Neues Projekt: Rosetta@home

Analyse und Vorhersage von Struktur und Faltungsweg (Folding@home, GPUGRID, Rosetta@home, ...)
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VadderSchlumpf
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Neues Projekt: Rosetta@home

#1 Ungelesener Beitrag von VadderSchlumpf » 17.09.2005 09:27

Neues Projekt: Rosetta@home. Ähnlich wie bei den Projekten Predictor@home oder Distributed Folding wird versucht, Proteinsrukturen anhand der Aminosäurenkette vorherzusagen. Wenn es der Wissenschaft gelingt, dieses Ziel zu erreichen, kann man Krankheiten wie Krebs, HIV oder Malaria bekämpfen. Das Projekt benutzt die BOINC-Plattform und ist für Windows, Linux und MacOS X verfügbar.

Hab auch schon ein Team angelegt:
http://boinc.bakerlab.org/rosetta/creat ... ?teamid=31

Das Projekt benutzt dem Namen nach wohl die neue Rosetta-Methode, die hier im Forum schon von mehreren Leuten (auch MHWW) als bisher beste Methode angesehen wird.

edit: sind mit unserem team auch schon auf platz 4 :D

Andreas38871
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#2 Ungelesener Beitrag von Andreas38871 » 17.09.2005 10:49

Die Anzahl der Projekte nimmt ja mit der Zeit schneller zu als Computer verkauft werden :wink:
Damit man eine Entscheidungshilfe hat wo man einsteigen könnte wäre es sicherlich sinnvoll, wenn bei den Projekten irgendwo wieder auftauchen würde wie lange eine WU im Durchschnitt zur Berechnung dauert und wie lange das "Verfallsdatum" ist. bei Rosetta stand unter Boince irgendetwas mit 184 Stunden Rechenzeit und dieses bei einem Verfallsdatum von 1 Woche, irgendwie geht das nicht (eine Woche hat ja nur 168 Stunden). Also wer Erfahrungen hat sollte Sie mal reinschreiben. Bei den Projekten wäre es sicherlich sinnvoll zumindestens einen durchschnittlichen Wert aufzunehmen wie lange eine WU dauert.
Andreas

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VadderSchlumpf
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#3 Ungelesener Beitrag von VadderSchlumpf » 17.09.2005 11:21

jo, hab auch mal ein bisschen im forum von denen gestöbert... unter windows funktioniert wohl die fortschrittsanzeige nicht richtig. außerdem wird der fortschritt wohl wie bei fad nicht linear, sondern halt nach berechneten molekülen angezeigt. so kann man natürlich nicht vorhersagen, wie lange es noch dauert, sodern nur auf erfahrugswerte zurückgreifen.

ich hatte es eben mal kurz unter windows laufen, nach 12 min. hatte sich noch nix an der fortschrittsleiste geändert. unter linux gab es nach 6 min die erste änderung. hab es unter windows gelöscht, weil ich erstmal die cpdn wu fertig kriegen will. auf linux läuft es jetzt schon ca. ne stunde und ist 2/3 fertiggestellt.

in deren forum hab ich gelesen, dass nach 2/3 zu einer anderen, genaueren art berechnung kommt, sodass die danachfolgenden prozente wohl länger dauern als vorher.

trotzdem gehe ich mal davon aus, dass die wu nicht länger als 4-8 stunden brauchen wird. die deadline ist eine woche.
There are two parts to the workunits that are currently being processed. The first is the prediction of low-resolution structures (the first 66%, the next batch will be the first 83%). The second is high-resolution refinement (all atoms are considered), and this takes a bit more time. Since the percentages are currently based on the number of structures (not factoring in the different methods), they are not perfectly accurate. That is why you are seeing a lag after 66% as this is when the refinement step starts. The types of work units including the time they take to finish will change with time as we do various types of experiments.

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vfrey
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#4 Ungelesener Beitrag von vfrey » 17.09.2005 21:18

ich hatte nach ca. 50 Minuten eine erste Fortschrittsanzeige von 8,3 %...wenn es wie bei World Community Grid (die meines Wissens auch mit der Rosetta-Software arbeiten) sein sollte, wird das wohl von WU zu WU unterschiedlich sein...
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Hermes
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Re: Neues Projekt: Rosetta@home

#5 Ungelesener Beitrag von Hermes » 17.09.2005 21:43

VadderSchlumpf hat geschrieben:Hab auch schon ein Team angelegt:
http://boinc.bakerlab.org/rosetta/team_ ... ?teamid=31
Änder den Namen doc bitte so , dass es zu den anderen Teams unter Boinc passt. (Rechenkraft.net)
VadderSchlumpf hat geschrieben:edit: sind mit unserem team auch schon auf platz 4 :D
Tolle Leistung: Platz 6 mit 0 Credits (Bei 5 nennenswerten Teams. d.h. Teams mit mindestens einem Credit)

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Michael H.W. Weber
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#6 Ungelesener Beitrag von Michael H.W. Weber » 18.09.2005 09:43

