(Performance-)Probleme mit meinem Athlon

[olqs]

Hi,

ich hab n riesen Performance Problem mit meinem TB1200.

Hab F@H noch auf einem TB750 und Duron 650 laufen und mein Heimrechner ist von der Leistung seit den neuen Proteinen dazwischen und jetzt beim letzten Frame klar dahinter anzusiedeln.
Vielleicht liegts auch an dem Problem:

Code: Alles auswählen

[23:31:23] - Couldn't get size info for dyn file: work/wudata_06.dyn
[23:31:23] Starting from initial work packet
[23:31:23] 
[23:31:23] Protein: P703_Src/Peptide(Leu->Ala)
[23:31:23] - Frames Completed: 0, Remaining: 10
[23:31:23] - Dynamic steps required: 50000
[23:31:23] 
[23:31:23] Writing local files:
[23:31:23] 
[23:31:23] parameters          work/wudata_06.prm
[23:31:23] - Writing "work/wudata_06.key": (overwrite)successful.
[23:31:23] - Writing "work/wudata_06.xyz": (overwrite)successful.
[23:31:29] - Writing "work/wudata_06.prm": (overwrite)successful.
[23:31:30] - Writing "work/wudata_06.key": (append)successful.
[23:31:30] 
[23:31:30] PROJECT="work/wudata_06", NSTEPS=50000, DT=2.0000, DTDUMP=10.000000, TEMP=298.00
[23:31:30] TINKER: Software Tools for Molecular Design
[23:31:30] Version 3.8  October 2000
[23:31:30] Copyright (c)  Jay William Ponder 1990-2000
[23:31:30] portions Copyright (c)  Michael Shirts 2001
[23:31:30] portions Copyright (c)  Vijay S Pande 2001
[00:51:30] Couldn't write xyz data to arcfile
[00:51:30] Finished a frame (1)
[02:01:27] Couldn't write xyz data to arcfile
[02:01:27] Finished a frame (2)
[03:06:34] Couldn't write xyz data to arcfile
[03:06:34] Finished a frame (3)
[04:11:44] Couldn't write xyz data to arcfile
[04:11:44] Finished a frame (4)
[05:17:43] Couldn't write xyz data to arcfile
[05:17:43] Finished a frame (5)
[08:47:13] Couldn't write xyz data to arcfile
[08:47:13] Finished a frame (6)

Beim ersten Mal als ich das gelesen hab, dacht ich ich hätte eine der seltenen defekten WUs bekommen und hab die gelöscht, aber bei der nächsten trat das wieder auf.

Auf meinem 750er Athlon brauch ein Frame so ca 120 min, auf nem Duron 650 so ca 140min und auf meinem 1200erTB von 70 min bis 220 min, kann doch nicht sein.
Auf den Rechnern ist wärend dieser Zeit nichts anderes gelaufen.

mfg
olqs

[Michael H.W. Weber]

