DistributedFolding - wir rutschen ab!

Analyse und Vorhersage von Struktur und Faltungsweg (Folding@home, GPUGRID, Rosetta@home, ...)
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vfrey
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#25 Ungelesener Beitrag von vfrey » 15.03.2002 23:56

Autoupdate gescheitert, die Results mit dem alten Client nicht mehr angenommen...

neuen Client manuell runtergeladen; mich über die Geschwindigkeit gefreut...

nach ca. 3500 structures absichtlich abgebrochen aber beim Versuch des Uploads die Störungsmeldung bekommen "you must be experiencing networking problems" (oder so ähnlich)...

Nö Jungs, bei aller Liebe, DF bleibt bei mir erstmal inaktiv... :-?

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Sven
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#26 Ungelesener Beitrag von Sven » 16.03.2002 01:39

@Vfrey:

Versuch´s doch mal am Wochenende. Der Client zieht die WU nur so durch. Leider klappt es im Augenblick nicht mit deren Server. War der denn bisher schon mal solange fehlerhaft?

Nach den Mitgliederzahlen sind wir die Dritten, mit weitem Abstand zu den nächsten Teams. Da sollte mehr als der neunte Platz drinn sein!

Tschüs,

Sven.

Pascal

#27 Ungelesener Beitrag von Pascal » 16.03.2002 08:57

hat's einer mal geschafft, den Textclient erfolgreich upzudaten?
Schlägt bei mir immer fehl. :(

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huraxprax
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#28 Ungelesener Beitrag von huraxprax » 16.03.2002 09:24

Pascal, ich auch nicht:

$ ./foldtrajlite -f protein -n native
Checking for newer versions...


Downloading update, please wait...
Digital signature was verified, ready to install
[foldtrajlite] FATAL ERROR: [000.000] An error occurred while updating the client, please correct or update manually and try again
Hit Return
$

(in foldit hab ich -qt reingeschrieben, also kann ich das nicht benutzen)

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Michael H.W. Weber
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#29 Ungelesener Beitrag von Michael H.W. Weber » 16.03.2002 10:09

Howard Feldman meinte zu meiner Mail: das Autoupdate funktioniert nicht. Man muß manuell aktualisieren. :worry: Ich habe ihm wegen der liegenbleibenden Daten auch schon Bescheid gegeben und ihm mitgeteilt, daß ihm bei derlei Aktionen auf Dauer die Teilnehmer davonlaufen. :evil2:

Ich kenne auch keinen, bei dem das Aktualisieren funktioniert hätte.

Seit gestern macht der Server Streß: der Client meldet, er hätte Netzwerk-Probleme entdeckt und könne nicht senden. Die Stats sind aber korrekt angestiegen. Startet man dann neu, lädt er brav hoch (oder rechnet einfach weiter). Schaut man dann in den Statistiken nach, sind die Credits um exakt denselben Betrag angestiegen, den man im vorherigen Durchgang (offenbar doch) abgeliefert hat. Danach rechnet das Ding dann wie üblich weiter. Ich hatte ein Backup von diesem Verzeichnis gemacht und wollte dem mal nachgehen. Kopiert man dieses Backup über das Arbeitsverzeichnis, wiederholt sich das Ganze, d.h. die Credits steigen um denselben Betrag an (die Fehlermeldungen sind auch die gleichen). Das hat mich neugierig gemacht, da der Verdacht nahelag, daß der Server nicht unterscheiden kann, ob er ständig dieselben Ergebnisse zugeschickt bekommt. In der Tat würde dies auch mit dem Konzept des Projekts übereinstimmen, denn es wird ja ausdrücklich gesagt, daß NUR DIE STRUKTUR MIT DEM BESTEN RMSD GESPEICHERT wird. Außerdem wird die Berechnung auf Zufallsbasis gestartet, d.h. es ist nicht nachvollziehbar, ob die Ergebnisse zufällig dieselben sind oder ob jemand doppelt schickt. Und tatsächlich: :attention: auch wenn der Client korrekt durchgelaufen ist, kann man mit einem Backup stets redundante Ergebnisse senden und damit die Statistiken manipulieren. :worry:
Das Ganze hat einen entscheidenden Haken und hier sieht man auch mal wieder den Unterschied zu FAH/GAH, wo soetwas nicht geht (ich habe das Problem übrigens vor langer Zeit auch bei FAH1 entdeckt, nachdem sich mein Client in einer interessanten Endlosschleife befand, und Vijay in einer privaten Mail gemeldet, woraufhin er das Problem dann schnellstens behoben hat). Howard Feldman geht nämlich davon aus, daß nach Berechnung von 1 GigaStruktur STATISTISCH GESEHEN keine weitere Verbesserung des RMSD zu erwarten ist, da RECHNERISCH der Konformationsraum ausreichend ausgeschöpft worden sein sollte. Das setzt aber voraus, daß auch alle geschickten Strukturen von seriösen Rechnungen ausgehen. Wie nun, wenn die Leute die Stats manipulieren? Dann zieht die gesamte Überlegung nicht und das Projekt verliert dann seine Ausssagekraft. Man will hinterher ja auch etwas veröffentlichen in der Form: "mit diesem Denkansatz haben wir nach Berechnen von 1 GigaStruktur einen RMSD von ... erzielt." - Tja, die Zahl der Strukturen stimmt aber schon nicht. Damit werden weitere Abschätzungen irrelevant und die angegebenen Daten inkorrekt. Das einzig Schöne daran ist, daß der Algorithmus unter diesen Überlegungen eher besser ist, als er eingeschätzt wird. Und acuh: der RMSD ist es, worauf es ankommt, d.h. die Rechenergebnisse als solche werden natürlich NICHT beeinflußt - es geht NUR um die Stats.
Ich kann jetzt nur noch dazu aufrufen, dies nicht auszunutzen. :attention: Das eigentliche Rennen findet also um den niedrigsten RMSD statt, denn der ändert sich nur, wenn auch seriöse Rechenergebnisse abgeliefert werden.

