du glaubst gar nicht wie lustig sich das anhört!frank hat geschrieben:Frank hält Michael den Rücken frei, damit sich nicht miese Nörgler von hinten anschleichen.(...)
*Schrotfinte streichel*
P@H wer weiß was...???
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arri
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Sascha_Luehrs
Ich frag mich gerade so, wie validieren die eigentlich die Ergebnisse bei CASP? Ich hab gerade auf http://predictor.scripps.edu/gallery.php gesehen, daß ja schon wieder einige neue Modelle - ich bezeichne das mal als "Modelle " - fertig sind, und laut P@h sind das ja die "top 5 predictions for each submitted target." Das ist glaube ich so (habe ich das richtig verstanden(?)), daß die CASP-Leute diese Sequenzen (T0196, T0197 usw) an die Teilnehmer ausgeben, und die sollen dann dafür Strukturvorhersagen erstellen(?)
Aber dabei können sie ja eigentlich kaum natürliche Proteine / Sequenzen nehmen, sonst könnten die Teilnehmer doch wohl schummeln, oder seh ich das falsch? Nehmen die dafür künstliche, konstruierte Sequenzen? Und wenn ja, wie wird dann am Ende des Wettbewerbs festgestellt, inwieweit die Teilnehmer mit ihren Vorhersagen richtig lagen(?) Müssen dazu die Proteine "in echt" hergestellt werden? Oder kann man das irgendwie anhand der zahlenmäßigen Werte in einer Strukturvorhersage beurteilen, "wie richtig" sie ist, d.h. wie nah sie an der Realität liegt?
Aber dabei können sie ja eigentlich kaum natürliche Proteine / Sequenzen nehmen, sonst könnten die Teilnehmer doch wohl schummeln, oder seh ich das falsch? Nehmen die dafür künstliche, konstruierte Sequenzen? Und wenn ja, wie wird dann am Ende des Wettbewerbs festgestellt, inwieweit die Teilnehmer mit ihren Vorhersagen richtig lagen(?) Müssen dazu die Proteine "in echt" hergestellt werden? Oder kann man das irgendwie anhand der zahlenmäßigen Werte in einer Strukturvorhersage beurteilen, "wie richtig" sie ist, d.h. wie nah sie an der Realität liegt?
Zuletzt geändert von Sascha_Luehrs am 16.07.2004 19:39, insgesamt 1-mal geändert.
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Mystwalker
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urban
Genau. Vor jedem CASP Wettbewerb fragen die Veranstalter bei den Forschern nach welche Strukturen sie denn vorausichtlich in nächster Zeit aufklären werden. Diese Ergebnisse werden dann solange zurückgehalten bis der Wettbewerb vorbei ist. Manchmal kann es auch länger dauern bis die Struktur da ist, manchmal auch zu langeMystwalker hat geschrieben:Ich meine irgendwo gelesen zu haben, dass die wirklichen Ergebnisse schon vorliegen, aber (noch) nicht veröffentlicht wurden. Es ist also ein Vergleich der Modelle mit der Wirklichkeit möglich.
Urban
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Michael H.W. Weber
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Selbst die experimentell bestimmten Proteinstrukturen sind lediglich Modelle - das aber mal nur am Rande.Sascha_Luehrs hat geschrieben:Ich frag mich gerade so, wie validieren die eigentlich die Ergebnisse bei CASP? Ich hab gerade auf http://predictor.scripps.edu/gallery.php gesehen, daß ja schon wieder einige neue Modelle - ich bezeichne das mal als "Modelle "...
Ansonsten hatten die Vorredner völlig Recht: Was bei CASP ausgegeben wird, sind Aminosäuresequenzen, deren zugehörige Proteinstrukturen dem CASP-Konsortium - und sonst niemandem - bekannt sind.
Michael.
Fördern, kooperieren und konstruieren statt fordern, konkurrieren und konsumieren.


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sonnenhexer
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Bekomme seit gestern abend folgende Meldung bei P@H:
--- - 2004-07-21 20:47:18 - Fewer active results than CPUs; requesting more work
Predictor@home - 2004-07-21 20:47:18 - Requesting 87509 seconds of work
Predictor@home - 2004-07-21 20:47:18 - Sending request to scheduler: http://predictor.scripps.edu/predictor_cgi/cgi
Predictor@home - 2004-07-21 20:47:44 - Scheduler RPC to http://predictor.scripps.edu/predictor_cgi/cgi succeeded
Predictor@home - 2004-07-21 20:47:44 - Message from server: No work available (there was work but it was committed to other platforms
Predictor@home - 2004-07-21 20:47:44 - No work from project
Predictor@home - 2004-07-21 20:47:44 - Deferring communication with project for 1 minutes and 0 seconds
Sind die nun fertig?
Ich glaube nicht.
Oder liegt das daran, daß ich Windows-BOINC nutze?
Gruß
Michael
--- - 2004-07-21 20:47:18 - Fewer active results than CPUs; requesting more work
Predictor@home - 2004-07-21 20:47:18 - Requesting 87509 seconds of work
Predictor@home - 2004-07-21 20:47:18 - Sending request to scheduler: http://predictor.scripps.edu/predictor_cgi/cgi
Predictor@home - 2004-07-21 20:47:44 - Scheduler RPC to http://predictor.scripps.edu/predictor_cgi/cgi succeeded
Predictor@home - 2004-07-21 20:47:44 - Message from server: No work available (there was work but it was committed to other platforms
Predictor@home - 2004-07-21 20:47:44 - No work from project
Predictor@home - 2004-07-21 20:47:44 - Deferring communication with project for 1 minutes and 0 seconds
Sind die nun fertig?
Ich glaube nicht.
Oder liegt das daran, daß ich Windows-BOINC nutze?
Gruß
Michael
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VadderSchlumpf
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die testen gerade den server... heute nacht / morgen sollte wieder alles laufen. keine panik7/20/04
With the help of the boinc-dev team, we have made many changes to the web server configuration and have upgraded our boinc daemons from 3.19 to 3.20. Now (02:00 UTC) the server is up and running again. We will monitor this configuration until tomorrow and will not submit new wu's until then. The web page will stay down until tomorrow as well to make sure queries from the site do not interfere with the server too much. Thanks for your patience!
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sonnenhexer
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VadderSchlumpf
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sonnenhexer
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Sascha_Luehrs
Ich weiss nicht, ob das mitbekommen wurde, aber für mich hört sich diese Nachricht von vorgestern, 19. Juli, danach an, dass der Server überhaupt nur deshalb weg war, weil etliche Leute ihren Client nicht upgedated hatten:VadderSchlumpf hat geschrieben:die webseite ist auch wieder erreichbar
Code: Alles auswählen
7/19/04 - Updates for today:
* Today while setting the minimum version of the Boinc client required to get work, we have shot ourselves in the foot... Because so many people have not upgraded to 3.20 yet, the cgi handler (the server component that handles all requests for work) couldn't keep pace with the number of requests per second and core dumped on us several times. This was because a lot of clients asked for work, got the answer that there was no work because of the version incompatibility and asked for work again right after that. From 1 came 2, from 2 came 10 and from 10 came a 1000 and that was something the cgi handler couldn't handle and caused the downtime of the server. Because of this the only solution we saw right now was setting the minimum client version back to 3.18.
* Therefore: PLEASE upgrade to 3.20 as soon as possible so that we can modify the minimum client version without the problems described above. 3.20 fixes a lot of problems with credits and application error handling which will make everybody happier (including us ;-).(
Zuletzt geändert von Sascha_Luehrs am 21.07.2004 20:41, insgesamt 1-mal geändert.
