Neue Proteine

[huraxprax]

ja, das sind sie. Die beiden (602_BBAW_hairpin und 601_BBAW_helix) haben bei mir vor etwa 6 Tagen die GNRA hairpins abgelöst, seitdem gibt es nur mehr die beiden. Auf den Projektseiten steht aber nichts: http://folding.stanford.edu/cgi-bin/projectpage?q=602
Sind aber recht schnell und geben wohl mehr Punkte als die alten Hairpins, schaut bei olqs und mir so aus.
aber war ne gute Idee von dir mit den Nummern in der Beschreibung!
ciao, Benno

[Michael H.W. Weber]

Hallo!
Folding@Home macht den Sack jetzt zu und geht neben den seit über einem Jahr laufenden Protein- und RNA-Faltungsuntersuchungen sowie der eingehenden Überprüfung angeblich etablierter quantenmechanischer Kraftfelder nun auch in den Landeanflug auf Protein-Protein-Interaktionsstudien. Bestens! Dazu wird es in den nächsten Tagen wohl eine neue Projektserie (mit 700er Nummern) geben, die vorerst Linux-Benutzern zur Untersuchung vorbehalten bleibt. Grund für den Ausschluß von anderen OS ist die Tatsache, daß diese Projektserie einen neuen "core" erfordert, der bislang nur unter Linux getestet wurde. Detailliertere Informationen zu diesem neuen Projekt werden erst in ein paar Tagen auf der Stanford-Projektseite erscheinen.

Gruß & viel Spaß (ich will auch!),
Michael.

Originaltext:
"We're testing some new projects, designed to study the interactions between proteins. They are projects in the 700 range, and will be sent to some Linux users (They require a new core which has only been tested locally on Linux so far, so we're being careful with the releases). I will put full information into the web page in a couple of days.

Cheers,
Michael Shirts
Folding@Home Team"

[huraxprax]

Michael,
> sowie der eingehenden Überprüfung angeblich etablierter quantenmechanischer Kraftfelder
wießt du da näheres, das klingt ja auch für mich interesssant....

und P701_Src/Peptide läuft bei mir daheim gerade. Dauert relativ lange (~10 Stunden). In Povray sieht man aber gar nichts hinter dem ganzen Wasser drumrum Und gönn uns auch mal etwas Abwechsulng nach den Hairping

[Michael H.W. Weber]

Michael,
> sowie der eingehenden Überprüfung angeblich etablierter quantenmechanischer Kraftfelder
wießt du da näheres, das klingt ja auch für mich interesssant....

Erinnerst Du Dich an die MET/ILE/LEU/TYR usw. SIDECHAIN-Projekte? Hinten am Projektnamen hing dann noch OPLS, AMBER oder soetwas dran. Das sind doch Kraftfeldbezeichnungen. Da haben die Jungs aus Stanford die Dynamik desselben Proteins auf der Grundlage verschiedener Kraftfelder berechnen lassen, um diese zu vergleichen. Ich weiß nicht, ob das Projekt abgeschlossen ist - immerhin hatten es auch hier zunächst die Linuxer bekommen. Ich selbst habe seit Monaten keine solchen WUs mehr gesehen. Aber viel mehr weiß ich im Augenblick auch nicht.

Michael.

[Michael H.W. Weber]

Habe soeben ein neues Protein mit Namen PolyQ50 bekommen. Es besteht aus 606 Atomen, die Abgabefrist liegt bei 7 Tagen und man erhält 1.9 Punkto pro abgelieferter WU.

Unglaublich! Ich habe ja lange genug herumgemosert und jetzt haben die Stanforder es tatsächlich in die Tat umgesetzt! Hier findet ihr eine Tabelle mit allen WUs, Abgabefristen, vegebenen Punkten sowie der Projektbeschreibung (letztere ist noch nicht vollständig):

http://folding.stanford.edu/psummary.html

Gruß,
Michael.

[Michael H.W. Weber]

Ich erhielt soeben ein neues Protein namens p128_wwmut (Projekt-Nummer 128) mit 395 Atomen und 100 "frames" à 298 sec, also einer Berechnungsdauer von 8 Std. 16 Min. 40 Sek. auf meinem 1.1GHz TBird. Habs in die FAH-Benchmarkdatenbank eingetragen. Für die Fertigstellung, die innerhalb von 6 Tagen erfolgen muß, gibt es 2 "credits".
Leider sind auf Stanfords Originalprojektseite noch keinerlei Details zu diesem Protein angegeben.

Gruß,
Michael.