Fazit: Statistiken haben bei DF überhaupt keine Bedeutung & Aussagekraft.

Noch eins zum Thema schnelleres Rechnen mit dem neuen Client: das Protein ist einfach kleiner (36 Aminosäuren statt 56). Der Algorithmus aber gleichschnell. :wink:

Michael.
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Bananeweizen
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#30 Ungelesener Beitrag von Bananeweizen » 16.03.2002 11:04

Michael H.W. Weber hat geschrieben: Und tatsächlich: :attention: auch wenn der Client korrekt durchgelaufen ist, kann man mit einem Backup stets redundante Ergebnisse senden und damit die Statistiken manipulieren. :worry:
Ja, das haben Stefan und ich auch schon mal angemerkt. Insbesondere kann man nicht mal ausschließen, daß solche Fehler durch abgebrochene Netzwerkverbindungen und ähnliches nicht sogar ungewollt auftreten und man (falls die Ergebnisse doch mal überprüft werden) plötzlich als Betrüger dasteht, ohne schuldig zu sein.
Noch eins zum Thema schnelleres Rechnen mit dem neuen Client: das Protein ist einfach kleiner (36 Aminosäuren statt 56). Der Algorithmus aber gleichschnell. :wink:
Ja, vielleicht. Allerdings ist die Geschwindigkeit bei mir nun ca. 7mal so hoch wie vorher und nicht nur 54/36=1,5mal.
Mein Rechner versucht alle 25 Minuten, jeweils 217 KB Ergebnisse hochzuladen. Wenn man mal annimmt, daß die 4700 Teilnehmer alle jeweils nur einen Rechner rund um die Uhr laufen haben, der alle 60 Minuten hochladen will, dann hat der Server mit 1,3 Anfragen pro Sekunde zu kämpfen, die jeweils 217 KB loswerden wollen, also 995 MB pro Stunde. Da braucht der Server ordentlich dicke Platten und einen Highspeed-Upload-Zugang. Hoffentlich kriegen sie das noch geregelt...

Ciao, Michael.

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Michael H.W. Weber
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#31 Ungelesener Beitrag von Michael H.W. Weber » 16.03.2002 11:28

Bananeweizen hat geschrieben:Insbesondere kann man nicht mal ausschließen, daß solche Fehler durch abgebrochene Netzwerkverbindungen und ähnliches nicht sogar ungewollt auftreten und man (falls die Ergebnisse doch mal überprüft werden) plötzlich als Betrüger dasteht, ohne schuldig zu sein.
Natürlich! Genau so bin ich ja überhaupt auch drauf gekommen.
Bananeweizen hat geschrieben: Ja, vielleicht. Allerdings ist die Geschwindigkeit bei mir nun ca. 7mal so hoch wie vorher und nicht nur 54/36=1,5mal.
Ich weiß jetzt natürlich nicht, ob nicht doch auch was am Algorithmus verändert wurde - kann sein - aber die Art dieser Berechnungen erlaubt nicht unbedingt eine lineare Extrapolation - da muß man aufpassen. Da ich aber den Algorithmus nicht kenne, kann ich mehr auch nicht sagen. :roll:

