.B. so. QMC hingegen nicht (lädt jede WU sofort hoch). Einige Projekte laden grundsätzlich die selbe Anzahl an WUs - z.B. QMC - andere laden unterschiedlich viel. Da alle die selben Prefs benutzen, bin ich schon etwas verwirrt...

Michael.

[guenterhb]

Dieses komische Ladeverhalten könnte am longterm_debt/short_term_debt liegen, das hatte ich auch schon öfters mal. Diese beiden Variablen dienen dazu, kurzfristig und langfristig die %-Anteile der einzelnen Projekte auszubalancieren, wenn man im Boinc-Client mehrere Projekte installiert hat und mehrere gleichzeitig aktiv hat. Wenn man dann ein Projekt anhält, daß noch einen größeren positiven oder negativen Wert bei einer dieser Variablen hat, läuft es komisch, und das pendelt sich auch nach längerer Wartezeit nicht so recht ein.

Lösung: Boinc-Client beenden und dann gaaaanz vorsichtig die client_state.xml editieren. Für jedes Projekt gibt es dort die Zeilen

Code: Alles auswählen

<short_term_debt>123.45678</short_term_debt>
<long_term_debt>456.7890</long_term_debt>

Beide Werte in allen Projekten auf 0 setzen, fertig. Damit hat der Boinc-Client Zeitguthaben/Zeitschuldern der einzelnen Projekte vergessen, und alles wird gut

[aalerich]

So ähnliches Verhalten habe ich auch mit XP Home und nur einem aktiven Projekt sowohl bei Rosetta als auch bei SIMAP. Allerdings werden die WUs sofort hochgeladen, nur gemeldet werden sie nicht. Neue Arbeit wird erst geholt wenn alles abgearbeitet ist. Die Cachegröße pendelt sich ein, ja, aber wenn der Projektserver bei Fertigstellung der letzten WU down ist... Und da ich seit einer ganze Weile die gleiche alte BOINC-Version nutze und das Problem früher nicht bestand habe ich auch Zweifel, ob das am Klienten liegt.

Mit freundlichen Grüßen
aalerich

[Hagen]

Hallo Loids,

habt ihr DAS mal gesehen?

TeraFLOPS estimate: 41.715

Wie geht das? Das waren ja nicht mal Werte während CASP7, woher kommen in den letzten Tagen ca. 8 TFLOPS mehr? Von mir jedenfalls nicht

Gruss
Hagen

[scsimodo]

Wie geht das? Das waren ja nicht mal Werte während CASP7, woher kommen in den letzten Tagen ca. 8 TFLOPS mehr? Von mir jedenfalls nicht

SETI ist seit Tagen down, das sind wohl die User, deren Fallback-Projekt jetzt eingreift Wär schön, wenn aber doch ein paar von den Hosts bei Rosetta hängen blieben...

[aalerich]

Wär' schön, wenn SETI dauerhaft down bliebe...

schmunzelnd grüßend
aalerich

[aalerich]

Dieses BOINC ist echt der letzte Mist...
Da Riesel Sieve down ist wollte ich mir ein paar Rosetta-WUs ziehen, habe Rosetta also fortgesetzt und neue Arbeit zugelassen. Der Download startete auch sofort, gleichzeitig wurde wohl ein neuer Core geladen (Rosetta 5.25). Soweit, so gut. Nur sind die WUs ja kleiner als der Core und daher schneller runtergeladen. Kaum waren die WUs da stellt BOINC fest, daß es dafür keinen Core hat und schrottet die WUs...

Nur noch den Kopf schüttelnd
aalerich

[scsimodo]

Jetzt tut sich was bzgl. HIV-Berechnungen:

Zitat David Baker:

Our first vaccine design calculations have just been sent out on rosetta@home! We are taking a number of different approaches to vaccine design; in the calculations that are just being sent out we are aiming to stabilize a portion of the HIV surface protein, GP120, in its active conformation so it can be used as a vaccine. We are keeping the portion of the protein that interacts with a cell surface receptor called CD4 constant, but redesigning the remainder to increase its stability. The lowest energy designs that are returned from all of your runs will be analyzed here, and the most promising of these sent to our collaborators at the NIH for testing as possible vaccines.
This first batch of work units is relatively small--look for work units beginning "PSH"; there will be a much larger batch next week and we will give them more informative names so you can tell what you are looking at.

[Rincewind]

Es ist doch immer wieder schön wenn man auch sieht dass ein Projekt Fortschritte macht und seinem Ziel einen Schritt näher gekommen ist!

[Michael H.W. Weber]

Ok - er will was gegen das Andocken von HIV an die Zielzellen unternehmen; also der klassische Ansatz. Sind andere auch schon länger dran. Ich hoffe, da kommt noch etwas mehr. Vor allem sollte er sich auf invariante HIV-Proteine bzw. -Proteinsegmente konzentrieren, die das Virus aber der Mensch nicht hat und die essentiell für die Funktion des Virus sind.

Michael.

P.S.: Was auch oft übersehen wird: HIV scheint in der Lage, miRNAs in die Zielzellen zu schleusen. miRNAs sind Schlüsselkregulatoren für so ziemlich alles, vor allem Zellentwicklung und Krebsentstehung. Sollte das tatsächlich so sein, daß HIV miRNAs mitbringt (es gibt darüber einige Veröffentlichungen), könnten diese miRNAs das gesamte Zellprogramm umprogrammieren. Deshalb sollte man sich allmählich mal überlegen, wie man diese miRNAs - sofern tatsächlich funktionell - abschaltet. Z.B. durch ein spezifisch bindendes Protein oder eine Designernuklease, die das Virusgenom spezifisch mitten drin spaltet.

[www.rekorn.de]

gibts da keine antikörper, die an die miRNAs binden und es damit unschädlich machen?

[Rincewind]

Das würde nur gehen wenn die miRNA irgendwie die Oberfläche der Zelle verändern würde, damit die Antikörper sie erkennen können.