DF-Projekt mal wachrütteln

[Michael H.W. Weber]

Ich habe eben nach langer Zeit mal wieder ein Posting im DF-Forum hinterlassen, nachdem ich mir als Falter der ersten Stunde monatelang diese "Kosmetikwerkeleien" an DF-Website und die angeblichen Serverbackend-Verbesserungen stillschweigend mitangesehen habe ohne eine nennswerte Verbesserung der Strukturvorhersagequalität erkennen zu können: http://www.free-dc.org/forum/showthread ... #post51626

Ich hoffe, es trägt etwas dazu bei, daß etwas mehr "Schmalz" und Elan in die Weiterentwicklung der wesentlichen (!) Teile des Algorithmus gesteckt wird. Ich konnte mich jedenfalls des Eindrucks nicht erwehren, daß nach Abschluß der Doktorarbeit von Herrn Feldman "die Luft einigermassen raus" ist aus dem Projekt und denke, es ist höchste Zeit, daß mal ein frischer Wind durchs Haus bläst. Ich mußte leider feststellen, daß auch das kommende Protein - allem Anschein nach - ein anderes sein wird. Wo liegt da der Sinn? Die "scoring function" - also der Teil, nachdem der Client beurteilt, welche der generierten Strukturen die beste ist - muß optimiert werden. Nicht das DF-Webseitenoutfit und auch nicht die Serverinfrastruktur (die Zahl der Teilnehmer sinkt ohnehin). Daher gehe ich davon aus, daß es sinnvoll ist, viele Varianten der "scoring function" mit ein und demselben Protein durchzutesten, um einen direkten Vergleich zu haben. Und dazu ist es NICHT erforderlich jede Mal 10 Milliarden Strukturen zu berechnen.


Michael.

[Arnim Weber]

Jo immer feste druff

[DPC]

das nächste protein soll eines aus der phase II werden und wurde auch schon durchgerechnet. demnach kann man schon erkennen ob das neue scoring funktioniert oder nicht und es muss nicht immer das selbe sein. wird auf die dauer langweilig.
ein neues scoring auf die schnelle zu erfinden ist wohl nicht so einfach. wenn die forscher wüssten, dann könnten sie und deshalb ist es ja forschung.
da df ja nur einen einzigen coder haben ( howard ) dauert dies natürlich nochmals länger als bei anderen projekten.

aber rechenkraft rechnet ja eh fast nix mehr dort .......


greetz aus holland.......

[Arnim Weber]

@DPC: abwarten

[Michael H.W. Weber]

das nächste protein soll eines aus der phase II werden und wurde auch schon durchgerechnet. demnach kann man schon erkennen ob das neue scoring funktioniert oder nicht und es muss nicht immer das selbe sein. wird auf die dauer langweilig.
ein neues scoring auf die schnelle zu erfinden ist wohl nicht so einfach. wenn die forscher wüssten, dann könnten sie und deshalb ist es ja forschung.
da df ja nur einen einzigen coder haben ( howard ) dauert dies natürlich nochmals länger als bei anderen projekten.

aber rechenkraft rechnet ja eh fast nix mehr dort .......

greetz aus holland.......

Der Punkt ist, daß bislang eben genau KEIN neues "scoring" implementiert ist! Und darüber rege ich mich etwas auf. In diesem Fall geht es um probieren, nicht studieren. Es macht für mich jedenfalls mehr Sinn, mehrere "scoring functions" an kleineren Proteinsets zu testen, als stur im 10 Milliardentakt weiter zu wuseln, wie bislang.
Was das Betatesting betrifft, so kann ich der DF-News Sektion nur entnehmen, daß es um das Testen des Server-Backends geht. Da wird man mich nicht unter den Beteiligten finden. Und was unseren generellen Beitrag zu DF betrifft, darf ich wohl ergebenst anmerken, daß Rechenkraft.net eines der Pionier-Teams bei diesem Projekt war und ist. Desweiteren sind wir immer noch unter den Top 10 - auch wenn es darauf erst in zweiter Linie ankommt. Für mich ist es z.B. überhaupt kein Problem, alle drei Tage eine Millionen Strukturen zu berechnen und ich gehöre zu den schwächeren Teilnehmern. Nur: Warum sollte ich das wohl tun, wenn man in Toronto mehr mit kosmetischen Veränderungen der Website als mit irgendwas sonst beschäftigt ist? Und das müssen die endlich kapieren.
Vor kurzem hatte ich mich noch über die Ankündigung einer neuen "scoring function" gefreut und bin wieder aktiv geworden. Und was ist daraus geworden? Schweigen im Walde, stattdessen wurde/wird an der Serverstruktur herumgefrickelt. Dies hätte Sinn gemacht, als noch massive Beteiligung bei DF vorlag. Inzwischen erscheint mir das eher vergleichbar mit einer überladenen Droschke, die in einen Transrapid konvertiert wurde, in dem aber inzwischen leider nur noch eine Person sitzt - der Zugführer.

