Distributed Folding - Erstes Protein bald fertig

[Bendiger]

In der News Section von Distributed Folding steht, dass man kurz vorm Vollenden des ersten Proteins ist. Man wird dann das nächste Protein über die Auto Update Funktion des Clienten starten. Dabei wird auch das autoupdate das erste mal ausprobiert.

Da bin ich ja mal gespannt, was der Client diesmal vorhat...

[d00pie]

na ja zur zeit sind die ja bei 6/10: wird also doch noch a bissl dauern... wenn ich das richtig verstanden habe wollen die danach ein protein mit mehr strukturen oder so berechnen...

[Phippi]

Jep, genau so ist es. Weiss zwar nicht mehr wo ich es gelesen habe, aber nach den 10Mio Structs kommt ein 100Mio und dann ein 1000Mio.

Es gibt also noch viel zu tun

cu
phippi

[Michael H.W. Weber]

In der News Section von Distributed Folding steht, dass man kurz vorm Vollenden des ersten Proteins ist.

Errr, Projekt abgeschlossen? - Der beste RMSD befindet sich nun immer noch bei 3.67 und hat sich seit Angriff der Rechenkraft.de TaskFoce auch nicht verbessert - wie soll das Projekt da fertig sein? Das ist ein grottenschlechter Wert über den jeder Kristallograph nur lachen kann. Ich frage mich viel eher, ob der Algorithmus wirklich ausgereift genug ist um zu halten, was er versprach... Aber vielleicht muß man einfach noch ein wenig rechnen...

Michael.

[huraxprax]

Michael, kannst du uns unvissenden Laien mal erklären was ein RMSD ist und das Programm eigentlich macht?
Ich kann mir nur vorstellen daß das weiterrechnen irgendwann nicht mehr viel bringt, alles wird ja aus Zufallszahlen generiert ohne daß neue Daten vom Server kommen, irgendwann wird das doch immer unwahrscheinlicher daß man für dieses eine Protein noch etwas besseres findet.

Und das Team rutscht langsam immer weiter ab, bald sind wir nicht mehr unter den ersten 10... Aber wenn meine alten PII-350 am Tag über die Hälfte vom Team machen ist wohl wenig Interesse da

cu, Benno

[Loup]

Hm, dann gleichmal ne Frage zu besagtem Taskforce Einsatz: Läuft der Einsatz noch? Ich hab einen Rechner für solche Einsätze "abgestellt", und weiss jetzt nicht, ob ich den Client darauf noch installieren soll, oder ob der Einsatz schon beendet ist. Ich dachte, er wäre beendet, da sowas im TF Forum stand, aber da hier ja scheinbar noch ein paar Leute dran rechnen...

[huraxprax]

Hi Loup,
also die Taskforce-Aktion ist schon einige Zeit vorbei, Du kannst aber bei DF mitmachen wenn du einfach so willst.
läuft eben auch gut auf langsamen Rechnern, ohne feste Netzverbindung, bei mir ohne Probleme, und ist ein nichtkommerzielles wissenschaftlices Projekt

[Michael H.W. Weber]

Michael, kannst du uns unvissenden Laien mal erklären was ein RMSD ist und das Programm eigentlich macht?
Ich kann mir nur vorstellen daß das weiterrechnen irgendwann nicht mehr viel bringt, alles wird ja aus Zufallszahlen generiert ohne daß neue Daten vom Server kommen, irgendwann wird das doch immer unwahrscheinlicher daß man für dieses eine Protein noch etwas besseres findet.

Und das Team rutscht langsam immer weiter ab, bald sind wir nicht mehr unter den ersten 10... Aber wenn meine alten PII-350 am Tag über die Hälfte vom Team machen ist wohl wenig Interesse da

cu, Benno

Moin Benno,
also RMSD heisst "root mean square deviation" - also mittlere quadratische Abweichung. Dies bezieht sich im vorliegenden Fall einfach gesagt darauf, inwieweit die Atome in der von DF generierten Proteinstruktur im Mittel von der vorgegebenen (experimentell bestimmten) abweichen. Je größer der Wert, desto schlechter die Übereinstimmung - bei Null sind berechnetes Modell und tatsächliche Struktur identisch (es gibt eben keine Abweichung). Werte unter 1 sind gut. Werte zwischen 1-2 erlauben noch gewisse Aussagen, aber über 3 - hmmm, da muß man die Sache schon schönreden, denke ich.

Was die Zufallszahlen betrifft: da ist eben die Frage, ob theoretisch nach Erreichen der von DF vorgegebenen Endstrukturzahl auch nahezu alle Zufallszahlen durchgetestet wurden. Um sicher zu gehen, läßt man das Projekt einfach noch ein wenig laufen. Ich bin nur etwas verwirrt, daß sich beim RMSD nichts mehr tut - und zwar seit etlichen Wochen. Wenigstens in den Nachkommastellen dürfte man doch noch was erwarten...

Und noch eins: bei DF wird nicht dasselbe versucht, wie bei Genome@Home. DF verändert nicht die Aminosäuresequenz, um ein möglicherweise optimaleres (künstliches) Protein zu erzeugen (was Ziel von Genome@Home ist: Design von neuen Proteinen mit optimierten Funktionen). Bei DF geht es ausschließlich darum, aus der auf Papier geschriebenen Primärsequenz (also der puren Abfolge der Aminosäuren), auf theoretischer Basis die korrekte Endstruktur im Raum zu berechnen/vorherzusagen.
Folding@Home beispielsweise liefert dies sozusagen als "Abfallprodukt", wenn der Faltungsweg korrekt simuliert wurde (was bei FAH ja Zweck des Ganzen ist).

Michael.

[Bendiger]

Es gibt mal wieder einen neuen Client. Wichtigste Änderungen soweit ich es verstanden habe, hehe:

-Der Windows Client läuft ab jetzt mit der niedrigsten Priorität und nicht wie vorher mit der 2. niedrigsten.

-Bug behoben der Windows plötzlich stoppen lässt.

-Man muss das .lock file nicht mehr manuell löschen, wenn der client nicht richtig mit der taste q beendet wurde, da der client jetzt selbst merkt ob er schon läuft oder nicht.

[huraxprax]

Michael, danke für die Erklärung!
Ich war nur ein paar Tage unterwegs drum erst jetzt die Antwort
quadratische abweichung sagt mir schon was, aber was das für das Projekt bedeutet...
naja, nachdem das erste Protein bald fertig ist werden die wohl sagen ob das was gebracht hat.

[Pascal]

Ok. Das erste Protein für Phase II wird bald beendet sein, der Client scheint soweit ganz gut gefixt.

The next update will likely switch to another protein since we have for now optimized the parameters for this one (everyone notice we are already kicking the *ss of the last client?)

P.S: Das Topic ist zwar schon 'etwas' alt, passt aber

[Passiver Camper]

Hm, dann verstehe ich die Anzeige auf der HP des Projektes nicht ganz...74,8 Mio von 1 Mrd sind doch noch nicht mal 10%. Ist das nicht die Anzeige für ein einzelnes Protein sondern die Anzeige der ganzen Phase 2 ?!