Eben in de.sci.medizin.misc gelesen:

[Lasse Kolb]

Hi, einige von Euch kennen ja sicher die alle 2 Jahre stattfindenden
CASP-Wettbewerbe, bei denen es darum geht, einen Algorithmus zu
finden, der es ermöglicht, aus einer gegebenen eindimensionalen
Aminosäuresequenz eines beliebigen Proteins dessen Endstruktur
vorherzusagen. Algorithmen für die Strukturvorhersage von Proteinen zu
finden spielt eine extrem wichtige Rolle in der Medikamentenforschung
um beim Design neuer Medikamente.
Das imho bemerkenswerte beim diesjährigen CASP6 ist, dass vor kurzem
ein Distributed-Computing-Projekt gegründet wurde, das mit der
freiwilligen Hilfe von Internet-Nutzern aus aller Welt an diesem
Wettbewerb teilnehmen möchte.
Es heisst Predictor@home und wurde von dem renommierten kalifornischen
(und darüberhinaus gemeinnützigen) Scripps Research Institute ins
Leben gerufen. Jeder, der einen Computer mit Internetanschluss hat,
kann durch ein zeitweises zur Verfügung stellen von Rechenleistung des
eigenen Computers (man lädt dafür einfach nur ein Programm von der
Website des Projektes herunter und lässt dieses von Zeit zu Zeit auf
seinem Rechner laufen) bei diesem Projekt mithelfen. Vorkenntnisse
sind dafür nicht erforderlich; sämtliche Informationen gibt es
außerdem auf der Projekt-Website. Wäre schön, wenn sich hier ein paar
Leute dafür finden könnten. Ich persönlich - jetzt ohne angeben zu
wollen, das ist schließlich ja auch keine besondere Leistung - lasse
meinen Rechner schon seit 6 Wochen dafür durchlaufen ;-)

www.scripps.edu <- Das Scripps Research Institute
predictor.scripps.edu <- Das besagte Projekt

Über den diesjährigen CASP-Wettbewerb gibt es außerdem hier
Informationen: http://predictioncenter.llnl.gov/casp6/Casp6.html ,
diese Seite dürfte aber nur für Fachleute von Interesse sein.


* CASP = Critical Assessment of Techniques for Protein Structure
Prediction

[Sascha_Luehrs]

Das hab ich geschrieben. Allerdings war das glaube ich gar keine so gute Idee. Ich hätte das erstmal von Michael reviewen lassen sollen. Ich hoffe trotzdem, dass es fachlich einigermaßen richtig ist. Ich hab das crossgepostet, auf de.sci.biologie steht es auch.

[Michael H.W. Weber]

Es wäre vielelicht noch ein Link auf Rechenkraft.net sinnvoll gewesen.

Michael.

[Sascha_Luehrs]

Uuh-aua-ahhh.. der Allessandro Macri hat mir aber tüchtig den Marsch geblasen.. naja, ist auch ein Italiener, die sind halt temperamentvoll. Ich dachte eigentlich die müssten da auf de.sci.biologie doch abgehärtet sein.. Ich glaube ich sollte dem mal ein paar Links zu ein paar älteren Kreationisten-Missionierungsversuchs-Mails in de.sci.biologie raussuchen. Dann kriegt er bestimmt nen Herzinfarkt.
Seine Mail halte ich allerdings für diskussionswürdig, Michael, erklär mal

[SpeedKing]

Macht hier keine halben Sachen! Zitiert entweder die entscheidenden Stellen der Mails/Posts aus dem Usenet oder verlagert die Diskussion komplett dahin. Ich hasse es, wenn ich nur die Hälfte mitbekomme - da bekomme ich lieber gar nichts mit.

[Sascha_Luehrs]

Macht hier keine halben Sachen! Zitiert entweder die entscheidenden Stellen der Mails/Posts aus dem Usenet oder verlagert die Diskussion komplett dahin. Ich hasse es, wenn ich nur die Hälfte mitbekomme - da bekomme ich lieber gar nichts mit.

Nun, ich möchte das nicht ganz so ausweiten, weil mir dazu doch die Sachkenntnisse fehlen. Aber um Deinem berechtigten Interesse gerecht zu werden, hier der Link: http://newsgroups.freenet.de/article.ph ... 134#anfang

[frank]

Hm...wenn ich mir das so durchlese, habe ich den Eindruck, der Allessandro Macri weiß aber auch nicht so richtig, was er will.
Einerseits ist DC meistens nicht so gut , weil wenig reproduzierbar, andererseits findet er p@h auch wieder gut, obwohl es doof von dir war darauf aufmerksam zu machen. Und dann nehmen "sie" (wer auch immer, ich habe jetzt keine Lust herauszufinden, wer das ist) auch an CASP teil...
JA, WAT DENN NU???
frank

[urban]