Ich habe das Problem mit dem redundanten WU-Abschicken selbstverständlich auch dem Projektbetreiber mitgeteilt, damit der eine Chance hat, das zu korrigieren (was aufgrund der Projektarchitektur sehr schwierig sein dürfte). :angel:

Es wird sich jetzt auch zeigen, wer wirklich wegen des wissenschaftlichen Hintergrundes mitmacht und wer bloß auf die Credits aus ist... Auch mal ganz interessant... :smoking:

Eine (fiese) Anmerkung/Seitenhieb noch. Schaut euch mal dies an:
http://www.distributedfolding.org/teampages/team22.html
Fällt euch was auf? Wie kann der RMSD bei 99.99... liegen, bei dieser Anzahl an gerechneten Strukturen? Das will mir nicht einleuchten. Ohne jetzt falsche Beschuldigungen auszusprechen... "I smell something fishy here..." - Mit 6 Mann als Top-Team? Was haben die für Kisten da stehen???

Gruß,
Michael.
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#32 Ungelesener Beitrag von Bananeweizen » 16.03.2002 11:40

Michael H.W. Weber hat geschrieben:Eine (fiese) Anmerkung/Seitenhieb noch. Schaut euch mal dies an:
http://www.distributedfolding.org/teampages/team22.html
Fällt euch was auf? Wie kann der RMSD bei 99.99... liegen, bei dieser Anzahl an gerechneten Strukturen? Das will mir nicht einleuchten. Ohne jetzt falsche Beschuldigungen auszusprechen... "I smell something fishy here..." - Mit 6 Mann als Top-Team? Was haben die für Kisten da stehen???
Die Leute sind wirklich unschuldig. Schau mal unser Team-Listing an. Der RMSD in der Statistik ist für das neue Protein zurückgesetzt worden. Und wer noch nicht den neuen Client benutzt hat, der hat da 99,9999 stehen.

Ciao, Michael.

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#33 Ungelesener Beitrag von Bananeweizen » 16.03.2002 11:45

Übrigens: Wir haben prominente Unterstützung bei Distributed Folding bekommen. Kirk Pearson von Sun Microsystems hat sich zu uns gesellt. Für alle, denen der Name jetzt nicht auf Anhieb geläufig ist: Kirk Pearson ist der Autor der umfassendsten und besten englischsprachigen Seite über Distributed Computing und hat mit seiner Webseite http://www.aspenleaf.com/distributed/ sehr stark zu meiner Begeisterung für Distributed Computing beigetragen.

Ciao, Michael.

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#34 Ungelesener Beitrag von bluumi » 16.03.2002 11:47

Ganz einfach

der RMS liegt bei 99.99999 wenn NICHTS geschickt wurde...!!


Aber bei diesem Team hatte ich diesen Verdacht auch schon...

Aber wie gesagt... hast Du die Stats den teams VORHER verfolgt, hast Du gesehen, dass kaum mehr gesendet wurde.

Gruss


Im übrigen, bei mir konnte 2 Linux kisten so gegen 24Uhr updaten, hachdem ich ihnen YES gedrück habe... aber nachher hat es in der Tat keine mehr geschafft.

;-(
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Sven
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Gesunde Paranoia?

#35 Ungelesener Beitrag von Sven » 16.03.2002 11:55

Hi Leute!

Die Jungs auf dem vierten Platz sind bestimmt unverdächtig. http://www.mdsproteomics.com/default.as ... cle&qID=17
Zitat: High Performance Supercomputing:
MDS Proteomics has formed a strategic alliance with IBM, which is providing MDS Proteomics' primary computer and network infrastructure. Three LINUX-based BEOWULF clusters have been installed in our facilities in Denmark and Canada. In terms of processing power, they rank in the top ten civilian computers in the world. These supercomputers allow the company to capture protein interaction data in its proprietary version of the Bimolecular Interaction Network Database (BIND). The database allows MDS Proteomics researchers to visualize the multiple interactions of signaling proteins, which facilitates and enhances the effectiveness of drug target selection and validation.

Die beschäftigen sich nämlich sowieso beruflich genau mit solchen Problemen.

Cool bleiben und weitercrunchen!

Tschüs,

Sven.

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Michael H.W. Weber
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#36 Ungelesener Beitrag von Michael H.W. Weber » 16.03.2002 12:21

Ihr habt Recht! Bananeweizen's Erklärung mit dem alten Client hatte ich völlig übersehen! Auch Svens Hinweise erklären das eine oder andere... Ich nehme alles zurück und behaupte das Gegenteil (und bin einigermaßen erleichtert deswegen). :lol:

Michael.
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