David Baker ist weltweit einer der Top-Wissenschaftler auf diesem Gebiet. Der Rosetta-Algorithmus gehört zu den besten (wenn er momentan nicht sogar DER beste ist). Und der Ansatz, den Rosetta verwendet ist sehr ähnlich dem, was ich in Marburg einmal vor hatte, aber aus Zeitgründen vorerst von meiner Seite nicht ans Laufen kommen wird. Dazu müßte dann schon Bezahlung fließen, denn für solch ein Projekt müßte ich meine aktuelle Stelle wohl aufgeben (im übrigen habe ich auf diesem Gebiet zwar einige gute Ideen und interessiere mich privat für dieses Thema sehr, habe aber nicht genügend Erfahrungen). ;)

Ich schalte World Community Grid (verwendet ebenfalls Rosetta) jetzt ab und wechsle zu diesem Projekt. Auch SOB werde ich wohl erst mal wieder auf Eis legen (nachdem ich die laufenden Teste beendet haben werde).

Bin super begeistert, daß es dieses Projekt gibt - auch wenn ich noch längst nicht alles dazu gelesen habe und würde gerne in den Raum stellen, dort eine Taskforce anzusetzen, damit wir von Anfang an voll dabei sind. :D

Michael.
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aalerich

#7 Ungelesener Beitrag von aalerich » 18.09.2005 10:49

Michael H.W. Weber hat geschrieben:Herrlich - ich kenn einige Leute von der Uni in Freising und werde mich in dieses Projekt voll reinhängen... Ich würde sogar so weit gehen, hier von Anfang an einen Taskforceeinsatz vorzuschlagen...
Aber so lamgsam ist das echt zum Verzweifeln, wo soll man denn nun...? :crying: Ich weiß ja auch nicht...

Mit wankelmütigen Grüßen
aalerich

arminius

#8 Ungelesener Beitrag von arminius » 18.09.2005 11:09

Auch SOB werde ich wohl erst mal wieder auf Eis legen (nachdem ich die laufenden Teste beendet haben werde).
:cry: Dabei war / ist der 11. Platz wieder in greifbare Nähe gerückt.....

Dennoch - viel Spass beim neuen Projekt!

a.

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Michael H.W. Weber
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#9 Ungelesener Beitrag von Michael H.W. Weber » 18.09.2005 11:50

aalerich hat geschrieben:
Michael H.W. Weber hat geschrieben:Herrlich - ich kenn einige Leute von der Uni in Freising und werde mich in dieses Projekt voll reinhängen... Ich würde sogar so weit gehen, hier von Anfang an einen Taskforceeinsatz vorzuschlagen...
Aber so lamgsam ist das echt zum Verzweifeln, wo soll man denn nun...? :crying: Ich weiß ja auch nicht...

Mit wankelmütigen Grüßen
aalerich
SIMAP@home muß erst einmal anlaufen, das Projekt habe ich bereits in meinem BOINC Manager sozusagen auf der WU-Lauer liegend installiert. :D Bis dahin kümmere ich mich jetzt erst mal um Rosetta@home. Problem: Der Client meldet auf allen Rechnern in der Statusspalte "Activities suspended" nebst einer Meldung "Pausing result ... (removed from memory)" im "Messages" Fenster. Der Grund ist mir schleierhaft. Also rennt bis zur Lösung SOB weiter.

Michael.
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VadderSchlumpf
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Re: Neues Projekt: Rosetta@home

#10 Ungelesener Beitrag von VadderSchlumpf » 18.09.2005 14:26

Hermes hat geschrieben:
VadderSchlumpf hat geschrieben:Hab auch schon ein Team angelegt:
http://boinc.bakerlab.org/rosetta/team_ ... ?teamid=31
Änder den Namen doc bitte so , dass es zu den anderen Teams unter Boinc passt. (Rechenkraft.net)
kann ich selbstverständlich machen, aber ich hab den namen gegeben, da:
http://217.160.138.71/wiki/index.php?ti ... Namenswahl

ich bin dann eher der meinung, dass die anderen teamnamen geändert werden sollten.

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vfrey
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#11 Ungelesener Beitrag von vfrey » 19.09.2005 18:35

nach allem, was ich bisher selbst gesehen bzw. in deren Forum gelesen habe, gibt's da wohl noch erheblichen Verbesserungsbedarf beim Checkpointing. Bis das erledigt ist, werde ich auf dieses Projekt auch verzichten... :-?
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Michael H.W. Weber
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#12 Ungelesener Beitrag von Michael H.W. Weber » 19.09.2005 19:06

Ich habe mein Problem gelöst: Rosetta@home stellt per Default ein, daß nur gerechnet wird, wenn die Kiste idle ist. Also muß man nur die Prefs anpassen, dann rennt der Klient los. Ich habe ihn jetzt auf allen Maschinen mit Ausnahme meines Linux-Rechners (dort läuft NUR SOB) zusammen mit SOB laufen - beide nehmen 50% der CPU Power auf. :wink:

Michael.
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