Rosetta - Frage

[arminius]

Könnte mir bitte jemand den wissenschaftlichen Teil aus dem threat ein wenig näher bringen? Oftmals verstehe ich leider nicht, worum es genau geht. Vielen Dank!!! http://boinc.bakerlab.org/rosetta/forum ... hp?id=1045
a.

[Michael H.W. Weber]

Ich bis morgen Besuch und daher im Moment nicht ausreichend Zeit. Lese mir das aber kommende Woche mal durch...

Michael.

[Michael H.W. Weber]

Könnte mir bitte jemand den wissenschaftlichen Teil aus dem threat ein wenig näher bringen? Oftmals verstehe ich leider nicht, worum es genau geht. Vielen Dank!!! http://boinc.bakerlab.org/rosetta/forum ... hp?id=1045
a.

Ok, hab's gelesen. Was möchtest Du denn genau wissen? Also es geht dort u.a. um den Sinn- und Unsinn von Proteinstrukturvorhersagen. Ein weiteres Thema ist der Einfluß von Protein-Protein-Interaktionen auf die Strukurvorhersage.

Der eine "Bursche" dort vertritt die meiner Ansicht nach "alberne" Ansicht, Proteinstrukturvorhersagen seien "genereller Unsinn". Für "albern" halte ich diese Ansicht deshalb, weil er mit dem fadenscheinigen Argument aufwartet, in 2-4 Jahren seien ja sowieso alle humanen Proteinstrukturen experimentell - also durch Kristallisation oder NMR - aufgeklärt und damit würde sich Rosetta@home erübrigen. Das ist eine Annahme für die es keine wissenschaftliche Grundlage gibt. Ich wage zu behaupten, daß wir wesentlich (!) länger brauchen werden, falls es überhaupt (!) möglich ist. Und ich spreche da aus Erfahrung, da ich selbst nämlich bereits (erfolgreich) Proteine kristallisiert habe und in Bälde wieder zu kristallisieren versuchen werde. Und nehmen wir mal an, er hätte Recht, dann würden dennoch wegen Rosetta@home in 2-4 Jahren unsere Kenntnisse und Möglichkeiten über Proteinstrukturvorhersage deutlich verbessert sein (das beweist (!) der stetige Fortschritt bei den CASP-Esxperimenten). Und diese werden wir spätestens dann benötigen, wenn wir NEUE Proteine designen wollen und das werden wir müssen.

Man sollte nie vergessen, daß Studien der Proteinstrukturvorhersage Grundlagenforschung ist, die - sofern erfolgreich durchgeführt - ENORME Anwendungen hat. Deswegen sind Folding@home, wo der Faltungsprozeß an sich untersucht wird und Rosetta@home, wo die Proteinstruktur (also das Ergebnis des Faltungsprozesses) vorausgesagt wird meine Lieblingsprojekte.

Michael.

[arminius]

Besten Dank, Michael.
Im Wesentlichen habe ich es jetzt durch Deine Erklärungen verstanden und keine direkte Frage mehr. Ausschlaggebend hierfür war der Part: "...alle humanen Proteinstrukturen experimentell - also durch Kristallisation oder NMR - aufgeklärt und damit würde sich Rosetta@home erübrigen. ...". Ich hatte bei der Argumentation in der Diskussion einfach nicht die beiden unterschiedlichen Standpunkte finden können, also experimentell und "künstlich". Na ja, und mein Englisch ist auch nicht so berauschend....
a.

[Michael H.W. Weber]

Ok - wenn sonst noch Fragen aufkommen, einfach hier im Forum nachhaken, dazu ist es ja da.

Michael..

[Yuri]

kann man das dann mit den Proteinen auch umgekehrt machen:

ein Protein muss diesen Prozess durchführen, und somit braucht man die entsprechende Struktur.

Lässt sich die so auch vorhersagen?

[Dennis Kautz]

kann man das dann mit den Proteinen auch umgekehrt machen:

ein Protein muss diesen Prozess durchführen, und somit braucht man die entsprechende Struktur.

Lässt sich die so auch vorhersagen?

Es gab vor ein paar Jahren mal ein Projekt (Genome@Home), dass versucht hat, Gene zu konstruieren, aus denen bestimmte Proteine kodiert werden konnten. Leider ist das Projekt seit Jahren wegen Finanzierungsschwierigkeiten inaktiv (irgendsoein Schreibtischtäter hat den Unterschied zu Folding@Home nicht gesehen und die Mittel gestrichen, wenn ich mich richtig erinnere).

http://217.160.138.71/wiki/index.php?ti ... ome%40home

[Yuri]

sehr schade. Wäre interessant wenn man dort erste Erfolge vorzeigen könnte.

[Michael H.W. Weber]

Es gibt (mindestens) zwei Wege: Erstens, man nimmt bekannt Proteine, die eine bestimmt chemische Reaktion katalysieren und bildet sie so nach, daß man am Ende zwar eine andere Aminosäuresequenz hat, aber dennoch die gleiche Struktur und somit (hoffentlich) die selbe Funktion. Das war die Idee von Genome@home und kann auf Basis von dc Rechnungen durchgeführt werden. Zweitens, man beschreitet den Weg von "directed enzyme evolution", d.h. man randomisiert im Labor eine bestimmte Aminosäuresequenz (oder auch RNA Sequenz im Fall von Ribozymen, bzw. DNA Sequenz im Fall von DNAzymen), hat dann einen Prozeß der Selektion auf die Reaktion hin, die man durchgeführt haben will. Dann wiederholt man Randomisierung und Selektion in mehreren Zyklen, bis man Kandidaten hat, die das machen, was man möchte. Ein durchaus gangbarer wenn auch mühsamer Weg.

Michael.