Michael.

[Ticker]

Ich werde natürlich wieder mal dumm sterben, weil ich der sprache englisch nicht mächtig bin... Aber auch egal... hab mich ja schon dran gewöhnt

[Michael H.W. Weber]

Im Prinzip steht der Inhalt meines Postings oben verstreut in Deutsch da. Ich habe eben bemängelt, daß zwar neue "scoring functions" angekündigt werden, aber im Prinzip nichts als kosmetische Feinschliffe der Webseite und ggf. eine Veränderung des Server-Backends vorgenommen wurde und das ich unter diesen Umständen das Projekt als stagnierend betrachte. Die Prioritäten sind falsch gesetzt. Diese müßten nämlich auf der Verbesserung des wissenschaftlichen Teils des Projekts liegen und das ist momentan nicht der Fall. Jedenfalls solange nicht bis neue "scoring functions" getestet werden.

Michael.

[Thommy3]

Sehr interessantes Posting....ich denke genau deshalb mag ich solche Faltungsprojekt nicht. Viel zu wischi waschi. Was da der Algo genau macht, versteht doch im Prinzip nur der Programmierer. Und man sollte sich absolut darauf verlassen sollen, dass alles daran gesetzt wird, dass der so Algo versucht so nahe am Original in der Natur zu falten wie es geht.

Geile Stats gibts bei anderen Projekten auch und tolle Webpages gibt es überall im Netz. Ich hoffe mal für euch Falter, das sich da mal was tut. Interessant wäre es zu Wissen, was Howard (das war doch der Programmierer?) dazu sagt. Im Forum hat er sich ja nicht geäußert.

Thommy

[Michael H.W. Weber]

...ich denke genau deshalb mag ich solche Faltungsprojekt nicht. Viel zu wischi waschi. Was da der Algo genau macht, versteht doch im Prinzip nur der Programmierer.

Nicht wirklich. Und selbst wenn: Ist das nicht bei allen Projekten mehr oder weniger der Fall? Du weißt als "Außenstehender" meist nicht mehr als die groben Prinzipien, nach denen vorgegangen wird. Das ist bei den Mathematikprojekten auch nicht anders.

...dass der so Algo versucht so nahe am Original in der Natur zu falten wie es geht.

Wie GENAU faltet denn die Natur? Wir wissen es nicht, versuchen aber - frech wie wir sind - es zu verstehen. Das gerade macht ja das Proteinfaltungsproblem - im Gegensatz zur selbst für Mathematiker wohl relativ unspannnenden Primzahlensuche - so interessant! Denk' mal drüber nach.

Interessant wäre es zu Wissen, was Howard (das war doch der Programmierer?) dazu sagt. Im Forum hat er sich ja nicht geäußert.

Och - ich schätze schon er feilt noch an seinem Posting... Immerhin muß es für ihn ja so aussehen, als versuche da ein Flegel aus dem "alten Europa" seine Teilnehmer vom Projekt zu verprellen. Auch wenn das natürlich nicht mein Ansinnen ist. Mir geht es nur darum, daß Howard F. aus seinem "Ph.D. degree Dornröschenschlaf" erwacht, damit wir hier sinnvoll an dem Problem weiterarbeiten können.

Michael.

[Norman]

hi michael !

die reaktionen in deren foren sind wie erwartet contraproduktiv.
nur auf stats gerichtet und nicht auf das eigentliche ziel der perfektioniertung/weiterentwicklung des algorithmus. howard wird von diesen "statsgeilen" freedc-lern wohl doch zu sehr von seinem algorithmus abgelenkt.
ich bin auf sein erstes statement im forum mal gespannt und denke das er sich gut überlegen wird, was er antworten wird.

hoffen wir mal das beste

[Michael H.W. Weber]

Habe heute nochmal einigen der Poster versucht, den "Stats-Wind" aus den Segeln zu nehmen. Aber die Reaktionen unterstreichen ja genau meine Kritik: Über jeden Mumpitz wird geredet, nur das Wesentliche wird dabei übersehen.

Michael.

[Bommer]

Hallo

Ich hab mich vorerst mal von DF verabschiedet, denn nur auf Stats aus zu seien bringts ja nicht so wirklich. Bin eben zu einem andern medizinischen Projekt gewechselt.

Vielleicht bekehrt mich H. Feldmans Antwort, aber bis dahin gehts erst mal woanders weiter.

Cu Bommer