Ok. Laß mich raten: Du hast Linux laufen, stimmt's? Und die WU, die da Probleme bereitet ist ein ganz neuer Vogel, den ich mal in die 700er-Serie einordnen würde (Protein-Protein-Interaktionsstudien, erste Testläufe sind das!). Diese WUs werden NUR an Linux-User ausgegeben und erfordern eine spezielle core_65.exe, die aber automatisch geladen werden sollte. Prüf' zunächst mal im "work"-Verzeichnis (!) die Versionsnummer Deines core_65.exe (steht im fahlog.txt der aktuellen WU). Die muß NEUER als 22. Januar 2002 sein (dies ist die aktuelle für Windoof-Nutzer).
Dieses Problem beim Anlegen der .arc-Files wurde in Stanford bereits mehrfach gemeldet. Michael Shirts (Stanford-Team) hat berichtet, daß diese WUs Probleme bereiten könnten und bittet daher um schnelle Rückmeldung, falls nötig. Also poste hier bitte Dein Betriebssystem, die aktuelle FAH-Version (fah2console.exe & core_65.exe Versionen angeben!) und ein komplettes fahlog.txt, wo der Fehler auftritt. Ich schicke denen das dann zu.
Behalte dann Deine client.cfg und lösche den kompletten (!) anderen Kram mit Ausnahme von fah2console.exe - dann startest Du die neu. Dann sollte sich die Kiste den 22. Januar core_65.exe holen und eine neue WU. Wir können dann nur hoffen, daß es nicht wieder eine aus der 700er-Serie ist, sonst hast Du evt. dasselbe Problem (d.h. er lädt wieder den anderen, neueren Core). Allerdings werden die 700er WUs laut Stanford erst noch zögernd ausgegeben wegen der erwarteten Schwierigkeiten - d.h. Du hast eine reale Chance, daß alles okay ist. Huraxprax hat ähnliche Probleme, glaube ich - jedenfalls hat er in Stanford gepostet. Vielleicht weiß er mehr? Ihr Linux-User seid bei FAH immer an vorderster Front, weil in Stanford der ganze FAH-Kram unter Linux entwickelt und getestet wird. Ihr habt sowohl zuerst die tollsten neuen Proteine und leider eben auch als erste den Ärger...
Was den Geschwindigkeitsvergleich Deiner doch sehr unterschiedlichen Maschinen angeht, Du mußt immer gleiche WUs vergleichen, sonst kannst Du nichts ableiten. Ich würde allerdings bei Protein-Protein-Wechselwirkungsstudien auch generell erwarten, daß sie zu den aufwendigsten Rechnungen gehören, die bisher durchgeführt wurden. Daher sind die Zeiten pro "frame" evt. korrekt.

Michael.

[Gast]

so dann hier mal die fahlog.txt

Code: Alles auswählen

Folding@Home Client Core Version 2.43 (April 12, 2002)

Proj: work/wudata_06
nsteps: 50000 dt: 2.000000 dt_dump: 100.000000 temperature: 298.000000
xyzfile: 
" 10486  P703_Src/Peptide(Leu->Ala)   
     1  CT     3.634675   -9.018865   -4.3215..."
keyfile:
"archive
NOVERSION

cutoff        12.0
taper         10.0

water-cutoff 8.5
water..."

- Couldn't get size info for dyn file: work/wudata_06.dyn
Starting from initial work packet

Protein: P703_Src/Peptide(Leu->Ala)
- Frames Completed: 0, Remaining: 10
- Dynamic steps required: 50000

Writing local files:

parameters          work/wudata_06.prm
- Writing "work/wudata_06.key": (overwrite)successful.
- Writing "work/wudata_06.xyz": (overwrite)successful.
- Writing "work/wudata_06.prm": (overwrite)successful.
- Writing "work/wudata_06.key": (append)successful.

PROJECT="work/wudata_06", NSTEPS=50000, DT=2.0000, DTDUMP=10.000000, TEMP=298.00
TINKER: Software Tools for Molecular Design
Version 3.8  October 2000
Copyright (c)  Jay William Ponder 1990-2000
portions Copyright (c)  Michael Shirts 2001
portions Copyright (c)  Vijay S Pande 2001
Couldn't write xyz data to arcfile
Finished a frame (1)
Couldn't write xyz data to arcfile
Finished a frame (2)
Couldn't write xyz data to arcfile
Finished a frame (3)
Couldn't write xyz data to arcfile
Finished a frame (4)
Couldn't write xyz data to arcfile
Finished a frame (5)
Couldn't write xyz data to arcfile
Finished a frame (6)
Couldn't write xyz data to arcfile
Finished a frame (7)
Couldn't write xyz data to arcfile
Finished a frame (8)

Die fah2console.exe hat die Versionsnummer 2.19
Benutze Linux Kernel 2.4.16

Auf den Linux Maschinen mit Kernel 2.2.16 läuft alles einwandfrei.

EDIT:
Hab jetzt alles bis auf die exec von f@h gelöscht und schon wieder die core vom 12.4 und ne 700er WU bekommen, mal testen obs vielleicht jetzt klappt.

mfg
olqs

[Michael H.W. Weber]

Exzellente Information mit dem Kernel!!! Habe es nach Stanford gepostet.

Michael.