FAH-"Optimierung"

Analyse und Vorhersage von Struktur und Faltungsweg (Folding@home, GPUGRID, Rosetta@home, ...)
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Patrick Keller
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FAH-"Optimierung"

#1 Ungelesener Beitrag von Patrick Keller » 24.03.2004 19:26

Zu allererst rufe ich nochmal dazu auf, dass alle ex-GAHler überprüfen, ob sie die Teamnummer geändert haben, da es viele Punkte gibt, die an ein nicht vorhandenes Team gegangen sind.
Jetzt zum eigentlichen Teil:
Momentan gibt es 2 FAH-Cores, die die Berechnungen vornehmen:
  • Tinker: Ohne CPU-Optimierungen
    Gromacs: Mit Optimierungen
Die Punkte bei FAH werden anhand eines Benchmarks auf einem Rechner OHNE CPU-Optimierungen gemacht (egal ob Gromacs oder Tinker). Daher kommt es bei unoptimierten Rechnern zu keinen Abweichungen beim Punkte/Zeit-Verhältnis. Wenn aber eine Gromacs-WU auf einem Rechner mit Optimierungen gerechnet wird, unterstützen die Optimierungen die Berechnung, was logischerweise zu weniger Zeit bei gleichen Punkten führt.
Der Nachteil der ganzen Sache ist, dass die Tinker-WUs vorerst NICHT aussterben werden, da mit ihnen Berechnungen gemacht werden können, die von Gromacs nicht unterstützt werden.
Dieses Problem lässt sich aber umgehen, indem man den Client mit dem Flag -advmethods startet. Man erhält nun ausschließlich Gromacs-WUs aber ES HANDELT SICH UM BETA-WUs, die fehlerhaft sein können und unter Umständen zu Systemfreezes oder ähnlichen Problemen führen können. Das ist allerdings recht selten der Fall.
Ich hoffe hiermit kann man noch einige Punkte aus unserm Team herauskitzeln, doch ich hab euch gewarnt ;) !
Happy Folding
Zuletzt geändert von Patrick Keller am 23.11.2004 20:08, insgesamt 1-mal geändert.

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GD69DN
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#2 Ungelesener Beitrag von GD69DN » 25.03.2004 19:11

Also ich lasse allles berechnen was rein kommt, völlig egal ob Tinker oder Gromacs. :P
Momentan rechnet er an einer Gromacs, davor hatte ich eine Tinker.
Die CPU-Optimierungen werden bei mir eh immer genutzt aufgrund der -forceasm -forceSSE Parameter bei Start von FAH4Console-Linux.exe. Oder habe ich da was falsch verstanden?

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Patrick Keller
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#3 Ungelesener Beitrag von Patrick Keller » 25.03.2004 19:14

Jap, hast du ...
Durch -forcesse bzw. -forceasm werden die Optimierungen in jedem Fall aktiviert, falls der Core dies unterstützt, Tinker tut das aber leider nicht !

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GD69DN
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#4 Ungelesener Beitrag von GD69DN » 26.03.2004 00:20

Aha...
Aber warum meldet dann sowohl Tinker wie auch Gromacs "Extra SSE boost OK"? :roll:

Ich habe derzeit übrigens wohl drei Cores auf dem Rechner:
FahCore_65.exe = Tinker
FahCore_78.exe = Gromacs
FahCore_ca.exe = ??? Gromacs Beta ?
Die letzte ist aber meines Wissens nach bereits seit längerem nicht mehr genutzt worden. :roll:

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#5 Ungelesener Beitrag von SpeedKing » 26.03.2004 00:32

GD69DN hat geschrieben:FahCore_ca.exe = ??? Gromacs Beta ?
Nein, das ist der Genome@Home-Core.

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#6 Ungelesener Beitrag von Michael H.W. Weber » 26.03.2004 09:27

GD69DN hat geschrieben:Aber warum meldet dann sowohl Tinker wie auch Gromacs "Extra SSE boost OK"?
Das ist ein "bug". Bei TINKER wird SSE nicht genutzt. Stört aber nicht weiter.

Michael.
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#7 Ungelesener Beitrag von Michael H.W. Weber » 26.03.2004 09:59

Der -advmethods Schalter führt im Augenblick zu GROMACS WUs, die einen neuen Algorithmus testen. Die Abgabefristen bei diesen WUS sind deutlich verkürzt, sodaß angeblich nur extrem schnelle Maschinen mithalten können.

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Dennis Kautz
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#8 Ungelesener Beitrag von Dennis Kautz » 26.03.2004 13:53

Also ich bekomm mit -advmethods anscheinend normale GROMACS... auf dem 1700er Celeron kein Problem und die kleineren auch auf nem 366 MHz PII-Mobile noch zu schaffen :D

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GD69DN
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#9 Ungelesener Beitrag von GD69DN » 27.03.2004 13:25

Ich habe auch ohne diese "Optimierung" jetzt 5 Gromacs WUs in Folge bekommen, bevor wieder eine Tinker rein kam. ;)

stoffi

#10 Ungelesener Beitrag von stoffi » 08.06.2004 13:19

Ich habe einen athlon 1000 auf F@H angesetzt und den consolenclient normal gestartet. Bringt es bei dem derzeitigen Client etwas wenn ich ich mit -forecasm und -advmethods starte?
Der Athlon unterstützt ja SSE

Auf einem P4 habe ich den Grafikclient laufen. Nutzt dieser automatisch SSE. Wird beim P4 eigentlich SSE2 verwendet?

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Hermes
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#11 Ungelesener Beitrag von Hermes » 08.06.2004 14:36

Hallo.
stoffi hat geschrieben:Ich habe einen athlon 1000 auf F@H angesetzt und den consolenclient normal gestartet. Bringt es bei dem derzeitigen Client etwas wenn ich ich mit -forecasm und -advmethods starte?
Der Athlon unterstützt ja SSE
Mein Athlon 1000 kann noch kein SSE. Dafür wird bei GROMACS 3DNow benutzt. forcesasm bringt nur etwas, wenn der Client sich nach einem Absturz weigert die optimierten Schleifen zu benutzen.
Seit der Puntkteumstellung sollten auf Rechnern ohne SSE Tinker-WU's effektiver sein. Daher wüde ich von der Benutzung von -advmethods abraten, auch weil die Bedeutung dieses Parameters keinen direkten Einfluß auf die Wahl der WU-Arten hat.
stoffi hat geschrieben:Auf einem P4 habe ich den Grafikclient laufen. Nutzt dieser automatisch SSE. Wird beim P4 eigentlich SSE2 verwendet?
SSE wird, wenn vorhanden, automatisch von Gromacs-WU's benutzt. SSE2 wird bei den neuen DGromacs-WU's benutzt. Diese WU's werden nur an SSE2-fähige Maschinen geliefert. Da DGromacs bei mir etwa die 4-fache Punktzahl gibt ist eventuell auf P4's -advmethods sinvoll, da dann die wahrscheinlichkeit auf diese WU's erhöht wird.

mfG
Stephan

stoffi

#12 Ungelesener Beitrag von stoffi » 08.06.2004 14:51

danke für die Antwort Hermes werde dann nichts verändern da der Athlon fast nur 65er WUs sind denke ich Tinker bekommt. Er ist noch nie abgestürzt und verwendet wahrscheinlich 3dnow bzw sse automatisch.

der p4 bekommt meistend 78 oder ab und z 79 WUs das sind wohl Gromacs und enchanced Gromacs.

Ach ja, und du wirst bald won mir überholt

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