Uuh-aua-ahhh.. der Allessandro Macri hat mir aber tüchtig den Marsch geblasen.. naja, ist auch ein Italiener, die sind halt temperamentvoll. Ich dachte eigentlich die müssten da auf de.sci.biologie doch abgehärtet sein.. Ich glaube ich sollte dem mal ein paar Links zu ein paar älteren Kreationisten-Missionierungsversuchs-Mails in de.sci.biologie raussuchen. Dann kriegt er bestimmt nen Herzinfarkt.
Seine Mail halte ich allerdings für diskussionswürdig, Michael, erklär mal

So schlimm war's doch gar nicht. Eigentlich ist er ja ein ganz netter Typ, vertritt aber seine Meinung vielleicht in etwas anderer "Art" als gewohnt

... aber daraus dann gleich ein Projekt für ein paar tausend Benutzer zu machen, ist zum einen etwas übertrieben, zum anderen schadet es auch ein wenig der Reproduzierbarkeit der Ergebnisse (Bsp: "Entstanden mit 600.000 Std. Rechenzeit", wie reproduziert man solche Ergebnisse effektiv?).

Damit hat er sicher nicht unrecht. CASP (bzw. eher CAFASP also Fully Automated) soll ja dazu dienen das neue Methoden zur Strukturvorhersage entwickelt werden die dann hinterher auch von anderen verwendet werden können. Und das ist halt einfacher wenn man eine schlaue Methode hat und nicht mit brute force drauf los geht.

Urban

[urban]

Hm...wenn ich mir das so durchlese, habe ich den Eindruck, der Allessandro Macri weiß aber auch nicht so richtig, was er will.
Einerseits ist DC meistens nicht so gut , weil wenig reproduzierbar, andererseits findet er p@h auch wieder gut, obwohl es doof von dir war darauf aufmerksam zu machen. Und dann nehmen "sie" (wer auch immer, ich habe jetzt keine Lust herauszufinden, wer das ist) auch an CASP teil...
JA, WAT DENN NU???
frank

Also,...

"Sie" sind das Bioinformatik Institut der Universität München.

Und das was er an p@h gut findet ist in diesem Satz

Er wird aber sicherlich sinnvolle Statistiken über Energieverteilungen etc. liefern.

Es geht also nicht um die erstellten Strukturen (die ja auch nicht wirklich hinterher so einfach zu reproduzieren sind), sondern die Daten die sozusagen nebenher anfallen. Wobei ich jetzt eigentlich wissen sollte was er genau damit meint schließlich habe ich bei ihm Praktikum gemacht. Naja, man ist halt Student

Urban

[frank]

...Es geht also nicht um die erstellten Strukturen (die ja auch nicht wirklich hinterher so einfach zu reproduzieren sind), ...

Wenn es einfach wäre, bräuchte man ja auch nicht die Rechenpower von DC, sondern würde nur den eigenen PC rechnen lassen.
Aber is schon recht, ich glaube, jetzt habe ich die Kritik verstanden. Aber möglicherweise kann man ja durch die DC Projekte wie p@h irgendwann mal zu einfacheren und damit reproduzierbareren Algorithmen kommen *spekulier*
frank

[klausfrog]

Es ist ganz einfach. Wenn keiner den Anfang macht, wird auch niemand folgen ...

Und das tut man damit, wenn man auch neueste Projekte Unterstützt, wie bei Rechenkraft.

[Sascha_Luehrs]

Damit hat er sicher nicht unrecht. CASP (bzw. eher CAFASP also Fully Automated) soll ja dazu dienen das neue Methoden zur Strukturvorhersage entwickelt werden die dann hinterher auch von anderen verwendet werden können. Und das ist halt einfacher wenn man eine schlaue Methode hat und nicht mit brute force drauf los geht.
Urban

Denke ich inzwischen auch. Allerdings wäre das mit der Reproduzierbarkeit vielleicht nicht unbedingt so ein Problem, da es sicher genügend DC-Fanatiker gibt, die gerne wieder ihren Rechner für so etwas zur Verfügung stellen würden. Nützlich wäre, wenn man durch so ein Projekt wie P@h oder DF wenigstens genügend neue Erfahrungen / Erkenntnisse gewinnen könnte, mit denen man dann entsprechend schlauere Methoden entwickeln könnte. Oder die Algorithmen müssten halt so clever sein, sich selber zu überarbeiten, es hat ja glaube ich auch schon mal Ansätze gegeben, genetische Algorithmen auf Programmcode (d.h. also einen Programmablauf selber) anzuwenden (tree encoding, genetic programming, LISP fallen mir da so als Stichworte aus längst vergangenen Zeiten ein), aber ich denke auf sowas sind die P@h- und DF-Leute sicher auch schon längst selber gekommen.

Es geht also nicht um die erstellten Strukturen (die ja auch nicht wirklich hinterher so einfach zu reproduzieren sind), sondern die Daten die sozusagen nebenher anfallen. Wobei ich jetzt eigentlich wissen sollte was er genau damit meint schließlich habe ich bei ihm Praktikum gemacht. Naja, man ist halt Student

Uhh was? *staun*