Dicke WUs, was sind die rechenintensivsten?

[GD69DN]

Momentan rechnet mein Rechener seit über 24 Stunden an einer dicken Tinker WU rum und hat trotzdem erst etwas über 62% davon berechnet.

Protein: p638_L939_K12M_ext
- Run: 85 (Clone 69, Gen 20)
- Frames Completed: 246, Remaining: 154
- Dynamic steps required: 1925000

Was sind denn so die dicksten WUs, die im Umlauf sind?
Für die momentane WU gibt es 70,90 Punkte während ich für die letzte Gromacs Projekt 520 WU 33 Punkte bekommen habe. Allerdings war die auch wesentlich schneller durchgerechnet (etwa 10,5 Stunden).
Somit scheint die verteilte Punktezahl nicht proportional zum Rechenaufwand bzw. genauer gesagt zur Rechenzeit zu stehen. Auch bedingt dadurch, dass bei Gromacs die SSE-Einheit mitbenutzt wird und allein dadurch schon ein Geschwindigkeitsvorteil erzielt wird.

-EDIT-
Habe gerade noch mal nachgerechnet. Die momentane WU braucht bei 400 Frames und je ca. 6 Minuten pro Frame satte 40 Stunden.

[Patrick Keller]

Das ist genau die Problematik die ich im meinem Optimierungsthread angesprochen habe. In der Richtung mit der Punktevergabe wird im Moment anscheinend in Stanford aber etwas getan (wenns Infos gibt sag ich Bescheid), also hilft da nur abwarten. Die WUs sind alle gleich "rechenintensiv", die eine hat halt mehr Steps und die andere weniger, ist somit größer oder kleiner ...
Lies dir mal die Optimierung durch und du wirst das Problem nicht mehr haben !

[GD69DN]

Also ich bin ja gar nicht daran interessiert nur Gromacs WUs zu bekommen (wie in dem Optimierungsbeitrag gezeigt). Die Tinker WUs haben meiner Meinung nach genauso ein Recht berechnet zu werden.
Allerdings sollten die Tinker WUs entwerder höher bewertet werden oder aber der Tinker Core so überarbeitet werden, dass er wie der Gromacs Core auch die SSE-Einheit nutzt.

Die Frage nach der Größe der WUs bezog sich übrigens auf die Anzahl der "dynamic steps". Meine momentane WU scheint mit 1,925 Millionen dynamic steps doch schon eine der wirklich großen WUs zu sein, wodurch dann auch die lange Rechenzeit zustande kommt.
Hat jemand schon größere WUs gehabt? Allein von der Punkteverteilung der derzeit laufende Projekte her, müssten die WUs des Projektes 257 (104,83 Punkte) und vor allem die WUs der Projekte 858 und 859 (je 120 Punkte) noch um einiges größer sein.
Weiß jemand wieviele dynamic steps bei denen nötig sind?

[Patrick Keller]

Bei den 858 und 859er sind es so weit ich mich recht erinnere 10 Millionen ...
Die Dynamic Steps sind aber auch keine gute Messmethode, die Proteine sind ja auch Unterschiedlich groß, heißt die Steps zu berechnen dauert unterschiedlich lang,
An eben einem verbesserten Creditsystem wird glaube ich gearbeitet ... wir werden sehen wie lange es noch dauert und ob das überhaupt was gibt ...
Solange würde ich nur Gromacs rechnen, es gibt genügend Leute die die Tinker rechnen, weil sie so alte Kisten haben, dass die grundsätzlich keine Optimierungen unterstützen und Tinker/Gromacs für sie kein Unterschied macht. Man kann keinem verübeln ein Feature des Projektes für seinen Nutzen auszunutzen.

PS: Eventeuell wird bald ach der Tinker-Core ganz abgelöst und durch den ehemalig zukünftigen GAH-Core ersetzt, der kann diese Berechnungen wohl auch. (Das kann aber noch sehr sehr lange dauern).
PPS: SSE-Unterstützung wird es bei Tinker wohl nie geben, die werden den Core nicht weiter überarbeiten, wenn schon ein neuer im Anflug ist und ich glaube von den Berechnungen her, ist SSE gar nicht möglich. (Wie das genau aussieht, weiß wohl nur Vijay Pane und seine Leute)

[Dennis Kautz]

Weiß jemand wieviele dynamic steps bei denen nötig sind?

Projekt 859 hat 2.500.000 Steps

EDIT: Und hat auf einem Celeron 1700 satte 50-55 min pro % gebraucht

[Patrick Keller]

Dann hab ich das wohl verwechselt.
Übrigens: Die WUs geben 160 Punkte

[GD69DN]

Hmmm nagut, dann werde ich meine Einstellungen wohl auch mal abändern, damit ich nur noch Gromacs WUs bekomme.
Evtl. sollte ich die Rechner im Betrieb auch entsprechend umstellen, denn ein P4 hat ja auf jeden Fall eine SSE-Einheit drin. Die AMD XPs haben glaube ich auch alle SSE, während der alte Thunderbird noch keine hatte, oder schwirrt mir das was falsches im Kopf rum?

Hatte zuerst auch 160 Punkte geschrieben, dann noch mal nachgeschaut und es auf 120 abgeändert.
Tja bin beim zweiten mal wohl in der Spalte verrutscht, die Deadline sind 120 Tage.
Die genannten dicken sind aber auch alles Gromacs Projekte. In Sachen Tinker scheine ich in der Tat eine der dicksten erwischt zu haben.

[Patrick Keller]

Selbst wenn der Donnervogel kein SSE hat, er hat auf jeden Fall 3DNow+ und das bringt auch noch ein bißchen Beschleunigung.
Dein P4 hat zusätzlich noch SSE2, damit kriegst du die allerneusten DGROMACS WUs mit doppelter Präzision, bringt auch nochma nen mächtigen Punkteboost.

[GD69DN]

So, habe es gerade mal umgestellt und neu gestartet.
Und schwupps waren wohl die berechnet ca. 70% der Tinker WU futsch.
Er hat sich nämlich gleich eine Gromacs WU gekrallt.
Tja, da hätte ich wohl besser gewartet bsi die WU fertig war oder kann ich die angefangene Tinker WU irgendwie wieder "reaktivieren"?

-Edit-
Ich Blindfisch, er ist doch immer noch an der Tinker dran.

[Michael H.W. Weber]

Nochmal: Die "dynamic steps" Angabe hat nicht notwendiger Weise etwas mit dem "crediting" oder der Rechendauer einer WU zu tun. Und nein - die TINKER WUs müssen NICHT neu bepunktet werden. Eine GROMACS WU gibt schlicht Punkte bezogen auf die Rechendauer, die sie hätte WENN sie unter TINKER zu berechnen wäre.

Michael.

[Patrick Keller]

Ja aber da Gromacs WUs Gromacs WUs sind und keine Tinker WUs und somit auch eine andere Berechnungsdauer haben, ist das System etwas unausgewogen !

[Michael H.W. Weber]

Ja aber da Gromacs WUs Gromacs WUs sind und keine Tinker WUs und somit auch eine andere berechnungsdauer haben, ist das System etwas unausgewogen !

Nein.

Michael.