Distributed Folding - kann resultate nicht hochladen ...

[Pascal]

Die Seite ist nicht mehr erreichbar, habe zuletzt den Zähler bei etwa 1000052000 gesehen...

[Sven]

Richtig! Serverdown for Protein-Update.

Dran bleiben!

Sven.

[Pascal]

Also ich rechne schon wieder, und die anderen?

[Michael H.W. Weber]

Soeben wurde das neue Protein mit 36 Aminosäuren ausgegeben. Das Autoupdate hat bei mir auch problemlos (zum ersten Mal) geklappt. Bestens! Jetzt heißt es den 10. Platz zurückerobern!!!

Michael.

[Michael H.W. Weber]

Hahahahaha - da haben Pascal & ich wohl gleichzeitig gepostet.

Michael.

[Pascal]

Ja, MHWW
Die Stats sind allerdings noch nicht uptodate. Aber habe eben mal kurz ein paar neue Protein auf die Reise geschickt, und siehe da, ich hab das achtbeste der Proteine erwischt. Wenn das mal nicht werbewirksam ist.

Nach dem DFP-REport zu urteilen, nimmt unsere Rechenkraft bei DFP ein wenig ab (relaitv gesehen). Demnach sind wir nun mit RAng 14 nach der Stärke bewertet.

[Michael H.W. Weber]

Also wir haben einen allmählich schrumpfenden Abstand von knapp einer halben Million Strukturen auf die Burschen, welche unseren (!) 10. Platz besetzen. Habe über Nacht nochmal volle Kanne rechnen lassen und immerhin 70.000 Strukturen abgeliefert. Interesanterweise liegt der RMSD von diesem Villin-Fragment deutlich (!) besser, als der der vergangenen Proteine. Allerdings hat Howard auch angekündigt, daß er bei diesem Protein die besten Ergebnisse erwartet. Übrigens handelt es sich bei diesem Protein um eine WU, die ausgiebig bei FAH untersucht wurde. Ich bin zwar nicht 100% sicher, aber ich vermute, daß der neue FAH-Artikel - welcher in wenigen Wochen in JMB erscheinen dürfte - mit dem Villin zu tun hat. Bin schon gespannt...

Michael.

[Sven]

JMB?

La? mich raten, Journal of Molecular Biologie? Kann man das
a) online
b) ohne Studium lesen?

Hattest Du nicht vor ein paar Tagen eine Anmerkung zur SpaceNight gemacht? Wieso war das gut?

Tschüs, Sven.

[Michael H.W. Weber]

JMB = Journal of Molecular Biology. Eines meiner Lieblingsfachjournale. Alles in englisch und eher für Spezialisten, denke ich. Aber nur Mut. Deren Website findest Du hier:

http://www.academicpress.com/jmb

Man kann nur "online" lesen (also das .pdf holen), wenn man ein Abo hat. Aber die Zusammenfassungen sind lesbar und auch ältere Artikel (ich glaube, alles älter als 6 Monate oder so).

Über "Spacenight" hatte ich mich nur amüsiert, weil ich das "morgens" auch anhabe, wenn ich mal wieder zu lange gemacht habe...

Michael.

[huraxprax]

Villin? hm das kenn ich doch, lang ists her
gibt wohl einen interessanten Vergleich zwischen beiden...

[Michael H.W. Weber]

Hoppla, die neue F@H-Veröffentlichung ist bereits als Manuskriptversion auf der Stanfordseite abrufbar - und zwar hier:

http://www.stanford.edu/~esorin/SorinGNRA.pdf

Daraus geht hervor, daß es sich nicht - wie ich vermutete - um das Villin-Projekt, sondern um das GNRA-Hairpin handelt. Was ich cool/interessant fand, ist die Tatsache, daß es sich bei dieser Publikation offensichtlich um ein Kooperationsprojekt zwischen Vijay Pande's Gruppe und der Gruppe um Dan Herschlag (welcher auch in Stanford sitzt) handelt. Nochmal zur Erinnerung: in diesem Projekt wurde nicht etwa die Faltung eines Proteins, sondern die einer RNA untersucht, was wieder einmal die Vielfältigkeit dieses dc-Projekts unterstreicht. Dan Herschlag ist auf dem Gebiet der Erforschung von RNA einer der echten Experten - ich habe jedenfalls mit Hochgenuß eine Reihe seiner Veröffentlichungen "mental verspeist".

Michael.